청구법인이 재활용폐자원 등의 매입세액공제신고서에 매입사실을 입증할 수 있는 자료를 제시하지 않고 있으므로 재활용폐자원 등에 대한 매입세액공제를 받을 수 없음
청구법인이 재활용폐자원 등의 매입세액공제신고서에 매입사실을 입증할 수 있는 자료를 제시하지 않고 있으므로 재활용폐자원 등에 대한 매입세액공제를 받을 수 없음
1. ○○○세무서장이 2009.9.17. 주식회사 ○○○에게 한 2007년 제1기~2008년 제2기 부가가치세 6,126,129,460원 및 2007~2008사업연도 법인세 1,397,381,370원의 부과처분은 사실과 다른 세금계산서로 본 38,056백만원에 대하여 가공 및 위장거래 금액을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.
2. 나머지 심판청구는 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 반도체 검사장비를 개발하는 코스닥상장법인으로서 ○○○ 등과 업무협업을 통해 고도의 기술을 연구개발하였고 2005년 10월에는 벤처기업대상을 수상하기도 하였으며 정부로부터 20.11억원의 출자를 받고 유상증자 및 전환사채의 출자전환 등을 통해 자기자본이 약 222억원, 당좌자산이 약 156억원, 유동부채는 약 20억원에 불과한 건전한 회사로서, 2007.9.14. ○○○이 청구법인 주식 672,645주를, 2007.10.11. ○○○이 2,939,023주를, 2007.11.27. ○○○의 사위 ○○○이 393,555주를 각 인수하여 ○○○이 청구법인의 대주주가 되었고, 2007.10.29. ○○○이 청구법인의 대표이사로, ○○○이 등기이사로 각 선임되면서 기존 대표이사와 등기이사들이 사임하여 청구법인의 경영권을 장악한 후 2007.11.29. 체납법인의 주주인 ○○○으로부터 체납법인 주식지분 100%를 인수하기로 하는 주식양수도계약(이하 “쟁점주식양수도계약”이라 한다)을 체결하여 주식을 취득하였다가 2008.4.24. ○○○이 횡령 및 배임혐의로 대표이사직에서 해임되고 2008.7.25. ○○○이 이사직에서 각 해임되었는바, 청구법인은 아래와 같은 이유로 체납법인의 과점주주에 해당하지 아니하므로 제2차 납세의무자에 해당하지 아니한다. (가) 청구법인의 쟁점주식양수도계약 중 ○○○ 소유주식 지분 취득계약 행위 등은 허위거래 내지 가공거래에 해당한다. 청구법인의 전 대표이사 ○○○이 2007.11.29. 쟁점주식양수도시 ○○○ 외 2인에게 각 대금을 지급한 것으로 영수증을 작성하였으나, ○○○이 2007.11.29. 체납법인의 주식 166,000주(지분 62.4%, 이하 “쟁점○○○주식”이라 한다)를 매매대금 3,744백만원에 양도한 행위에 대하여 ○○○세무서장이 양도소득세를 과세함에 따라 쟁점○○○주식의 실질소유자가 ○○○이고 자신은 단순한 명의대여자로서 양도소득세 부과가 부당하다며 ○○○의 확인서 등을 첨부하여 경정청구를 한 결과, ○○○세무서장은 경정청구를 받아들여 양도소득세를 취소하고 명의신탁에 대한 증여세 과세를 위한 증여가액 평가시 매매가액 3,744백만이 실지 특수관계자간(○○○과 청구법인간)거래이고 2개월만에 주당 액면가액(500원)의 45배에 해당하는 22,556원에 거래된 것은 정상적인 가액이 아니라고 보아 보충적평가방법(주당 순자산가치)에 의한 가액(주당 680원)으로 하여 112,910,018원을 증여가액으로 보아 명의신탁에 따른 증여세 27백만원을 과세하였고, ○○○의 각 확인서에서도 쟁점○○○주식 지분(62.4%)에 대한 대금 지급사실이 없다고 진술하였으므로, 청구법인의 쟁점주식양수도계약 중 쟁점○○○주식 지분 취득은 허위거래 내지 가공거래에 해당하여 청구법인의 체납법인 주식취득 지분은 50% 미만으로 보아야 한다. (나) 청구법인이 체납법인의 쟁점○○○주식 166,000주(62.4%)를 인수한 것은 상법 제398조 이사의 자기거래 의무를 위반한 것이므로 무효에 해당한다. 이사는 이사회의 승인이 있는 때 비로소 자기 또는 제3자의 계산으로 회사와 거래할 수 있고(상법제398조), ○○○은 “대표이사가 한 이사회의 승인이 없는 자기거래 행위는 회사와 이사 간에는 무효”라고 판시하고 있는바(○○○판결 등), 청구법인 이사회결의시 ○○○ 외 2명으로부터 체납법인 주식 100%를 인수하는 계약에 관한 승인이 있었으나, 이는 ○○○ 등과의 거래를 승인한 것이지, 청구법인과 대표이사 ○○○과의 거래를 승인한 것은 아니며, 이사회회의록과 공시자료 어디에도 이사의 자기거래로 이사회에 안건이 상정되어 있거나 이사의 자기거래에 대한 공시자료가 없으므로, 대표이사 ○○○의 체납법인 주식 166,000주의 자기거래는 이사회의 승인을 받지 아니한 것으로서 무효에 해당한다. (다) 대표이사 ○○○이 체납법인의 주식을 인수한 것은 대표권을 남용한 것이므로 무효에 해당한다. 주식회사의 대표이사가 영리목적과 관계없이 자기 또는 개인적인 이익을 도모할 목적으로 그 권한을 남용한 경우 거래상대방이 대표이사의 진의를 알았거나 알 수 있었을 때에는 그 행위는 회사에 대하여 무효가 된다는 것이 ○○○의 일관된 판례로서, 쟁점주식양수도 계약은 ○○○이 개인채무변제 자금을 마련하기 위한 목적에서 이루어진 것으로서, ○○○세무서장의 순자산가치 평가액 기준 주당 680원의 주식을 주당 22,556원에 인수하여 무려 33배에 이르는 금액으로 매매계약을 한 것으로 볼 때, 거래상대방이 대표이사 ○○○의 진의를 알 수 있었을 것이 명확하여 대표권의 남용행위로 보아야 한다.
