부가가치세가 과세되는 일반 상품권과 달리 청구법인이 발행한 상품권에 대해서만 부가가치세를 면세해야 할 만한 특별한 사정이나 이유를 찾을 수 없어 청구인의 상품권사업을 청구법인의 고유의 목적사업으로 보기 어렵고 쟁점상품권수수료는 조세특례제한법제106조 제1항 제6호의 요건을 충족하지 못하고 있으며, 청구법인도 일반유통가맹점으로부터 수취한 상품권수수료는 세금계산서를 교부하고 있어 쟁점상품권수수료는 부가가치세 과세대상에 해당한다 할 것임
부가가치세가 과세되는 일반 상품권과 달리 청구법인이 발행한 상품권에 대해서만 부가가치세를 면세해야 할 만한 특별한 사정이나 이유를 찾을 수 없어 청구인의 상품권사업을 청구법인의 고유의 목적사업으로 보기 어렵고 쟁점상품권수수료는 조세특례제한법제106조 제1항 제6호의 요건을 충족하지 못하고 있으며, 청구법인도 일반유통가맹점으로부터 수취한 상품권수수료는 세금계산서를 교부하고 있어 쟁점상품권수수료는 부가가치세 과세대상에 해당한다 할 것임
심판청구를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) “상품권에 관한 대행용역”이란 상품권 발행권자가 상품권의 발행, 판매 등에 있어 상품권 발행경험 부족 및 판매망의 부재 등으로 인하여 자체적으로 업무를 수행할 수 없어 상품권 발행권한이 없는 제3자에게 동 업무를 위탁한 경우 수탁자가 상품권 발행권자로부터 상품권 발행 및 판매대행용역을 제공한 대가로 받는 것(○○○판결 참조)이나, 청구법인의 경우는 고유업무의 하나로 일반적인 상품권 발행대행용역과는 달리 상품권 발행 권한을 가지고 농산물상품권을 발행하여 ○○○ 등에게 용역을 제공하고 발행권자의 입장에서 쟁점상품권수수료를 수취한 것이며, 과세관청의 해석(○○○ 2006.4.20.)에 의하면, 청구법인의 경우와 같이 상품권의 발행자가 상품권 가맹사업자와의 약정에 의하여 “상품권 발행자가 발행한 상품권 액면금액”과 “상품권 가맹사업자가 상품권 소지자에게 재화 또는 용역을 제공하고 받은 상품권을 상품권 발행자에게 제시하고 지급받은 금액”과의 차액은 그 본질이 상품권 발행자가 가맹사업자에게 용역을 제공하고 받는 대가인 상품권 발행자의 발행수익으로부가가치세법제7조 제1항에 의한 부가가치세 과세대상으로 해석하고 있고, 2010.4.20.에 비로소 조세특례제한법 시행규칙[별표10] 제5호의 농협중앙회 관련 면세사업범위에서 “상품권 발행사업”을 추가로 제외함으로써 동 규칙 시행일인 2010.7.1. 이전에는 부가가치세가 면제되는 정부업무대행단체의 부가가치세 면세사업 범위에 속하는 용역제공으로 보아야 하며, 설령 쟁점수수료가 상품권 관련 용역제공이라 하더라도 이는 부가가치세법 시행령제33조 제4항 제1호 단서에서 규정하는 고유업무에 속한 것임에도 처분청이조세특례제한법제106조에서 부가가치세 면제대상에서 제외하고 있는 부가가치세법 시행령제33조 제4항 제1호 본문의 상품권에 관한 대행용역을 제공하고 수령한 대가로 보아 과세한 처분은 부당하다.
(2) 청구법인이 농약제조사로부터 구매액에 일정률(2%)을 곱하여 산정한 쟁점농약수수료를 지급받은 것은 농약제조사들이 대량 구매자인 청구법인의 구매를 장려하기 위하여 ‘판매장려금’ 명목으로 지급한 것으로, 청구법인이 이를 다른 판매장려금(기본판매장려금, 외형장려금, 비수기장려금)과 구분하여 지급받았을 뿐, 실질은 고유목적사업의 하나를 수행하면서 수취한 판매장려금에 해당하는 것이므로 이와 다른 것을 전제로 과세한 처분은 부당하다.
