운전자별월계표를 근거로 총운송수입금액을 추정하여 산출한 후 정액사납금을 뺀 초과사납금은 부가가치세 과세표준에 해당함.

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 서울특별시 ○○○에서 택시/운수업을 영위하는 법인으로, 2003사업연도 癔 2007사업연도에 대하여 택시기사로부터 수령하는 정액사납금 상당액만 부가가치세 과세표준으로 보아 부가가치세 및 법인세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구법인에 대하여 2009.2.12. 癔 2009.2.24. 법인세 통합조사를 실시한 결과, 청구법인의 ‘운전자별월계표’를 근거로 총운송수입금액을 산출하고, 총운송수입금액에서 운전기사로부터 수령한 정액사납금을 뺀 금액(이하 “초과사납금”이라 한다)을 청구법인이 부가가치세 과세표준에서 과소신고한 것으로 보아 청구법인에게 2009.1.23. 부가가치세 2003년 제2기 58,232,750원, 2009.7.24. 부가가치세 2004년 제1기 50,680,090원, 2009.8.13. 부가가치세 2004년 제2기 58,217,070원, 2005년 제1기 46,106,500원, 2005년 제2기 31,701,200원, 2006년 제1기 26,636,860원, 2006년 제2기 23,846,880원, 2007년 제1기 29,484,720원, 2007년 제2기 28,841,290원, 합계 353,747,360원을 경정瘼고지하는 한편, 초과사납금을 청구법인의 익금에 산입하고 이를 운전기사의 급여로 보아 ‘지급조서미제출가산세’를 산출하여 청구법인에게 2009.2.25. 법인세 2003사업연도 23,421,280원, 2009.8.14. 법인세 2004사업연도 24,179,610원, 2005사업연도 18,540,510원, 2006사업연도 13,361,130원, 2007사업연도 12,218,950원, 합계 91,721,480원을 경정瘼고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2003년 제2기 부가가치세 및 2003사업연도 법인세에 대하여는 2009.4.20., 2004년 제1기 부가가치세에 대하여는 2009.10.15., 2004년 제2기 癔 2007년 제2기 부가가치세 및 2004사업연도 癔 2007사업연도 법인세에 대하여는 2009.11.9. 각각 이의신청을 거쳐 2009.12.31. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 첫째, 처분청은 ‘운전자별월계표’를 근거로 총운송수입금액을 추정하여 산출하였으나, 청구법인이 보관瘼비치하고 있는 운전자별월계표상의 항목인 ‘합산요금과 실입금액’란에는 청구법인이 노사합의에 따라 받아야 할 실제 사납금이 전산입력으로 표시되어 있을 뿐이라서, 처분청이 초과사납금으로 산정한 수치는 어디까지나 추정치일뿐 정확한 숫자가 될 수 없는 바, 그 이유는 운전기사가 식사를 하러 간다거나 또는 승차거부에 따른 시비를 방지하기 위하여 일부러 타코메다를 꺽고 ‘영업중’인 것으로 운행하면 타코메타의 꺾기 횟수(영업수:1일 승객승차 횟수)가 실제 영업횟수보다 많이 표시되기 때문이고 그렇게 하면 이후수(승객이 승차하여 기본요금이 계산된 후 요금이 추가로 올라간 횟수)도 자연히 증가되기 때문이다. 따라서, 운전자별월계표에 나타난 수치로는 운전기사가 하루에 실제 얼마를 벌었는지 본인 외에는 누구도 알 수 없다. 만일 청구법인이 어떤 형태로든 초과사납금을 받았다거나 또는 우회적으로 초과사납금을 받아 별도로 관리하면서 운전기사에게 다시 되돌려 주는 형태를 취했다면 초과사납금도 일반 운송수입금과 마찬가지로 청구법인의 관리瘼지배하에 있는 상태로서 마땅히 회사의 수입금액으로 보아야 할 것이고 또 부가가치세가 과세되어야 한다는 데에는 이의가 없으나, 청구법인은 운전기사로부터 초과사납금을 입금받아 관리한 사실이 없으며, 2001년 임금협정서 제15조 제3호 및 2003년 임금협정서 제1조 제1항 나목에 의하면 초과사납금을 회사에 입금시키는 경우, 그 초과사납금은 근로자 60%, 사용자 40%로 배분하도록 되기 때문에 초과사납금을 입금시키면 자기 손해가 되므로 아무도 입금시키는 사람이 없었으므로 청구법인으로서는 초과사납금의 관리 및 지배의 가능성은 전혀 없었다. 1977년 이전의 택시제도는 지입제 형태로 운영되다가 1977년 교통부 고시 제1111호에 따라 택시회사의 직영체제로 전환되면서 사납금제도가 30년 이상 실시되어 왔는 바, 이후에 사납금으로 인한 노사분규를 예방한다는 차원에서 운전기사는 수입금액 전액을 회사에 납입하고 회사는 그에 상응하는 월급을 지급하는 제도인 ‘운송수입금액전액관리제’가 2000년 9월부터 시행되어 청구법인은 여러 차례 이 제도를 시행하려고 시도하였다가 결국 실패하였고, 2006년에는 구청으로부터 전액관리제를 위반하고 있다는 투서로 과태료 처분을 받았으며, 2008년에도 같은 일이 반복되었다. 