(2) 청구법인은 체납법인에 대하여 실질적으로 출자지분에 관한 권리를 행사하거나 경영에 관여한 사실이 없는바, ○○○은 자금력이 없는 관계로 사채를 끌어들여 청구법인 주식을 인수한 후 대주주가 되어 경영권을 장악하고, 빌린 사채상환을 위해 친구 ○○○가 대표이사로 있는 체납법인의 주식을 허위로 인수하면서 가격을 부풀려 비자금을 조성하여 동 비자금으로 사채를 상환하였는바, ○○○은 체납법인을 비자금의 창구로 이용한 것이지 주식을 취득하여 출자지분에 관한 권리를 행사하려는 목적이 아니었으며, 외관상 체납법인은 청구법인의 자회사였기에 ○○○를 대표이사로 명의상 등재하였을 뿐, 체납법인으로부터 대표이사에 대한 급여 등의 지급사실이 없고, 청구법인이 체납법인에 대한 출자자로서 신규투자, 자금관리, 영업, 배당 등에 관여하거나 권리를 행사한 바가 없으며, 2007사업연도 체납법인의 결산서상 당기순이익 537백만원에 대하여 청구법인이 배당 등에 관한 회의나 의사결정 등을 한 사실도 없으므로, 청구법인의 출자지분에 관한 권리를 실질적으로 행사한 사실이 없는 것으로 보아야 하므로, 청구법인은 제2차 납세의무자에 해당하지 않는다.
(3) 처분청은 체납법인이 허위사업자 및 자료상을 통한 위장매입 38,056백만원으로 부당하게 매입세액 공제를 받았다고 보았는바, 체납법인의 사실과 다른 세금계산서 수취에 따른 10%의 매입세액불공제는 인정하더라도 체납법인이 재활용폐자원사업을 영위하여조세특례제한법제108조 규정에 따른 6/100의 매입세액 공제를 하는 것이 타당하므로, 청구법인은 체납법인의 위장매입에 관한 구체적인 거래증빙 자료가 없어 재활용폐자원 매입세액공제금액 산정이 어렵지만, 처분청에서 금융조사를 통하여 실매입처를 확인하였을 것이므로 확인된 실매입처에 대하여는 6/100의 매입세액 공제를 하여야 한다.
(4) 체납법인은 폐비철을 전선제조업체 등에 공급하는 폐비철 수집상으로 매출총이익률이 10% 정도이고 단순경비율은 95.6%로서, 체납법인에 대한 ○○○의 고발서를 보면, 실물거래와 별도로 허위세금계산서 수취분 공급가액 38,056백만원, 실물거래와 별도로 허위세금계산서 작성교부분 공급가액 5,343백만원, 실물거래 없이 가공세금계산서 작성교부분 공급가액 2,498백만원으로 되어 있으며, 신고매출액 61,295백만원은 대부분 정상적인 거래로 확인하고, 신고매입액 59,616백만원 중 38,056백만원(63.8%)이 허위사업자나 자료상으로부터 세금계산서를 수취한 것으로 보았는바, 체납법인의 매입 중 가공매입이 없고 위장매입만 38,056백만원이 있다면 법인세를 추계결정할 것이 아니라 매출에서 가공매출 2,498백만원을 차감하고 매출원가는 그대로 인정하는 것이 당연하다고 할 것으로서, 처분청이 체납법인의 매입 중 38,056백만원이 위장매입에 해당한다고 주장하면서 매출원가를 인정하지 않는 것은 부당하고, 38,056백만원이 위장매입이 아닌 가공매입에 해당한다면 이에 대응하는 가공매출에 대하여 부과된 부가가치세 및 법인세를 취소하는 것이 타당하다.
(5) 처분청에서는 법인세법 시행령제104조 제1항 제1호의 소득금액을 계산함에 필요한 장부 및 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에 해당된다고 보아 법인세를 단순경비율로 추계결정 하였는바, 부분자료상이라 하더라도 가공매출과 가공매입을 제외하고 장부와 증빙에 의해 각 사업연도소득을 계산할 수 있는 경우에는 실질과세원칙에 의해 소득금액을 계산하여야 하는 것이므로 법인세를 추계결정이 아닌 실지조사를 하여 결정하는 것이 타당하다.
