부외경비 감액세액 한도를 고지세액으로 하는지, 경정사업연도 고지세액을 통산한 전체금액으로 할것인지

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구인은 ○○○○주식회사(이하 “청구외법인”이라 한다)의 대표이사이고, 청구외법인은 2002~2005사업연도에 공급가액 544,996,876원에 상당하는 가공매입세금계산서(2002사업연도분 26,618,182원, 2003사업연도분 139,610,418원, 2004사업연도분 66,203,390원, 2005사업연도분 312,564,886원, 이하 “쟁점가공매입액”이라 한다)을 수취하여 각 사업연도 법인세 신고시 손금계상하였다.
• 나. 처분청은 청구외법인에 대한 법인세 조사결과 쟁점가공매입액을 손금불산입하는 등 하여 2008.3.3. 청구외법인에게 법인세 201,994,570원(2002사업연도분 12,302,190원, 2003사업연도분 59,024,530원, 2004사업연도분 26,371,610원, 2005사업연도분 104,296,240원)과 2002년 제2기~2005년 제2기 부가가치세 86,236,240원을 각 경정ㆍ고지함과 동시에, 쟁점가공매입액에 부가가치세 상당액을 합한 금액을 청구외법인의 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액 변동통지를 하였다가, 2008.7.17. 청구외법인이 ○○지방국세청장에게 제기한 이의신청결과, 청구외법인이 2002~2005사업연도 법인세 신고시 손금계상하지 않았다고 주장하는 “부외경비 625,028,310원을 재조사하여 확인된 금액을 손금산입하되, 당초 증액 고지한 세액 201,994,570원의 한도내에서 감액하라”라는 결정에 따라 2008.10.9. 부외경비로 확인된 625,028,310원 중 168,343,600원(2002사업연도분 26,618,182원, 2003사업연도분 139,610,418원, 2004사업연도분 1,456,000원, 2005사업연도분 659,000원)을 각 사업연도의 손금으로 추가인정하여 법인세 72,144,230원(2002사업연도분 12,302,190원, 2003사업연도분 59,024,530원, 2004사업연도분 585,840원, 2005사업연도분 231,670원)을 각 감액경정함과 동시에 동 손금인정액에 부가가치세 상당액을 합한 금액을 각 귀속연도별 당초 상여처분금액에서 감액하였다.
• 다. 이에 청구외법인은 2002~2005사업연도의 신고분 중 가공매입분 적출로 증액경정한 후 불복에 의하여 당초 신고시 반영되지 않았던 부외경비를 손금으로 추가인정하여 감액경정하는 경우에 그 감액할 세액은 각 사업연도 고지세액의 합계액(201,994,570원)에 달하는 세액으로 하여야 한다는 심판청구를 2008.12.17. 지기하였고, 우리 원은 이의신청결정의 주문에 기재된 “당초 증액 고지한 세액 201,994,570원의 한도내에서 감액하라”라는 의미는 각 사업연도별 고지세액 한도(72,144,230원)내를 전제로 한 것이라고 하여 2009.8.27. 기각결정하였으며, 이에 따라 처분청은 청구외법인이 소득금액변동통지금액에 상당하는 근로소득세(원천분)를 납부하지 못하자 이를 취소하고 청구인에게 위와 같은 소득금액변동통지를 한 후 2009.12.8. 청구인에게 종합소득세 2004년 귀속분 13,057,340원 및 2005년 귀속분 135,516,540원을 각 경정ㆍ고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2010.2.1. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은 “당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 않는다”라는 같은 항을 병존설로 해석하여 연도별로 가공금액에 상당하는 금액과 부가가치세 상당액만 감액한 것으로 보이나,국세기본법제22조의2 제1항의 주된 입법취지는 증액경정처분이 있더라도 불복기간의 경과 등으로 확정된 당초 신고 또는 결정세액만큼은 그 불복을 제한하려는데 있다는 점과 “국세기본법제22조의2의 시행 이후에도 증액경정처분이 있는 경우 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립된 존재가치를 잃게 된다고 보아야 할 것이므로 원칙적으로 당초 신고나 결정에 대한 불복기간의 경과여부 등에 관계없이 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되고, 납세의무자는 그 항고소송에서 당초 신고나 결정에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있다고 해석함이 타당하다”라는 대법원의 입장(대법원 2009.5.14. 선고 2006두17390 판결)에 비추어 보면 청구외법인이 제기한 이의신청에 대해 ○○지방국세청장이 결정주문에 기재한 바와 같이 4개 사업연도 기간동안 가공세금계산서 수취금액이 공급가액 기준 544,996,563원이고, 부외경비로 확정되어 손금에 산입할 금액이 625,028,563원이라면 각 연도별로 확정된 당초 신고세액을 초과하는 부외경비도 손금에 산입하는 것이 정당한 것이므로 증액경정의 원인이 된 가공세금계산서상의 공급가액에 부가가치세 상당액을 합한 599,496,219원의 범위내에세 귀속연도에 관계없이 상여로 소득처분한 것은 전부 취소되어야 함이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 국세기본법제22조의2 제1항이 “당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한”이라 하여 경정의 효력이 미치는 범위를 세액기준으로 함에 따라 증액경정이 있는 경우에도 당초에 확정된 세액에 그 경정의 효력이 미치지 못하도록 제한하고 있으므로, 불복청구를 함에 있어서도 당초의 확정된 세액을 초과하는 범위의 세액만이 다툼의 대상이 된다고 하여야 함이 세액을 기준으로 경정의 효력을 정한 위 규정에 비추어 그 타당성이 인정된다 하겠으므로 불복청구의 이유로서는 당초 확정행위의 흠결을 포함한 모든 과세요건 사실의 흠결을 그 대상으로 하지만 청구세액은 당초의 확정된 세액을 초과하는 부분만이 그 대상이 되어야 하고(국심 2003중556, 2003.10.18., 같은 뜻), 법인세 및 소득세의 과세표준 및 세액계산은 사업연도 또는 귀속연도 단위로 하도록 규정된 점을 볼 때, 불복청구대상 세액 및 그 한도액도 사업연도 단위로 구분하여 적용하는 것이 타당하고, 이의신청결정서 주문에서 “세액 201,994,570원 한도내에서 감액”이라 기술한 것은 당연히 각 사업연도별 고지세액 한도내를 전제로 한 것이라는 점에서 각 귀속연도 단위로 당초 손금부인한 가공경비에 해당되는 금액 범위내의 부외경비를 연도별로 증액 고지된 세액의 한도내에서 손금으로 인정한 것과 손금 인정액에 부가가치세 상당액을 더한 금액을 소득처분대상에서 제외한 것은 적법하다.

