건축공사변경계약서는 청구법인이 편의상 작성한 계약서로서 건축주와 체결한 계약서가 아닌 것으로 확인되므로 건축공사변경계약서상의 도급금액을 공사수입금액으로 보아 과세한 처분은 잘못임
건축공사변경계약서는 청구법인이 편의상 작성한 계약서로서 건축주와 체결한 계약서가 아닌 것으로 확인되므로 건축공사변경계약서상의 도급금액을 공사수입금액으로 보아 과세한 처분은 잘못임
○○○세무서장이 2009.12.21. 청구법인에게 한 2005년 제2기 과세기간 부가가치세 11,903,300원 및 2005.1.1.~ 2005.12.31.사업연도 법인세 00000원의 부과처분과 00000을 2005년 귀속 대표자 상여로 소득처분한다는 내용의 소득금액변동통지를 취소한다.
(1) 처분청이 제시한 신고수입금액(000백만원)에 대하여 당시 조사를 담당했던 조사실무자에게 문의한 바, 숫자의 출처에 대해 모르고 있으나, 추정컨대, 청구법인이 신고한 잔여아파트 분양가액 0000백만원에 상가 토지분 분양가액 000백만원의 합계액으로 보이며, 조합이 제출한 계약서상의 매매가액(0000백만원)도 조합이 어디에도 신고한 가액이 아니며, 당초 조사 당시 조사실무자가 수분양자(20세대)를 실제로 방문하여 확인한 분양가액 0000백만원(청구법인이 관할구청에 분양승인신청가액보다 낮은 가액으로서 34평형 5세대 0000백만원, 24평형 15세대 0000백만원)과 수분양자를 직접 만날 수 없는 나머지 29세대의 분양승인신청가액 0000백만원(34평형 19세대 0000백만원, 24평형 10세대 0000백만원)을 합한 금액으로 조사실무자가 임의로 만든 숫자에 불과하다.
(2) 주택법제38조의2에서 공동주택을 공개분양하는 경우 분양예정가액(분양한도액)을 관할구청에 신고하도록 규정하고 있으며, 부동산경기가 좋을 경우는 신고가액대로 분양하는 경우도 있을 수 있으나, 일반적으로 신고가액의 90~95% 정도로 분양하는 경우가 대부분으로, 조합과 청구법인은 2004년 초 쟁점아파트 분양공고를 한 후, 전반적인 부동산 경기의 침체와 쟁점아파트는 골목 안쪽의 1개동의 나홀로 아파트로서, 분양공고기간 동안 1건도 분양을 하지 못해 모델하우스를 철수한 후, 조합과 협의하여 당초 분양예정가액에서 할인하여 약 1년에 걸쳐 분양을 하였다.
(3) 처분청은 조사 시 잔여아파트 48세대를 조합의 협조를 받아 전체가구를 방문하여 당시 동 아파트에 수분양자가 거주하고 있었던 20세대에 대하여는 ○○○에 신고ㆍ승인가액보다 저가로 분양된 사실을 확인하였고, 조사관이 확인한 분양가액은 청구법인이 공사수입금액으로 계상한 금액, 조합에서 발행한 계산서 및 매출장상의 분양가액, 모두 일치하고 있으며, 청구법인은 2007.8.27. 화재로 모든 자료가 소실되어 분양계약서 전체를 지금에 와서 제시할 수 없으나, 처분청 조사 후 청구법인이 당시 분양자 또는 중개인을 수소문하여 분양계약서를 추가로 확보한 14세대의 분양가액 또한 청구법인이 공사수입금액으로 신고한 금액과도 일치한다. 나머지 14가구는 주민등록지와 실제거주지가 일치하지 아니하는 이유 등으로 거주지 파악이 불가능하여 수분양자를 수소문할 수 없어 부득이 분양계약서는 제시하지 못하나, 처분청(20세대)과 청구법인(14세대)이 수분양자들을 상대로 34세대를 직접 조사ㆍ확인한 분양가액과 조합이 신고한 분양가액 등이 모두 일치하는 것으로 보아도 청구법인이 신고한 공사수입금액은 사실대로 신고한 것으로 보아야 한다.