(1) 청구법인은 2007.11.29. ○○○에 한 공시자료를 통해 청구법인의 기업가치 증대를 위하여 비철금속 재활용 신규사업에 진출할 것을 2007.10.29. 임시주주총회에서 승인받아 체납법인 지분 100%를 2007.11.29. 5,999백만원에 인수할 예정임을 공시한 후(이사회 결의 2007.11.29.), 2007.11.29.~2007.11.30. 수표지급, 계좌이체 방식으로 주식양수도대금을 지급하고 지분취득을 완료하였으므로 체납법인의 주식지분 취득은 절차상 하자가 없는 적법한 거래라고 하겠으며, 청구법인이 ○○○ 외 2인을 배임혐의로 고소한 사유에서 쟁점주식양수도계약에 의한 체납법인 주식지분 취득이 회사의 이익에 반하여 무효라는 언급이 없는 것으로 보아 쟁점주식양수도계약에 대하여 청구법인도 유효한 계약으로 인정하고 있다고 봄이 타당하고, 설사 무효라고 언급하였다 하더라도 형식·절차상 하자가 없는 쟁점주식양수도계약은 법원에서 무효 확정판결이 있기 전까지는 법적으로 유효한 계약이라고 할 것이다.
(2) 2007.12.11. 청구법인의 이사 ○○○을 체납법인의 대표이사로 선임하고, 2007.12.21. 체납법인의 증자주식 260만주를 인수하면서 증자대금 13억원을 납입하는 등 체납법인의 과점주주로서의 실질적 권한을 행사하였고, ○○○을 배임사유로 고소한 2008.5.27.에는 청구법인의 이사인 ○○○를 체납법인의 대표이사로 교체선임하는 등 과점주주로서의 실질적 지배를 하였으므로 청구법인을 제2차 납세의무자로 지정하고 납부통지를 한 것은 정당하다. (3) 조세특례제한법 시행령 제110조 제5항 및 제6항에서 조세특례제한법제108조의 규정에 의한 매입세액 공제를 받고자 하는 자는 재활용폐자원 등의 매입세액공제신고서에 매입처별계산서 합계표 또는 영수증을 첨부하고, 세금계산서 또는 신용카드매출전표 등을 제출하는 경우에 매입세액공제를 적용하도록 규정하고 있는바, 위장매입금액에 대하여 거래사실을 입증할 수 있는 거래증빙을 제시하지 않고 있으므로 재활용폐자원 등에 대한 매입세액공제 적용을 할 수 없다.
(4) 체납법인은 금속가공업체에게 폐비철을 공급하는 최종수입상으로서 처분청의 세무조사에서 매출처 중 ○○○의 허위사업자를 제외하고 매출대금 반환 등 가공거래 협의점을 발견할 수 없었으며, 주매출처인 ○○○의 세무조사에서 청구법인과의 거래금액 112억원에 대하여 정상거래로 조사된 사실, 이원우의 허위세금계산서 발행을 주도한 ○○○가 야적장에 입고된 수량을 확인하여 허위사업자명의로 허위세금계산서를 발행하고, 허위사업자의 사업용 계좌 및 ○○○의 차명계좌를 통하여 물품대금을 지급하였다고 진술한 사실, 매입처 ○○○의 세무조사에서 실행위자 신성돌이 실공급자에게 현금인출하여 지급한 것으로 조사된 사실, 매입처 ○○○의 세무조사에서 실물거래가 존재한 것으로 조사된 사실 등을 감안하면, 체납법인이 ○○○의 허위사업자 및 자료상으로부터 수취한 매입세금계산서 345매 공급가액 38,056백만원에 대하여 위장거래로 보아 처분한 것은 정당하다. (5) 법인세법 시행령제104조 제1항 제1호에서 소득금액을 계산함에 필요한 장부 및 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우에는 추계결정하도록 규정하고 있는바, 청구법인이 보관하고 있는 체납법인의 장부는 전체 매입 59,412백만원 중 ○○○의 허위사업자와 자료상 허위매입 38,056백만원(64%)이 포함되어 있는 등 실제거래처를 확인할 수 없는 허위장부로 확인되고, 실행위자 ○○○의 도피성 출국으로 실거래처를 확인하기 위해 금융조사를 실시한 결과 ○○○을 통한 매입의 경우 금융거래가 조작되어 추적이 불가능하였고, ○○○의 허위사업자의 경우 체납법인에서 출금된 271억원 중 131억원만이 실제 거래처로 추정되는 자에게 계좌이체 되었으며, 7억원은 체납법인에게 다시 회수되었고, 5억원은 출자자인 ○○○ 등에게 지급되었으며, 78억원의 현금출금액도 동일한 방식으로 사용되었을 것으로 추정할 수 있어 위 271억원이 모두 실제거래처에 지급되었다고 할 수 없고, 청구법인이 보유하고 있는 장부에도 현금출금과 관련하여 거래사실을 증빙할 수 있는 내용이 없으며, 실행위자 ○○○의 도피성 해외출국으로 거래사실을 입증할 증빙이 없으므로, 법인세법 시행령제104조 제1항 제1호 규정에 따라 법인세를 추계결정한 당초 처분은 정당하다.
(1) 청구법인에 대한 제2차 납세의무자 지정 및 체납액 납부통지 행위의 정당여부
(2) 체납법인에 대한 부가가치세 및 법인세 부과처분의 정당여부
2. 과점주주 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자
② 제1항 제2호에서 “과점주주”라 함은 주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자로서 그들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)을 말한다.
(2) 부가가치세법 제17조 【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 “매입세액” 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.
1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액
2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액
② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의2. 제16조 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (3) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.
(4) 조세특례제한법 제108조 【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세매입세액 공제특례】① 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자가 국가ㆍ지방자치단체 기타 대통령령이 정하는 자로부터 재활용폐자원 및 중고품을 2009년 12월 31일까지 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 재활용폐자원에 대하여는 취득가액에 106분의 6을 곱하여 계산한 금액을, 중고품에 대하여는 취득가액에 110분의 10을 곱하여 계산한 금액을 부가가치세법제17조 제1항의 규정에 의한 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다. (5) 법인세법 시행령 제104조 【추계결정 및 경정】① 법 제66조 제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
1. 소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우
2. 기장의 내용이 시설규모, 종업원수, 원자재ㆍ상품ㆍ제품 또는 각종 요금의 시가 등에 비추어 허위임이 명백한 경우
② 법 제66조 제3항 단서의 규정에 의한 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 1의 방법에 의한다.