(1) 상품권은 상품권 소비자의 취향에 따라 다수의 가맹점, 다수의 품목 중에서 선택하여 사용되는 것으로 해석한 예규(○○○ 2002.5.2.)에 근거하여 특정 가맹점의 특정 품목에 한정하여 사용되는 다양한 상품권 발행자들도 계열법인 및 관계사로부터 수수료(1.5%~5%)를 수취하고 이에 대하여 세금계산서를 발행하고 부가가치세를 신고하고 있는바, 상품권 자체는 유가증권에 해당되어 거래시 세금계산서 및 계산서 발행 교부의무는 없지만 상품권 위탁판매 및 발행수수료와 가맹점으로부터 수취하는 제 수수료는 부가가치세 과세대상임에도 불구하고, ○○○ 등을 제외한 일반가맹점으로부터 수취한 상품권 수수료는 세금계산서를 교부하고 있음에도 불구하고 ○○○ 등에 대하여는 세금계산서를 교부하지 아니하고 부가가치세도 신고누락한 것은 논리상 일관성이 없는 부당한 것으로, 쟁점상품권수수료를 조세특례제한법 시행규칙[별표10]의 정부업무대행단체의 면세사업의 단서조항에 의하여 부가가치세 면세사업에서 제외되는 상품권 관련 대행용역 및 유사용역(부가가치세법 시행령제33조 제4항 제1호 및 제4호)에 해당하는 것으로 보아 과세한 처분은 정당하다.
(2) 청구법인은 농약제조사로부터 매입액의 일정률(2%)로 지급받은 쟁점농약수수료를 판매장려금이라고 주장하고 있으나, 청구법인은 이미 농약제품의 판매실적에 따라 각 제품마다 일정률로 수취하는 기본판매장려금, 판매실적호황에 따라 수취하는 추가장려금(외형장려금), 비수기때 판매실적에 따라 수취하는 비수기장려금(현금할인) 등 판매촉진을 위한 판매장려금을 수취하고 있는 것으로 볼 때, 쟁점농약수수료는 청구법인이 농약제조사와 계통출하계약을 체결하여 농약제조사가 청구법인의 회원인 단위조합과의 거래에서 부담해야 할 제반비용 및 재고위험과 대금수취 등을 대신 부담한 대가에 해당하는 일종의 농약취급에 따른 업무취급관리수수료로 부가가치세 과세대상인 용역제공의 대가에 해당하는 것이며, 청구법인이 농약구매와 유사한 형태로 유류, 사료, 비료 등의 제조회사와 거래하고 수취한 수수료에 대하여는 매출세금계산서를 교부하고 부가가치세를 신고·납부하였음에 비추어 볼 때 쟁점농약수수료를 용역의 제공대가로 보아 과세한 처분은 정당하다.
(1) 쟁점상품권수수료를 부가가치세법 시행령제33조 제4항 제1호에 규정된 ‘상품권에 관한 대행용역을 제공하고 수령한 대가’로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부
(2) 농약제조사로부터 수취한 쟁점농약수수료를 업무취급관리용역의 대가로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부
(1) 쟁점① (가) 조세특례제한법 (2003.12.30. 법률 제7003호로 개정된 것) 제106조【부가가치세의 면제 등】① 다음 각 호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호 내지 제3호 및 제9호의 규정은 2006년 12월 31일까지, 제4호의2의 규정은 2004년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용한다.
6. 대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것 (나) 조세특례제한법 시행령 제106조 ⑦ 법 제106조 제1항 제6호에서 "대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 자를 말한다.