(4) 조합장 이○○도 청구법인에 지급한 공사대금은 청구법인이 신고한 00000천원보다 000천원 적은 00000천원(아파트 및 상가분양대금 00000천원 + 조합원 분담금 00000천원)임을 확인하고 있고, 조합이 청구법인에 지급하는 공사대금은 수분양자가 분양받은 아파트를 양도시 취득가액으로 인정받기 때문에 실제로 분양받은 가액보다 적은 금액으로 세금계산서 또는 계산서를 받을 자가 없다.
○ 법인세법 제4조 【실질과세】
① 자산 또는 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 실질상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 실질상 귀속되는 법인에 대하여 이 법을 적용한다.
② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익 등의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 이를 적용한다.
○ 제14조【각 사업연도의 소득】
① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.
○ 제15조【익금의 범위】
① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.
② (생 략)
③ 제1항의 규정에 의한 수익의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
○ 제66조【결정 및 경정】
① (생 략)
② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.
1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 2.~ 4. (생략)
○ 법인세법 시행령 제11조 【수익의 범위】 법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.
1. 한국표준산업분류에 의한 각 사업에서 생기는 수입금액(도급금액ㆍ판매금액과 보험료액을 포함하되, 기업회계기준에 의한 매출에누리금액 및 매출할인금액을 제외한다. 이하 같다). 단서 생략
○ 주택법 제38조의2 【주택의 분양가격 제한 등】
① 사업주체가 제38조에 따라 일반인에게 공급하는 공동주택은 이 조에서 정하는 기준에 따라 산정되는 분양가격 이하로 공급(이에 따라 공급되는 주택을 "분양가상한제 적용주택"이라 한다. 이하 같다)하여야 한다. 다만 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
○ 주택공급에 관한 규칙(건설교통부령 제382호)제1조【목적】 이 규칙은 주택법 제38조 및 제41조의 규정에 의하여 주택 및 복리시설의 공급조건․방법 및 절차등에 관한 사항을 규정함을 목적으로 한다.
○제8조의2【주상복합건물 등의 공급에 관한 특례】
① 법 제32조 제2항의 규정에 의하여 시ㆍ도지사가 청약경쟁의 과열을 방지하기 위하여 지정한 지역 또는 투기과열지구내에서 건축법 제2조 제1항 의 규정에 의한 건축주가 주상복합건물 중 주택 또는 오피스텔에 대한 입주자를 모집하고자 할 때에는 건축법제8조의 규정에 의한 건축허가를 받은 후 공개모집을 하여야 한다. 이 경우 국가ㆍ지방자치단체ㆍ대한주택공사 또는 지방공사가 아닌 건축주는 입주자모집공고안에 대하여 시장등의 승인을 얻어야 한다.
② 시장등은 제1항의 규정에 의하여 건축주로부터 입주자모집공고안의 승인신청이 있는 경우에는 승인신청일로부터 5일 이내에 승인여부를 결정하여야 한다.
③ ㆍ④ (생략)
⑤ 제1항의 규정에 불구하고 건축주가 그 소속근로자에게 공급하거나 당해 사업부지의 소유자에게 공급하는 주상복합건물 중 주택(1세대 1주택 에 한한다)에 대하여는 그 소속근로자 또는 당해 사업부지의 소유자에게 우선공급할 수 있다.
