국가에게 매수청구하여 협의매수 형태로 양도한 농지는 사업인정고시일의 개념이 존재하지 아니하여 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로 비사업용토지에서 제외되는 농지로 볼 수 없음
국가에게 매수청구하여 협의매수 형태로 양도한 농지는 사업인정고시일의 개념이 존재하지 아니하여 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로 비사업용토지에서 제외되는 농지로 볼 수 없음
심판청구를 기각한다.
② 제1항에서 “장기보유특별공제액” 이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 보유기간 공제율 3년이상 4년미만 100분의 10 4년이상 5년미만 100분의 12 5년이상 6년미만 100분의 15 6년이상 7년미만 100분의 18 7년이상 8년미만 100분의 21 8년이상 9년미만 100분의 24 9년이상 10년미만 100분의 27 10년이상 100분의 30 제104조의3 【비사업용 토지의 범위】① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제2호의7에서 “비사업용 토지”라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)를 말한다.
1. 전ㆍ답 및 과수원(이하 이 조에서 "농지" 라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것
7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 토지로서 거주자의 거주 또는 사업과 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령이 정하는 토지
② 제1항의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후 법률의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.
③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 농지ㆍ임야ㆍ목장용지의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령 제168조의14 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】③ 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.
3. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정고시일이 2006년 12월 31일 이전인 토지 또는 취득일(상속받은 토지는 피상속인이 해당 토지를 취득한 날을 말한다)이 사업인정고시일부터 5년 이전인 토지
5. 그 밖에 공익ㆍ기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 (3) 소득세법 시행규칙 제83조의5 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】④ 영 제168조의14 제3항 제5호에서 “기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
1. 공장의 가동에 따른 소음ㆍ분진ㆍ악취 등으로 인하여 생활환경의 오염피해가 발생되는 지역 안의 토지로서 그 토지소유자의 요구에 따라 취득한 공장용 부속토지의 인접토지
2. ～ 6. (생 략) (4) 한강수계 상수원수질개선 및 주민지원 등에 관한 법률 제1조 【목적】이 법은 한강수계(漢江水系) 상수원(上水源)을 적절하게 관리하고 상수원 상류지역의 수질개선(水質改善) 및 주민지원사업을 효율적으로 추진하여 상수원의 수질을 개선함을 목적으로 한다. 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “상수원”이란 수도법 제3조제2호 에 따른 상수원을 말한다.
5. “상수원관리지역”이란 한강수계 중 다음 각 목의 구역 또는 지역을 말한다.
1. 특별대책지역은 그 하천(하천법 제2조 제1호 에 따른 하천을 말한다. 이하 같다)ㆍ호소(수질 및 수생태계 보전에 관한 법률 제2조 제13호에 따른 호소를 말한다. 이하 같다)의 경계로부터 1킬로미터 이내의 지역
2. 특별대책지역 외의 지역은 그 하천ㆍ호소(호소)의 경계로부터 500미터 이내의 지역 제7조【토지 등의 매수 등】 ① 국가는 한강수계 중 상수원보호구역, 수변구역 및 상수원의 수질을 보전하기 위하여 필요한 지역으로서 환경부령으로 정하는 지역의 토지 또는 그 토지에 부착된 시설(이하 “토지등”이라 한다)에 대하여 소유자가 국가에 토지 등을 매도하려는 경우에는 제20조에 따른 한강수계관리기금으로 이를 매수(買收)할 수 있다.
② 국가가 제1항에 따라 토지 등을 매수할 때 매수 가격은 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 공시지가를 기준으로 그 토지의 위치ㆍ형상ㆍ환경 및 이용 상황 등을 고려하여 평가한 금액으로 한다.
⑤ 제1항과 제2항에 따른 토지 등의 매수 절차, 매수 우선순위 선정, 매수 가격의 산정 방법 및 시기, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제13조【수질개선사업】① 특별시장ㆍ광역시장 또는 시장ㆍ군수는 매년 다음 각 호의 사항이 포함된 수질개선사업계획을 수립하여 환경부장관의 승인을 받아 이를 시행하여야 한다. 이 경우 시장ㆍ군수는 미리 도지사와 협의하여야 한다.
1. 제24조 제1항 제1호에 따른 종합계획의 세부 추진계획
2. 환경기초시설의 설치 및 운영ㆍ관리 계획
4. 그 밖에 상수원의 수질개선을 위하여 환경부령으로 정하는 사항 제14조【토지 등의 수용】① 제13조에 따른 수질개선사업(이하 “수질개선사업”이라 한다)의 시행자(이하 “사업시행자”라 한다)는 수질개선사업을 위하여 필요한 토지등을 수용(收用)하거나 사용할 수 있다.
