쟁점 자문용역수수료는 사업과 직접 관련이 없는 지출에 해당하므로 매입세액 공제대상이 아닌 것임

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 생명공학의약품개발업을 영위하는 부가가치세 과세사업자로 2008.4.23. 의약품개발에 필요한 자금을 조달하기 위하여 ○○○”이라 한다)와 전략적 투자자의 물색과 투자유치를 위한 ‘비밀유지 및 자문용역’(이하 “쟁점용역”이라 한다)계약을 체결하여 동 자문용역을 제공받고, 그 결과 ○○○으로부터 투자를 받기로 하는 318억원(이하 “쟁점자금”이라 한다)의 자금을 조달하였으며, 청구법인은 쟁점용역에 대한 대가를 지급하고 2008.5.14. 공급가액 1,680백만원(이하 “쟁점용역수수료”라 한다) 상당의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 관련 매입세액을 공제하여 2008년 제1기 부가가치세 신고를 하였다.
• 나. 서울지방국세청장은 처분청에 대한 업무감사에서, 쟁점용역수수료와 관련하여 수취한 쟁점세금계산서의 매입세액은 청구법인의 과세사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액이거나 부가가치세가 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액으로서 매입세액 불공제 대상으로 확인하여 처분청에 과세자료로 통보하였고, 처분청은 동 과세자료에 근거하여 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제하여 2009.12.9. 청구법인에게 2008년 제1기 부가가치세 208,336,800원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.1.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 생명공학을 이용한 의약품 연구개발과 생명공학에 필요한 신기술 연구 및 개발을 목적으로 하는 과세사업자로서 연구개발에 막대한 자금이 필요하여 ○○○전략적 투자자의 물색과 투자 유치를 위한 제반 용역을 의뢰하였고, 그 결과 쟁점자금(318억원)의 투자유치가 완료되어 쟁점용역수수료를 지급하고 쟁점세금계산서를 교부 받았는 바, 쟁점세금계산서의 매입세액은 부가가치세법제17조 제2항에 매입세액 불공제 대상으로 열거된 경우가 아니며, 쟁점용역은 같은 법 제17조 제2항 제4호에서 규정한 매입세액 불공제 대상인 자금대여나 유상증자에 참여하는 등 투자와 관련되어 제공된 용역이 아니라 청구법인의 사업운영상 필요에 의하여 자금을 조달하기 위하여 제공된 용역으로 다만 그 자금조달이 차입방법이 아닌 유상증자방법을 통한 조달이었을 뿐임에도 처분청이 자본증자라는 이유만으로 쟁점용역이 같은 법 제17조 제2항 제4호에서 규정하는 투자에 관련된 용역이라고 보는 것은 이를 임의로 확대해석하여 잘못된 것이며, 또한, 국세청 심사례(심사부가 2007-60, 2007.11.5.)에서도 쟁점용역과 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다고 판단하고 있는 바와 같이 부가가치세 과세사업을 영위하고 있는 청구법인이 유상증자에 의해 조달한 쟁점자금을 과세사업을 위하여 사용하였으며 앞으로도 과세사업에 사용될 예정이므로 쟁점세금계산서의 매입세액은 당연히 매출세액에서 공제되어야 하므로 이 건 처분은 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 쟁점용역은 청구법인이 연구개발에 필요한 자금을 조달하기 위하여 전략적 투자자의 물색과 투자유치를 목적으로 ○○○로부터 제반 용역을 제공받은 것이며(‘비밀유지 및 자문용역계약서’ 제2조), 그 결과 청구법인은 제3자 배정 유상증자를 통하여 168억원, 신주인수권부사채 발행을 통하여 150억원을 조달하였는 바, 이와 같이 주식(신주)과 사채를 발행하여 주식대금을 납입받고 자본금을 확충하기 위한 자문용역을 제공받은 것은 투자(면세사업)와 관련된 매입세액에 해당하며, 또한 주주 등의 주식취득과 관련된 비용으로서 사업과 직접 관련이 없는 매입세액이므로 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점용역수수료를 과세사업과 직접 관련이 없는 지출로 보아 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제한 처분의 당부
• 나. 관련법령 등 (1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 1의2. (생 략)

