재건축되어 새로이 준공된 후에 당해 재건축주택 외 다른 주택을 양도한 경우, 일시적 2주택으로 보아 비과세특례규정을 적용할 수 있는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1990.8.7. ○○○(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중 2000.7.31. 거주이전 목적으로 ○○○(이하 “쟁점외주택”이라 한다)를 취득하였고, 이후 쟁점외주택이 2008.7.1. ○○○로 재건축되자 2008.10.6. 쟁점주택을 양도하고, 2008.7.1. 쟁점외주택을 취득한 것으로 하여 대체취득을 위한 일시적 2주택으로 보아 1세대 1주택 비과세특례규정을 적용하여 양도소득세 과세표준 예정신고를 하였다가 2009.5.29. 1세대 2주택으로 양도소득세를 재계산하여 수정신고한 후, 다시 2009.9.2. 당초 수정신고를 번복하여 1세대 1주택 비과세특례규정을 적용하여 235,011,350원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 쟁점외주택이 사용승인시점에서 새로 취득된 주택이 아니라 기존주택의 연장(보유기간의 연장)으로 보아 1세대 1주택 비과세특례규정의 적용을 배제하여 2009.10.1. 청구인에게 경정청구 거부처분을 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.12.17. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 1990.8.7. 쟁점주택을 보유하던 중 거주이전 목적으로 2000.7.31. 재개발예정인 쟁점외주택을 취득하였으며, 2000.9.30. 당해 아파트가 재개발사업으로 멸실되고 ○○○로 사용승인된 후, 2008.10.6. 쟁점주택을 양도하였는 바, 1세대 2주택인 자가 그 중 1주택이 재건축되어 새로이 사용승인된 이후에 재건축하지 아니한 다른 주택을 양도하는 경우, 소득세법 시행령제155조 제1항의 일시적 2주택 비과세특례규정을 적용함에 있어서 재건축한 주택은 사용승인시점에서 새로 취득한 주택으로 볼 수 없고, 기존주택의 연장으로 보아 당해 비과세특례규정을 적용할 수 없는 것으로 예규가 변경되었으며, 그 적용시기를 2002.11.23. 이후 최초로 양도하는 분부터 적용하는 것이므로 쟁점주택의 경우 예규변경일 현재 2주택 중 1주택이 이미 재건축 진행 중이었으므로 재건축 중인 주택을 소유한 청구인에게 새로운 예규를 적용하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 1세대 2주택인 자가 그 중 1주택이 재건축되어 완공됨으로써 다시 1세대 2주택이 된 상태에서 재건축한 주택 외 다른 주택을 양도하는 경우, 재건축한 주택은 사용승인시점에서 새로 취득한 주택으로 볼 수 없고, 기존 주택의 연장으로 보아 소득세법 시행령제155조 제1항의 일시적 2주택 비과세특례규정을 적용하지 아니하는 것이 1세대 1주택 비과세특례규정의 기본취지에 부합하며, 대법원에서도 1세대 1주택 비과세특례규정의 적용을 배제하는 것으로 일관되게 판시하고 있으며, 변경된 예규에 의하더라도 청구인은 재건축한 주택의 완공 전에 다른 주택을 양도하였다면 1세대 1주택 비과세를 적용할 수 있는 선택의 여지가 있었음에도 불구하고, 단순히 예규변경일 당시 재건축 중인 이유만으로 재산권의 침해 및 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장하는 것은 타당하지 아니한다.

• 가. 쟁점 1세대 2주택인 자가 그 중 1주택이 재건축되어 새로이 사용승인된 후에 당해 재건축주택 외 다른 주택을 양도한 경우, 일시적 2주택으로 보아 비과세특례규정을 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 소득세법(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정된 것) 제89조【비과세양도소득】

① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 (2) 소득세법 시행령(2008.11.28. 대통령령 제21138호로 개정되기 전의 것) 제154조【1세대 1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기 간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. (단서 생략) 제155조【1세대 1주택의 특례】

① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 다른 주택을 취득한 날부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(1년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령이 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항의 규정을 적용한다. 이 경우 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목의 규정에 의하여 협의매수되거나 수용되는 경우로서 당해 잔존하는 주택 및 그 부수토지를 그 양도일 또는 수용일부터 2년 이내에 양도하는 때에는 당해 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점주택 및 쟁점외주택의 등기부등본을 보면, 청구인은 1990.8.7. 쟁점주택을 취득하여 보유하던 중 2000.7.31. 재개발예정인 쟁점외주택을 취득한 후 당해 아파트의 재개발사업으로 인하여 2008.7.1. ○○○를 취득하고 2008.10.6. 쟁점주택을 양도한 사실이 나타난다.

(2) 청구인의 쟁점주택에 대한 양도소득세 과세표준 예정신고서, 경청청구서 등을 보면, 청구인은 2008.10.6. 쟁점주택을 양도하고 2008.11.6. 쟁점외주택을 2008.7.1. 취득한 것으로 보아 대체취득을 위한 일시적 2주택으로 인한 1세대 1주택 비과세특례규정을 적용하여 양도소득세 10,768,750원을 예정신고·납부하고, 2009.5.29. 1세대 2주택으로 양도소득세 231,326,530원으로 재계산하여 수정신고하였으며, 2009.9.2. 다시 일시적 2주택으로 인한 1세대 1주택 비과세특례규정이 적용되는 것으로 보아 수정신고를 번복하여 235,011,350원을 환급하여 달라는 경정청구를 신청한 사실이 나타난다.

(3) 살피건대, 청구인은 ○○○의 사용승인일로부터 1년 이내에 쟁점주택을 양도하였으므로 일시적인 1세대 2주택의 양도로 보아 양도소득세가 비과세되어야 한다고 주장하나, 1세대 1주택을 소유한 거주자가 기존주택을 취득하여 1세대 2주택인 상태에서 다른 주택을 취득한 날로부터 1년이 경과한 후 기존주택을 양도하는 경우에는 양도소득세의 과세대상이 되는 것이며, 이 때 기존주택의 재건축으로 새로운 주택을 취득하였다 하여 재건축주택의 사용승인일을 기존주택의 취득일로 인정하게 되면 실질적으로 1세대 2주택의 상태를 장기간 유지한 경우에도 2주택 모두가 비과세되는 결과를 초래할 수 있게 되어 일시적인 1세대 2주택 비과세제도의 취지에 맞지 아니한다(○○○, 2006.12.13. 외 다수 같은 뜻). 따라서, 일시적인 1세대 2주택 양도에 대한 비과세 규정을 적용함에 있어서 대체취득목적으로 취득한 주택은 재건축하기 전의 기존주택에 해당되고, 쟁점주택의 양도일인 2008.10.6. 현재 2008.7.1.자로 사용승인된 ○○○를 보유하고 있었으므로 처분청이 쟁점주택의 양도를 1세대 2주택의 양도로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.