4년간 연평균발생액이 없는 경우 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 컴퓨터 front, 위성기상 set-up Box, Zet-Document Reader기 등 소프트웨어 개발 서비스 및 제조업을 영위하는 중소기업으로, 1999년부터 기술개발촉진법제16조 및 같은 법 시행령 제15조 제1항의 규정에 따라 기업부설연구소를 ○○○에게 신고하여 인정서를 교부받았으며, 2003.7.19. 일시적으로 ○○○ 인정이 중단되었으나 2007.8.1. 다시 ○○○를 인정받고 조세특례제한법제10조 제1항 제2호의 규정에 의거 2007.7.1.~2008.6.30.사업연도에 발생한 ○○○ 연구요원에 대한 인건비인 연구인력개발비 522,424,240원(이하 “쟁점연구·인력개발비”이라 한다)의 100분의 50인 261,212,119원을 법인세 신고 시 세액공제하여 신고하였다.
• 나. 처분청은 2007.7.1.~2008.6.30.사업연도 법인세에 적용할 연구·인력개발비세액공제와 관련하여 “연구·인력개발비가 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비가 없는 경우에는 연평균발생액을 기준으로 세액공제를 받을 수 없다”라는 사유로 쟁점연구·인력개발비에 대하여 당해 사업연도 총지출액에 의한 세액공제방식을 적용할 대상으로 보아 청구법인이 신고한 세액공제방식을 부인하고 쟁점연구·인력개발비에 100분의 15를 곱하여 산출한 78,363,635원을 공제하는 것으로 하여 2009.11.15. 청구법인에게 2007.7.1.~2008.6.30.사업연도 법인세 204,625,730원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.1.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1)조세특례제한법제10조에 의하면, 중소기업이 각 사업연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 당해 사업연도 총지출액에 의한 공제세액과 증가지출금액에 의한 공제세액 중 선택하여 법인세에서 공제하도록 규정하고 있고, ○○○에 의하면 “연구·인력개발비가 당해 사업연도의 직전 4년간 지출된 바 없이 당해 사업연도에 비로소 지출되었다 하더라도 그 투자액 전부를 증액부분으로 보아 조세특례제한법제10조 제1항 제1호의 공제방법에 의한 세액공제를 허용하는 것”으로 판시한 사실이 있으므로 연구·인력개발비가 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비가 없다 하여 세액공제를 부인한 처분은 부당하다.

(2) 청구법인의 경우 2008.7.1.~2008.7.19. 기간동안 연구·인력개발비가 발생하였으나 소액이라 미처 신고하지 못한 금액이 있으므로 연평균발생액의 초과발생분을 기준으로 세액공제를 적용받는 것이 타당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 조세특례제한법제10조 제1항 제1호의 규정에 의한 연구·인력개발비 세액공제에 있어 연평균발생액 기준에 의한 세액공제방법은 과거 4년간 발생한 연구·인력개발비의 평균액을 초과하는 금액에 대해 적용하는 것으로, 2007.7.1.~2008.6.30.사업연도에 발생한 연구·인력개발비의 경우 초과발생액의 비교대상자체가 없으므로 연평균발생액 기준에 의한 세액공제를 적용받을 수 없다.

(2) 당해 과세기간의 소급 4년에 해당하는 2008.7.1.~2007.7.19. 사이에 연구·인력개발비 소액이 발생되었다고 주장하나 관련 증빙의 제시가 없어 동 사실관계를 확인할 수 없는 점에서 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다.

• 가. 쟁점 연구·인력개발비가 발생한 사업연도의 개시일로부터 소급하여 4년간 연평균발생액이 없는 경우 조세특례제한법제10조 제1항 가목(증가지출에 의한 공제)의 방법에 의한 세액공제가 가능한지 여부
• 나. 관련법령 등

(1) 조세특례제한법(2007.12.31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것) 제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 중소기업: 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액

② 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 따른 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액의 구분 및 계산 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20620호로 개정되기 전의 것) 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 법 제10조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령이 정하는 소비성서비스업”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 말한다.

1. 호텔업 및 여관업(관광진흥법에 따른 관광숙박업을 제외한다)

2. 주점업(일반유흥주점업, 무도유흥주점업 및 식품위생법 시행령 제7조 에 따른 단란주점 영업에 한하며, 관광진흥법에 따른 외국인전용유흥음식점업 및 관광유흥음식점업을 제외한다)

3. 그 밖에 오락ㆍ유흥 등을 목적으로 하는 사업으로서 재정경제부령이 정하는 사업

② 법 제10조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 비용" 이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다.

③ 법 제10조 제1항 제2호 가목에서 “대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구ㆍ인력개발비”라 함은 별표 6의 제1호 나목에 따른 연구개발비로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 대학 등에 기술개발을 위탁함에 따른 비용을 말한다.

1. 고등교육법에 따른 대학 또는 전문대학

2. 과학기술분야를 연구하는 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다)

3. 국내외 중소기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서

4. 국가과학기술 경쟁력강화를 위한 이공계지원특별법에 따른 연구개발업을 영위하는 중소기업

5. 산업기술연구조합 육성법에 따른 산업기술연구조합

6. 산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률에 따른 산학협력단

7. 한국표준산업분류표상 기술시험ㆍ검사 및 분석업을 영위하는 중소기업

④ 법 제10조 제2항의 규정에 의한 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액의 계산은 다음 산식에 의한다. 이 경우 당해 내국인의 연구 및 인력개발비용이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 당해 과세연도개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동 기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다. 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액 4 ─────────────────────── × ─────────── 당해 과세연도의 월수 12 (3) 조세특례제한법 시행규칙(2008.4.29. 기획재정부령 제16호로 개정되기 전의 것) 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 에 따라 인정받은 ○○○와 동 규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다.