② 제13조에 따라 수질개선사업계획에 대한 환경부장관의 승인이 있으면 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제20조 제1항 과 제22조에 따른 사업인정 및 사업인정의 고시가 있는 것으로 보며, 재결신청(裁決申請)은 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제23조 제1항 과 제28조 제1항에도 불구하고 사업계획에서 정하는 사업의 시행 기간 내에 이를 할 수 있다. (5) 한강수계 상수원수질개선 및 주민지원 등에 관한 법률 시행령 제5조 【토지 등의 매수 절차 등】① 법 제7조 제1항에 따라 토지 및 그 토지에 부착된 시설(이하 “토지등”이라 한다)을 국가에 매도하려는 자는 다음 각 호의 서류(전자문서를 포함한다)를 유역환경청장 또는 지방환경청장(이하 “유역환경청장등”이라 한다)에게 제출하여야 한다. 다만, 전자정부법 제21조 제1항 에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 제출서류에 대한 정보를 확인할 수 있는 경우에는 그 확인으로 제출서류를 갈음할 수 있다.
1. 매도하려는 토지등의 소유자 성명(소유자가 법인인 경우에는 그 명칭과 대표자 성명)과 주소 등을 적은 서류
2. 매도하려는 토지의 지번ㆍ지목ㆍ면적, 이용현황, 권리설정 현황 및 등기부 등본과 그 밖에 소유자임을 증명할 수 있는 관계 서류
3. 매도하려는 토지에 있는 공작물의 내용을 적은 서류
② 유역환경청장등은 제1항에 따라 토지 등의 매수신청을 받은 때에는 위원회의 심의를 거쳐 매수 우선순위를 결정하고, 이를 해당 토지 등의 소유자에게 통보하여야 한다.
④ 법 제7조 제2항에 따른 토지 등의 매수 가격은 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가업자 2명 이상이 법 제7조제2항에 따라 평가한 금액을 산술평균하여 산정한다. (6) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제1조 【목적】이 법은 공익사업에 필요한 토지 등 을 협의 또는 수용에 의하여 취득하거나 사용함에 따른 손실의 보상에 관한 사항을 규정함으로써 공익사업의 효율적인 수행을 통하여 공공복리의 증진과 재산권의 적정한 보호를 도모함을 목적으로 한다. 제4조【공익사업】이 법에 의하여 토지 등을 취득 또는 사용할 수 있는 사업은 다음 각호의 1에 해당하는 사업이어야 한다.
2. 관계 법률에 의하여 허가ㆍ인가ㆍ승인ㆍ지정 등을 받아 공익을 목적으로 시행하는 철도ㆍ도로ㆍ공항ㆍ항만ㆍ주차장ㆍ공영차고지ㆍ화물터미널ㆍ삭도ㆍ궤도ㆍ하천ㆍ제방ㆍ댐ㆍ운하ㆍ수도ㆍ하수도ㆍ하수종말처리ㆍ폐수처리ㆍ사방ㆍ방풍ㆍ방화ㆍ방조(방조)ㆍ방수ㆍ저수지ㆍ용배수로ㆍ석유비축 및 송유ㆍ폐기물처리ㆍ전기ㆍ전기통신ㆍ방송ㆍ가스 및 기상관측에 관한 사업
7. 그 밖에 다른 법률에 의하여 토지 등을 수용 또는 사용할 수 있는 사업
(1) 양도소득 과세표준 예정신고서, 경정결의서, 조사복명서 등 심리자료에 의하면, 청구인은 2002.11.29. 취득한 쟁점농지를 한강수계 상수원수질개선 및 주민지원 등에 관한 법률의 규정에 의거 2009.6.29. 국가(환경부)에게 양도(협의매수)하고, 2009.8.14. 실지거래가액으로 양도소득세를 예정신고․납부하며 장기보유특별공제액 38,671,110원을 공제하였고, 이에 대하여 처분청은 청구인이 사업용 토지로 신고한 쟁점농지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제액을 불공제하여 이 건 양도소득세를 과세한 사실이 나타난다.
(2) 2009.6.24. 작성한 쟁점농지 협의매매 계약서[매수인(‘갑’) 국가(관리청 환경부, 한강유역환경청 재무관), 매도인(‘을’) 청구인]의 주요 내용을 살펴보면 다음과 같다. 제1조(목적) 한강수계 상수원수질개선 및 주민지원 등에 관한 법률제7조에 따라 한강수계 중 상수원보호구역, 수변구역 및 기타 환경부령이 정하는 지역 내의 토지 또는 그에 부착된 시설물의 소유자가 국가에 매도신청한 경우 이를 협의매수하여 수변생태벨트 조성사업을 실시함으로써 식수원을 보전하기 위함이다. 제2조(부동산의 표시) 토지: 쟁점농지, 건물: 해당 없음 제4조(매매대금) ‘갑’은 매매계약서 제2조의 부동산(이하 “토지등”이라 함)에 대한 매매대금으로 372,669,500원을 ‘을’에게 지급한다. 제5조(매매대금 지급조건) ‘갑’에게 소유권이전등기가 완료된 후 10일 이내에 매매대금의 100%를 현금으로 지급한다.
