국가로부터 출자받은 관리권의 최초 출자가액을 감정평가에 관한 규칙 제29조에 따라출자당시로 소급하여 수익환원법에 의하여 다시 평가하고 재평가시에는 시설권의 사용기간 및 각 자산가치 비율로 안분하여 영업가치를 계산하는것이 합리적인지 여부를 선행 검토해야 함.
국가로부터 출자받은 관리권의 최초 출자가액을 감정평가에 관한 규칙 제29조에 따라출자당시로 소급하여 수익환원법에 의하여 다시 평가하고 재평가시에는 시설권의 사용기간 및 각 자산가치 비율로 안분하여 영업가치를 계산하는것이 합리적인지 여부를 선행 검토해야 함.
OOO세무서장이 2009.11.16. 청구법인에게 한 법인세 2005사업연도 OOO의 부과처분(2008사업연도는 OOO 환급)은 청구법인이 2002.3.2. 및 2003.5.9.자로 국가로부터 출자받은 OOO관리권의 최초 출자가액을 출자당시로 소급하여 수익환원법에 의하여 다시 평가하고, 평가금액의 영향을 받는 회계기간인 2002사업연도 이후의 재무제표를 재작성하여 이를 기초로 2003사업연도 이후의 각사업연도 감가상각범위액 등을 재계산하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 이 건 OOO관리권은 유형자산인 토지, 건물 등 OOO과 독립적으로 존재할 수 없고, 해당 유형자산(OOO)에서 발생되는 모든 수익이 OOO관리권에 귀속된다는 특수성으로 인하여, 그 평가방법으로 일반적인 무형자산의 평가에 사용되는 수익환원법에 의하여 평가하여 수정한 장부가액보다는 관련 유형자산(OOO)의 가치를 직접 평가하여 추정한 당초 장부가액이 보다 합리적이고, 이 건 당초 장부가액은 시가 범위내의 장부가액이므로 법인세법상 자산의 취득가액에 해당하나, 청구법인이 2004년에 실시한 재평가는 회계상 자산감액을 위한 목적에서 저가법을 사용하여 평가를 이행한 것으로 그 가액이 세무상 자산의 취득가액으로 인정될 수는 없으며, 이 건 OOO관리권의 출자가액을 결정함에 있어 청구법인은 관련법상 준수하여야 할 승인 등 제반절차를 준수하였고, 관할 행정청(국세청과 재정경제부)의 질의회신 및 승인이라는 공식적인 견해표명을 귀책사유없이 신뢰하고 이러한 신뢰에 따라 감가상각비를 계상하여 손금산입을 한 것인데도 불구하고 처분청이 소급적으로 자산의 최초 출자가액을 수정하는 것은 신의성실의 원칙에도 반하므로 이 건 OOO관리권은 당초 장부가액을 최초 출자가액으로 보아야 한다.
(2) 이 건 OOO관리권의 최초 출자가액을 수익환원법에 의하여 평가하는 경우에도, 청구법인이 처분청에 제출하였던 2002～2003사업연도 수정재무제표에 나타난 장부가액은 OOO회계법인이 장부가액의 감액을 목적으로 저가법에 의하여 평가한 2002년말 및 2003년말 현재 회수가능액을 기준으로 재작성한 것으로, 자산의 취득가액은 법인세법제42조 및 같은 법 시행령 제74조에 재고자산의 평가방법인 저가법에 의하여 산정할 것이 아니라법인세법제41조 및 같은 법 시행령 제72조에 규정된 취득원가의 평가방법인 시가에 의하여 산정하여야 하므로, 이 건 OOO관리권은 청구법인이 수익환원법에 의하여 2002년 및 2003년말 현재로 재평가한 가액에 감가상각비 상당액을 더한 금액을 최초 출자가액으로 보아야 한다.