이 같은 사실을 보더라도 청구법인은 노사합의에 의한 임금협정서에 기재된 기준사납금 이외는 받지 않고 있는 바, 국세기본법 제14조 의 실질과세원칙에 의하면 청구법인에게 귀속되는 운송수입금액은 운전기사가 실제로 납입한 사납금에 국한되어야 할 것이며, 청구법인이 여러 가지 통계 목적으로 보관하고 있는 서류인 ‘운전자별월계표’의 내용을 가지고 총운송수입금액을 추정하여 산출해 볼 수 있다 하더라도 청구법인이 노사가 합의한 사납금만 받고 있다면 그 금액에 국한하여 과세하는 것이 실질과세원칙에 따르는 것이다. 청구법인에 근무하던 운전기사가 퇴직하는 경우, 청구법인이 지급하여야 할 퇴직금의 산정기초가 되는 평균임금의 계산 또한 3개월 동안 운전기사가 회사에 납입시킨 실제 사납금을 근거로 산출하고 있다. 만일 처분청 의견대로라면 초과사납금을 합한 총운송수입금액에 대하여 평균임금을 산출하여야 할 것인데 이에 대한 대법원 판례(1999.4.23. 선고 98다18568 및 다수)에 의하면, ‘퇴직금 산정의 기초인 평균임금은 근로자가 얻는 총수입 중 사용자가 관리 가능하거나 지배 가능한 부분에 한정된다고 보아야 하며, 택시운전기사가 하루의 운송수입금 중 사납금을 납입하고 남은 금액을 개인 수입으로 자신에게 직접 귀속시킨 경우, 그 개인 수입 부분의 발생 여부나 그 금액 범위 또한 일정하지 않으므로 운송회사로서는 택시운전사들의 개인 수입액이 얼마가 되는지 알 수 없고 이에 대한 관리가능성이나 지배 가능성도 없다고 할 것이어서 택시운전사들의 개인 수입 부분은 퇴직금 산정의 기초인 평균임금에 포함된다고 할 수 없다고 판시하고 있다. 이 판례는 운전기사가 운송수입금 중 사납금 만을 회사에 납입하고 남은 금액을 개인의 수입으로 자신에게 직접 귀속시킨 경우, 그 개인 수입금은 퇴직금 산정의 기초가 되는 평균임금에 포함되지 않는다는 것이며, 청구법인은 노사 합의된 사납금만을 운송수입금으로 받아왔고 퇴직금 지급시에도 평균임금은 사납금을 기준으로 산정하여 퇴직금을 지급하여 왔기 때문에 청구법인의 운송수입금액은 운전기사가 택시회사에 납입시킨 사납금에 한정되어야 할 것이다. 청구법인이 초과사납금을 전혀 관리하지 않고 그 초과사납금을 근로자들의 개인 수입으로 인정하여 평균임금에 포함시키지 않기로 한 것에 대해서도 최근 대법원은 근로기준법 위반죄가 성립되지 않는다고 판결하고 있다(대법원2009.1.15. 선고 2006도6986 참조). 동일한 사안에 대하여 울산광역시 소재 택시회사 2곳에서 각각 울산세무서장과 동울산세무서장에게 제기한 고충신청에 대하여 2008.9.3.에 각 세무서장이 답변한 처리내용은 “운송수입금액에 대하여 정액사납금만을 회사수익으로 인식하겠다”는 내용으로 고충처리결과통지를 하였으며, 광주지방국세청에서도 미터기대로 과세하려다가 업계의 반발에 부딪혀 과세하지 못한 사실도 있다. 따라서 처분청이 청구법인에게 한 운송수입금액을 타코미터에 의한 기록으로 추정하여 과세한 방법은 그 자체가 정확하지 않을 뿐만 아니라 청구법인이 지배瘼관리한 사실도 전혀 없는 금액임에도 이를 청구법인이 수입한 것으로 의제하는 것은 근거과세원칙과 실질과세원칙에도 위배되므로 이 건 과세처분은 취소함이 타당하다. 둘째, 처분청은 청구법인에게 법인세 과세소득을 계산하면서 초과사납금에 해당하는 금액을 익금산입하고 상여처분하면서 동 상여처분액에 대하여 지급조서미제출가산세를 부과하였으나, 초과사납금으로 인하여 부과된 가산세는 앞에서 주장한 바와 같이 위법한 처분이며, 더구나, 2003년 사업연도(2002.12.1.癔2003.11.30.) 법인세로 부과된 지급조서미제출가산세액 32,546,017원은 부과제척기간이 완성된 것이라는 점에서 위법하며, 지급조서미제출가산세란 갑근세 원천징수의 이행과 관련하여 부수되는 협력의무로서의 가산세라는 점에서 그에 대한 부과제척기간은 원천징수의무에 대한 제척기간과 궤(軌)를 같이 한다고 할 것이므로 원천징수의무에 대한 제척기간이 완성되면 지급조서에 대한 미제출가산세를 부과할 수 없는 바, 국세청 예규에서도 지급조서미제출가산세 부과제척기간은 지급조서제출기한의 다음날부터 기산하여 당해 원천징수세액에 대한 부과제척기간과 같이 만료되는 것으로 해석하고 있는 바(징세 46101-389, 2001.6.5. 참조), 2003년 귀속분 연말정산에 대한 부과제척기간은 2004.2.10.부터 기산하여 2009.2.10.에 완성되었다 할 것이므로 법인세 고지일(2009.2.25.) 현재에는 이미 부과제척기간이 완성되어 그 가산세 부과는 위법하다. 