5. 농업협동조합법에 의한 조합과 중앙회
⑧ 법 제106조 제1항 제6호에서 "재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것"이라 함은 제7항 각호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외하며, 제7호의 규정은 부가가치세법 시행령 제37조 제1호 의 규정에 불구하고 적용한다. (다) 조세특례제한법 시행규칙 (2001.3.28. 재정경제부령 제184호로 개정된 것) 제48조【부가가치세의 면제 등】① 영 제106조 제7항에서 “재정경제부령이 정하는 사업”이라 함은 별표 10의 정부업무대행단체의 면세사업을 말한다. 【별표 10】(2010.4.20. 개정전) 정부업무대행단체의 면세사업(제48조 제1항 관련) 단 체 명 면 세 사 업
5. 농업협동조합법에 따른 조합ㆍ조합공동사업법인 및 중앙회 농업협동조합법 제57조 (제2호 마목 및 자목을 제외한다)ㆍ제106조(제2호 마목을 제외한다)ㆍ제111조 및 제134조에 규정된 사업. 다만, 식품가공사업(식품위생법 시행령에 따른 식품제조ㆍ가공업 및 식품첨가물제조업을 말한다), 인삼제조업(백삼제조업을 제외한다), 인삼ㆍ홍삼제품제조업, 사료제조사업，사료포장재 사업, 도축업(농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률에 따른 수탁판매를 위한 도축업을 제외한다), 농업용자재제조업(농업용필름ㆍ골판지포장상자ㆍ폴리프로필렌포대ㆍ종이포대 제조업을 말한다) 및 도매업(농산물 수탁판매업 및 그 부수업무를 제외한다)과 부가가치세법 시행령 제33조 제4항 제1호 내지 제4호에 따른 용역을 제공하는 사업을 제외한다. 【별표 10】(2010.4.20. 개정후) 정부업무대행단체의 면세사업(제48조 제1항 관련) 단 체 명 면 세 사 업
5. 농업협동조합법에 따른 조합ㆍ조합공동사업법인 및 중앙회 농업협동조합법 제57조 (제2호 마목 및 자목을 제외한다)ㆍ제106조(제2호 마목을 제외한다)ㆍ제111조 및 제134조에 규정된 사업. 다만, 식품가공사업(식품위생법 시행령에 따른 식품제조ㆍ가공업 및 식품첨가물제조업을 말한다), 인삼제조업(백삼제조업을 제외한다), 인삼ㆍ홍삼제품제조업, 사료제조사업，사료포장재 사업, 도축업(농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률에 따른 수탁판매를 위한 도축업을 제외한다), 농업용자재제조업(농업용필름ㆍ골판지포장상자ㆍ폴리프로필렌포대ㆍ종이포대 제조업을 말한다) 및 도매업(농산물 수탁판매업 및 그 부수업무를 제외한다) 및 상품권 발행사업과 부가가치세법 시행령 제33조 제4항 제1호 내지 제4호에 따른 용역을 제공하는 사업을 제외한다. 부칙 제1조(시행일) 이 규칙은 공포한 날부터 시행한다. 단, 제46조의3 제2항의 개정규정은 2011년 1월 1일부터 시행하고, 별표 10 제3호, 제5호, 제6호, 제11호 및 제15호의 개정규정은 2010년 7월 1일부터 시행한다. (라) 부가가치세법 제6조【재화의 공급】① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도(引渡) 또는 양도(讓渡)하는 것으로 한다. 제7조【용역의 공급】① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다. (마) 부가가치세법 시행령 제14조【재화공급의 범위】① 법 제6조 제1항에 규정하는 재화의 공급은 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.
1. 현금판매ㆍ외상판매ㆍ할부판매ㆍ장기할부판매ㆍ조건부 및 기한부판매ㆍ위탁판매 기타 매매계약에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것 제18조【용역공급의 범위】다음 각호의 1에 해당하는 것은 법 제7조의 규정에 의한 용역의 공급으로 본다.