- 다. 사실관계 및 판단
(1) 처분청이 2008.9.22.부터 2008.11.3.까지 조합에 대한 부가가치세 조사를 실시하고 작성한 부가가치세 조사종결보고서를 보면, 조합은 시공사인 청구법인과 지분제계약으로 재건축사업을 하기로 공동사업계약을 체결하면서 일반분양아파트 49세대의 수입금액과 상가분양 10호의 수입금액 및 조합원분담금을 공사비로 지급하기로 약정하였고, 재건축사업과 관련된 서류는 청구법인이 보관ㆍ관리하였으나 2007년 화재로 소실되어 조합장이 일부 보관하고 있던 서류와 구청에 신고된 자료 및 담당회계사가 제출한 서류로 검토하였으며, 조합이 ○○구청장에게 승인ㆍ신청한 일반분양아파트 49세대의 분양가액 00000천원과 신고한 수입금액 8,590,000천원과는 00000천원의 차이가 나고, 조합이 제출한 일반분양계약서상의 매매금액 00000천원과 신고한 수입금액 00000천원과는 000000천원의 차이가 나므로 쟁점공사변경계약서등상의 도급금액(00000천원)을 청구법인의 쟁점공사관련 공사수입금액으로 결 정하고 청구법인이 신고한 수입금액 00000천원을 차감한 00000천원을 청구법인이 신고ㆍ누락한 것으로 보아 이 건 부가가치세와 법인세를 과세한 것으로 심리자료에 나타난다.
(2) 처분청은 쟁점아파트를 분양받은 자들 중 직접 만나 분양가액을 확인할 수 있는 자 20세대를 상대로 실제로 분양받은 가액을 조사ㆍ확인하고 호수ㆍ성명ㆍ세대별 분양가액(20세대 총 00000천원)ㆍ주민등록번호(세대별 분양가액은 다음 <표>의 ‘처분청 조사확인가액’과 같음)를 기재하고, 분양받은 자를 직접 만날 수 없는 나머지 29세대는 2003.8.6. 조합이 ○○○에게 주택공급에 관한 규칙제8조의2 규정에 따라 일반분양승인신청한 가액 000백만원(34평형 19세대 000백만원, 24평형 10세대 000백만원)을 함께 기재한 쟁점아파트 수입금액 검토내역을 아파트 일반분양 승인신청공문(2003.8.6.)과 함께 과세증빙으로 제시하고 있다.
(3) 청구법인은 처분청이 제시한 신고수입금액(000백만원)과 조합이 제출한 계약서상의 매매가액(000백만원)은 조사자가 임의로 만든 숫치로서 의미가 없으며, 쟁점건축공사변경계약서 등은 시공사인 청구법인이 건축물 준공 시 구청에 보존등기목적으로 편의상 청구법인이 조합의 동의없이 일방적으로 작성하고 조합장의 막도장을 파서 날인하고 허위로 작성한 사실과 다른 형식적인 계약서이고, 공동사업계약서가 실제계약서이며, 청구법인은 당해 공동사업계약서에 근거하여 정당하게 쟁점공사의 수입금액을 신고하였다며 공동사업계약서, 건축공사표준계약서, 합의서, 건축공사변경계약서, 계약변경합의서, 청구법인의 거래처원장(공사수입금액계정), 조합의 매출장, 화재증명원, 일반분양분 아파트 분양수입금액 내역, 쟁점아파트 분양계약서 14매, 조합의 공사비지급확인서, 조합의 사실확인서(2009.1.8. 및 2010년 2월 작성 2매)를 관련증빙으로 제시하고 있어 이에 대하여 본다. (가) 2002.5.13. 