수정세금계산서 교부사유 및 교부절차

○○○세무서장이 2010.3.4. 청구법인에게 한 2009년 제1기 부가가치세 56,269,560원의 부과처분은 매입처별세금계산서합계표불성실가산세(4,371,130원)를 적용하지 아니하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

• 가. 청구법인은 중소기업협동조합법에 의하여 설립된 중소기업협동조합으로서 2009년 제1기 과세기간 중 주식회사 ○○○이 계약을 이행할 수 없게 되어 계약이 해제되었으나, 당초 매입세액 공제분에 대하여 수정신고를 하지 아니하였다.
• 나. 처분청은 쟁점세금계산서에 대하여 사실과 다른 세금계산서로 보아 그 매입세액을 불공제하고 신고·납부·세금계산서합계표불성실가산세를 가산하여 2010.3.4. 청구법인에게 2009년 제1기 부가가치세 56,269,560원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.3.9. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구법인은 ○○○에 의거 공공기관과 물품 등을 단체수의계약을 체결하고 이를 중소기업인 조합원들에게 배정하여 계약이 완료되면, 조합원들로부터 세금계산서를 취합하여 세무서에 신고하는 역할을 하고 있는 바, 이와 같은 단체수의계약에 의한 세금계산서는 조합원 회사와 청구법인이 매입과 매출을 같은 금액으로 동시에 발행하게 되어 청구법인은 이로 인한 이익이나 부가가치세 납부세액이 전혀 없고, 조합원과 공공기관의 중간에서 세금계산서만 취합하여 부가가치세 신고만 해주고 있으며, 쟁점세금계산서도 이런 종류의 세금계산서이다. 2009년 2월 청구법인의 상위 조합인 ○○○이 쟁점세금계산서에 대한 부가가치세 매출세액을 관할세무서에 신고한 사실도 확인하였다. 그러나, 2009년 10월경 ○○○에 재배정하여 납품완료하였으나, 청구법인은 거래취소된 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제되고 수정세금계산서를 교부받지 아니하였음에도 매입처별세금계산서합계표제출불성실가산세까지 부과되어 큰 손실을 보았다.

○○○은 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 반면, 이와 같은 제재는 납세자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 이를 과할 수 없다고 판시하고 있고, 계약해제의 사유가 발생하였을 경우 부가가치세법 시행령 제59조 제2호 에서 수정세금계산서를 수취하였을 경우만 언급이 되어 있을 뿐 수정세금계산서를 교부받지 아니하였을 경우(이 건의 경우 ○○○의 폐업으로 수정세금계산서를 교부받을 수 없는 상황이었으며 전단계세액공제법을 택하고 있는부가가치세법의 기본원리상 교부받은 세금계산서 없이 세법에서 정한 신고의무를 이행하는 것은 매입자발행세금계산서와 같은 특례사항 없이는 불가능한 것으로 해석될 수 있음)에도 그 사유가 발생한 즉시 수정신고를 하여야 한다는 것은 세법 어디에도 언급이 되어 있지 않다. 따라서, 쟁점세금계산서의 발행자인 ○○○의 수정세금계산서 발행없이 청구법인과 같은 영세한 조합법인이 수정신고를 하니 아니한 경우는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 정당한 사유에 해당된다고 사료되므로 이 건 가산세를 부과한 처분은 부당하며, 설령 가산세 부과가 정당하다고 하더라도 납부불성실가산세의 경우 청구법인이 고의로 매입세액공제를 받은 것이 아니므로 그 기산일을 그 사유발생일이 속하는 2009년 제2기 부가가치세 확정신고일의 다음날인 2010.1.26.부터 기산하여야 한다.