(3) 또한, 이 건 OOO관리권의 최초 출자가액을 소급하여 수정한다 하더라도, 청구법인은 관련법령에 따라 국무회의 심의 및 대통령 승인의 절차를 거쳐 결정된 출자가액을 청구법인이 임의로 소급하여 수정한다는 것은 기대할 수 없었을 뿐만 아니라, 수정할 수도 없었고, 이후 회계감사기관 및 감사원의 감사과정에서 문제점이 지적됨에 따라 관할 행정청의 질의회신 및 승인이라는 절차를 거쳐 이를 수정할 수 밖에 없었으며, 청구법인에게는 정부가 정해준 출자가액을 임의로 소급하여 수정할 수 없었던 정당한 사유가 있었으므로 이 건 법인세에 부가된 신고․납부불성실가산세는 취소하여야 한다.
(2) 청구법인은 이 건 OOO관리권의 최초 출자가액을 청구법인이 2002년말 및 2003년말 현재로 수익환원법에 의하여 평가한 금액에 감가상각비 상당액을 더한 금액으로 보아야 한다고 주장하나, 청구법인이 2002년말 및 2003년말을 기준으로 수익환원법에 의하여 평가한 금액은 청구법인 전체 영업가치의 추정치에서 OOO) 자산의 상각후 장부가액을 차감한 가액으로 OOO 가치도 포함되어 있다고 보아야 할 것이므로 동 가액이 OOO관리권)의 영업권 가치를 정확하게 반영하고 있다고 보기 어렵고, 최초 출자시 OOO관리권을 무형자산으로 평가한 가액이 없고 사후적으로 평가한 가액이 시가에 근접한 가액이라면 이를 근거로 최초 출자가액을 조정할 수 있다 할 것인데, 청구법인이 2005년에 OOO회계법인의 재평가 금액을 근거로 정부의 승인하에 OOO을 무상감자한 점 등으로 보아 감액시 평가금액을 시가로 보는 것이 오히려 합리적이라 할 것이므로 이 건 OOO관리권의 최초 출자가액을 청구법인이 수익환원법에 의하여 2002년 및 2003년말 현재로 평가한 금액에 감가상각비 상당액을 더한 금액으로 하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.
(3) 또한, 청구법인은 이 건 OOO관리권의 당초 장부가액이 국가가 승인한 가액으로 청구법인이 이를 임의로 수정할 수 없었으므로 청구법인에게는 출자가액을 수정하지 아니한데 대하여 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 주장하나, 이 건 OOO관리권의 현물출자당시 국무회의에 상정된 ‘국유재산 현물출자(안)’에 따르면 ‘출자대상 자산평가에 누락과 오류가 있을 경우에는 추후 조정이 가능함’을 명시하고 있었으므로 청구법인이 출자가액을 소급 조정하지 못한데 대하여 불가피성이 존재하였다고 보기 어렵고, 청구법인이 국세청에 질의한 내용은 OOO관리권의 취득가액(시가)을 부동산 평가방법 또는 수익환원법으로 하여야 하는지, 시가를 초과하는 경우 세무처리는 어떻게 하여야 하는지를 질의한 것이 아니라 기업회계기준에 따라 무형자산을 감액하는 경우 법인세법상 자산을 감액할 수 있는지(즉, 감액손실을 세법상 손금으로 인정할 수 있는지)와 OOO관리권의 감가상각범위액을 질의한 것으로 이에 대한 회신내용에 따라 세무조정한 것이 가산세 감면의 사유에 해당된다고 보기 어려우므로 청구법인에게는 이 건 법인세에 부가된 신고․납부불성실가산세를 면제할 정당한 사유가 있었다고 보기 어렵다.
