사실과 다른 세금계산서 및 토지관련 매입세액에 해당하는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2008.6.10.부터 현재까지 서버스업(건축관련컨설팅업)을 영위하고 있는 법인으로,2008년 제2기 부가가치세 과세기간 중 경기도 용인시 기흥구 B동 산 15 임야 25,289㎡ 외 20필지 91,319㎡(이하 ‘쟁점토지’라 한다)의 취득용역 등과 관련하여 AAA코프 주식회사(이하 “AAA코프”라 한다)로부터 공급대가 66억 원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 부가가치세 예정신고를 하였다.
• 나. NN세무서장은 쟁점세금계산서를 발행한 AAA코프에 대해여 조사한 결과, 쟁점세금계산서 중 공급대가 41억 원을 가공거래로 보아 AAA코프를 자료상으로 고발하고 처분청에 과세자료로 통보하였다.
• 다. 처분청은 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 쟁점세금계산서 중 공급대가 41억 원은 공급자가 사실과 다른 세금계산서이고, 나머지 공급대가 25억 원은 토지관련 매입세액에 해당되는 것으로 보아 매입 세액을 불공제하여 2009.11.6. 청구법인에게 2008년 제2기 부가가치세 142,654,450원과 2008사업연도 법인세 74,545,450원(증빙불비가산세)을 경정ㆍ고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2009.11.17. 이의신청을 거쳐 2010.1.때 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인 대표이사 최CC은 2008년 상반기에 사업상 친분관계에 있는 AAA코프 대표이사 유MM으로부터 주식회사 서해종합건설이 소유하고 있는 쟁점토지가 신도시 계획에 포함되어 아파트건설부지로써 사업전망이 좋다는 이야기를 듣고, DD건설 임원과 상의한 바, DD건설은 쟁점토지에 신축할 아파트의 시행권은 최CC, 시공권은 DD건설이 갖는 것으로 합의하였음에 따라 최CC은 청구법인을 설립하였다. 청구법인은 시공사인 DD건설과 합의하여 쟁점토지의 사업권 취득 및 인허가와 관련된 용역일체를 AAA코프에게 위임하는 조건으로 용역대가 66억 원에 용역계약을 체결한 후, 청구법인과 주식회사 EE종합건설은 2008.6.26. AAA코프의 중개로 쟁점토지 매매계약(매매대금 1,500억 원)을 체결하였고, AAA코프는 쟁점토지에 대한 사법 허가의 원활한 업무진행을 위하여 용역대가의 선지급을 요청하였는바, 청구법인은 2008.7.3. AAA코프에게 용역대가 66억 원을 선지급하고 쟁점세금계산서를 수취하였다. 청구법인과 AAA코프간 체결한 용역계약서에 쟁점토지 중개수수료를 별도 표시하지 아니한 것은 용역의 주요대상이 쟁점토지에 대한 아파트건설사업 계획승인일까지 필요한 시행용역이고, 중개수수료는 전체 용역대가에서 차지하는 비율이 미비(법정수수료 0.9%)하기 때문이다. 따라서, 쟁점세금계산서는 청구법인과 AAA코프가 쟁점토지에 대한 아파트건설 사업인가나 명도에 대한 용역계약을 이행하고 대금을 지급한 후 수수한 정당한 세금계산서이므로 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 AAA코프는 쟁점토지의 개발사업권을 갖고 있던 주식회사 한국 도시개발산업(이하 “한국도시개발산업”이라 한다)과 주식회사 FFF산업개발(이하 “FFF산업개발”이라 한다)을 청구법인에게 소개하여 쟁점토지의 개발사업권을 양도하게 하는 용역만을 제공한 것으로, NN세무서장이 AAA코프에 대하여 조사한 결과, AAA코프가 청구 법인으로부터 수령한 66억 원 중 25억 원(공급가액 2,272,727,272원)은 쟁점토지 중개와 관련한 수수료로 AAA코프가 직접 사용하고, 나머지 41억 원(공급가액 3,727,272,727원)은 한국도시개발산업(30억 원)과 FFF 산업개발(11억 원)에게 각각 지급한 것으로 확인되었는바, 쟁점토지에 대한 개발사업권을 소유하고 있던 한국도시개발산업과 FFF산업개발은 쟁점토지에 대한 사업성분석 등을 모두 마친 상태에서 쟁점토지에 대한 개발사업권을 청구법인에게 양도하였기에 한국도시개발산업과 FFF산업개발이 AAA코프에게 별도로 제공한 용역은 없고, AAA코프도 청구법인이 개발사업권을 양도받을 수 있게 소개한 용역 외에 별도로 제공한 용역은 없는 것으로 조사되었다. 따라서, 청구법인은 쟁점토지에 대한 개발사업권을 한국도시개별과 FFF산업개발로부터 양도받으면서 관련 세금계산서는 AAA코프로 부터 받았으므로 쟁점세금계산서 중 공급대가 41억 원은 공급자가 사실과 다른 세금계산서이고, 나머지 공급대가 25억 원은 쟁점토지 중개수수료로 토지관련 매입세액에 해당하므로 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서 및 토지관련 매입세액에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령 등