• 가. 쟁점 2002~2005사업연도의 신고분 중 가공매입분 적출로 증액경정결정ㆍ고지한 후 불복에 의하여 당초 신고시 누락되었던 부외경비를 손금으로 추가인정하여 감액경정하는 경우 감액할 세액의 한도를 사업연도별 고지세액으로 하는지, 아니면 경정한 사업연도의 고지세액을 통산한 전체금액으로 하는지 여부
• 나. 관련법령 국세기본법 (2002.12.18. 법률 제6782호로 개정된 것) 제22조의2【경정 등의 효력】

① 세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다.

② 세법의 규정에 의하여 당초 확정된 세액을 감소시키는 경정은 그 경정에 의하여 감소되는 세액외의 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구외법인은 연간 매출 약 50억원 정도의 소규모 토건업체인데 2002~2005사업연도 중 자료상인 ○○토건으로부터 가공매입세금계산서를 수취하여 손금산입한 데 대하여 처분청이 손금부인하여 과세하자, ○○지방국세청장에게 제기한 이의신청 결과, 청구외법인이 주장하는 부외경비를 재조사하여 부외경비임이 확인된 금액을 손금으로 인정하되, 당초 쟁점가공매입액에 대한 법인세 증액경정ㆍ고지세액 201,994,570원을 한도로 감액하라는 결정에 따라, 처분청은 아래와 같이 청구외법인이 주장하는 부외경비를 조사하여 625,028천원의 부외경비 존재를 확인하고 각 사업연도별로 당초 손금부인한 금액을 한도로 동 부외경비를 손금으로 인정하여 고지세액과 상여처분액을 각 감액결정한 것으로 나타난다. <부외경비 중 연도별 손금인정 내역> (단위: 천원) 구 분 사업연도 당초 경정 재조사 결과 손금인정 대상 부외경비 손금부인 고지세액 손금인정 환급세액 계 544,993 201,993 168,344 72,142 625,028 2002 26,617 12,302 26,617 12,302 333,979 2003 139,610 59,024 139,610 59,024 288,932 2004 66,202 26,371 1,458 585 1,458 2005 312,564 104,296 659 231 659