1. 건설업에 있어서는 건설업자가 건설자재의 전부 또는 일부를 부담하는 것
2. 상대방으로부터 인도받은 재화에 주요자재를 전혀 부담하지 아니하고 단순히 가공만 하여 주는 것
3. 산업상ㆍ상업상 또는 과학상의 지식ㆍ경험 또는 숙련에 관한 정보를 제공하는 것 제33조【금융ㆍ보험용역의 범위】④ 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 1에 해당하는 용역은 이를 금융ㆍ보험용역으로 보지 아니한다.
1. 복권ㆍ입장권ㆍ상품권ㆍ지금형주화 또는 금지금에 관한 대행용역. 다만, 수익증권 등 금융업자의 금융상품판매대행용역, 유가증권의 명의개서대행용역, 수납ㆍ지급대행용역 및 국가ㆍ지방자치단체의 금고대행용역은 제외한다. (바) 농업협동조합법(2002.1.14. 법률 제6599호로 개정된 것) 제1조【목적】이 법은 농업인의 자주적인 협동조직을 바탕으로 농업인의 경제적·사회적·문화적 지위의 향상과 농업의 경쟁력강화를 통하여 농업인의 삶의 질을 높이고, 국민경제의 균형있는 발전에 이바지함을 목적으로 한다. 제134조【사업】① 중앙회는 그 목적달성을 위하여 다음 각호의 사업의 전부 또는 일부를 행한다.
13. 제1호 내지 제12호의 사업과 관련되는 부대사업
14. 기타 설립목적의 달성에 필요한 사업으로서 농림부장관의 승인을 얻은 사업
(2) 쟁점② (가) 부가가치세법 제1조【과세대상】① 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 부과한다.
제7조【용역의 공급】① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.
② 사업자가 자기의 사업을 위하여 직접 용역을 공급하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 자기에게 용역을 공급하는 것으로 본다.
③ 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하거나 고용관계에 의하여 근로를 제공하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다.
④ 제1항에 규정하는 용역의 공급에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제13조【과세표준】① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.
1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가
② 다음 각호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.
3. 공급받는 자에게 도달하기 전에 파손ㆍ훼손 또는 멸실된 재화의 가액
5. 공급대가의 지급지연으로 인하여 지급받는 이자로서 대통령령이 정하는 연체이자
③ 재화 또는 용역을 공급한 후의 그 공급가액에 대한 할인액ㆍ대손금ㆍ장려금과 이와 유사한 금액은 과세표준에서 공제하지 아니한다. (나) 부가가치세법 시행령 제48조【과세표준의 계산】① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다. (다) 농업협동조합법 제57조【사업】① 지역농협은 그 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 사업의 전부 또는 일부를 수행한다.
