처분의 근거 법령이 헌법에 위반되는지 여부는 헌법재판소에서 판단할 사항임

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2008.1.31. 개업하여 반도체, 태양전지용 실리콘 제조업을 영위하는 법인사업자로서 2008.3.23. ○○소재 ○○사와 ○○생산 및 정화시설 설계 및 관련 서비스(이하 “쟁점기술”이라 한다) 도입계약을 체결하고 2008년 4월 ○○사에 지급한 기술도입대가 38억 5,131만원(이하 “쟁점기술도입대가”라 한다)에 대하여 2008.5.10. 법인원천세 577,847,160원(이하 “쟁점원천세”라 한다)을 징수이행신고하고 2008.5.13. 납부하였다가 2008.8.29. 지식경제부장관으로부터 쟁점기술의 도입대가에 대한 조세면제 확인을 받고 2009.11.3. 기납부한 쟁점원천세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.
• 나. 처분청은 쟁점원천세에 대하여 조세면제 확인전에 이미 납부된 것이므로 조세면제 대상이 아니라 하여 2009.12.11. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.1.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 연간 2,400MT의 태양광 폴리실리콘 생산공장을 건설하기 위하여 2008.3.23. ○○사와 쟁점기술에 대한 도입계약을 체결하고 1단계(최초보증금) 2008.4.11.까지 249만유로, 2단계 기술이전 후 2008.5.31.까지 249만유로, 3단계 기술이전 후 2008.7.31.까지 249만유로, 4단계 기술이전 완료시 83만유로, 합계 830만 유로를 지급하기로 하였다. 2008.4.10. ○○사에 1단계로 최초보증금 249만유로를 지급하면서 그에 따른 쟁점원천세(373,500유로) 및 특별징수주민세(37,350유로), 합계 410,850유로를 원천징수한 후 2008.5.13. 쟁점원천세를 납부하였으며, 2008.8.18. 쟁점기술에 대하여 지식경제부장관에게 조세면제확인신청을 하여 2008.8.29. 조세면제가 된다고 확인받았으므로 그 전에 이미 납부한 쟁점원천세에 대하여도 조세면제가 적용되어야 함에도 처분청은 조세면제 확인받기 전에 납부된 세액이라는 이유로 경정청구를 거부하였다. 조세특례제한법 시행령 제116조의12 제4항 중 조세면제 신청기한을 당해 기술도입계약이 체결된 날부터 1년으로 규정한 이유는 관련 준비기간이 최소한 1년 정도가 필요하다는 점을 고려한 것이나, 같은 조항 중 후단의 기술도입대가의 최초 지급일 이내에 조세면제 신청하지 아니하는 경우에 조세면제 혜택을 받지 못하도록 한 규정은 조세면제 요건을 충족한 납세의무자에 대하여 기술도입대가의 최초 지급일이 빠르다는 불합리한 이유만으로 조세면제혜택을 실질적으로 배제 또는 제한하는 것인 바, 이는 조세면제 혜택의 부여를 통하여 고도의 기술도입을 촉진하고 국내산업의 국제경쟁력 강화에 기여하고자 하는 위 조세면제제도의 기본취지에 어긋난다고 할 수 밖에 없는 점에서 위의 규정은 동 법률에 정한 조세면제제도의 취지에 위배되고, 기술도입계약 체결후 1년 이내에 대가를 지급한 납세의무자는 어떠한 합리적인 이유없이 계약체결후 1년 이후 대가를 지급한 납세의무자에 비해 조세면제를 신청할 수 있는 기간이 줄어들게 되는 불이익 내지 차별대우를 감수할 수 밖에 없는 점에서 헌법상 보장된 국민평등의 원칙에 어긋나는 위헌규정에 해당되므로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 기술도입대가에 대한 조세면제 확인 이전에 이미 기술도입대가가 지급되어 원천징수의무자가 관련 세액을 원천징수하여 이미 납부한 세액은 조세특례제한법 제121조의6 제3항 단서에 따라 환급할 수 없으므로 이 건 경정거부 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 조세면제 확인 이전에 기지급한 기술도입대가에 대한 원천징수·납부액에 대하여 환급할 수 없다고 규정한 조세특례제한법 시행령 제116조의12 제4항 이 동 법률에서 정한 조세면제제도의 취지에 위배된 규정 및 헌법에 보장된 평등권의 원칙에 위배된 위헌이라는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령

○ 헌법 제11조

① 모든 국민은 법 앞에 평등하다. 누구든지 성별ㆍ종교 또는 사회적 신분에 의하여 정치적ㆍ경제적ㆍ사회적ㆍ문화적 생활의 모든 영역에 있어서 차별을 받지 아니한다.

○ 헌법 제107조

① 법률이 헌법에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 법원은 헌법재판소에 제청하여 그 심판에 의하여 재판한다.

② 명령ㆍ규칙 또는 처분이 헌법이나 법률에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 대법원은 이를 최종적으로 심사할 권한을 가진다.