(3) 청구인은 쟁점농지의 양도에 따른 양도소득 과세표준 예정신고시 중개수수료 14,000,000원을 필요경비로 공제하였는 바, 그에 대한 지급증빙서류인 2008.12.17. 작성한 중개인 계약서[‘갑’ 청구인, ‘을’ 권 당(중개인)]의 주요 내용을 살펴보면 다음과 같다. 쟁점토지를 매매하고자 ‘갑’과 ‘을’은 다음과 같은 조건으로 토지매매 중개인 계약을 체결한다.
1. ‘갑’은 ‘을’에게 1400만원의 경비를 선지급하며, 발생하는 모든 제세공과금을 책임진다
2. 평당 50만원 이상의 가격으로 매매가 되면, ‘갑’은 평당 50만원과 선지급한 1400만원을 제외한 나머지 금액을 ‘을’에게 제공한다
3. 평당 50만원 이하로 매매가액이 책정된 경우, ‘갑’은 매매를 거부할 수 있으며, ‘을’은 선지급된 1400만원의 경비를 ‘갑’에게 반환하고, ‘갑’은 ‘을’에게 더 이상 어떠한 민형사상의 책임도 묻지 않는다
4. 평당 50만원 이하로 매매가액이 책정된 경우, ‘갑’이 매매를 결정하면, ‘갑’은 1400만원의 경비를 인정하여 ‘을’은 이를 환불하지 아니한다.
5. 평당 50만원 이상으로 매매가액이 책정되었음에도 불구하고 ‘갑’이 매매를 하지 아니한 경우, ‘갑’은 ‘을’에게 약속한 성공 보수금 즉 1400만원을 제외한 평당 50만원 초과분을 지불한다.
(4) 한강수계 상수원수질개선 및 주민지원 등에 관한 법률제1조에 의하면, 쟁점농지는 상수원의 수질개선 등 공익사업을 위하여 제공되었다고 보여지고, 같은 법 제7조 및 같은 법 시행령 제5조에 의하면, 한강수계 중 상수원보호구역, 수변구역 및 상수원의 수질을 보전하기 위하여 필요한 지역으로서 환경부령이 정하는 지역의 토지 또는 그에 부착된 시설물의 소유자는 국가에게 매수할 것을 신청할 수 있으며, 이에 대하여 국가는 매수여부를 결정할 수 있도록 규정되어 있다.
(5) 청구인은 쟁점농지는 한강수계 상수원수질개선 및 주민지원 등에 관한 법률의 규정에 의하여 공익사업을 위하여 양도(협의매수)되었고, 사업인정고시일이 없는 경우에는 보상계획공고일을 그 날로 간주하는 것이므로 쟁점농지는 계약체결일을 보상계획통지일로 보아 사업인정고시일로부터 소급하여 5년 이전에 취득한 토지에 해당하여 비사업용 토지에서 제외하여야 한다고 주장하고 있다.
(6) 위의 내용을 종합하여 보면, 쟁점농지는 한강수계 상수원수질개선 및 주민지원 등에 관한 법률의 규정에 따라 협의매수에 의하여 양도되기는 하였으나, 통상적인 협의매수의 경우 사업자가 사업목적 실현을 위해 필수적인 부동산에 대하여 그 소유자에게 양도할 것을 협의하는 형식을 갖추고 있다고 할지라도 사업인정고시에 의하여 소유자도 양도 여부에 관하여는 사실상 강제되어 있는 것이 일반적이라고 판단됨에 비하여, 위에서 확인한 사실에 의하면 국가가 쟁점농지를 매수한 것은 사업지구지정 및 보상계획공고 등 특정지역에 대한 강제성 있는 구체적인 사업계획에 의한 것이 아니라, 환경부령이 토지 등의 소유자로부터 매수신청을 받을 지역을 포괄적으로 지정한 결과 청구인의 자율적인 신청에 따라 이루어진 것으로 확인되는 바, 이는 그 실질에 있어 사법상의 매매계약과 전혀 다르지 아니하다고 판단되므로 소득세법 시행령제168조의14 제3항 제3호의 규정에 의하여 쟁점농지를 비사업용 토지에서 제외하기는 어려워 보인다. 또한, 소득세법 시행령제168조의14 제3항 제3호는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 및 그 밖의 법률에 따라 협의매수 또는 수용되는 토지로서 사업인정고시일이 2006.12.31. 이전인 토지는 비사업용 토지에서 배제하도록 규정하고 있는데, 쟁점농지에는 한강수계 상수원수질개선 및 주민지원 등에 관한 법률제13조의 규정에 의한 수질개선사업이 시행되지 아니하였고, 같은 법 제4조의 규정에 의하여 환경부령이 지정한 지역에 소재한 쟁점농지를 청구인이 국가에게 매수청구하여 협의매수 형태로 양도한 이 건은 사업인정고시일의 개념이 존재하지 아니하여 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제3호 의 명문 규정을 충족하지 못한다고 판단되므로 쟁점농지는 비사업용 토지에 해당된다 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점농지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제액을 불공제한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다,
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
붙임과 같음.