1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.
2. 기준경비율이 결정되지 아니하였거나 천재ㆍ지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일 업종의 다른 법인의 소득금액을 참작하여 그 과세표준을 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 동일 업종의 다른 법인이 없는 경우로서 과세표준신고 후에 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 법 제60조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하고 과세표준신고 전에 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 직전사업연도의 소득률에 의하여 과세표준을 결정 또는 경정한다. 제105조 【추계결정ㆍ경정시의 사업수입금액 계산】① 내국법인의 각 사업연도의 사업수입금액을 장부 기타 증빙서류에 의하여 계산할 수 없는 경우 그 사업수입금액의 계산은 다음 각 호의 방법에 의한다.
1. 기장이 정당하다고 인정되어 기장에 의하여 조사결정한 동일 업종의 업황이 유사한 다른 법인의 사업수입금액을 참작하여 계산하는 방법
2. 국세청장이 사업의 종류ㆍ지역 등을 감안하여 사업과 관련된 인적ㆍ물적 시설(종업원ㆍ객실ㆍ사업장ㆍ차량ㆍ수도ㆍ전기 등)의 수량 또는 가액과 매출액의 관계를 정한 영업효율이 있는 경우에는 이를 적용하여 계산하는 방법
3. 국세청장이 업종별로 투입원재료에 대하여 조사한 생산수율이 있는 경우에는 이를 적용하여 계산한 생산량에 당해 사업연도 중에 매출된 수량의 시가를 적용하여 계산하는 방법
② 제1항의 규정에 의하여 수입금액을 추계결정 또는 경정한 경우에도 법인이 비치한 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 있는 경우에는 당해 사업연도의 과세표준과 세액은 실지조사에 의하여 결정 또는 경정하여야 한다. (6) 조세특례제한법 시행령 제110조 【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례】① 법 제108조 제1항에서 “기타 대통령령이 정하는 자”라 함은 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자(면세사업과 과세사업을 겸영하는 경우를 포함한다)와 부가가치세법 제25조 에 규정된 간이과세자를 말한다.
③ 법 제108조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 사업자의 범위는 다음과 같다.
1. 폐기물관리법에 의하여 폐기물중간처리업허가를 받은 자(폐기물을 재활용하는 경우에 한한다) 또는 폐기물재활용신고를 한 자
5. 기타 재활용폐자원을 수집하는 사업자로서 기획재정부령이 정하는 자
④ 법 제108조의 규정에 따라 매입세액공제를 받을 수 있는 재활용폐자원 및 중고품(이하 이 조에서 “재활용폐자원 등”이라 한다)의 범위는 다음과 같다.
⑤ 법 제108조의 규정에 의한 매입세액공제를 받고자 하는 자는 부가가치세법 제18조 또는 동법 제19조의 규정에 의한 신고시 기획재정부령이 정하는 재활용폐자원 등의 매입세액공제신고서에 소득세법 제163조 또는 법인세법 제121조 의 규정에 의한 매입처별계산서합계표 또는 영수증을 첨부하여 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. 이 경우 재활용폐자원 등의 매입세액공제신고서에 다음 각 호의 사항이 기재되어 있지 아니하거나 그 거래내용이 사실과 다른 경우에는 매입세액을 공제하지 아니한다.
1. 공급자의 등록번호(개인의 경우에는 주민등록번호)와 명칭 및 대표자의 성명(개인의 경우에는 그의 성명)
⑥ 제5항의 규정에 의한 매입세액의 공제에 관하여는 부가가치세법 시행령 제60조 제1항 의 규정을 준용한다.
(1) 처분청의 체납법인에 대한 당초 부가가치세 등 과세처분 내역은 아래 표와 같다.
○○○
(2) 처분청은 체납법인의 체납액에 대하여 청구법인을 체납법인의 제2차 납세의무자로 보아 청구법인에게 아래 표와 같이 체납액에 대한 납부통지를 하였다.
○○○
(3) 2007.11.29. 청구법인이 체납법인의 주주 3인과 각 체결한 쟁점주식양수도계약서상 내용을 보면, 아래 표와 같다.
○○○
(4) 위 (3)의 쟁점양수도계약과 관련한 체납법인 주주 각 3인의 주식대금 수령 영수증과 대금지급 근거자료인 자기앞수표 발행내역을 보면, 다음과 같이 되어 있다. (가) ○○○ 외 2인의 각 영수증을 보면, 주식대금 수령확인과 수령인의 인장이 날인(○○○의 경우는 서명 및 인장)되어 있다. (나) 쟁점주식양수도대금 지급근거로 2007.11.26. 발행된 자기앞수표 1억원권 57매○○○에 225,560천원의 입금 자료가 제시되어 있다. (다) 청구법인은 위 ○○○ 외 2인의 각 영수증 및 자기앞수표 지급내역과 달리 실제 대금지급이 아래 표와 같이 이루어졌다고 주장하고 있다.
○○○
(5) 청구법인은 1996.11.2. 설립되어 본점소재지를 ○○○으로 하고 있는 코스닥상장법인이며, 대표이사 및 근무기간 내역을 보면, ○○○ 1996.11.2.~2007.10.29., ○○○ 2007.10.29.~2008.4.29., ○○○ 2008.4.29.~2009.6.30., ○○○ 2009.6.30.~2010.5.18., ○○○ 2010.5.18.~현재까지로 되어 있다.
