부동산임대사업장의 포괄적 사업 양도ㆍ양수에 해당하는지 여부

00세무서장이 2009.10.28. 청구법인에게 한 2009년 제1기 부가가치세 50,102,410원의 환급처분은 청구법인이 2009년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 주식회사 00코리아일렉트론으로부터 수취한 공급가액 759,450,000원 상당의 고정자산 매입분 세금계산서를 정당한 세금계산서로 보아 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 2005.12.15. 개업하여 전자부품 제조업을 영위하고 있는 사업자인 바, 2009. 5. 8. 주식회사 00코리아일렉트론(이하 “양도법인”이라 한다)으로부터 서울특별시 금천구 00동 371-28 000000밸리 B-707호(이하 “쟁점사업장”이라 한다)를 양수하고 매입세금계산서 1매(건물분 공급가액 759,450,000원)를 수취하여 2009년 제1기 부가가치세 신고시 쟁점사업장에 대한 매입세액 75,945,000원을 포함한 매입세액 합계 133,641,000원의 환급신청을 하였다.
• 나. 처분청은 2009.8.17.~2009. 8.21. 기간 동안 청구법인에 대하여 부가가치세 현지확인조사를 실시한 결과, 쟁점사업장의 양수가 사업(부동산 임대업)의 포괄양수에 해당하여 부가가치세 매입세액 환급대상이 아닌 것으로 보아 해당 매입세액의 환급을 부인하여 2009.10.28. 청구법인에게 2009년 제1기 부가가치세 50,102,410원을 환급하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010. 1.25. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 양도법인의 사업(부동산 임대업)을 인수할 목적이 아니라 종전 사업장(서울특별시 금천구 00동 429-1 00뉴티캐슬 912호, 이하 “종전사업장”이라 한다)이 협소한 까닭에 사업장을 이전할 목적으로 쟁점사업장을 매입한 것이고, 실제 쟁점사업장을 매입한 이후 쟁점사업장의 임차인이 주식회사 000게임저(이하 “임차법인”이라 한다)를 잔여 임차기간이 남았음에도 불구하고 청구법인과의 사전 협의하여 2009년 8월 퇴거시킨 후 인테리어공사 등을 마치고 청구법인의 사업장을 쟁점사업장으로 이전하고 이를 사업용 유형자산으로 분류하여 회계처리하였으며, 쟁점사업장과 관련하여 임차법인에 대한 임대보증금 외에 어떠한 자산 등을 양도법인으로부터 승계받은 사실이 없어 사업의 포괄양수에 해당한다고 볼 수 없으므로 해당 부가가치세 매입세액의 환급을 거부한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 사업의 포괄양수 여부는 사업장별로 모든 권리의무의 승계를 말하는 것으로 양도 당시를 기준으로 판단하여야 하는 바, 청구법인이 2009. 5.12. 쟁점사업장을 사업장으로, 부동산 임대업을 업태 ․ 종목으로 하여 지점법인을 설립 및 사업자등록을 한 점, 청구법인과 양도법인이 작성한 매매계약서를 보면, 특약사항에 “현 임차상태에서의 계약이며, 매수인은 현 임차계약 상태를 승계하기로 함”이라고 명시하고 있는 점 및 청구법인은 사업의 포괄양수가 아니라 기존사업장의 확장이라고 주장하면서 임차법인의 퇴거확약서 등을 증빙자료로 제출하고 있으나 동 퇴거확약서를 작성한 날이 처분청이 환급현지확인조사를 개시한 날(2009. 8.17.) 이후인 2009. 8.18.인 점, 등을 볼 때, 청구주장은 신빙성이 없어 보이므로 쟁점사업장의 양수가 사업의 포괄양수에 해당한다고 보아 해당 매입세액의 환급을 거부한 처분은 정당하다,

• 가. 쟁 점 사업의 포괄양수에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법 (2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제6조【재화의 공급】】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

⑥ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령이 정하는 것 제17조【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액 제24조【환급】

① 사업장 관할세무서장은 각 과세기간별로 당해 과세기간에 대한 환급세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업자에게 환급하여야 한다.

② 사업장 관할세무서장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 의하여 환급세액을 사업자에게 환급할 수 있다.

1. 제11조의 규정이 적용되는 때

2. 사업설비를 신설ㆍ취득ㆍ확장 또는 증축하는 때 (2) 부가가치세법 시행령 (2010. 2.18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것) 제17조【담보제공ㆍ사업양도 및 조세의 물납】② 법 제6조제6항제2호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 사업장별(상법에 의하여 분할 또는 분할합병하는 경우에는 동일한 사업장안에서 사업부문별로 양도하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(법인세법 제46조제1항 의 요건을 갖춘 분할의 경우와 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 해당 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.