• 나. 처분청 의견 청구법인은 상위 조합인 연합회로부터 ○○○을 새로운 납품업체로 배정하여 2009.12.10. 공급대가 480,824,400원의 세금계산서를 수취하였고, 2009년 제2기 부가가치세 확정신고시 동 세금계산서의 매입세액을 공제한 사실이 있다. 따라서, 청구법인은 동일한 납품의뢰건에 대하여 매입세액을 중복하여 공제받은 것이므로 당초 수취한 쟁점세금계산서에 대하여는 비록 ○○○으로부터 수정세금계산서를 교부받지 못하였다고 허더라도 수정신고의 방법으로 매입세액을 납부세액에 가산하여 자진납부하여야 함에도 이 건 경정일까지 이행하지 아니하였으므로 그 매입세액을 불공제하여 과세한 처분은 정당하며, 또한 가산세 부과와 관련하여, 청구법인의 경우는 쟁점세금계산서와 관련하여 계약의 해제에 따라 계약자 변경 및 전문건설공제조합으로부터 선급금 회수조치 등도 모두 마친 상태이므로 그 의무이행을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 보기 어려우므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 단체수의계약에 따라 조합원으로부터 교부받은 쟁점세금계산서에 대한 매입세액을 공제받은 후 그 조합원의 부도로 계약해제되었으나, 수정신고하지 아니하여 신고·납부·세금계산서합계표불성실가산세를 가산하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 국세기본법 제45조 【수정신고】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자(소득세법제73조 제1항 제1호부터 제8호까지에 해당하는 자를 포함한다)는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액을 초과하는 때

3. 제1호 및 제2호외에 원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락，세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령이 정하는 사유로 인하여 불완전한 신고를 한 때(제45조의 2의 규정에 의하여 경정 등의 청구를 할 수 있는 경우를 제외한다)

○ 국세기본법 제47조 의 4【초과환급신고가산세】

① 납세자가 법정신고기한 내에 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 세법에 따라 신고납부하여야 할 세액을 납세자가 환급받을 세액으로 신고하거나 납세자가 신고한 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 경우에는 그 환급신고한 세액 또는 그 초과환급신고한 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 이 경우 납세자가 환급신고를 하였으나 납부하여야 할 세액이 있는 경우에는 납부하여야 할 세액을 과소신고한 것으로 보아 제47조의 3의 규정을 적용한다. 다만, 부가가치세법 제17조의2 제3항 단서에 따라 관할 세무서장이 경정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

○ 국세기본법 제47조의5 【납부ㆍ환급불성실가산세】

② 납세자가 환급받은 세액이 세법에 따라 환급받아야 할 세액을 초과하는 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 초과하여 환급받은 세액 × 환급받은 날의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령이 정하는 이자율

○ 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법 제20조 【세금계산서합계표의 제출】

① 사업자는 제16조 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따라 세금계산서를 교부하였거나 교부받은 때에는 다음 각 호의 사항을 기재한 매출처별세금계산서합계표와 매입처별세금계산서합계표(이하 “매출ㆍ매입처별세금계산서합계표”라 한다)를 해당 예정신고 또는 확정신고(제18조 제2항 본문이 적용되는 경우에는 해당 과세기간의 확정신고)와 함께 제출하여야 한다.(단서생략)

○ 부가가치세법 제22조 【가산세】

② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제16조에 따라 교부한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 기재되지 아니하거나 사실과 다른 경우

⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 매입처별세금계산서합계표에 의하지 아니하고 세금계산서에 의하여 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항중 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매입처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 제17조 제2항 제1호의2 단서의 규정에 의하여 매입세액을 공제받는 경우로서 대통령령이 정하는 경우

2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우. 다만, 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.

○ 부가가치세법 시행령 제59조 【수정세금계산서 교부사유 및 교부절차】 법 제16조 제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 교부할 수 있다.

1. 당초 공급한 재화가 환입된 경우: 재화가 환입된 날을 작성일자로 기재하고 비고란에 당초 세금계산서 작성일자를 부기한 후 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 교부한다.