(6) 청구법인이 ○○○에 신고·공시한 내역을 보면, 다음과 같이 되어 있다. (가) 2007.10.11. 최대주주 변경 신고〔변경 전 ○○○ 2,040,820주(11.64%), 변경 후 ○○○(청구법인 부사장) 2,939,023주(16.76%)〕가 되었고, 변경사유는 최대주주 ○○○가 2007.10.11. 보유주식 전량(2,040,820주)의 시간외 매도 및 ○○○(898,203주) 매도에 따른 ○○○의 취득으로 되어 있고, 지분인수 목적은 경영참여로 되어 있다. (나) 2007.11.27. 청구법인 주식 대량변동내역 보고자료를 보면, 아래 표와 같다.
○○○ (다) 2007.11.29. 쟁점주식양수도계약에 따른 체납법인 주식취득 결정내용을 보면, 266,000주 취득금액 5,999,896,000원(자기자본 대비 45.68%), 지분비율 100%, 취득방법은 현금매입, 취득목적은 비철금속 재활용 사업을 통한 기업가치 증대, 이사회 결의일 2007.11.29.로 되어 있다. (라) 2007.11.29. 자산양수도 신고 내역을 보면, 청구법인이 2007.11.29. 기준일로 ○○○ 외 2명으로부터 체납법인 보통주 266,000주를 쟁점주식양수도계약에 의거 5,999,896천원에 양수(자산양수도가액의 적정성에 관하여는 ○○○의 평가를 받음)하고, 자산양수도의 목적은 2007.10.29. 임시주주총회에서 승인받은 비철금속 재활용 신규사업에 본격적으로 진출하여 회사의 사업영역을 확대하고 기업가치를 극대화하고자 함이며, 자산양수도가액의 산출근거는 ○○○의 외부평가와 양수도 당사자간 관련 업황 등을 고려하여 합의하였고, 자산양수 소요자금 원천은 자기자금 5,999,896천원으로 되어 있으며, ○○○의 자산양수도가액 적정성 종합평가 의견에는 체납법인의 주식가치를 ‘미래현금흐름할인법’을 사용하여 산정한 결과 1주당 주식가치의 범위는 15,932원~28,195원으로 추정한다고 되어 있다. (마) 2007.11.30. 자산양수도 종료보고를 보면, 이사회 결의와 자산양수도 및 대금지급일이 2007.11.29.로 되어 있다. (바) 2008.4.24. 청구법인 대표이사 ○○○의 배임혐의 공시내역을 보면, 60억원을 무단으로 법인입보하여 어음발행한 것으로 되어 있다. (사) 2008.4.29. 이사회 결의에서 ○○○ 대표이사의 해임 및 이동수를 선임한 것으로 되어 있다. (아) 2008.5.15., 2008.5.27. ○○○ 횡령혐의 공시자료에서 청구법인의 136억원 및 7억원을 각 무단으로 법인자금을 인출한 것으로 되어 있다. (자) 2008.7.9. 주식 등의 대량보유상황 보고자료에서 ○○○이 2,939,023주, ○○○이 393,555주를 각 양도한 것으로 되어 있다. (차) 2008.7.25. 주주총회에서 이사 ○○○ 3인을 해임한 것으로 되어 있다.
(7) 체납법인의 주주명부 변동표(2008.10.6. 현재)를 보면, 아래 표와 같이 되어 있다.
○○○
(8) 청구법인의 주장에 대한 입증자료를 보면, 다음과 같다. (가) 청구법인의 쟁점주식양수도계약 중 쟁점○○○주식 지분 취득 등은 허위거래 내지 가공거래에 해당한다는 주장에 대한 근거자료는 다음과 같다.
1. ○○○의 60억원 횡령배임공시(2008.4.24.), ○○○ 3인에 대한 고소장에서 쟁점○○○주식 양수도거래가 가공거래임을 진술하였다.
2. 쟁점○○○주식지분 양도에 따른 ○○○세무서장의 2008년 8월 2008년 귀속 양도소득세 369백만원 과세처분에 대하여 2009.6.29. ○○○이 경정청구한 내용을 보면, 본인은 체납법인 주식취득의 단순명의대여자이며 실질 소유자는 ○○○이이라고 되어 있고, ○○○의 확인서(2건) 등 입증자료를 제출하였다.
3. 위 ○○○의 확인서 2건(2008.11.4., 2009.12.27.)을 보면, 본인이 청구법인 인수과정에서 본인 주도하에 ○○○ 명의를 차용하여 2007.9.5. 체납법인의 유상증자에 참여한 것으로 하였고, 2007.11.29. ○○○으로부터 다시 그 유상증자 주식 전량을 매수하였다고 되어 있다.
4. ○○○의 내용증명(○○○에 대한 횡령혐의 고발 공시 촉구)을 보면, ○○○이 실제 지급하지 않은 회사자금을 ○○○에게 지급한 것으로 허위계상하여 회사자금을 횡령하였다고 되어 있다.
5. ○○○세무서장의 ○○○에 대한 쟁점주식 양도소득세 취소결정결의서, 명의신탁 증여세 과세관련 보충조서를 보면, ○○○에게 주식을 명의신탁한 사실을 인정하여 양도소득세 취소 및 증여세를 과세하였으며, 쟁점○○○주식거래가액 3,744백만원은 실제 ○○○이 청구법인에게 매도한 것으로 보고 쟁점주식 증여 자산가액 산정시 위 거래가액 3,744백만원(주당 22,556원)이 과다평가 되었고 특수관계자간의 거래라 하여 매매사례가액으로 보지 않고 자산가치로 재산정한 결과 주당 680원으로 평가하여 증여세를 과세한 것으로 되어 있다.