3. 당해 사업과 직접 관련이 없는 토지ㆍ건물 등에 관한 것으로서 기획재정부령이 정하는 것

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분처의 부가가치세 현지확인 복명서, 청구법인과 양도법인이 작성한 2009. 4.17.자 부동산매매계약서, 양도법인과 임차법인이 작성한 2008.12.18.자 임대차계약서 및 쟁점사업장 관리사무소장 명의의 2009.11.23.자 전출자료 확인요청에 대한 회신을 포함한 기타 심리자료를 보면, 아래 사실들이 각각 확인된다. (가) 청구법인은 2005.1.15. 개업하여 종전사업장(서울특별시 금천구 00동 421-1 00뉴티캐슬 912호 아파트형 공장)에서 자동차 비디오 인터페이스 장치를 제조ㆍ공급하였다. (나) 청구법인은 2009. 4.17. 쟁점사업장(서울특별시 금천구 00동 371-28 000000밸리 B-707호 아파트형 공장)에서 부동산 임대업을 영위하고 있던 양도법인으로부터 매매계약 당시 임차 계약상태(임차보증금 58,000,000원, 월 차임 5,800,000원)를 승계하는 조건으로 매매대금 975,650,000원(건물분 부가가치세 별도)에 쟁점사업장을 양수하기로 부동산매매계약을 체결하였다. (다) 청구법인은 쟁점사업장의 임차보증금 58,000,000원을 승계하고, 2009. 4.17. 계약금 90,000,000원을, 2009. 5. 8. 건물분 부가가치세(75,945,000원)를 포함한 나머지 매매잔금 903,595,000원을 각각 계좌이체 등의 방법으로 양도법인에게 지급하였다. (라) 임차법인은 2008.12.18. 임차기간은 2009. 1. 5.부터 2012. 1. 4.까지, 임차보증금은 58,000,000원, 월 차임은 5,800,000원으로 각각 정하여 임대차계약을 체결하고 양도법인으로부터 쟁점사업장을 임차하고 있었는데, 청구법인은 2009. 5.12. 쟁점사업장을 사업장으로, 부동산 임대업을 업태 및 종목으로 하여 지점법인을 설립하였다. (마) 임차법인은 2009. 8.20. 쟁점사업장에서 퇴거하였고, 청구법인의 지점법인은 부가가치세 신고시 임차법인에 대한 2009년 5월~2009년 8월분 임대수입을 신고하였으며, 2009.10. 1. 쟁점사업장에서 종전사업장으로 사업장을 이전하였다. (바) 양도법인은 쟁점사업장 양도에 대하여 2009년 제1기 부가가치세 확정신고시 관련 부가가치세를 무신고하였다가 2009. 9.12. 이를 수정신고하였으나 납부할 세액 88,589,000원을 무납부하였다.

(2) 청구법인이 제출한 임차법인의 대표이사 정00의 2010.1.12.자 사실확인서를 보면, 2009년 4월 초순경 청구법인의 대표이사가 사무실을 방문하여 청구법인의 종전 사업장이 협소한 관계로 임차법인이 2009년 8월까지 비워줄 수 있으면 쟁점사업장을 매입하겠다고 제의한 바, 이에 임차법인은 쟁점사업장의 월세를 감당하기 어려워 좀 더 규모가 작은 곳으로 사업장을 이전하기 위하여 양도법인과의 임대차계약과 상관없이 2009년 8월까지 퇴거하기로 약속하였다고 기재되어 있다.

(3) 청구법인은 실내 인테리어공사 등을 마친 후 2009. 9.26.부터 종전사업장에서 쟁점사업장으로 사업장을 이전하여 종전사업장과 동일하게 자동차 비디오 인터페이스 장치를 제조 ․ 공급하고 있다고 주장하면서, 쟁점사업장 관리사무소장 명의의 2010. 1.18.자 입주일자 확인요청에 대한 회신(입주일자: 2009. 9.26.), 청구법인과 00건설 주식회사가 작성한 2009. 9. 7.자 공사도급계약서(공사대금: 90,860,000원, 공사기간: 2009. 9. 9.~2009. 9.24.) 및 현장사진 등을 주장내용을 입증할 만한 증빙자료로 제출하고 있다.

(4) 위의 사실관계를 종합하여 보면, 청구법인이 쟁점사업장을 양수하는 과정에서 양도법인에게 해당 부가가치세 매입세액을 지급한 점, 기존 임차인인 임차법인이 잔여 임차기간(2009. 1. 5.~2012. 1. 4.)이 상당기간 남아 있었음에도 불구하고 2009. 8.20. 쟁점사업장에서 퇴거한 점, 그 후 청구법인이 상당한 금액을 들여 인테리어 공사를 마치고 쟁점사업장에 입주하여 종전사업장과 동일하게 전자부품 제조업을 영위한 점 등을 볼 때, 청구법인은 사업장을 이전할 목적으로 쟁점사업장을 양수한 것으로 보이므로 부가가치세법제6조 제6항 소정의 ‘사업의 포괄양수’에 해당한다고 보기는 어렵다 하겠다. 따라서 청구법인이 이 건 쟁점사업장 양수를 사업의 포괄양수에 해당한다고 보아 해당 부가가치세 매입세액의 환급할 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 ⌜국세기본법⌟ 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.