② 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목 ①에서 “재정경제부령이 정하는 자”라 함은 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 영 제13조 제8항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다.

③ 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 마목에서 “재정경제부령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로부터 산업기술에 관한 자문을 받고 지급하는 기술자문료를 말한다.

1. 과학기술분야를 연구하는 국ㆍ공립연구기관, 정부출연연구기관, 국내외 비영리법인(부설연구기관을 포함한다)이나 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에서 연구업무에 직접 종사하는 연구원

2. 고등교육법에 따른 대학(교육대학 및 사범대학을 포함한다) 또는 전문대학에 근무하는 과학기술분야의 교수(조교수 이상인 자에 한한다)

3. 외국에서 영 제16조 제1항 제3호 각 목의 어느 하나에 해당하는 산업분야에 5년 이상 종사하였거나 학사학위 이상의 학력을 가지고 해당 분야에 3년 이상 종사한 외국인기술자 (4) 기술개발촉진법 시행규칙 제7조【○○○의 신고 등】① 영 제15조 제1항 제3호에서 “과학기술부령이 정하는 과학기술분야연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업”이라 함은 법 제7조 제1항 제1호·제5호 및 제7호의 규정에 의한 연구기관에 소속된 연구원이 퇴직한 후 3년 이내에 창업한 연구개발형 중소기업을 말한다.

② 영 제15조 제1항에 따라 ○○○로 인정을 받으려는 자는 별지 제7호 서식에 따른 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 협회장에게 제출(정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.

③ 협회장은 제2항의 규정에 의한 신고를 받고 ○○○로 인정하는 때에는 별지 제8호 서식에 의한 ○○○인정서를 교부하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 컴퓨터 front, 위성기상 set-up Box, Zet-Document Reader기 등 소프트웨어 개발 서비스 및 제조업을 영위하는 중소기업으로, 1999년부터 기술개발촉진법제16조 및 같은 법 시행령 제15조 제1항의 규정에 따라 ○○○를 ○○○장에게 신고하여 인정서를 교부받았으며, 2003.7.19. 일시적으로 ○○○ 인정이 중단되었으나 2007.8.1. 다시 ○○○ 인정을 받은 것으로 확인된다.

(2) 청구법인은 ○○○를 인정받은 1999.7.1.~2000.6.30.사업연도부터 아래와 같이 연구·인력개발비를 지출하고 세액공제를 신청한 사실이 있고, 처분청은 2007.7.1.~2008.6.30.사업연도 법인세에 적용한 연구·인력개발비세액공제와 관련하여 “연구·인력개발비가 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비가 없는 경우에는 연평균발생액(초과발생분)을 기준으로 세액공제를 받을 수 없다”하여 쟁점연구·인력개발비에 대하여 당해 사업연도 총지출액에 의한 세액공제방식을 적용하고 청구법인이 신고한 세액공제방식을 부인하여 법인세를 과세한 것으로 경정결의서 등에 의하여 나타난다.

○○○

(3) 청구법인은 ○○○ 인정이 중단된 2003.7.1.부터 2004.6.30.까지의 기간동안 발생된 연구·인력개발비를 소액이라 하여 신고하지 못한 것으로 주장하고 있으나 이를 확인할 만한 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있다.

(4) 조세특례제한법제10조 제1항 및 같은 법 시행령 제9조 제2항에 의하면, 중소기업이 각 과세연도에 연구·인력개발을 위한 비용이 있는 경우 연구·인력개발비세액공제 산출방법으로 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과한 금액의 50%와 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비의 15% 중 하나를 선택하여 적용받을 수 있도록 규정하고 있고, 이 경우 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 계산함에 있어 최초 과세연도개시일부터 당해 과세연도개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동 기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다고 규정하고 있다.

(5) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 조세특례제한법제10조 제1항 및 같은 법 시행령 제9조 제2항에 의하면, 중소기업이 각 과세연도에 연구·인력개발비세액공제 산출방법으로 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과한 금액의 50%와 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비의 15% 중 하나를 선택하여 적용받을 수 있도록 규정하고 있으나, 청구법인의 경우 2007.7.1.~2008.6.30.사업연도 귀속 연구·인력개발비세액공제 적용시 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비가 없는 경우에 해당되며, 또한, ○○○ 인정이 중단된 2003.7.1.부터 2004.6.30.까지의 기간동안 발생된 연구·인력개발비를 소액이라 하여 신고하지 못한 것으로 주장하고 있으나 이를 확인할 만한 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있으므로 2007.7.1.~2008.6.30.사업연도 귀속 연구·인력개발비에 대하여는 연평균발생액(초과발생분)을 기준으로 세액공제를 받을 수 없는 것이라는 점에서 처분청이 2007.7.1.~2008.6.30.사업연도 법인세에 적용한 연구·인력개발비세액공제액 산출시 당해 사업연도 총지출액에 의한 세액공제방식으로 쟁점연구·인력개발비에 100분의 15를 곱하여 산출한 78,363,635원을 연구·인력개발비세액공제로 하여 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.