비영리법인이 이자소득에 대하여 과세표준 신고를 하지 아니하였다가 기한 후 신고를 하면서 과세표준에 포함시킬 수 있는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 비영리법인으로 2008사업연도 법인세 과세표준 신고를 하지 아니하였다가 2009.7.27. 당해 연도의 원천징수대상 이자소득 63,208,529원, 외환차익 98,125,341원을 수익사업에서 생긴 소득으로 하여 산출세액을 4,490,719원으로 산정하고 이미 납부된 이자소득에 대한 원친징수세액 8,847,170원을 차감한 후 4,356,450원을 환급세액으로 하여 기한 후 신고를 하였다.
• 나. 처분청은 청구법인의 이자소득에 대한 납부세액은 이미 원천징수방법으로 분리과세되어 납세의무가 종결되어 기한 후 신고로 환급받을 수 없는 것으로 보아 2009.11.21. 청구법인에게 환급거부 통지를 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.11.25. 이의신청을 거쳐 2010.3.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2008사업연도에 이자소득 외에 수익사업에서 생긴 외환차익도 있으므로 이자소득만 있는 비영리법인에 해당하지 아니하고, 법인세 과세표준 신고를 착오로 하지 아니하였는바,국세기본법제45의3에서 규정하는 기한 후 신고는 다른 세법에 우선하여 적용되며, 비영리법인에 예외를 두고 있지 아니하므로 처분청이 법인세 환급을 거부한 통지는 부당하다.
• 나. 처분청 의견 비영리법인의 원천징수 이자소득에 대해 신고기간 내에 과세표준 신고를 하지 아니한 경우 원천징수과세방식을 선택한 것으로 보아 과세절차가 종결되는 것이고, 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 기한 후 신고에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없는 것이므로 청구법인의 기한 후 신고에 대하여 환급거부 통지를 한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 비영리법인이 이자소득에 대하여 과세표준 신고를 하지 아니하였다가 기한 후 신고를 하면서 과세표준에 포함시킬 수 있는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단 (1) 국세기본법 제3조 제1항 에서 이 법은 세법에 우선하여 적용하되, 제45조의3의 기한 후 신고에 대하여는 법인세법 제62조 에 따른 비영리내국법인의 과세표준 신고의 특례에서 정하는 바에 따르는 것으로 규정하고 있으며(2010.1.1. 법률 제9911호로 개정), 법인세법제62조 제1항에서 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득에 대하여는 법인세 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있는 것으로 규정하면서 같은 법 시행령 제99조 제2항은 법인세 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 기한 후 신고에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없는 것으로 규정(2010.2.18. 대통령령 제22035호로 개정)하고 있다.

(2) 청구법인은 위 법령 개정 전의국세기본법제43조의3에서 규정하는 기한 후 신고는 세법에 우선하여 적용하며, 비영리법인에 대하여 예외를 두고 있지 아니하므로 청구법인의 기한 후 신고는 적법하다고 주장하나, 비영리내국법인이 원천징수된 이자소득에 대하여 법인세 과세표준 신고를 하지 아니한 경우에는 이미 원천징수방법으로 분리과세되어 납세의무가 종결된 것으로 보아 기한 후 신고에 의하여 각 사업연도의 소득금액 계산시 과세표준에 포함시킬 수 없는 것으로 봄이 타당하고○○○, 이를 명확히 하기 위하여 국세기본법제3조 제1항(2010.1.1. 법률 제9911호로 개정) 및 법인세법 시행령제99조 제2항(2010.2.18. 대통령령 제22035호로 개정)을 각각 개정한 것으로 나타나므로 청구법인의 주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.