(1) 쟁점① (가) 청구법인은 자신을 발행권자로 하여 발행한 농산물상품권을 2004년 제2기부터 2008년 제2기 부가가치세 과세기간동안 발행하고,일반가맹점으로부터 수취한 상품권수수료는 세금계산서를 교부하였으나, ○○○ 등 ○○○계열 판매점으로부터 상품권을 회수하면서 수취한 쟁점상품권수수료[상품권 액면금액의 1.50%(2005.3.31. 이전) 또는 1.85%(2005.4.1. 이후), 10,593,330,725원]에 대해서는 청구법인의 고유목적사업의 하나인조세특례제한법제106조의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것으로 보아 ○○○ 등에게 세금계산서를 교부하지 아니하였고, 부가가치세 신고시에는 ○○○ 등을 제외한 일반가맹점에게 교부한 세금계산서에 대하여만 고유목적외 사업으로 보아 부가가치세를 신고한 것으로 나타난다. (나) 처분청은 상품권 자체는 유가증권에 해당되어 거래시 세금계산서 및 계산서 발행 교부의무는 없지만, 상품권 위탁판매 및 발행수수료와 가맹점으로부터 수취하는 제 수수료는 부가가치세 과세대상이며, 청구법인의 지점인 ○○○는 자기사업이므로 상품권수수료에 대하여 부가가치세를 면제하는 것은 타당하나, 일반가맹점으로부터 수취한 상품권 수수료는 세금계산서를 교부하고 신고하였음에도 청구법인과는 별도법인인 ○○○ 회원조합에서 운영하는 ○○○ 및 주유소 등으로부터 수취한 쟁점상품권수수료에 대하여 세금계산서를 교부불이행 및 신고누락한 것은 조세특례제한법 시행규칙[별표10]의 정부업무대행단체의 부가가치세 면제사업의 단서조항에 규정된 부가가치세 면제사업에서 제외되는 상품권 관련 대행용역 및 유사용역(부가가치세법 시행령제33조 제4항 제1호 및 제4호)범위에 대하여 오해한 결과로 쟁점상품권수수료는 부가가치세 신고누락에 해당한다고 보아 이 건 과세한 것으로 나타난다. (다) 청구법인은 청구법인 고유의 상품권인 농산물상품권을 발행하여 판매하고 그 대가를 청구법인의 계열법인 등 가맹점으로부터 수수료 형태로 수취하여 수익을 창출하고 있고, 2008.8.1.부터는 일반유통가맹점과도 가맹계약을 맺어 제3자 발행 상품권의 형태로 운영하여 오고 있으며, 부가가치세 신고시 과세관청이 상품권 발행ㆍ판매와 관련하여 가맹점으로부터 수령하는 일정률의 가맹점수수료에 대하여는 부가가치세가 과세되는 것으로 유권해석해 온 점(○○○ 1996.9.12. 등)을 감안하여, 청구법인이 발행ㆍ판매한 상품권과 관련하여 청구법인계열 가맹사업자로부터 수취하는 수수료는 고유업무의 일환인 상품권의 직접판매분으로 보아 조세특례제한법제106조에 의한 부가가치세가 면제되는 것으로 하고, 나머지 일반가맹점으로부터 수취하는 수수료는 부가가치세 과세대상으로 보아 부가가치세신고시 수수료를 청구법인의 매출액으로 신고한 것으로 나타나며, 청구법인의 홈페이지에 의하면, 청구법인이 발행한 상품권은 농·축산물뿐만 아니라 가공식품, 각종 생활용품 등 청구법인이 직접 운영하는 유통센터 및 자회사·회원조합에서 운영하는 매장○○○에서 판매하는 다양한 물품을 구입할 수 있는 것으로 파악되고 있다. (라) 청구법인은 청구법인이 제공하는 용역에 대하여 부가가치세가 과세되는 경우는 ① 조세특례제한법 시행규칙[별표10] 단서에서 특별히 열거한 용역을 제공하는 경우와 ② 청구법인의 고유업무에 해당하지 않는 용역을 제공하는 경우로, 청구법인의 상품권 발행은 농산물 소비촉진, 생활물자의 구매 및 영농자재의 구매 등을 위한 것으로서,농협협동조합법제134조 제1항 제2호 및 제13호에 의한 “회원을 위한 구매·판매·제조·가공 등 사업을 위한 부대사업”이며, 조세특례제한법 시행규칙[별표10] 단서에서의 ‘대행용역’이라 함은 상품권 사업자가 아닌 자가 상품권사업자를 대신하여 상품권과 관련된 발행 또는 판매를 대신 제공하는 경우이나, 청구법인은 상품권발행사업자로서 상품권 발행 용역을 직접 제공한 것이어서 ‘대행용역’이 될 수 없는 것이므로, 쟁점상품권수수료는 고유목적사업을 위한 용역의 제공으로 부가가치세가 면제되는 용역의 제공일 뿐 부가가치세법 시행령제33조 제4항 제1호에 의한 상품권 대행용역이 아니라고 주장하고 있다. (마) 조세특례제한법제106조 제1항 