○ 부가가치세 제17조【납부세액】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. 제16조 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액

○ 부가가치세 시행령 제60조【매입세액의 범위】

⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 "대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액"이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

• 다. 사실관계 및 판단 처분청은 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 계금계산서나 토지관련 매입세액으로 보아 이 건을 처분한 것에 대하여 청구법인은 부가가치세 과세대상인 용역거래를 한 정당한 세금계산서라고 주장승고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. (1) 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호에서 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로서 ‘같은 법 제16조 제1항 및 제2항 제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 교부받지 아니한 경우에는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지에 따른 기재 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액’로 규정하고 있고, 같은 항 제4호에 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로서 ‘부가가치세가 면제되는 재화 띄는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액과 대통령령이 정하는 토지 관련 매입세액’으로 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제60조 제6항 제1회는 법 제17조 제2항 제1호에서 대통령령이 정하는 토지 관련 매입세액의 하나로 ‘토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액’으로 규정하고 있다.

(2) NN세무서장이 쟁점세금계산서를 발행한 AAA코프를 조사한 복명서를 보면, AAA코프 대표이사인 유MM은 쟁점토지 개발사업 권을 가지고 있는 한국도시개발산업을 청구법인에게 소개한 대가로 5억 원(공급대가)을 수령하는 과정에서 한국도시개발산업이 쟁점묘지 개발사업권을 청구법인에게 양도한 대가 41억 원(공급대가)도 엠다엠 코프 명의로 지급할 수밖에 없었기에 계약서를 허위로 작성하여 청구 법인에게 쟁점세금계산서를 발행하였다고 시인하였고, AAA코프 계좌에 대한 금융거래 확인조사를 실시한 바, 유MM의 진술과 같이 41억 원을 한국도시개발산업과 FFF산업 개발 계좌로 입금되었고, 나머지 25억 원은 AAA코프의 법인 운영자 금 등으로 사용된 것으로 확인되었다.

(3) AAA코프 대표이사 유MM과 NN세무서 조사담당 직원이 2009.3.25. 작성한 문답서를 보면, 유MM은 쟁점세금계산서에 취지 매입 및 명도와 관련한 모든 업무의 대행수수료로 기재되어 있으나 실제로는 청구법인에게 본 사업권을 준 수수료와 한국도시개발산업 및 FFF산업개발이 이미 실시한 각종 작업 등의 대가라고 보아야 하고, 한국도시개발산업 및 FFF산업개발이 쟁점토지에 대한 사업성 분석 및 지주작업을 대부분 마친 상태이어서 청구법인과 용역계약서를 체결할 당시 한국도시개발산업로부터 추가로 제공받은 용역은 사실상 없는 상황이었으며, AAA코프가 청구법인으로부터 수령한 66억 원 중 한국도시개발산업 및 FFF산업개발에게 지급한 30억 원과 11억 원은 쟁점토지 개발사업권 양도에 대한 대가이고, 나머지 25억 원은 쟁점 토지 중개수수료라고 진술하였다.

(4) 청구법인은 AAA코프와 체결한 사업시행용역계약서와 서해종합건설과 체결한 쟁점토지 매매계약서(2008.6.26.)를 제시하며, 쟁점세금계산서가 부가가치세 과세대상 용역거래에 대한 세금계산서라고 주장하나, 쟁점토지에 대한 아파트 건설사업은 현재 인가가 이루어지지 아니한 상태에 있고 AAA코프가 청구법인에게 쟁점토지를 중개한 사실 외에 어떠한 다른 용역을 제공한 사실이 확인되지 아니한다.

(5) 관계법령과 위의 사실을 종합하면, 토지의 취득 및 택지의 구성 등에 관련된 매입세액은 매입세액 공제대상이 아닌 것으로 규정하고 있는 바, AAA코프가 청구법인으로부터 수령한 공급대가 66억 원 중 25억 원은 쟁점토지를 청구법인에게 중개한 것에 대한 대가이어서 청구 법인은 동 금액이 토지관련 매입세액에 해당하고, 나머지 공급대가 41억 원과 관련하여서는 AAA코프가 청구법인에게 용역을 공급한 사실이 확인되지 아니하므로 청구법인이 AAA코프로부터 쟁점토지 양도나 아파트건설 사업인가를 이행받고 대금을 지급한 정당한 세금계산서라는 주장을 받아들일 수 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.