2. 계약의 해제로 인하여 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우: 계약이 해제된 때에 그 작성일자는 당초 세금계산서 작성일자를 기재하고 비고란에 계약해제일을 부기한 후 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 교부한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세자료 등에 의한 사실관계를 보면, 다음과 같다. (가) 2006.12.27. 연합회가 ○○○으로부터 세금계산서를 교부받고 2009년 제2기 부가가치세 확정신고시 동 세금계산서의 매입세액을 공제받고서 실제 거래가 이루어지지 아니한 쟁점세금계산서에 대한 수정신고는 하지 아니하였다. (나) 2010년 2월 처분청은 청구법인에 대한 부가가치세 환급현지확인결과, 쟁점세금계산서는 관련 계약이 해제되었으므로 이에 대한 부의 수정세금계산서를 수취하여 수정신고를 하여야 하나 현지확인일 현재까지 청구법인이 수정신고하지 아니함에 따라 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제하고, 신고불성실가산세(4,371,130원), 납부불성실가산세(3,815,990원) 및 매입처별세금계산서합계표불성실가산세(4,371,130원)을 가산하여 이 건 과세하였다.

(2) 청구법인은 ○○○이 수정세금계산서를 발행하지 아니함에 따라 수정신고를 할 수 없었던 것이므로 수정신고하지 못한 데 정당한 사유가 있었으므로 신고·납부 및 매입처별세금계산서합계표불성실가산세를 부과한 처분은 부당하다는 주장이므로 이에 대하여 본다. (가) 먼저, 신고불성실가산세와 관련하여 보면, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세 등의 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재이고, 그와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 알 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다할 것이나○○○, 이 건의 경우 청구법인이 쟁점계약과 관련하여 매입세액을 중복으로 공제받은 사실, 쟁점계약이 해제되어 청구법인이 단체수의계약 배정 조합원을 변경·통보한 사실, 전문건설공제조합으로부터 선급금 보증서에 대한 보험금을 청구하여 지급받은 사실이 확인되는 점 등을 볼 때, 청구법인이 수정신고의무를 게을리한 데 대한 정당한 사유가 있었다고 보기 어려우므로 이 건 과소·초과환급신고불성실가산세를 적용한 처분은 잘못이 없다고 판단된다. (나) 다음으로, 납부불성실가산세와 관련하여 보면, 청구법인은 고의로 쟁점세금계산서의 매입세액을 공제받고 수정신고하지 아니한 것이 아니므로 그 기산일을 그 사유발생일이 속하는 2009년 제2기 부가가치세 확정신고일의 다음날인 2010.1.26.부터 기산하여야 한다는 주장이나, 납부불성실가산세는 납부의무의 성실한 이행을 확보하기 위한 본래 의미의 가산세 성질뿐만 아니라 납부기한 내에 납부한 자와의 형평을 고려한 지연이자의 성질도 있다 할 것이고,국세기본법제47조의5 제2항에 의하면, 납부·환급불성실가산세의 계산을 위한 경과일수는 환급받은 날의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간에 대하여 적용하는 것으로 규정하고 있으므로 위와 같은 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다. (다) 매입처별세금계산서합계표불성실가산세와 관련하여 보면, 부가가치세법제20조 제1항에서 사업자는 제16조 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따라 세금계산서를 교부하였거나 교부받은 때에는 다음 각 호의 사항을 기재한 매출처별세금계산서합계표와 매입처별세금계산서합계표를 해당 예정신고 또는 확정신고와 함께 제출하여야 한다고 규정하고 있는 바, 청구법인은 쟁점세금계산서와 관련하여 당초 신고시 매입처별세금계산서합계표를 정상적으로 제출하였고, 쟁점계약이 해제됨에 따른 부(-)의 수정세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표는 제출하지 아니하였으나, 위의 규정에 의하면, 교부받지 못한 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표는 제출할 수 없고, 이 건의 경우 수정세금계산서의 교부의무는 공급자인○○○에게 있음에도 공급받는 자인 청구법인에게 교부받지 아니한 수정세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표 제출의 해태에 따른 책임을 지우는 것은 불합리하다 할 것이므로 이 건 매입처별세금계산서합계표기재불성실가산세를 적용한 처분은 잘못이라고 판단된다○○○

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.