제6호에 의하면, 대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제(제1호 내지 제3호 및 제9호의 규정은 2006년 12월 31일까지, 제4호의 2의 규정은 2004년 12월 31일까지 공급한 분에 한)하는 것으로 규정하고 있고, 조세특례제한법 시행령제106조 제7항 제5호에 의하면,○○○에 의한 조합과 중앙회를 정부업무를 대행하는 단체로 규정하고 있으며, 조세특례제한법 시행규칙제48조 [별표10] 제5호에서, 정부업무대행단체의 면제사업 범위○○○에 따른 조합ㆍ조합공동사업법인 및 중앙회가 제공하는 부가가치세 면제사업대상 중 부가가치세법 시행령제33조 제4항 제1호 내지 제4호에 따른 용역을 제공하는 사업을 제외하는 것으로 규정하고 있다. (바) ○○○는 2010.4.20. 조세특례제한법 시행규칙」제48조 [별표10] 제5호를 개정하면서 “현재 정부업무대행단체로서 면세되는 사업 중 ○○○의 상품권 발행사업, ○○○의 저수지 및 주변 준설사업 등 정부로부터 위탁받은 사업이 아니거나 민간과 경쟁하는 분야에 대해서는 면세대상에서 제외함”이라고 개정이유를 밝히고, ○○○에 따른 조합ㆍ조합공동사업법인 및 중앙회의 상품권 발행사업이 2010.7.1.부터 부가가치세가 과세되는 것으로 개정하였다[ 조세특례제한법 시행규칙(2010.4.20. ○○○) 개정문 참조]. (사) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 조세특례제한법제106조 제1항 제6호에서 “대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것”에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제106조 제7항 제5호에서 “○○○에 의한 조합과 중앙회”를 정부업무대행단체로 규정하고 있으며, 같은 조 제8항에서 “법 제106조 제1항 제6호에서 "재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것"이라 함은 제7항 각호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다”라고 규정하고 있어, 조세특례제한법제106조 제1항 제6호에 의한 부가가치세 면세는 재화 또는 용역의 제공이 정부업무대행단체의 고유의 목적사업이어야 함을 전제로 하고 있는바, 청구법인은 청구법인의 상품권 발행이 농산물 소비촉진, 생활물자의 구매 및 영농자재의 구매 등을 위한 것으로서,○○○제134조 제1항 제2호 및 제13호에 의한 “회원을 위한 구매·판매·제조·가공 등 사업을 위한 부대사업”으로 보아야 한다고 주장하고 있으나, 청구법인의 상품권 발행사업은 청구법인의 사업범위를 규정하고 있는 ○○○제134조와 청구법인의 정관에 구체적으로 열거되어 있지 않고, 청구법인이 발행한 상품권은 농민은 물론 일반인도 아무런 제한없이 구입하여 사용할 수 있을 뿐만 아니라 농·축산물을 비롯한 가공식품, 각종 생활용품 등 청구법인이 직접 운영하는 유통센터 및 자회사·회원조합에서 운영하는 매장○○○에서 판매하는 다양한 물품을 구입할 수 있으며, 2008.8.1.부터는 음식점, 숙박업소 등 일반유통가맹점과도 가맹계약을 맺어 제3자발행상품권의 형태로 운영되고 있어 부가가치세가 과세되는 일반 상품권과 달리 청구법인이 발행한 상품권에 대해서만 부가가치세를 면세해야 할 만한 특별한 사정이나 이유를 찾을 수 없어 청구인의 상품권사업을 청구법인의 고유의 목적사업으로 보기 어려우므로 2010.4.20. 개정된 조세특례제한법 시행규칙제48조 [별표10]에 비로소 상품권 발행사업이 면세사업에서 제외되는 것으로 개정되어 2010.7.1.