시행자인 조합(갑)과 시공사인 청구법인(을)간에 체결한 공동사업계약서 주요내용을 보면, 제24조(공사비의 상환)에서 청구법인이 시공한 건축시설의 공사대금은 조합원 세대별 분담금, 아파트 잔여세대 분양대금 및 상가 분양대금으로 한다고 규정하고 있고, 마지막 페이지에 시행사인 조합, 시공사인 청구법인, 청구법인의 연대보증인으로 ○○시 ○○구 ○○동 187-22소재 ○○운수(주) 대표이사 문○○과 ○○시 ○○구 ○○동 375-16 소재 ○○종합건설(주) 대표이사 김○○, 시행사의 연대보증인으로 ○○시 ○○구 ○○동 174-4 ○○연립 ○○동 ○○호 ○○등 8명이 법인인감 등으로 날인 또는 친필서명한 사실이 나타나고 있다. (나) 2003.6.10. 시행사인 조합과 시공사인 청구법인간에 체결한 건축공사표준계약서 주요내용을 보면, 공사기간은 2003.3.1.(착공)~ 2004.5.1.(준공), 도급금액은 00000천원(공급가액)으로 하되, 도급금액은 가계약금액으로 추후 합의약정서에 근거하여 재체결하기로 하고, 마지막 페이지에 건축주란에 조합의 인적사항(주소, 상호, 조합장 성명)을 수기로 작성하고 조합직인을 날인한 사실이 나타난다. (다) 2003.8.20. 건축주인 조합과 시공사인 청구법인간에 체결한 합의서주요내용을 보면, 준공예정일을 2005.3.30.(종전 2004.5.1.)로 변경하고, 총 공사금액 000000천원(조합원분담금 000000천원 및 아파트ㆍ상가분양 수입금 000000천원)을 시공사인 청구법인에게 건축비로 최우선 지급하고 분양수입금관리는 시공사가 직접하며, 분양즉시 건축주에게 보고하며, 아파트 및 상가 분양가 결정은 건축주의 사전동의를 득하여 매도하며, 매도즉시 건축주에게 보고하기로 합의하고, 마지막 페이지에 건축주란의 조합장 성명 "이○○"를 수기로 기재하고 조합직인을 날인하고, 법무사 이○○가 입회인으로 날인한 사실이 나타난다. (라) 2004.2.10. 건축주인 조합과 시공사인 청구법인간에 체결한 건축공사변경계약서 주요내용을 보면, 공사기간은 2003.2.20.(착공예정일)~ 2005.12.30.(준공예정일), 도급금액은 000백만원으로 하고, 상가부분은 별도특약 내용대로 한다고 규정하고, 별도특약에서 약 000백만원(부가가치세포함)으로 정하고, 마지막 페이지에 건축주란의 인적사항(주소, 상호 및 성명) 및 성명란의 "이○○외 69인"을 워딩으로 작성하고 도장은 조합의 직인이 아닌 ‘이○○’ 라는 개인이름의 막도장이 날인된 사실이 나타난다. (마) 2005.12.10. ○○재건축 신축공사와 관련하여 건축주인 조합과 시공사인 청구법인간에 체결한 계약변경합의서의 주요합의내용을 보면, 준공일을 2005.6.30.에서 2006.6.30.로 변경하고, 공사비 00000천원(상가 0000천원, 아파트 0000천원)을 추가 지급하기로 하는 합의하고 상기 건축공사변경계약서와 같이 마지막 페이지에 건축주란의 인적사항(주소, 상호 및 성명) 및 성명란의 "이○○외 68인"을 워딩으로 작성하고 도장은 조합의 직인이 아닌 ‘이○○’ 라는 개인이름의 막도장이 날인된 사실이 나타난다. (바) 청구법인의 거래처원장 중 공사수입금액계정을 보면, 조합에 대한 공사대금(일반분양아파트 분양대금, 상가분양금 및 조합원분담금)으로 2004.1.1.~ 2004.12.31. 사업연도 00000원, 2005.1.1.~ 2005.12.31. 사업연도 00000원, 2006.1.1.~ 2006.12.31. 00000 원, 총 00000원으로 나타나고, 조합의 매출장(쟁점아파트 및 상가분양대금)상의 매출액을 보면, 2005.1.1.~ 2005.12.31. 