① 이 건 OOO관리권 최초 출자가액을 수익환원법에 의하여 소급 재평가하는 것은 합리성이 없고, 신의성실의 원칙에도 반하므로 청구법인이 취득원가법에 의하여 평가한 당초 장부가액을 최초 출자가액으로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부
② 수익환원법에 의한 평가시에는 청구법인이 2002년말 및 2003년말 현재로 수익환원법에 의하여 재평가한 가액에 감가상각비 상당액을 더한 금액을 최초 출자가액으로 보아야 한다는 청구주장의 당부
③ 청구법인에게 의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었으므로 신고․납부불성실가산세를 면제하여야 한다는 청구주장의 당부
1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 부대비용을 가산한 금 액
2. 자기가 제조·생산 또는 건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산은 제작원가에 부대비용을 가산한 금액
3. 제1호 및 제2호외의 자산은 취득당시의 대통령령이 정하는 금액
② 제1항의 규정에 의한 매입가액 및 부대비용의 범위등 자산의 취득가액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제42조 【자산·부채의 평가】 ① 내국법인이 보유하는 자산 및 부채의 장부가액을 증액 또는 감액(감가상각을 제외하며, 이하 이 조에서 "평가"라 한다)한 경우에는 그 평가일이 속하는 사업연도 및 그 후의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 자산 및 부채의 장부가액은 그 평가하기 전의 가액으로 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 삭제 <2001.12.31. 부칙>
기타 법률에 의한 고정자산의 평가(증액에 한한다)
3. 재고자산등 대통령령이 정하는 자산 및 부채의 평가
② 제1항 제3호의 규정에 의한 자산 및 부채는 당해 자산 및 부채별로 대통령령이 정하는 방법에 의하여 이를 평가하여야 한다. 제43조 【기업회계기준과 관행의 적용】 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 당해 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계의 기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 당해 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다. (2) 법인세법 시행령(2003.12.30. 대통령령 제18174호로 개정되기 전의 것) 제24조 【감가상각자산의 범위】 ① 법 제23조 제2항에서 "건물, 기계 및 장치, 특허권등 대통령령이 정하는 자산"이라 함은 다음 각호의 고정자산(제2항의 자산을 제외하며, 이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다.
2. 다음 각목의 1에 해당하는 무형고정자산
8. 전파법 제14조 의 규정에 의한 주파수이용권 및 항공법 제105조의2 의 규정에 의한 공항시설관리권: 주무관청에서 고시하거나 주무 관청에 등록한 기간내에서 사용기간에 따라 균등액을 상각하는 방법 제32조 【상각부인액 등의 처리】 ① 법인이 각 사업연도에 손금으로 계상한 감가상각비중 상각범위액을 초과하는 금액(이하 이 조에서 "상각부인액"이라 한다)은 그 후의 사업연도에 있어서 법인이 손금으로 계상한 감가상각비가 상각범위액에 미달하는 경우에 그 미달하는 금액(이하 이 조에서 "시인부족액"이라 한다)을 한도로 하여 이를 손금으로 추인한다. 이 경우 법인이 감가상각비를 손금으로 계상하지 아니한 경우에도 상각범위액을 한도로 하여 그 상각부인액을 손금으로 추인한다. 제72조 【자산의 취득가액 등】 ① 법 제41조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.
3. 현물출자·합병 또는 분할에 의하여 취득한 자산: 장부에 계상한 출자가액 또는 승계가액. 다만, 그 가액이 시가를 초과하는 경우에는 그 초과금액을 제외하고, 제61조 제2항 각호의 1에 해당하는 금융기관의 재정경제부령이 정하는 금전채권등의 경우에는 피합병법인등의 장부가액으로 한다.
③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 취득가액에는 다음 각호의 금액을 포함하지 아니하는 것으로 한다.
3. 제88조 제1항 제1호 및 제8호 나목의 규정에 의한 시가초과액 제74조 【재고자산의 평가】 ① 제73조 제1호의 규정에 의한 재고자산의 평가는 다음 각호의 1에 해당하는 방법(제1호의 경우에는 동호 각목의 1에 해당하는 방법을 말한다)중 법인이 납세지 관할세무서장에게 신고한 방법에 의한다.
1. 원가법: 다음 각목의 1에 해당하는 방법에 의하여 산출한 취득가액을 그 자산의 평가액으로 하는 방법 가.～바. (생 략)
2. 저가법: 재고자산을 제1호의 규정에 의한 원가법과 기업회계기준이 정하는 바에 따라 시가로 평가한 가액중 낮은 편의 가액을 평가액으로 하는 방법 제88조 【부당행위계산의 유형 등】 ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우 제89조 【시가의 범위 등】 ① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.
② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경 우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.
1. 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액. 다만, 증권거래소에 상장되지 아니한 주식등을 제외한다.