부터 시행되기 때문에 그 이전인 이 건 과세기간에는 부가가치세를 과세해서는 안된다는 청구법인의 주장을 더 나아가 살펴볼 필요가 없이 쟁점상품권수수료는 조세특례제한법제106조 제1항 제6호의 요건을 충족하지 못하고 있고, 청구법인도 일반유통가맹점으로부터 수취한 상품권수수료는 세금계산서를 교부하고 있어 쟁점상품권수수료는 부가가치세 과세대상에 해당한다 할 것이므로 처분청이 쟁점상품권수수료에 대해 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(2) 쟁점② (가) 청구법인이 제출한 심판청구서에 의하면, 청구법인은 농민들이 농산물 생산에 전념할 수 있도록 농약을 농약제조사로부터 일괄 대량 구매하여 회원조합을 통하여 농민들에게 저렴하게 공급하면서, 농약구매와 관련하여 농약구매납품계약서에 따라 농약제조사로부터 구매품목별로 구매액의 일정액을 기본장려금으로 하여 구매액의 3% 이상을 받기로 하는 계통농약 추가약정확약서를 체결하고, 추가약정장려금으로 수취한 것 외에도 쟁점금액(2004년 제2기분 4,458,429천원, 2005년 제2기분 4,429,843천원, 2006년 제2기분 4,465,956천원, 2007년 제2기분 4,799,819천원, 2008년 제2기분 5,724,847천원)을 구매납품계약내용에 따라 농약 구매금액의 2%를 취급관리비 명목으로 수령하여, 농약구매납품계약서에서 명시하고 있는 바와 같이 회원조합의 수해, 화재 등 불가항력적인 사고에 의한 농약손실 등의 재원, 농약공급 촉진 등의 시장개척비 등에 사용하고 있는 것으로 나타난다. (나) 청구법인은 농약제조사로부터 구매액의 일정률(2%)로 지급받은 쟁점금액을 그 실질이 고유목적사업 중 하나의 사업을 하고 수취한 판매장려금에 해당하므로 부가가치세 신고시 부가가치세 면제대상으로 보아 신고제외하였으나, 청구법인이 농약 외에도 유류, 사료, 비료 등에 관하여 동일한 형태의 거래를 하고 수취한 각 취급수수료에 대하여는 매출세금계산서를 교부하고 부가가치세를 신고·납부한 것으로 나타난다. (다) 판매장려금은 판매실적에 따라 일정률의 장려금품을 금전으로 지급하는 경우 부가가치세 과세대상이 아니지만, 쟁점금액은 청구법인이 농약구매와 관련하여 농약제조사와 계통출하계약을 체결하여 농약제조사가 청구법인의 회원인 단위조합의 물적·인적자원과 영업망 등을 활용하여 농약을 계통판매하는 농약취급에 따른 제반비용 및 재고위험, 대금수취 등을 대신 부담한 별도의 용역을 제공하고, 그 대가로 업무취급관리수수료를 수취한 것이므로, 부가가치세 과세대상에 해당한다고 보아 동 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이를 근거로 과세한 것으로 나타난다. (라) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 청구법인은 이미 농약제품의 판매실적에 따라 각 제품마다 일정률로 수취하는 기본판매장려금, 판매실적호황에 따라 수취하는 추가장려금(외형장려금), 비수기때 판매실적에 따라 수취하는 비수기장려금(현금할인) 등 판매촉진을 위한 판매장려금을 수취하고 있는 것으로 볼 때, 쟁점농약수수료는 청구법인이 농약제조사와 계통출하계약을 체결하여 농약제조사가 청구법인의 회원인 단위조합과의 거래에서 부담해야 할 제반비용 및 재고위험과 대금수취 등을 대신 부담한 대가에 해당하는 일종의 농약취급에 따른 업무취급관리수수료로 부가가치세 과세대상인 용역제공의 대가에 해당하는 것으로 보이고, 청구법인은 농약구매와 유사한 형태로 유류, 사료, 비료 등의 제조회사와 거래하고 수취한 수수료에 대하여는 매출세금계산서를 교부하고 부가가치세를 신고·납부하였음을 비추어 볼 때, 처분청이 쟁점금액을 용역의 제공대가로 보아 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.