6. 청구법인이 ○○○을 상대로 제기한 손해배상소송관련 확정판결(2009.3.26. 선고, ○○○)내용을 보면, ○○○은 청구법인에게 불법행위로 인한 손해배상금 합계 143억원을 지급할 의무가 있다고 되어 있고, 쟁점주식양수도계약과 관련하여는 ○○○은 체납법인의 지분 인수시 2007.11.29. 청구법인이 체납법인 주주 ○○○에게 주식인수대금을 지급한 것처럼 허위의 서류를 작성하고 동액 상당의 금원을 임의인출 사용하였다고 되어 있다.
7. ○○○에게 작성한 확인서(2008.3.5.)를 보면, 체납법인 주식 9만주의 매도대금을 2008.3.5. 청구법인의 ○○○ 등 5개 업체에 대한 선급금 채권 1,918백만원으로 일부 변제하였다고 되어 있다.
8. 청구법인이 ○○○에게 사채를 빌려준 ○○○에 대한 어음채무부존재확인 소송관련 ○○○ 확정판결 내용을 보면, ○○○은 2007.11.26. ○○○로부터 빌려준 사채 중 60억을 변제받은 것으로 되어 있다. (나) 체납법인이 쟁점○○○주식 166,000주(62.4%)를 인수한 것은 상법제398조 이사의 자기거래 의무를 위반한 것으로 무효라는 주장에 대한 입증자료를 보면, 다음과 같이 되어 있다.
1. 쟁점주식양수도계약일인 2007.11.29. 청구법인의 이사회 회의록을 보면, 의안을 체납법인 쟁점주식 100% 양수도계약 승인의 건, 양수도대상을 ○○○ 주식 266천주, 양수도대금 5,999천원(주당 22,556원, 액면가 500원), 양수도대금지급은 내부유보 자기자금 100%로 하여 2007.11.29. 현금지급하는 것으로 기재되어 있고, 출석이사로 대표이사 ○○○ 외 3인의 도장이 날인되어 있다.
2. 위 이사회 회의록 참석이사로 되어 있는 ○○○의 확인서(2010.10.11.)를 보면, 본인은 청구법인에 등기이사로 재직한바, 위 2007.11.29. 이사회 회의에 대하여 일주일 전 이사회 개최 통보 사실이나 회의 당일 참석 및 회의록에 날인하지 않았다고 되어 있고, 본인의 주민등록증 사본과 인감증명서를 첨부하였다. (다) 대표이사 ○○○이 체납법인의 주식을 인수한 것은 대표권을 남용한 것으로 무효라는 주장과 관련하여 제출한 자료를 보면, ○○○세무서장은 쟁점○○○주식의 증여자산가액을 자산가치기준으로 주당 680원으로 낮게 평가하여 증여세를 과세하였고, ○○○ 주식 평가시 작성된 자산양수도가액 평가의견서를 제출하였는바, ○○○은 체납법인이 2007.3.21. 설립된 후 6개월밖에 안되었음에도 체납법인의 자산이나 부채의 심사 없이 현금할인법으로 평가하도록 의뢰하여 부당하게 높은 가액으로 부실하게 평가하였다고 주장한다.
(9) ○○○의 체납법인에 대한 세무조사결과 매입 및 매출분에 대한 위장 및 가공거래 확인 결과와 부가가치세 및 법인세 과세내역은 다음과 같다. (가) 체납법인에 대한 매입·매출처 조사 결과는 다음 표와 같다.
○○○ (나) 체납법인에 대한 부가가치세 신고 및 적출내역과 법인세 과세내역은 다음 표와 같다.
○○○
(10) ○○○의 체납법인에 대한 세무조사 종결보고서(2009년 7월)를 보면 다음과 같이 되어 있다.
1. 체납법인의 사업장은 ○○○ 업종은 도매/폐고철재생, 개업일은 2007.3.21.이다.
2. 체납법인은 동·알류미늄 등 폐비철을 전선제조업체 등에게 공급하는 최종 유통업체로서 전국적인 폐비철 수집상이며, 2007.3.21. ○○○가 설립한 후 2007.11.29. 청구법인이 ○○○ 등의 지분을 100% 인수하였다.
3. 체납법인 설립 대표자 ○○○는 전반적인 관리업무를 총괄하고, ○○○는 자금관리와 매입·매출 영업업무를 총괄하였으며, ○○○는 출자자 입장에서 체납법인에 대한 관리업무만 수행하였다고 주장하나, 2006년 8월경 ○○○교도소 복역시 만난 ○○○와 함께 법인을 설립하였고, 법인운영에 대한 전반적인 관리업무를 수행한 점을 감안한다면, 법인 범칙행위에 대하여 사전에 인지하고 실행위자인 ○○○와 공모하여 범칙행위를 주도하였거나 방조 또는 묵인하였을 것으로 판단되고, ○○○(청구법인의 체납법인 주식지분 100% 인수 후 대표자 선임)은 2007.12.24. 청구법인이 체납법인에 유상증자한 자금 20억원의 사용을 관리 감독하였을 것으로 추정되어 체납법인의 범칙행위를 사전에 알고 있었거나 방조 또는 묵인하였을 것으로 판단되며, ○○○와 동일하게 청구법인에서 선임된 관리인으로 범칙행위를 주도하지는 않았어도 방조 또는 묵인하였을 것으로 판단된다.
