연구 및 인력개발비에 대한 세액공제

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 미디어시스템단말기의 도·소매업을 영위하는 업체로 2005.11.22. ○○○에 기업부설연구소(이하 “연구소”라 한다) 신고서를 제출하여 2005.12.15. 연구소 인정을 받았고, 2007.3.16. 연구소 인정이 취소된 후 2007.11.18. 기업전담부서에 대한 인정을 받았는 바, 연구소 인정을 받기 전에 지출한 연구소 전담직원에 대한 인건비 9,192만원과 2007.3.16. 연구소 인정이 취소된 이후부터 2007.11.18. 재인정을 받을 때까지 지출한 인건비 1억 478만원(2005사업연도에 발생한 인건비를 포함하여 이하 “쟁점인건비”이라 한다)을 해당 사업연도 법인세 신고시조세특례제한법제10조에 의한 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 신청하였다.
• 나. 처분청은 청구법인에 대한 감면법인 사후관리시 연구소 인정을 받기 전이거나 인정이 취소된 후에 발생한 쟁점인건비를 연구 및 연구개발비에 대한 세액공제대상이 아닌 것으로 보아 2009.12.1. 청구법인에게 법인세 37,929,640원(2005사업연도 19,335,530원, 2007사업연도 18,594,110원)을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.2.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 국세기본법제14조에서 규정한 실질과세의 원칙은 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용하는 것인 바, 청구법인은 2005년 연구소를 설립하여 계속하여 연구개발을 위하여 실질적으로 비용을 지출하였으므로 ○○○에게 연구소 인정을 받지 못하였다고 하더라도 세액공제를 배제하는 것은 부당하다. 2005사업연도의 경우 연구 및 인력개발비 지출명세서를 첨부하여 세액공제신청을 한다고 규정되어 있을 뿐 신고의무를 규정한 것이 아니고, 기업 내의 연구개발전담부서로 인정받기 위해서는 반드시 신고까지 마쳐야 하는 것은 아니라고 보이므로 연구소 인정을 받기 전에 지출한 인건비는 세액공제대상이다. 또한, 2007사업연도의 경우 지속적으로 연구개발 업무를 수행하던 중 사무실 변경에 따른 담당자의 업무미숙으로 인하여 연구소 인정신고가 늦어져 형식적인 신고일자의 차이만 있을 뿐 실질적으로 연구소 승인을 취소한 후 재인정시까지 연구개발 업무를 지속적으로 수행하였으므로 세액공제대상으로 보아야 한다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 시행령제9조 제2항에서 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제대상으로 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용으로 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 시행규칙 제8조에 따라 ○○○에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서로 규정하고 있는 바, 청구법인은 연구개발전담부서에 대하여 ○○○에 2005.11.22. 신고하여 2005.12.15. 연구소 인정을 받았으며, 2007.3.16. 연구시설 등에 대한 세부기준을 충족하지 못하여 인정이 취소된 이후 2007.11.12. 다시 신고하여 인정을 받은 것으로 확인되므로 인정을 받기 전에 발생한 비용과 인정이 취소된 후 발생한 쟁점인건비는 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제대상에 해당하지 아니한다.

• 가. 쟁점 청구법인이 과학기술부장관에게 연구개발전담부서로 적법하게 신고하기 전이나 인정이 취소된 경우, 동 전담부서에서 발생한 비용을 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제대상에서 제외하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 국세기본법 제14조 【실질과세】

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

○ 조세특례제한법 제10조 (2003.12.30. 법률 제7003호로 개정된 것)【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인(제136조 제1항의 규정에 의한 소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2006년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구 및 인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다. 다만, 중소기업이 아닌 자에 대하여는 제1호의 규정만 적용한다.

2. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

○ 조세특례제한법 제10조 (2006.12.30. 법률 제8146호로 개정된 것)【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 중소기업: 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액

○ 조세특례제한법 시행령(2003.12.30. 대통령령 제18176호로 개정된 것) 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】

② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다.

○ 조세특례제한법 시행규칙(2008.4.29. 기획재정부령 제16호로 개정되기 전의 것) 제7조【연구 및 인력개발비의 범위】

① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 기술개발촉진법 시행규칙제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다.

○ 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 【기업부설연구소의 신고 등】

① 영 제15조 제1항 제3호에서 “과학기술부령이 정하는 과학기술분야연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업”이라 함은 법 제7조 제1항 제1호ㆍ제5호 및 제7호의 규정에 의한 연구기관에 소속된 연구원이 퇴직한 후 3년 이내에 창업한 연구개발형 중소기업을 말한다.

② 영 제15조 제1항에 따라 기업부설연구소로 인정을 받으려는 자는 별지 제7호서식에 따른 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 협회장에게 제출(정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. (각호 생략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 연구소 신고서 및 ○○○이 발급한 연구개발전담부서인정서, 연구소 인터넷 검색자료를 보면, 2005.11.22. 연구소 인정신고를 하고 2005.12.15. ○○○으로부터 인정(번호: ○○○)을 받은 사실 및 2007.3.16. 연구소 인정이 취소된 후 2007.12.18. 연구전담부서 재인정을 받은 사실이 나타난다.

(2) 청구법인의 법인세 신고서를 보면, 2005사업연도, 2007사업연도 및 2008사업연도에는 당해 연도의 지출금액의 15%를, 2006사업연도에는 당해 연도의 지출금액이 직전 4년간 평균지출액을 초과하는 금액의 50%를 기준으로 공제대상세액을 계상하여 아래 <표>와 같이 연구 및 인력개발비 세액공제를 신청한 사실이 나타난다. (단위: 백만원) 사업연도 공제대상세액 당기공제 이월액 소계 전기이월 당기발생 2005 16 0 16 16 0 2006 39 0 39 39 0 2007 27 0 27 27 0 2008 18 0 18 3 15 계 100 0 100 85 15

(3) 위 사실관계 등을 종합하여 보면, 조세특례제한법 시행령제9조 제2항에 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제대상은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용으로 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제7조에 동 시행령 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 기술개발촉진법 시행규칙제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 시행규칙 제8조에 따라 ○○○에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서로 규정하고 있는 바, 이 건의 경우, 청구법인은 2005.11.22. ○○○에 연구소를 신고하여 2005.12.15. 인정받았고, 연구소가 2007.3.16. 연구시설 등에 대한 세부기준을 충족하지 못하여 취소되어 2007.11.18. 연구개발전담부서로 인정받은 것으로 확인되므로 연구소 인정을 받기 전이거나 인정이 취소된 후부터 연구개발전담부서로 인정받은 때까지 발생한 비용은 당해 세액공제를 적용받을 수 없다고 하겠다. 따라서, 쟁점인건비를조세특레제한법제10조에 의한 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제대상에서 제외하여 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.