③ 재판의 전심절차로서 행정심판을 할 수 있다. 행정심판의 절차는 법률로 정하되, 사법절차가 준용되어야 한다.

○ 헌법 제111조

① 헌법재판소는 다음 사항을 관장한다.

1. 법원의 제청에 의한 법률의 위헌여부 심판

5. 법률이 정하는 헌법소원에 관한 심판

○ 헌법재판소법 제2조 【관장사항】 헌법재판소는 다음 사항을 관장한다.

1. 법원의 제청에 의한 법률의 위헌여부 심판

○ 국세기본법 제55조 【불 복】

① 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다.

○ 조세특례제한법 제121조의6 【기술도입대가에 대한 조세면제】

① 국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 고도의 기술을 도입하는 계약으로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 계약을 체결한 경우 당해 계약의 내용에 따라 기술을 제공하는 자가 받는 기술도입대가에 대한 법인세 또는 소득세는 당해 계약에서 최초로 그 대가를 지급하기로 한 날(2009년 12월 31일 이전인 경우에 한한다)부터 5년 동안 이를 면제한다.

② 기술도입계약에 의하여 기술을 제공하는 자가 제1항의 규정에 의하여 조세를 면제받고자 할 때에는 기획재정부령이 정하는 바에 따라 기획재정부장관에게 면제신청을 하여야 한다.

③ 기술도입계약에 의하여 기술을 제공하는 자가 제2항의 규정에 의한 조세면제의 신청기한 경과후 면제신청을 하고, 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 면제를 확인받은 경우에는 그 면제를 신청한 과세연도와 그 후의 잔존면제기간에 한하여 제1항의 규정을 적용한다. 이 경우 기술도입계약에 의하여 기술을 제공하는 자가 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 면제를 확인받기 이전에 이미 납부한 세액이 있는 경우에는 당해 세액은 이를 환급하지 아니한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제116조의12 【기술도입대가에 대한 조세면제 기준 등】

① 법 제121조의6 제1항에서 “대통령령이 정하는 기준에 해당하는 계약”이라 함은 기획재정부장관이 외국인투자촉진법 제27조 의 규정에 의한 외국인투자위원회의 심의를 거쳐 정하는 기술로서 제116조의 2 제2항 각호의 기준에 해당하는 외국인투자촉진법에 의한 기술도입계약을 말한다.

② 기획재정부장관은 법 제121조의6 제2항의 규정에 의한 조세면제의 신청을 받은 때에는 20일 이내에 당해 기술이 제1항의 기준에 해당하는지의 여부를 검토하여 그 면제여부를 확인한 후 이를 신청인에게 통지하여야 한다. 이 경우 조세면제대상이 아닌 것으로 확인한 때에는 그 사유를 명시하여야 한다.

③ 기획재정부장관은 제2항의 규정에 의하여 면제여부를 확인하는 경우 부득이하게 장기간이 소요되는 때에는 20일의 범위내에서 그 처리기간을 연장할 수 있다. 이 경우에는 그 사유 및 처리기간을 신청인에게 통지하여야 한다.

④ 법 제121조의6 제2항의 규정에 의한 조세면제의 신청은 당해 기술도입계약이 체결된 날부터 1년 또는 기술도입대가의 최초 지급일 중 먼저 도래하는 날 이내에 하여야 한다.

○ 조세특례제한법 시행규칙 제51조의6 【기술도입계약에 대한 조세면제 신청】 법 제121조의6 제2항의 규정에 의하여 조세의 면제를 신청하고자 하는 자는 기술도입대가에 대한 법인세 등의 면제신청서 2부에 도입하고자 하는 기술이 조세면제대상에 해당하는 것임을 증명 또는 설명하는 서류를 첨부하여 주무부장관에게 제출하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 헌법 제111조 제1항은 법률의 위헌여부에 관한 심판은 헌법재판소가 관장하는 것으로 규정하고 있고, 제107조 제2항은 명령ㆍ규칙 또는 처분이 헌법이나 법률에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 대법원은 이를 최종적으로 심사할 권한을 가진다고 규정하고 있으며, 국세기본법 제55조 제1항 은 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다고 국세심판청구의 대상에 관하여 규정하고 있다.

(2) 청구법인은 쟁점기술의 도입대가에 대한 조세면제를 확인받았음에도 조세면제 확인 이전에 기지급한 쟁점기술도입대가에 대한 원천징수·납부액에 대하여 환급할 수 없다고 규정한 조세특례제한법 시행령 제116조의12 제4항 이 조세면제제도의 취지에 위배되고, 헌법상 보장된 국민평등의 원칙에 위배되어 위헌이라는 주장이나, 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있으나, 이 건의 경우와 같이 구체적인 처분의 근거 법령이 헌법에 위반되는지 여부는 헌법재판소의 관장사항으로서 심판청구의 범위를 벗어난 것이므로 위와 같은 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.