2. 상속세및증여세법 제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액 (3) 국세기본법 제15조 【신의·성실】 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다. 제18조 【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】 ① 세법의 해석·적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.
② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득·수익·재산·행위 또는 거래에 대하여는 그 성립후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.
③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. 48조 【가산세의 감면】 ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장사유에 해당하거나 납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한
② 제1항에 따라 공항시설관리권을 설정받은 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 국토해양부장관에게 등록하여야 한다. 등록한 사항을 변경할 때에도 또한 같다. 제105조의3 【공항시설관리권의 설정】 공항시설관리권은 물권으로 보되, 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 민법중 부동산에 관한 규정을 준용한다.
(6) 기업회계기준서 제3호 【무형자산】 69. 다음 중 하나에 해당하는 무형자산은 최소한 매 회계연도말에 회수가능액을 반드시 추정하여야 한다. (가) 아직 사용가능하지 않은 무형자산 (나) 추정내용연수가 20년을 초과하는 무형자산
(7) 감정평가에 관한 규칙 제4조 【정의】 6. “수익환원법”이라 함은 대상물건이 장래 산출할 것으로 기대되는 순수익 또는 미래의 현금흐름을 적정한 율로 환원 또는 할인하여 가격시점에 있어서의 평가가격을 산정하는 방법을 말한다. 제29조 【기타 무형고정자산의 평가】 ① 영업권의 평가는 수익환원법에 의한다. 다만, 수익환원법에 의한 평가가 적정하지 않은 경우에는 거래사례비교법 또는 원가법에 의할 수 있다.
② 특허권․실용신안권․의장권․상표권․저작권․전용측선이용권 기타 무형고정자산의 평가는 영업권의 평가방법을 준용하여 행하거나 영업권 평가에 포함하여 행할 수 있다.
(1) 청구법인은 2002.3.2. 및 2003.5.9. 2차례에 걸쳐 국가로부터 OOO(토지, 건물, 공작물, 입목) 및 항공기 처리지역의 토지, 건물, 공작물, 입목을 기초로 한 OOO관리권을 출자받았는 바, 재정경제부가 국무회의 심의 및 대통령의 승인을 거쳐, 2002.2.28 및 2003.5.9. 청구법인에게 통보한 ‘국유재산 현물출자(안)’에 의하면 출자대상 재산 및 출자가액은 아래 <표1>과 같으며, 출자대상 재산 및 출자가액란의 하단에 ‘출자대상 재산선정과 평가 등에 누락과 착오가 있을 경우 추후 조정가능함’이라는 문구가 부기되어 있다. OOO
(2) 즉, 위 국유재산의 출자방식은 OOO의 부동산 등은 ‘소유권 이전방식’으로 현물출자하여 청구법인이 영구적으로 소유하면서 사용하는 방식이며, OOO의 부동산 등은 ‘사용권 부여방식’으로 출자하여 청구법인이 OOO을 유지보수하면서 그 사용료를 징수할 수 있는 권리(OOO관리권)를 부여하는 방식이다.
(3) 청구법인은 위와 같이 부동산 등의 사용권 부여방식으로 출자된 OOO관리권의 최초 출자가액을 2개의 감정평가법인OOO이 취득원가법에 의하여 감정평가한 가액의 평균액인 OOO으로 평가하여 장부상 무형자산인 OOO관리권으로 계상하고 40년의 내용연수를 적용하여 정액법으로 감가상각하였는 바, 그 내역은 아래 <표2>와 같다. OOO
(4) 그런데, 청구법인의 2003사업연도 재무제표에 대한 감사과정에서 외부감사인인 OOO회계법인은 청구법인이 무형자산으로 계상한 OOO관리권과 관련하여 아래와 같은 의견을 제시하였다. (가) OOO관리권은 OOO을 유지보수 및 관리하고 사용료를 징수할 수 있는 권리이므로 동 출자가액을 ‘ 국유재산의 현물출자에 관한 법률 제4조 ’의 규정에 따라 시가로 평가함에 있어 무형자산인 ‘OOO관리권’의 시가는 동 자산을 사용함으로써 미래에 얻을 수 있는 순효익의 현재가치로 평가되어야 함에도 불구하고 ‘OOO관리권’이 부여된 해당 지역의 토지, 건물, 공작물 등 실물 유형자산에 대한 감정평가법인의 감정평가액을 무형자산의 평가액으로 재무제표에 계상하고 있다. (나) 그러나, 동 실물 유형자산에 대한 소유권은 청구법인이 아닌 대한민국 정부가 보유하고 있고, 청구법인은 40년간 동 시설을 사용수익할 수 있는 권한만 보유하고 있으며, 추정연수가 20년을 초과하는 무형자산의 경우 최소한 매회계연도말에 회수가능액을 반드시 추정하여야 하나 전기이월 OOO관리권의 경우 동 추정절차의 미실시로 인해 회수가능액이 아닌 취득원가로 계상되어 있다.