4. 실행위자 ○○○는 범칙행위 실행위자로 체납법인의 직원 및 지인명의로 등록 및 대여받은 ○○○외 26개의 허위사업자와 43개의 차명계좌 관리를 총괄(체납법인의 경우 13개 허위사업자 명의로 세금계산서 수수)하였고, 2009.3.4. 도피성 해외출국으로 직접조사가 불가하며, ○○○의 지시를 받아 허위사업자의 사업자등록증과 명판을 보관하면서 가공세금계산서 발행, 실공급자에 대한 매입대금 송금, 현금 출금업무를 담당하였고, ○○○는 체납법인의 대표이사였으나, 폐비철 매출·매입과 영업관련 자금 집행 등 전부를 ○○○가 주도하였다고 진술하였다.
5. 조사자 의견에서 관련인 전부가 일관되게 ○○○가 매출·매입을 주도한 것으로 진술하고 있으며, 체납법인의 회의내용과 거래처 현지확인 결과 체납법인의 거래당사자가 ○○○로 확인되는 등 체납법인의 실행위자는 ○○○의 지시로 허위사업자의 허위세금계산서 발행, 금융거래 조작의 실무책임자로 범칙행위에 적극 가담하였다.
6. 체납법인의 매입처에 대한 조사결과는 다음과 같이 되어 있다.
- 가) 실공급자들로부터 세금계산서 수취 없이 비철금속을 매입한 후, ○○○를 대표자로 하여 설립한 ○○○로부터 총 57매, 공급가액 5,859백만원의 매입세금계산서 수취 등 ○○○가 만들거나 대여받은 13개의 허위사업자들을 이용하여 가공세금계산서 257매, 23,159백만원을 수취하였고, 정상거래 위장을 위해 매입세금계산서 수취 즉시 허위사업자의 사업용 계좌에 대금 송금 후 소액으로 나누어 ○○○가 개설한 43개 차명계좌에 분산 송금하여 실공급자에게 지급하거나 현금인출하였으며, 허위사업자 사업용계좌에 입금된 271억원 출금내역 확인결과, 체납법인 회수 769백만원, 실제 거래처 계좌지급 13,172백만원, 현금 출금 7,854백만원, 출자자○○○ 지급 547백만원으로 나타났다.
- 나) 체납법인이 2007년 10월 자체 ○○○야적장이 완공되기 전까지 ○○○의 야적장을 함께 사용하는 과정에서 ○○○가 실공급자로부터 비철금속을 매입하고 매입세금계산서는 ○○○로부터 아래 표와 같이 1,799백만원을 위장매입하였으며, 체납법인은 ○○○으로부터 13,097백만원을 위장매입하였는바, 금융거래는 체납법인 → ○○○ 현금출금 과정으로 조작되었으며, ○○○이 실공급자와 은행에 동행하여 인출한 현금을 실공급자에게 지급한 후 본인은 수수료만 가져간 것으로 조사되었는바, 체납법인이 실공급자로부터 비철금속을 매입하고 매입세금계산서는 자료상인 ○○○으로부터 수취하였다.
○○○
- 다) 나머지 주요매입업체인 ○○○ 등 4개업체 8,202백만원과 기타 비철매입업체 등 393개 업체 13,707백만원에 대하여는 정상매입으로 판단하였다.
7. 체납법인의 매출처 조사결과, 대광비철 등 허위사업자에게 실물거래 없이 가공매출세금계산서 40매, 총 2,498백만원을 교부하고, 자료상을 통한 위장세금계산서 28매, 5,344백만원을 발행하였으며, 자료상인 ○○○ 명의를 빌려 ○○○ 등 전선제조업체에 납품하는 과정에서 ○○○에 실물거래 없이 가공매출세금계산서 5,344백만원을 교부하였고, 주요매출처인 ○○○ 등 11개 업체에 대한 세금계산서 399매, 38,650백만원의 교부와 기타매출처인 도매 및 전선제조업체 등 55개 업체 8,001백만원은 정상거래로 판단하였다.
8. 법인세 결정과 관련하여 매출은 대부분 정상거래로 확인되고, 매입은 59,412백만원 중 38,056백만원(64%)을 허위사업자 및 자료상으로부터 가공매입세금계산서를 수취하였으며, 허위사업자 및 자료상으로부터 수취한 세금계산서를 근거로 장부를 기장하였으나, 허위세금계산서에 상당하는 폐비철의 실매입처가 확인되지 않고, 금융조사와 같이 사업용계좌에 출금되는 금액은 차명계좌를 통하여 비철금속 매입대금 이외의 비용으로도 사용되어 장부기장을 허위로 보아 법인세법 시행령제104조 제1항 제1호의 “소득금액을 계산함에 있어 필요한 장부 및 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우”에 해당되어 동법 시행령 제104조 제2항 제3호에 의거 단순경비율(사실상 폐업한 소기업)로 추계결정하였다.
(11) 2010.12.9. ○○○ 회의시 청구법인과 처분청의 의견진술에서 청구법인은 2007년~2008년 전체 매입신고액 중 사실과 다른 세금계산서로 본 38,056백만원에 대하여 먼저 가공부분과 위장부분으로 구분하여 부가가치세와 법인세를 산정하여야 한다고 주장하였고, 처분청은 당초 세무조사시 38,056백만원을 위장매입으로 보았으나, 실제로는 가공거래가 포함되어 있어 법인세 산정시 38,056백만원 전체를 매입비용으로 인정하지 아니하였다고 진술하였다.
