신축주택 양도에 대한 감면주택이 종합부동산세 과세대상에서 제외되는 것은 아님

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구인은 종합부동산세의 과세기준일인 2009.6.1. 현재 ○○시 ○○구 ○○동 4 소재 ○○아파트 11동 4**호 등 아래 <표>에 나타난 바와 같이 4주택을 보유하고 있다. <표> 주택분 종합부동산세 과세대상 물건명세서 소재지 주택구분 과세면적㎡ 감면후 공시가격(원) 토지 주택

○○ ○○ ○○ 4 (11-4**) 아파트 36.20 114.36 347,000,000

○○ ○○ ○○ 8 (*-11) 아파트 60.30 166.76 768,000,000

○○ ○○ ○○ ○○ 3**-* 농어가주택 262.0

• 4,216,462

○○ ○○ ○○ ○○ 4**-* 농어가주택 450.0

• 6,822,695 계 4채 808.50 281.12 1,126,039,157

• 나. 처분청은 청구인이 과세기준일(2009.6.1.) 현재 주택분 재산세의 납세의무자로서 국내에 있는 재산세 과세대상인 주택의 공시가격을 합산한 금액이 6억원을 초과하여 종합부동산세 납부의무가 있다 하여 2009.11.16. 청구인에게 2009년도 주택분 종합소득세 1,359,960원과 농어촌특별세 271,990원을 결정ㆍ고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.2.8. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 2001.5.23.부터 2002.12.31.까지 고급주택 외의 주택을 매입하면조세특례제한법제99조의3에 의하여 1세대 2주택 여부와 관계없이 양도소득세를 면제한다는 정부의 발표를 믿고, 위 <표>의 과세대상물건 중 ○○시 ○○구 ○○동 8소재 ○○○○아파트 *동 11호(청구인이 2000.6.10. 취득하였으며, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 매입하였는 바, 그 이후 정부가 감면기준을 일방적으로 변경(고가주택의 기준을 9억원에서 6억원으로 하향조정)함으로써 쟁점주택에 대하여 종합부동산세를 과세한 것은 신의측에 어긋나고 소급과세의 금지 원칙에도 위배되므로 쟁점주택은 종합부동산세 과세대상에서 제외하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제99조의3에 의하여 양도소득세를 감면하는 주택과종합부동산세법에 의하여 종합부동산세를 과세하는 주택은 두 세법에서 과세물건을 달리 규정하고 있고, 정부가조세특례제한법제99조의3에 의하여 양도소득세를 감면하는 주택에 대하여 종합부동산세를 비과세한다는 취지의 견해표시를 하거나 입법을 한 사실이 없으므로 쟁점주택을 종합부동산세 과세대상으로 본 처분이 신의측에 어긋나거나 소급과세의 금지 원칙에 위배됨을 이유로 쟁점주택을 종합부동산세 과세대상에서 제외하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁점 조세특례제한법제99조3에 의하여 양도소득세가 과세특례가 적용되는 신축주택이 종합부동산세 과세대상에서 제외되는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 종합부동산세법 제6조 【비과세 등】

① 지방세법 또는 조세특례제한법에 의한 재산세의 비과세ㆍ과세면제 또는 경감에 관한 규정(이하 “재산세의 감면규정”이라 한다)은 종합부동산세를 부과함에 있어서 이를 준용한다.

② 지방세법 제7조 내지 제9조의 규정에 의한 시ㆍ군의 감면조례에 의한 재산세의 감면규정은 종합부동산세를 부과함에 있어서 이를 준용한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 재산세의 감면규정을 준용함에 있어서 그 감면대상인 주택 또는 토지의 공시가격에서 그 공시가격에 재산세 감면비율(비과세 또는 과세면제의 경우에는 이를 100분의 100으로 본다)을 곱한 금액을 공제한 금액을 공시가격으로 본다.

(2) 제7조【납세의무자】

① 과세기준일 현재주택분 재산세의 납세의무자로서 국내에 있는 재산세 과세대상인 주택의 공시가격을 합산한 금액이 6억원을 초과하는 자는 종합부동산세를 납부할 의무가 있다.

(3) 조세특례제한법(2001.8.14. 법률 제6502호로 개정된 것) 제99조의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고급주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다. (4) 소득세법 제89조 【비과세양도소득】

① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한주택분 과세대상 물건명세서(갑)에 의하면, 청구인은 쟁점주택을 2000.6.10. 취득하였고, 쟁점주택에 대한 재산세는 1,213,200원으로, 청구인도 쟁점주택이지방세법상 재산세 부과대상 주택에 해당하는 사실에는 다투지 아니한다.

(2) 청구인은 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간 중에 주택건설업자로부터 취득한 신축주택에 대하여는 양도소득세를 감면한다는 내용의조세특례제한법제99조의3(2001.8.14. 법률 제6502호로 개정된 것)에 따라 2002.12.28. 쟁점주택의 소유권보존등기를 경료한 바, 고가주택의 기준을 당초 9억원에서 6억원으로 하향조정하여 쟁점주택에 대하여 이 건 종합부동산세를 부과하는 것은 부당하다고 주장하면서 쟁점주택의 등기부등본을 제출하였다.

(3) 살피건대,조세특례제한법제99조의3의 규정은 IMF 구제금융시기 이후 신규주택 수요창출을 통한 건설경기 및 부동산시장의 활성화를 도모하기 위하여 규정한 것으로서, 동 규정의 요건에 해당하는 신축주택의 양도에 대하여 소정의 양도소득세를 감면하는 것으로 규정한 것일 뿐 종합부동산세 과세대상주택에서 제외하는 것으로는 규정하고 있지 아니하고,종합부동산세법제7조의 규정에 의하면, 국내에 있는 재산세 과세대상인 주택의 공시가격을 합산한 금액이 6억원을 초과하는 자는 종합부동산세를 납부할 의무가 있어, 설사 재산세 과세대상인 쟁점주택이 위조세특례제한법제99조의3의 규정에 해당한다고 하더라도 그러한 사유만으로 종합부동산세 과세대상 주택에서 제외할 수 없다고 판단된다. 따라서, 쟁점주택을 종합부동산세 과세대상에 포함한 것이 소급과세의 원칙에 어긋난다는 청구주장은 받아들이기 어렵다 하겠다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.