(5) 위 외부감사 의견과 관련하여 청구법인은 2004.2.20. 금융감독원장에게 OOO관리권의 취득가액 등 평가방법과 무형자산의 감액에 대한 회계처리방법 등을 질의하였는바, 이에 대한 금융감독원장 의 2004.3.18.자 회신내용(회계일 8360-00167)은 아래와 같다. 귀 질의의 경우 전기에 OOO관리권의 회수가능액을 추정하지 아니하여 장부가액을 과다계상한 것은 회계상의 오류에 해당하므로 기업회계기준서 제1호에 따라 영업외손익중 전기오류수정손익에 반영하여야 하고, 발생한 오류가 중대한 경우라면 전기이월이익잉여금에 반영하고 관리계정잔액을 수정하는 것이 타당하며, 회계연도말에 회수가능액을 평가하여 장부가능가액을 회수가능액으로 조정하고 그 차액을 무형자산감액손실로 처리하는 것이 타당하다.
(6) 또한, 청구법인은 2004.4.8. 국세청장에게 OOO관리권의 감가상각방법에 대하여 질의하였는바, 이에 대한 국세청장의 2004.4.19.자 회신내용(국세종합상담센터 재무540-10490)은 아래와 같다. 청구법인이 법인세법 시행령 제24조 제1항 제2호 에 규정된 OOO관리권을 기업회계기준서 제3호의 규정에 따라 자산감액손실을 계상하는 경우, 그 금액은 법인세법상 감가상각비로서 손금에 산입한 것으로 보아 법인세법 제23조 의 규정을 적용하는 것이다.
(7) 청구법인은 2004년 7월경 OOO회계법인에게 위 OOO관리권의 수익환원법에 의한 출자가액 재산정을 의뢰하는 한편, 2004년 9월경 당초 위 OOO관리권의 출자가액을 출자된 부동산을 기준으로 감정평가하였던 OOO법인에게 출자가액 산정방법에 대한 질의를 하여 위 감정평가법인으로부터 ‘OOO관리권은 무형자산임에도 불구하고 그 부속토지 및 부동산과 불가분의 관계에 있다는 특성을 감안하여 출자자인 국가 측면에서의 가격인 원가방식으로 평가하였으며, 40년이라는 장기간의 수익측정에 한계가 있는 등의 사유로 수익환원법 적용은 곤란하다’는 취지의 의견을 제출받았으며, OOO회계법인이 OOO관리권을 2002년말 및 2003년말 현재로 수익환원법에 의하여 재평가한 결과, OOO를 제외한 12개의 공항에서 OOO관리권의 평가액이 부수(-)로 산정되자, 2004.9.2. 재정경제부장관에게 OOO관리권의 평가액이 부수(-)로 산정되는 경우 출자가액의 산정방법 등에 대하여 질의하였는바, 이에 대한 재정경제부장관의 2004.10.15.자 회신내용(재정경제부 국유재산과-2405)은 아래와 같다. 출자는 출자기업체의 자본을 증가시키는 행위이므로 평가가액이 영
(0) 또는 부(-)인 경우에는 출자할 수 없으며, 무형고정자산인 OOO관리권은 수익환원법에 의한 평가가 적정하지 않다는 객관적․논리적 사유가 없다면 수익환원법에 기초하여 평가함이 타당하다.