또한 소득세법제192조 제1항에서 ‘법인세법에 의하여 세무서장 또는 지방국세청장이 법인소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 처분되는 배당瘼상여 및 기타소득은 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장 또는 지방국세청장이그 결정일 또는 경정일부터 15일 내에 기획재정부령이 정하는 소득금액변동통지서에 의하여 당해 법인에게 통지하여야 한다’라고 규정하고 있고, 제2항에서 ‘제1항의 경우에 당해 배당瘼상여 및 기타소득은 그 통지서를 받은 날에 지급하거나 회수한 것으로 본다’라고 규정하고 있어 상여처분된 금액은 소득금액변동통지서를 받은 날에 지급된 것으로 의제되기 때문에 원천징수의무자는 그 날에 원천징수하여 다음날 10일까지 납부하여야 하고 또한 그에 따른 지급명세서는 소득세법제164조 제1항의 규정에 따라 제출하면 되는 것인 바, 이 제도의 입법취지는 처분청이 소득금액에 대한 변동통지를 함으로써 원천징수의무자로 하여금 원천징수를 할 수 있도록 별도의 기회를 주기 위한 것일 뿐만 아니라 또 원천징수와 함께 그에 따른 지급명세서를 제출하여야 하는 의무를 지우기 위한 것으로 당해 사건의 경우 소득금액변동통지를 하지 아니하고 초과사납금 전체에 대하여 지급조서미제출가산세를 부과하였으므로 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 첫째, 처분청이 청구법인의 운송수입금액을 산출한 기준은 청구법인이 관리, 보관하고 있던 전산화된 택시운행기록(이하 “타코자료”라고 함)에 의하여 확인된 원시자료를 근거로 동자료에서 기록된 ‘영업수’ 및 ‘이후수’를 확인하여 영업수에 기본요금을 곱하고, 이후수에 추가되는 단위당 요금을 곱하여 운송수입금액을 산출한 것인 바, 타코자료라 함은 택시회사가 기사들의 운행기록을 관리하는 가장 기본적이고 중요한 기록으로서 기사의 교통법규 위반사항 등 범칙여부, 운행시작 및 종료 등 근태관리, 영업수입금액 관리 등 택시운행에 관한 상세정보 전부를 기록하고 있는 원시데이터이며, 청구법인은 운전기사들로부터 실제로 지급받은 사납금이 기록된 ‘실입금액’과 동일한 금액에 근거하여 부가가치세와 법인세를 신고한 사실이 있다. 택시회사 즉, 청구법인은 택시기사의 운행에 관한 사항을 관리瘼감독하여야 할 책임을 지고 있는 바, 이러한 규정은 여객운수사업법 등 관련법에서도 ‘운송사업자는 운수종사자가 이용자로부터 수령한 운임 또는 요금의 전액을 운수종사자로부터 납부받아야 하는 등 강제하고 있다. 청구법인이 이 건 과세와 관련된 처분청의 운송수입금액의 계산내용 및 이로 인한 처분청의 과세가 부당하다는 주장을 입증하기 위하여는 청구법인의 운송수입금액을 결정할 수 있는 실제 내용과 잘못된 내용을 구체적으로 제시하여 이를 비교瘼입증함으로서 처분청의 수입금액 계산에 잘못이 있음을 밝혀야 할 것인 바, 처분청의 수입금액 산정에 기초가 되는 타코자료 상의 숫자가 잘못이 있다는 등의 특별한 사정이 존재한다면 그 입증책임은 청구인에게 있을 것이다. 또한 초과사납금이라 함은 택시운행과 관련하여 청구법인 회사소속 택시기사가 승객으로부터 수취한 요금전액 중 택시기사가 회사에 실제 입금한 정액사납금과의 차액을 말하는 것으로, 청구법인 주장은 청구인의 운송수입금액은 택시기사로부터 수취하는 정액사납금만을 말하는 것이고 위 초과분 운송수입금액은 청구법인의 운송수입금액에서 제외되어야 한다는 주장인데, 그 이유로서 초과사납금은 청구법인이 운전기사로부터 실제 납입 받지 않고 기사의 자유로운 처분에 맡긴다는 이유를 들어 과세가 부당하다고 주장하고 있으나, 초과사납금이란 택시이용 승객이 택시이용의 대가로서 택시기사에게 지불한 요금인 것이고 그렇다면 운송수입금액이 분명한 것이며, 이를 청구법인이 운전기사의 자유로운 처분에 맡긴 것은 청구법인이 운전기사로부터 운행요금 전액을 받아 관리하여야 하는 법에서 강제하고 있는 의무를 이행하지 않은 결과이다. 또한, 임금협정상 운전기사의 자유로운 처분에 맡김으로서 그 실제 성격은 초과사납금 상당액이 청구법인에 입금되지 않고 즉시 기사에게 귀속되는 근로의 대가로서 기사 급여로 봄이 타당하다. 또한 청구법인은 초과사납금을 관리 또는 지배가능성이 전혀 없다고 하였으나 처분청이 청구법인에 대한 조사시 확인된 사항으로서 과거 여객자동차운수사업법 시행령 제12조 규정을 준수하기 위하여 초과사납금액 중 일부를 기사로부터 입금받아 별도 계좌에 입금하여 관리하고 있었음이 확인되는 바, 사실과 전혀 다른 주장을 하고 있는 등 초과사납금을 포함한 운송수입금액 전액을 청구법인의 수입금액으로 결정한 이 건 처분은 타당하다. 둘째, 앞의 의견과 같이 초과사납금은 청구법인의 수입금액에 해당함과 동시에 청구법인에 귀속되어 운전기사의 급여로 보는 것인 바, 지급조서미제출가산세를 적용한 처분은 정당한 것이며, 한편, 2003년 귀속 ‘지급조서미제출가산세’는 2003년 귀속 법인세 부과처분시 가산세를 적용한 처분으로서 원천징수와 관련된 가산세라 하여 ‘당해 원천징수세액’별로 판단할 사항이 아닌 것으로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점

