공급자의 대손처리와 관련하여 공급받는자가 별도 부가세를 지급했다는 주장의 당부

○○○세무서장이 2009.10.13. 청구법인에게 한 2008년 제1기 부가가치세 245,512,570원의 부과처분은 2005.2.21.자 세금계산서에 대한 대손확정일을 2010.6.7.로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.

1.처분개요 청구법인은 2004년부터 2005년까지 ○○○(이하 “시공회사”라 한다)로부터 교부받은 아래 명세의 세금계산서 10매 4,268,000,000원(공급대가)에 대한 부가가치세 388,000,000원을 매입세액으로 공제하였으나, 2005.2.21.자 세금계산서 1,895,252,879원 가운데 1,327,454,761원과, 2005.3.29.자 세금계산서 1,373,183,121원의 합계 2,700,637,882원(공급대가이며, 이하 “쟁점금액”이라 한다)을 미지급하였으며, 이 건 공사에 대한 공사비의 최종지급일은 2007.6.7.이다.○○○

○○○세무서장은 2009.9.2. 시공회사가 신고한 쟁점금액에 대한 2008년 제1기 부가가치세 대손세액공제(사유: 소멸시효완성)내용을 처분청에 통보하였다. 처분청은 2009.10.13. 청구법인에게 쟁점금액에 대한 부가가치세 매입세액을 불공제하여 2008년 제1기 부가가치세 245,512,570원을 경정·고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.10.26. 이의신청을 거쳐 2010.1.14. 심판청구를 제기하였다 2.청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1)청구법인은 건물 2동○○○의 공사비 최종지급일은 2005.7.25.이므로 그날로부터 각각 3년이 경과한 날이 속하는 2010년 제1기와 2008년 제2기에 시공회사의 대손세액공제를 하여야 한다. (2)청구법인이 시공회사에 부가가치세 명목으로 별도 지급한 금액은 2005.9.15. 1억원, 2005.9.16. 104,227,500원, 합계 204,227,500원이므로 그 금액을 시공회사의 대손세액공제액에서 차감하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 (1)청구법인이 각 동별로 공사대금을 지급한 사실이 확인되지 아니하고, 동별 공사비 지급내역이 구분되지 아니하여 건물 2개동의 공사비는 함께 지급한 것으로 보아야 하는 바, 쟁점금액 가운데 2005.2.21.자 세금계산서의 대손이 확정된 날은 공사비 최종지급일(2007.6.7.)부터 3년이 되는 2010.6.7.이므로 2010년 제1기에 대손세액 공제를 할 여지가 있으나, 2005.3.29.자 세금계산서에 대한 대손세액은 당초대로 2008년 제1기에 공제하는 것이 타당하다. (2)청구법인이 부가가치세 명목으로 204,227,500원을 지급하였다는 사실을 입증할 만한 증빙이 없어 청구주장을 받아들이기 어렵다. 3.심리 및 판단
• 가. 쟁점

① 거래상대방의 쟁점금액에 대한 대손시기가 잘못되었다는 청구주장의 당부

② 청구법인이 거래상대방에게 부가가치세 명목으로 지급하였다는 204,227,500원을 거래상대방의 대손세액 공제액에서 차감하여야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제17조 의 2 【대손세액공제 】

① 사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 경우 공급을 받는 자의 파산ㆍ강제집행 기타 대통령령이 정하는 사유로 인하여 당해 재화 또는 용역의 공급에 대한 외상매출금 기타 매출채권(부가가치세를 포함한 것을 말한다)의 전부 또는 일부가 대손되어 회수할 수 없는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 금액(이하 “대손세액”이라 한다)을 그 대손의 확정이 된 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 차감할 수 있다. 다만, 당해 사업자가 대손금액의 전부 또는 일부를 회수한 경우에는 회수한 대손금액에 관련된 대손세액을 회수한 날이 속하는 과세기간의 매출세액에 가산한다. 대손세액 = 대손금액 × 110분의 10

② 제1항의 규정은 사업자가 제19조의 규정에 의한 신고와 함께 대통령령이 정하는 바에 따라 대손금액이 발생한 사실을 증명하는 서류를 제출하는 경우에 한하여 이를 적용한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 재화 또는 용역의 공급을 받은 사업자가 대손세액의 전부 또는 일부를 제17조의 규정에 의하여 매입세액으로 공제받은 경우로서 공급자의 대손이 당해 공급을 받은 사업자의 폐업전에 확정되는 때에는 관련 대손세액상당액을 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 매입세액에서 차감한다. 다만, 당해 사업자가 이를 차감하지 아니한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 공급을 받은 자의 관할세무서장이 경정하여야 한다.

○ 민법 제168조 【소멸시효의 중단사유 】 소멸시효는 다음 각호의 사유로 인하여 중단된다.