(8) 한편, 청구법인으로부터 수익환원법에 의한 출자가액 재산정을 의뢰받은 OOO회계법인은 2002년말 및 2003년말 현재 OOO관리권의 수익가치를 수익환원법에 의하여 아래의 방법으로 평가하여 청구법인에게 제출하였는바, 그 내역은 아래 <표3> 및 <표4>와 같다. (가) 청구법인이 건설교통부의 사용기간 해석에 따라 2002년말에 신설된 법인세법 시행령 제26조 제1항 제8호 를 적용하여 그 내용연수는 건설교통부에 등록한 기간인 40년으로 신고하였지만, 국가가 출자당시 사용기간을 명시하지 아니하였으므로, 40년 후에 사용권이 재부여되는 것이 아니라 사용기간이 자동으로 연장된다고 보아 사실상의 사용기간을 영구로 보고, 미래의 효익이 유입될 것으로 기대한 기간은 영구로 보았다. (나) 공항의 수익가치는 OOO에서만 독립적으로 발생할 수 없고OOO가 유기적으로 활용되는 과정에서 창출된다고 보아 OOO의 수익가치의 총합계액을 각 공항별로 산정한 다음, OOO자산의 상각후 장부가액을 차감한 금액을 OOO의 평가액으로 보았다. (다) 이와 같은 방법으로 각 공항별로 총영업가치를 산정한 다음, 총영업가치가 부수(-)로 계산되거나, 총업영가치가OOO의 장부가액보다 적은 경우에는 회수가능액(수익환원법 평가액)이 없는 것(0원)으로 보았다. OOO
(9) 청구법인은 위 OOO회계법인의 재평가 내역을 반영하여 청구법인이 당초 취득원가법에 의하여 계상하였던 당초 장부가액의 상각후 장부가액(기말평가액)에서 수익환원법에 의하여 재평가한 회수가능액과 항공기의 등대역할을 하는OOO에 대한 감액손실을 차감한 금액을 수정된 장부가액으로 하고, 당초 장부가액의 기말평가액과 수정된 장부가액과의 차액은 무형자산감액손실로 처리하였는바, 청구법인의 장부가액 수정내역은 아래 <표5> 및 <표6>과 같다. OOO
(10) 이상의 내용을 반영하여 청구법인이 장부에 수정 반영한 이 건 OOO관리권의 취득원가(최초 출자가액), 감가상각비, 무형자산감액손실 및 장부가액은 아래 <표7>과 같다. OOO
(11) 또한, 청구법인은 2004사업연도 이후 추가 출자분에 대한 취득원가(2005.11.3. 3차 출자분 수익환원법 평가액 OOO) 및 감가상각비 등은 아래 <표8>과 같이 계상하였다. OOO
(12) 그런데, 감사원은 2009년 2월경 청구법인에 대한 감사를 실시하는 과정에서 ‘청구법인의 OOO관리권은 출자받을 당시에 부동산 평가방법이 아닌 수익환원법으로 취득가액을 평가하였어야 하고, OOO관리권을 수익환원법에 의하여 재평가하였을 때에는 중대한 오류의 영향을 받는 회계기간인 2002년․2003년 취득시점으로 소급하여 취득원가와 자본을 수익환원법을 적용한 평가금액으로 수정하여 감가상각비 등을 반영하였어야 함에도 청구법인은 취득원가를 수정하는 대신 위 OOO관리권의 가치가 2002년도 OOO만큼 하락한 것으로 감액손실로 회계처리함으로써 취득원가 수정전후의 재무제표 결산업무가 적정하게 이루어지지 못하였다’고 지적한 다음, 청구법인에게 ‘위 OOO관리권의 취득원가를 수익환원법을 적용한 금액으로 수정하고, 수정한 평가금액의 영향을 받는 회계기간인 2002년도 이후의 재무제표를 재작성하라’는 취지의 시정요구서를 발송하였다.