2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

3. 3의2. (생 략)

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액

⑦ 제2항의 규정에 의하여 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】

③ 법 제17조 제2항 제2호에 규정하는 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는 소득세법 시행령 제78조 또는 법인세법 시행령 제48조, 제49조 제3항 및 제50조에 규정하는 바에 의한다. (3) 법인세법 시행령 제49조 【업무와 관련이 없는 자산의 범위 등】

① 법 제27조 제1호에서 “대통령령이 정하는 자산”이라 함은 다음 각호의 자산을 말한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산, 자산유동화에 관한 법률에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다.

• 가. 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)이 경과하기 전까지의 기간 중에 있는 부동산을 제외한다.
• 나. 유예기간 중에 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인의 경우를 제외한다.

2. 다음 각목의 1에 해당하는 동산

• 가. 서화 및 골동품. 다만, 장식ㆍ환경미화 등의 목적으로 사무실ㆍ복도 등 여러 사람이 볼 수 있는 공간에 상시 비치하는 것을 제외한다.
• 나. 업무에 직접 사용하지 아니하는 자동차ㆍ선박 및 항공기. 다만, 저당권의 실행 기타 채권을 변제받기 위하여 취득한 선박으로서 3년이 경과되지 아니한 선박 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 자동차ㆍ선박 및 항공기를 제외한다.
• 다. 기타 가목 및 나목의 자산과 유사한 자산으로서 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 자산

③ 법 제27조 제1호에서 “대통령령이 정하는 금액”이라 함은 제1항 각호의 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용, 유지비, 수선비 및 이와 관련되는 비용을 말한다. (4) 부가가치세법 제12조 【면 세】

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 1.~ 9. (생 략)

10. 금융ㆍ보험용역으로서 대통령령이 정하는 것 (1980. 12. 13. 개정) (5) 부가가치세법 시행령 제33조 【금융ㆍ보험용역의 범위】

① 법 제12조 제1항 제10호에 규정하는 금융ㆍ보험용역은 다음 각 호에 규정하는 사업에 해당하는 역무로 한다.

1. 은행법에 의한 은행업

2. 증권거래법에 의한 증권업(한국선물증권거래소 및 증권예탁결제원의 업무를 포함한다)

3. 신탁업법에 의한 신탁업

4. 간접투자자산 운용업법에 따른 다음 각 목의 사업 (이하 생략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 경정결의서 등 심리자료에 의하면, 청구법인이 ○○○로부터 쟁점용역을 제공받고 수취한 쟁점세금계산서의 매입세액을 공제받은데 대하여, 처분청은 쟁점세금계산서의 매입세액은 청구법인의 과세사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액이거나 부가가치세가 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액으로 보아 동 매입세액을 불공제하여 이 건 부가가치세를 과세한 사실이 나타난다.

(2) 쟁점용역제공의 근거가 된 ‘비밀유지 및 자문용역계약서’(2008.4.23. 약정, ‘갑’: 청구법인, ‘을’: ○○○)의 주요 내용을 보면 아래와 같다. 전문: ‘갑’은 세계적인 R&D 기업으로서 안정적인 성장을 하기 위하여 ‘을’을 기업가치 증진을 위한 자문사로 선정하여 ○○○또는 ‘을’이 소개하는 전략적 투자자를 대상으로 투자자금 유치 등(이하 “프로젝트”)을 추진함에 있어 프로젝트와 관련한 유일한 자문용역 제공자로 지정하면서 다음과 같이 합의한다. 제2조(자문의 내용) ‘을’은 상기 프로젝트 추진에 따르는 기업경쟁력 향상을 위한 전략적 투자자의 물색, 전략적 투자자로부터의 투자유치, 전략적 투자 조건의 협상 자문 및 제반 프로젝트 관련 용역 및 조언을 관련 법과 규정이 허용하는 범위 안에서 최선을 다하여 ‘갑’에게 제공한다. 제4조(자문수수료) ① ‘갑’은 프로젝트 수행에 따른 전략적 투자자와 ‘갑’간의 전략적 투자에 관한 본 계약이 체결된 경우 ‘을’에게 일금 1,680백만원을 자문용역수수료를 지불한다(부가세 별도).