(2) 처분청이 ○○지방국세청장의 이의신청결정에 따라 부외경비를 손금으로 인정시 당초 각 사업연도별로 손금부인한 가공경비에 상당하는 금액에 대한 증액경정ㆍ고지된 세액의 한도내에서 감액경정한 처분이 정당한지에 대하여 살펴본다. 경정처분을 이유로 불복청구를 하면서 당해 경정처분이 있기 전의 확정행위(신고 또는 결정)의 흠결을 다툴 수 있는지를 보면, 신고나 결정에 의한 당초의 확정행위와 증액경정행위 모두 추상적으로 성립한 조세채무를 구체적으로 확정하는 일련의 행위로서 외형적으로는 각기 별로 독립된 행위로서 나타나지만 실제 있어서는 서로 밀접한 관계를 맺고 있다 하겠다. 또한 처분청이 증액경정을 함에 있어서는 당초의 확정된 세액을 포함하여 당해 조세채무 전체에 대한 최종적이고도 통일적인 인식 내지 확인이라는 전제하에 세액을 확정시킨다는 점과 경정이 유효하게 이루어지면 신고나 결정에 의한 당초의 확정행위는 경정과 모순된 내용을 가진 부분은 존속할 수 없다 하겠다. 이러한 점에 비추어 보면 증액경정이 이루어진 경우에는 신고나 경정에 의하여 확정된 당초의 확정내용의 흠결을 바로잡도록 함이 법적 안정성을 해치지 아니하면서 합법성을 유지하는 길이라 하겠다. 그런데 불복청구의 대상이 당초의 확정행위에 관한 과세요건사실도 포함된다고 할 때에 그 범위에 아무런 제한이 없는지를국세기본법제22조의2 제1항과 관련하여 살펴보면, 전시국세기본법제22조의2 제1항이 “당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한”이라 하여 경정의 효력이 미치는 범위를 세액의 기준으로 하였다. 즉, 증액경정이 있는 경우에도 당초에 확정된 세액에 그 경정의 효력이 미치지 못하도록 국한하고 있으므로, 불복청구를 함에 있어서도 당초의 확정된 세액을 초과하는 범위의 세액만이 다툼의 대상이 된다고 하여야 함이 세액을 기준으로 경정의 효력을 정한 위 규정에 비추어 보아 그 타당성이 인정된다 하겠다. 그러하다면 불복청구의 이유로서는 당초 확정행위의 흠결을 포함한 모든 과세요건 사실의 흠결을 그 대상으로 하지만 청구세액은 당초의 확정된 세액을 초과하는 부분만이 그 대상이 되어야 할 것이다(국심 2003중556, 2003.10.18., 같은 뜻).

(3) 청구인은 ○○지방국세청장이 이의신청결정서 주문에 감세액 한도를 201,994,570원으로 하라고 결정한 데 대하여, 처분청이 각 사업연도 단위로 증액고지된 세액 한도내에서 감액경정하자, 각 사업연도 단위로 한도액을 정한 것은 부당하다고 하면서 각 사업연도 단위가 아닌 전체 경정대상 사업연도를 통산하여 감세액이 201,994,570원에 달할때까지 감액경정하여야 한다고 주장하나, 법인세 및 소득세의 과세표준 및 세액계산은 사업연도 또는 귀속연도 단위로 하도록법인세법등에 규정된 점을 볼 때, 불복청구 대상 세액 및 그 한도액도 사업연도 또는 귀속연도 단위로 구분하여 적용하는 것이 타당하고, 이의 신청결정서 주문에서 “세액 201,994,570원 한도내에서 감액”이라 기술한 것은 당연히 각 사업연도 또는 귀속연도별 고지세액 한도내를 전제로 한 것이라 할 것이다(조심 2008서 4211, 2009.8.27., 같은 뜻).

(4) 따라서 처분청이 각 사업연도 단위로 당초 손금부인한 가공경비에 해당되는 금액 범위내의 부외경비를 사업연도별로 증액 고지된 세액의 한도내에서 손금으로 인정한 것과 손금 인정액에 부가가치세 상당액을 더한 금액만을 소득처분대상에서 제외한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.