(13) 위 감사원의 감사지적에 따라, 처분청은 청구법인으로부터 OOO관리권의 장부가액을 위 (9)와 같이 수정하였던 2002～2003사업연도 수정재무제표를 제출받아, 감가상각범위액 산정의 기초가 되는 최초 출자가액(취득가액)을 아래와 같이 재계산하였다. (가) 1차 출자분: OOO = 위 <표5>의 수정장부가액OOO에 10개월간의 감가상각비 상당액을 더한 금액 (나) 2차 출자분: 0원 = 위 <표6>의 수정장부가액OOO이 1차 출자분의 2003년말 평가액OOO보다 적음 (다) 3차 출자분: OOO = 수익환원법에 의한 평가액
(14) 처분청은 위 최초 출자가액(취득가액)을 기초로 각사업연도 감가상각범위액을 재계산한 다음, 청구법인이 당초 신고한 감가상각비 중 위와 같이 조정한 감가상각범위액을 초과하는 금액을 손금불산입하여 청구법인에게 이 건 과세처분을 하였는 바, 그 구체적인 내역은 아래 <표9> 및 <표9-1>과 같다. OOO
(15) 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 이 건 OOO관리권의 출자가액은 유형자산인 토지, 건물 등을 기초로 하여 산출한 것이고, 국세청 등 관할 행정청에 질의회신 및 승인이라는 절차를 거쳐 공식적인 견해표명에 따라 감가상각비 등을 계상한 것이므로 이 건 OOO관리권은 당초 장부가액을 최초 출자가액으로 보아야 한다는 취지의 주장을 하고 있다. (나) 그러나, 청구법인에 대한 회계감사과정에서 감사인 등이 지적한 바와 같이 이 건 OOO 자체는 국가가 소유하고 있고, 청구법인은 동 OOO을 유지관리하면서 수수료를 받을 수 있는 권리를 국가로부터 부여받은 것일 뿐이며, 달리 수익환원법에 의한 평가가 부적절하다고 볼 근거가 없으므로, 법인세법 시행령 제24조 의 무형고정자산에 해당되는 동 OOO관리권의 최초 출자가액은 감정평가에 관한 규칙 제29조에 따라 수익환원법에 의하여 평가하는 것이 합리적이라고 보이는 점이 있다. (다) 또한, 청구법인은 감사인의 지적에 따라 잘못된 회계처리내용을 바로잡는 과정에서 금융감독원, 재정경제부 및 국세청 등에 회계처리의 오류 수정방법, 이에 따른 출자가액 계상방법 및 감가상각 방법 등에 대하여 질의한 사실이 있으나, 이에 대한 국세청 등의 회신내용을 비과세에 관한 과세관청의 견해표명으로 볼 수 없으므로, 청구법인이 이를 신뢰하고 회계처리내역을 수정한 결과 그 오류가 완전하게 수정되지 아니하였다 하더라도 처분청이 신의성실의 원칙에 위배되는 행위를 하였다고 볼 수 없고, 청구법인이 이를 신뢰하였다는 점이 당초 장부가액을 수정할 수 없는 이유는 될 수 없으므로 이와 같은 점을 근거로 당초 장부가액을 최초 출자가액으로 보아야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
(16) 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 이 건 OOO관리권의 취득가액(최초 출자가액)을 수익환원법에 의하여 재평가함에 있어 청구법인이 법인세법 제42조 및 같은 법 시행령 제74조에 규정된 재고자산의 평가방법인 저가법을 잘못 적용한 결과, 시가와 현저하게 차이가 나는 금액이 장부가액으로 반영되었으므로 이 건 OOO관리권의 최초 출자가액은 법인세법 제41조 및 같은 법 시행령 제72조에 규정된 취득원가의 계산방법에 따라 아래와 같이 재조정되어야 한다고 주장한다.