2. 압류 또는 가압류, 가처분

• 다. 사실관계 및 판단 (1)청구법인은 2004년부터 2005년까지 ○○○이며, 이 건 공사에 대한 세금계산서 발행 및 공사비 지급내역은 다음과 같다.○○○ (2)청구법인은 건물 2개동○○○ 에 대한 채권을 시공회사에 양도한 날인 2005.7.25.이어서 그날부터 소멸시효를 기산하면 대손시기는 2008년 제2기이므로, 세금계산서①에 대한 대손시기는 2010년 제1기로, 세금계산서②에 대한 대손시기는 2008년 제2기로 하여 이 건 부과처분을 경정하여야 한다고 주장하는 바, 청구법인은 이 건 공사비를 시공회사에 지급시 바우1동과 2동의 공사비를 구분하여 지급한 사실이 없는데도, 각 건물의 사용승인일자에 각각 발행한 세금계산서 ○○○가 당해 동에 대한 세금계산서라고 하면서 이를 근거로 공사비 미지급분에 대한 채권의 소멸시효 기산을 세금계산서별로 서로 다르게 하여야 한다고 주장한다. (3)청구법인은 상기 표의 ③100,000,000원은 ○○○세무서로부터 2005.9.2. 환급받은 부가가치세 258,094,180원에서, ④104,227,500원은 분양금액에서 각각 부가가치세 명목으로 별도로 시공회사에 지급한 것이라고 주장하면서, 그 증빙으로 청구법인의 담당과 사장이 서명한 내부용 기안문서 사본을 제시하는 바, 그 내용을 보면, 기안일자는 2005.8.25., 시행일자는 2005.9.2., 제목은 ○○○중에서 우선 지불하고자 하오니 재가 바랍니다. 단, 지불내역은 별도 보고함”으로 되어 있으나 거래상대방인 시공회사에서 청구법인의 이와 같은 주장에 동의하는지는 확인되지 아니한다. (4)공사도급약정서(2004년 3월 청구법인과 시공회사간에 체결)에는 공사비 가운데 금융권 차입이자, 분양관련 M/D수수료와 광고 및 홍보물제작비에 이어 각종 세금을 우선 지출하도록 되어 있고, 사업약정서(2004.5.14. 청구법인, 시공회사, 자금관리신탁회사, 금융기관에 체결)에는 지출 우선순위가 금융기관 대출금이자 및 연체이자, 제세공과금, 설계·감리비, 광고홍보비, 분양경비 등으로 되어 있다.

(5) 이 건은 ○○○세무서장이 2009.9.2. 시공회사가 신고한 쟁점금액에 대한 2008년 제1기 대손세액공제 신청내용을 처분청에 통보함에 따라 과세한 것으로, 대손사유는 공사비 미수금에 대한 채권소멸시효(3년)완성이다. (6)쟁점①에 대하여 본다. 청구법인은 건물 2개동○○○는 공사비 최종지급일인 2007.6.7.부터 각각 소멸시효일자를 기산하여 2008년 제2기분과 2010년 제1기분에 대손세액공제를 하여야 한다고 주장하나, 채무자에게 변제이익이 같으면 이행기가 먼저 도래한 채무나 먼저 도래할 채무의 변제에 충당하고(민법제477조), 사업자가 세금계산서를 발행한 후 매출채권 중 일부를 받았을 때 민법 제168조 제3호 의 “승인”에 해당되어 소멸시효가 중단되는 것인 바, 2005.2.21.자 세금계산서와 2005.3.29.자 세금계산서에 대한 채권·채무 가운데 2007.6.7. 최종적으로 수수한 공사비로는 2005.2.21.자 세금계산서에 대한 채권·채무를 완제하기에도 모자라므로 2005.2.21.자 세금계산서의 미수채권에 대한 소멸시효 완성시기를 최종 공사비 지급일인 2007.6.7.부터 기산하면 2010.6.7.이어서 그 부분에 해당하는 부가가치세는 2010년 제1기에 공급자의 대손이 확정되는 것으로 하여 경정하는 것이 타당하다고 판단되나, 2005.3.29.자 세금계산서는 그 세금계산서에 대한 대금을 수수한 사실이 없고, 각 동별로 구분하여 기성대금을 수수한 사실이 확인되지 아니하여 바우1동에 대한 공사비로 인정하기 어려우므로 채권발생일인 2005.3.29.부터 소멸시효를 기산하여 당초 처분청이 결정한 2008년 제1기 부가가치세 과세기간에 대손세액공제를 하는 것이 타당하다고 판단된다. (7)쟁점②에 대하여 본다. 청구법인은 시공회사에 별도로 지급한 부가가치세 204,227,500원을 대손세액공제시 차감하여야 한다고 주장하나, 대손세액공제는 “사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 경우 공급을 받는 자의 파산ㆍ강제집행 기타 대통령령이 정하는 사유로 인하여 당해 재화 또는 용역의 공급에 대한 외상매출금 기타 매출채권(부가가치세를 포함한 것을 말한다)의 전부 또는 일부가 대손되어 회수할 수 없는 경우”에 적용하는 것으로서, 일반적인 상관행상 공급대가로 수수하는 금액에는 부가가치세가 포함된 것으로 보아야 할 것인 바, 청구법인의 주장대로 별도로 부가가치세를 지급한 것이 사실이라면, 공급자인 시공회사에서 대손세액공제 신고시 그 부분을 공제하지 않았어야 할 텐데 시공회사에서 이를 반영한 사실이 없고, 증빙서류로 제시하는 청구법인의 내부용 기안문서 사본만으로는 그와 같은 주장이 사실인지 여부가 확인되지 아니하므로 이와 관련된 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. 4.결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.