농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례

○○세무서장이 2010.1.6. 청구인에게 한 2008년 귀속 양도소득세 79,235,110원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 2005.5.3. ○○시 ○○구 ○○동 82 ○○3지구 ○○아파트 1-401(이하 “서울주택”이라한다)을 취득하여 보유하던 중 2006.10.17. 거주이전 목적으로 ○○남도 ○○시 ○○면 ○○리 534 주택(이하 “밀양주택”이라 한다)을 취득한 후, 2008.5.20. 서울주택을 양도하고 1세대 1주택 비과세 적용대상으로 보아 양도소득세를 신고하지 아니하였다.
• 나. 처분청은 서울주택의 양도를 1세대1주택 비과세 적용대상이 아닌 것으로 보아 2010.1.6. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 79,235,110원을 결정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.1.7. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 2005.5.3. 서울주택을 취득한 상태에서 남편의 직장 이동으로 인하여 2006.10.17. 면소재지의 저가주택인 밀양주택을 취득하였고, 세대 모두가 이사하여 거주한 관계로 서울주택을 양도할 예정이었으나, 청구인이 2005.5.23. 교통사고를 당해 수술과 치료를 위해서 서울지역에서 거주할 수밖에 없었고, 또한 서울지역 소재 대학에 강사로 재직한 관계로 서울에 거주하다가 2008.5.20. 서울주택을 양도하였다. 따라서 서울주택은 청구인의 치료와 근무상의 형편 때문에 보유하다가 양도한 것인 바, 서울주택의 양도는 1세대1주택의 비과세 적용대상이다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 본인의 질병의 요양, 근무상의 형편 때문에 불가피하게 2주택을 취득한 후, 1주택을 양도한 것이므로 일시적 2주택자의 비과세 적용대상이라고 주장하나, 청구인의 남편은 2001.7.23. 밀양주택 소재지에서 치과병원을 운영하다가 2005.5.3. 서울주택을 취득하였고, 청구인이 2005.5.23. 교통사고가 발생한 후 2006.10.17. 밀양주택을 취득하여 보유한 상태에서 2008.5.20. 서울주택을 양도한 것이므로 소득세법 시행령제154조 제1항 제3호에서 규정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 기타 부득이한 사유로 양도하는 경우에 해당된다고 보기는 어렵다.

• 가. 쟁점 서울주택의 양도가 1세대1주택 비과세 적용대상인지 여부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 (2002.12.18. 법률 제6781호로 개정된 것)

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택 부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득 (2) 소득세법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20618호로 개정된 것) 제154조 【1세대1주택의 범위】① 법 제89조제1항제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 "1세대"라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 에 따라 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다. 제156조 【고가주택의 범위】① 법 제89조제1항제3호에서 "가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택"이란 주택 및 이에 딸린 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액[1주택 및 이에 딸린 토지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분(타인 소유부분을 포함한다)의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다]이 9억원을 초과하는 것을 말한다. (3) 조세특례제한법 (2007.12.31. 법률 제8827호로 개정된 것) 제99조 의4 【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령으로 정하는 1세대(이하 이 조에서 "1세대"라 한다)가 2003년 8월 1일(고향주택은 2009년 1월 1일)부터 2011년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 "농어촌주택등취득기간"이라 한다) 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 1채의 주택(이하 이 조에서 "농어촌주택등"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 그 농어촌주택등 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 그 농어촌주택등을 해당 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 소득세법 제89조제1항제3호 를 적용한다.

• 다. 대지면적이 660제곱미터 이내이고, 주택의 면적이 대통령령으로 정하는 기준 이내일 것
• 라. 주택 및 이에 딸린 토지의 가액(소득세법 제99조 에 따른 기준시가를 말한다)의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 2억원을 초과하지 아니할 것

③ 1세대가 취득한 농어촌주택등과 보유하고 있던 일반주택이 행정구역상 같은 읍·면·시 또는 연접한 읍·면·시에 있는 경우에는 제1항을 적용하지 아니한다.

④ 1세대가 제1항에 따른 농어촌주택등의 3년 이상 보유 요건을 충족하기 전에 일반주택을 양도하는 경우에도 제1항을 적용한다. (3) 조세특례제한법 시행령(2008.2.29. 대통령령 제20720호로 개정된 것) 제99조 의4 【농어촌주택등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】④ 법 제99조의4제1항제1호나목 및 같은 항 제2호다목에서 "대통령령으로 정하는 기준 이내"란 주택의 연면적이 150제곱미터(공동주택의 경우에는 전용면적 116제곱미터) 이내를 말한다.

⑫ 농어촌주택등의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에 있어서 법 제99조의4제1항 각 호 외의 부분에 따른 농어촌주택등취득기간 이내의 취득 또는 같은 항 제1호가목 및 제2호가목ㆍ나목에 따른 지역에 해당하는 여부의 판정은 당초 농어촌주택등의 취득일을 기준으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 서울주택의 등기부등본을 보면, 청구인은 서울주택을 2005.5.3. 취득하여 3년 17일 보유하다가 2008.5.20. 유○○에게 4억 4,500만원에 양도한 사실이 나타난다.

(2) 청구인 세대의 주민등록표를 보면, 청구인 및 그 자녀(김○○,김○○)는 서울주택에서 2005.8.12.부터 2008.5.21.까지 약 2년 9개월 거주한 사실이 나타난다.

(3) 밀양주택의 등기부등본을 보면, 청구인은 2006.10.17. 밀양주택을 취득하였는바, 그 주택현황을 살펴보면 아래 〈표〉와 같다.

○ 소재지:

○○남도 ○○시 ○○면 ○○리 534

○ 거래가액: 1,660만원(주택 460만원, 토지 1,200만원)

○ 건물내역(연면적 69.09㎡)

• 목조 세멘기와지붕 단층 농가주택 37.02㎡

• 목조 스레트지붕 단층 농가주택 21.49㎡

• 부속건물 목조 스레트지붕 단층농업생산시설 10.58㎡

○ 토지내역: 대지 393㎡

(4) 위 사실관계 등을 종합하여 보건대, 청구인은 서울주택을 3년이상 보유하고 2년 이상 거주하다가 4억 4,500만원에 양도하였으며, 밀양주택은 ○○남도 ○○시 ○○면에 소재하고 있고, 대지 및 주택면적은 각각 393㎡, 69.09㎡로 조세특례제한법제99조의 4 제1항 및 같은 법 시행령 제99조의 4 제4항에서 규정한 면적인 각각 660㎡, 150㎡이내이며, 취득가액은 1,660만원으로 1억 5,000만원 이내이고, 비록 밀양주택을 3년 이상 보유요건을 충족하기 전에 1년 8개월만에 서울주택을 양도하였지만, 이 경우에도 밀양주택을 소유주택으로 보지 아니한다고 조세특례제한법제99조의 4 제4항에 규정하고 잇는 점 등에 비추어 밀양주택은 조세특례제한법제99조의 4 및 같은법 시행령 제99조의 4에 의한 농어촌주택에 해당한다고 하겠다. 그렇다면, 서울주택은 소득세법제89조 제1항 및 같은법 시행령 제154조 제1항, 제156조 제1항에 의한 양도소득세가 비과세되는 1세대 1주택의 적용대상에 해당하는 것으로 보인다. 따라서 서울주택의 양도를 1세대1주택의 비과세적용대상이 아닌 것으로 보아 이 건 과세처분을 한 것은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.