(12) 살피건대, 먼저, 쟁점(1)의 처분청이 청구법인에게 한 체납법인의 체납액에 대한 제2차 납세의무자의 지정 및 체납액 납부통지 행위가 정당한지 여부에 대하여 보면, 과세처분이 당연무효라고 하기 위하여는 그 처분에 위법사유가 있다는 것만으로는 부족하고 그 하자가 중요한 법규에 위반한 것이고 객관적으로 명백한 것이어야 하는데, 과세대상이 되는 법률관계나 사실관계가 전혀 없는 사람에게 한 과세처분은 그 하자가 중대하고도 명백하다고 할 것이나, 과세대상이 되지 아니하는 어떤 법률관계나 사실관계에 대하여 이를 과세대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있는 경우에 그것이 과세대상이 되는지의 여부가 그 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 경우라면 그 하자가 중대한 경우라도 외관상 명백하다고 할 수 없어 위와 같이 과세요건 사실을 오인한 위법의 과세처분을 당연무효라고 볼 수 없다(○○○ 판결 참조)할 것인바, 청구법인이 쟁점주식양수도계약에 의하여 체납법인의 주주로 등재되어 있고, 형식상 이사회의 결의를 거쳐 체납법인의 과점주주로 공시한 이상 청구법인을 체납법인의 과점주주로 볼 수 있는 객관적인 사정이 있다 하겠으며, 체납법인의 실제 과점주주에 해당하는지 여부 등은 사실관계를 정확히 조사하여야만 비로소 밝혀질 수 있는 사항으로서, 설령 청구법인의 주장과 같이 쟁점○○○주식 등을 실제 취득하지 아니하여 체납법인의 과점주주가 아니라 하더라도 이 사건 부과처분의 하자는 외관상 명백하다고 할 수 없어 무효사유라고 볼 수 없고, ○○○의 무효판결 등과 같은 객관적 사정없이 청구법인의 전 대표이사 ○○○의 배임행위 등을 이유로 쟁점주식양수도계약 행위 자체를 무효로 판단하기는 어렵다고 하겠으며, 청구법인이 쟁점주식양수도계약에 따른 과점주주가 된 후인 2007.12.11. 청구법인의 이사 ○○○을 체납법인의 대표이사로 선임하고, 2007.12.21. 체납법인의 증자주식 인수 및 증자대금 13억을 납입하였으며, 2008.5.27. 청구법인의 이사 ○○○를 체납법인 대표이사로 교체선임 하였기에 청구법인이 체납법인에 대한 과점주주로서의 권리를 행사한 것으로 볼 수 있다고 하겠으므로, 처분청이 청구법인을 체납법인의 체납액에 대한 제2차 납세의무자로 지정하여 체납액에 대한 납부통지를 한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
(13) 다음으로, 쟁점(2)의 체납법인에 대한 부가가치세 및 법인세 부과처분의 정당여부에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인이조세특례제한법상 재활용폐자원 등의 매입세액 공제대상이므로 관련 매입세액을 공제하여야 한다는 청구주장에 대하여 보면,조세특례제한법제108조 및 같은 법 시행령 제110조 제5항 및 제6항에서 재활용폐자원 등의 매입세액 공제를 받고자 하는 자는 재활용폐자원 등의 매입세액공제신고서에 매입처별계산서 합계표 또는 영수증을 첨부하여 제출하여야 하고, 당해 매입세액공제신고서에 공급자의 등록번호와 명칭 및 대표자의 성명과 취득가액이 기재되어 있지 아니하거나 그 거래내용이 사실과 다른 경우에는 매입세액을 공제하지 아니하도록 규정하고 있는바, 청구법인이 매입사실을 입증할 수 있는 자료를 제시하지 않고 있으므로 재활용폐자원 등에 대한 매입세액공제를 하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. (나) 처분청이 사실과 다른 세금계산서로 본 38,056백만원에 대하여 가공 및 위장거래로 구분하여 각 세액을 산정하여야 하고, 법인세를 실지조사하여야 한다는 청구주장에 대하여 보면, 청구법인이 처분청에 신고한 매입금액에 대하여 처분청이 사실과 다르다고 하여 당해 매입금액을 부인하고 경정결정하고자 할 경우, 당해 매입금액 관련 거래에 대하여 먼저 가공거래와 위장거래로 구분하여야 하며, 가공거래의 경우는 처분청이 가공사실을 입증하여 당해 가공매입금액에 대하여는 매입세액 불공제 및 손금불산입 여부를 판단하고, 전체 매입·매출금액 중 가공금액의 정도에 따라 법인세의 실지조사 또는 추계결정 여부를 판단하되 어느 경우라 하더라도 위장매입액에 대하여는 매입비용으로 인정하는 것이 타당하다고 하겠는바, 처분청이 청구법인의 2007년~2008년 일반매입 신고금액 59,616백만원 중 38,056백만원에 대하여 가공매입액과 위장매입액을 구분하지 아니한채 부가가치세 과세시에는 38,056백만원 전체를 위장매입으로 보아 매입세액만을 불공제하고, 법인세 과세시에는 38,056백만원 중 가공거래가 포함되어 있다고 하여 38,056백만원 전체를 매입비용으로 인정하지 아니한 것은 합리적이지 않다고 하겠으므로, 처분청이 사실과 다른 세금계산서로 본 38,056백만원에 대하여 가공 및 위장거래 금액을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
이 건 심판청구의 심리결과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
붙임과 같음.