사업연도 00000 원, 2006.1.1. ~ 2006.12.31. 사업연도 00000원, 총 00000원으로 나타난다. (사) 청구법인이 일반분양한 잔여아파트 48세대의 세대별 신고수입금액, 48세대 중 14세대에 대해 청구법인이 수분양자들을 직접 만나 확인한 분양가액(분양계약서도 첨부), 처분청 조사확인가액 등을 요약ㆍ정리한 내용은 다음 <표> ‘일반분양분 아파트 분양수입금액 내역’과 같다. * 일치여부: 처분청조사확인가액(20세대)과 청구법인 신고가액과의 차이여부
- 주) 처분청이 205호를 송○○에게 00000천원에 분양한 것으로 조사․확인하였으나, 205호는 청구법인이 홍○○에게 220,000천원에 분양한 것이라고 주장하고 있음(즉, 청구법인은 홍○○에게 0000천원에 분양하였으나, 홍○○이 다시 송○○에게 0000천원에 전매한 것이라고 주장하고 있다) (아) 조합의 2006.6.5. 작성 공사비지급확인서(건축주인 조합과 시공사인 청구법인간에 공사비정산을 하면서 청구법인에게 작성해 준 확인서라고 주장하고 있음)에서, 쟁점공사의 공사비로 총 0000백만원(조합원분담금 0000백만원, 아파트ㆍ상가분양대금 0000백만원)을 지급하였다고 확인하고 있고, 2009.1.8. 작성 조합의 사실확인서에서는 쟁점공사와 관련하여 2002.5.13. 체결한 공동사업계약서가 정식으로 체결한 실제계약서이며, 기타계약서(공사착공신고용, 분양승인용, 보전등기용)는 시공사인 청구법인이 ○○○에 제출하기 위하여 편의상 임의로 작성한 것이며, 미분양아파트와 지하상가 분양은 당초 관할구청에 분양승인시 승인된 분양가격엔 경기불황으로 분양이 불가하여 시공사인 청구법인과 합의하여 분양가를 할인하여 아파트는 약20%정도, 상가는 40% 이상을 대폭할인하여 분양한 사실을 확인하고 있고, 2010년 2월 작성 조합의 사실확인서에서는 2004.2.10.자 건축공사변경계약서는 시공사인 청구법인이 필요하여 편의상 작성한 계약서로서 건축주와 체결한 계약서가 아니라고 확인하고 있다.
(4) 위의 사실관계를 종합하여 살펴보면, 처분청은 쟁점건축공사변경계약서등에 의하여 쟁점공사의 수입금액을 00000천원으로 결정한 사유로서, 청구법인이 관할구청에 신고한 아파트분양가액(000백만원)과 법인세신고시 신고한 수입금액(000백만원)과의 차이가 000백만원이 발생하고, 조합이 제출한 계약서상의 매매가액(000백만원)과 신고수입금액(000백만원)과의 차이가 000백만원이 발생한다는 이유를 들고 있으나, 청구주장에서와 같이 청구법인이 신고한 수입금액(000백만원)과 조합이 제출한 계약서상의 매매가액(000백만원)에 대해 처분청이 수치의 출처 또는 산출근거를 제시하지 못하고 있고, 청구법인이 관할구청에 신고한 아파트분양가액(000백만원)도 일반적으로 일반분양분에 대하여 최고로 받을 수 있는 분양상한가액으로서 실지분양가액과는 차이가 있을 수 있어 이러한 사유만으로는 공동사업계약서를 쟁점공사의 실제도급계약서로 볼 수 없는 합리적인 사유로 보기에는 논리상 부족해 보이는 점, 공동사업계약서에 시행사인 조합, 시공사인 청구법인, 청구법인의 연대보증인, 시행사의 연대보증인들이 친필서명 또는 법인인감 등으로 날인한 사실, 2003.6.10. 체결한 건축공사표준계약서의 건축주란에 조합의 인적사항을 수기로 작성하고 조합직인을 날인한 사실, 2003.8.20. 