(3) 청구법인이 위 (2)의 쟁점용역을 ○○○로부터 제공받고 그 결과 ○○○(주)로부터 조달한 자금내역을 보면, 2008.5.6. 대체전표에는 (차변) 보통예금 150억원, (대변) 신주인수권부사채 150억원(사채발행, 분리형, 행사기간 2009.5.6.~2011.11.6., 만기상환율 119.1016%, 연6%복리)으로, 2008.5.15. 대체전표에는 (차변) 보통예금 168억원, (대변) 자본금 7억원(제3자 배정 유상증자 1,400천주 @ 5,000원), 주식발행초과금 161억원(제3자 배정 유상증자 1,400천주 @ 12,000원)으로 기재되어 있고, 이에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없으며, 쟁점자금(318억원)이 어디에 사용되었는지 여부는 나타나지 아니한다.

(4) 처분청은, 쟁점용역은 청구법인이 연구개발에 필요한 자금을 조달하기 위하여 전략적 투자자의 물색과 투자유치를 목적으로 ○○○로부터 제공받은 용역으로 그 결과 쟁점자금을 조달하였는 바, 쟁점세금계산서의 매입세액은 투자(면세사업)와 관련된 매입세액에 해당하며, 또한 주주 등의 주식취득과 관련된 비용으로서 사업과 직접 관련이 없는 매입세액이라고 주장하는 반면, 청구법인은 쟁점세금계산서의 매입세액은 부가가치세법제17조 제2항에 매입세액 불공제 대상으로 열거된 경우가 아니며, 쟁점용역은 같은 법 제17조 제2항 제4호에서 규정하는 투자에 관련된 용역도 아니며, 쟁점자금은 과세사업을 위하여 사용되었으며 앞으로도 과세사업에 사용될 예정이므로 쟁점세금계산서의 매입세액은 당연히 매출세액에서 공제되어야 한다고 주장하고 있다.

(5) 살피건대, 부가가치세가 과세되는 사업을 영위하는 사업자가 재화 또는 용역을 공급받고 부가가치세를 거래징수당한 경우 부가가치세법 제17조 제1항 의 규정에 의하여 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액은 매출세액에서 공제되는 것이나, 같은 법 제17조 제2항 각호에 해당하는 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것이며, 이 경우 부가가치세가 과세되는 사업과 관련이 있는지 여부는 구체적으로 매입 목적, 사업의 연관성, 사용실태 등을 확인하여 종합적으로 사실판단하여야 하는 것이다. 쟁점용역은 청구법인이 의약품 등 연구개발에 필요한 자금을 조달하기 위하여 전략적 투자자의 물색과 투자유치를 목적으로 ○○○로부터 제공받은 제반 용역이며 그 결과 자본금 증자형식을 통하여 쟁점자금을 조달하고 이에 대한 수수료를 지급한 것이므로 쟁점용역이 청구법인의 의약품 등 연구개발과 직접적인 관련이 있다고 보기는 어렵고, 오히려 주주 등의 주식 취득과 직접적으로 관련되었다고 판단되는 바, 쟁점용역수수료의 지출은부가가치세법제17조 제2항 제2호의 사업과 직접 관련이 없는 지출에 해당하므로 이에 대한 매입세액은 공제대상이 아니라고 판단된다. 따라서, 처분청이 쟁점세금계산서의 매입세액을 청구법인의 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액으로 보아 동 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이 없다 할 것이다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.