1. 1차 출자분: OOO= 위 <표3>의 2002년말 현재 수익환원법에 의한 수익가치 평가액OOO에 2002.3.2.부터 2002.12.31.까지 10개월간의 감가상각비 상당액OOO을 더한 금액
2. 2차 출자분: OOO = 위 <표4>의 2003년말 현재 수익환원법에 의한 수익가치 평가액에서 1차분의 상각후 잔액을 차감한 금액을 2차분의 상각후 잔액으로 보고, 여기에 8개월간의 감가상각비 상각액을 더한 금액을 각 공항별로 계산한 후, 이를 합한 금액〔공항별 수익가치에서 1차분의 상각후 잔액을 차감한 금액이 부수(-)인 경우에는 무형자산감액손실로 처리(예: 김포)〕
3. 3차 출자분: OOO= 수익환원법 평가액 (나) 이에 대하여 처분청은 청구법인이 2002년말 및 2003년말 현재 수익환원법에 의하여 평가한 금액은 각 공항별 총영업가치에서 OOO)의 장부가액을 차감한 금액을 합한 금액으로 동 금액에는 OOO의 영업가치도 포함되어 있다고 보이는 점에서 이 건 OOO관리권의 기초자산이 되는 OOO만의 영업가치가 제대로 반영된 것인지 의문이며, 청구법인이 OOO회계법인의 재평가액을 근거로 무상감자를 한 점 등으로 보아 이 건 OOO관리권은 감액시의 평가액이 시가에 근접한 것으로 보이므로 청구주장을 받아들이기 어렵다는 의견이다. (다) 이상의 내용을 종합하여 살피건대,
1. 이 건 OOO관리권은 무형고정자산이고, 수익환원법에 의한 평가가 부적절하다고 볼 근거가 달리 없으므로 최초 취득당시부터 부동산 평가방법(취득원가법)이 아닌 수익환원법으로 평가하였어야 함에도 청구법인이 취득원가법에 의하여 평가한 당초 장부가액을 최초 출자가액으로 본 것은 잘못이라고 보이고, 이후 청구법인이 2002년말 및 2003년말을 기준으로 하여 수익환원법에 의한 재평가를 하기는 하였으나, 그 재평가의 기준시점이 최초 출자당시가 아닐뿐만 아니라, 그 재평가액 자체를 수익환원법에 의한 재평가시점의 회수가능액으로 보지 아니하고, 재고자산의 평가방법인 법인세법 제42조 및 같은 법 시행령 제74조를 잘못 원용하여, 취득원가법에 의한 당초 장부가액의 감가상각후 장부가액과 수익환원법에 의하여 재평가한 가액 중 적은 금액을 재평가시점의 회수가능액으로 보아 2002년말 및 2003년말 장부가액을 수정하고 그 차액을 무형자산감액손실로 회계처리한 것은 잘못이라고 보이는 점이 있다.
2. 또한, 이와 같은 방법으로 수정한 2002년말 및 2003년말 현재 장부가액을 순수 수익환원법에 의한 평가액으로 볼 수 없음에도 불구하고, 처분청이 이와 같은 방법으로 수정한 장부가액에 출자시부터 장부가액 수정시까지의 감가상각비 상당액을 더한 금액을 최초 출자가액으로 본 것도 잘못이라고 보이고, 또한 회계법인이 2002년말 및 2003년말을 기준으로 하여 수익환원법에 의한 재평가한 가액이 합리성이 있는 가액이라면, 그 가액 자체를 2002년말 및 2003년말 현재 수익환원법에 의한 장부가액으로 보고, 여기에 출자시부터 장부가액 수정시까지의 감가상각비 상당액을 더한 금액을 최초 출자가액으로 볼 수도 있다 하겠으나(기획재정부 법인-601, 2009.6.23. 참조), OOO회계법인이 재평가한 이 건 2002년말 및 2003년말 현재 회수가능액은 아래와 같은 점에서 추가 검토가 필요하다고 판단된다.
3. 따라서, 이 건 OOO관리권의 최초 출자가액은 현 시점에서 출자당시로 소급하여 수익환원법에 의하여 재평가하되, 재평가시에는 위 2)에서 지적한 사항에 대하여도 회계적인 관점에서 보다 심도있는 검토가 선행되어야 할 것이라고 판단된다.
(17) 쟁점③에 대하여 살펴본다. 쟁점②에서 이 건 OOO관리권의 최초 출자가액을 출자당시로 소급하여 재평가하도록 한 결과, 각종 가산세도 재계산될 것이므로 이하 쟁점③에 대한 별도심리는 생략하기로 한다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.