체결한 합의서에도 건축주란의 조합장 성명 "이○○"를 수기로 작성하고 조합직인을 날인한 사실로 보아 서류의 진실성이 어느 정도 나타나고 있으나, 2004.2.10. 체결한 건축공사변경계약서 건축주란의 인적사항 및 성명란의 "이○○외 69인"을 수기가 아닌 워딩으로 작성하고 도장은 조합장의 직인 또는 법인인감이 아닌 ‘이○○’ 라는 개인이름의 막도장이 날인되어 있고, 2005.12.10. 작성한 계약변경합의서 건축주란의 인적사항 및 성명란의 "이○○외 68인"을 수기가 아닌 워딩으로 작성하고 도장은 조합장의 직인 또는 법인인감이 아닌 ‘이○○’ 라는 개인이름의 막도장이 날인되어 있어, 성명란에 "이○○외 69인", "이○○외 68인" 각 다르게 기재된 점, 법인인감 또는 조합장직인이 아닌 조합장 개인이름의 막도장이 날인된 점, 인적사항을 수기로 작성하지 않고 워딩으로 작성된 점 등으로 미루어 보아 쟁점건축공사변경계약서 등은 조합의 동의없이 청구법인 단독으로 작성했다는 청구법인의 주장이 신빙성이 있어 보이는 점, 조합의 매출장상 쟁점공사와 아파트 및 상가분양대금이 00000 원으로 나타나고 있는 점, 청구법인도 아파트 및 상가분양대금(공사수입금액)으로 00000천원으로 계상하고 있는 점(조합원분담금 00000천원을 합치면 00000천원), 2003.8.20. 작성한 ‘합의서’상의 아파트 및 상가분양대금을 00000천원으로 하고 있는 점, 조합도 공사비지급확인서(2006.6.5. 작성)에서 쟁점공사의 공사비로 총 00000백만원(조합원분담금 0000백만, 아파트ㆍ상가분양대금 0000백만원)을 지급하였다고 확인하고 있는 점, 조합의 2009.1.8.자 사실확인서에서 쟁점공사와 관련하여 2002.5.13. 체결한 공동사업계약서가 정식으로 체결한 실제계약서이며, 기타계약서(공사착공신고용, 분양승인용, 보전등기용)는 시공사인 청구법인이 ○○구청에 제출하기 위하여 편의상 임의로 작성한 것이며, 미분양아파트와 지하상가 분양은 당초 관할구청에 분양승인시 승인된 분양가격엔 경기불황으로 분양이 불가하여 시공사인 청구법인과 합의하여 분양가를 할인하여 아파트는 약 20%정도, 상가는 40% 이상을 대폭할인하여 분양한 사실을 확인하고 있는 점, 조합의 2010년 2월자 사실확인서에서도 2004.2.10.자 건축공사변경계약서는 시공사인 청구법인이 필요하여 편의상 작성한 계약서로서 건축주와 체결한 계약서가 아니라고 확인하고 있는 점, 처분청(20세대)과 청구법인(14세대)이 수분양자들을 상대로 실제로 분양받은 가액을 직접 조사한 바, 청구법인이 세대별로 공사수입금액으로 신고했다는 금액과 일치하는 점 등을 종합하여 보면, 2002.5.13.에 체결한 공동사업약정서가 시행사인 조합과 시공사인 청구법인간에 체결한 쟁점공사관련 실제도급계약서인 것으로 보이며, 청구법인이 신고한 공사수입금액이 당해 공동사업약정서에 근거한 실제공사수입금액으로 보이는 바, 처분청이 쟁점건축공사변경계약서 등에 근거한 공사도급금액 0000천원을 청구법인이 신고하여야 할 쟁점공사관련 수입금액으로 보고 청구법인이 신고한 쟁점공사관련 수입금액 00000천원과의 차액 0000천원을 신고누락한 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.