① 청구법인의 ‘운전자별월계표’를 근거로 총운송수입금액을 추정하여 산출한 후 정액사납금을 뺀 초과사납금을 부가가치세 매출과표에 포함하여 과세할 수 있는지 여부

② 초과사납금을 법인세 익금가산하고 이를 운전기사의 급여로 보아 ‘지급조서미제출가산세’를 부과한 처분의 당부

• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제13조 【과세표준】① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화의 시가 3의 2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가

4. 폐업하는 경우의 재고재화에 대하여는 시가

② 다음 각 호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.

3. 공급받는 자에게 도달하기 전에 파손ㆍ훼손 또는 멸실된 재화의 가액

5. 공급대가의 지급지연으로 인하여 지급받는 이자로서 대통령령이 정하는 연체이자

6. 재화 또는 용역을 공급한 후의 그 공급가액에 대한 할인액으로서 대통령령이 정하는 할인액 (2) 부가가치세법 시행령 제48조 【과세표준의 계산】① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다.

(3) 법인세법 제67조 【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. 제76조 【가산세】⑦ 납세지 관할세무서장은 제120조ㆍ제120조의 2 또는 소득세법 제164조 ㆍ제164조의 2에 따른 지급명세서를 제출하여야 할 내국법인이 같은 법 제164조 제1항ㆍ제164조의 2 제1항에 따른 기한내에 이를 제출하지 아니하였거나 동조의 규정에 의하여 제출된 지급명세서가 대통령령으로 정하는 불분명한 경우에 해당하는 경우에는 그 제출하지 아니한 분의 지급금액 또는 불분명한 분의 지급금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 때에도 가산세는 징수한다. (4) 소득세법 (2004. 12. 31, 법률 제7319호로 개정되기 전의 것) 제164조 【지급조서의 제출】① 제1조의 규정에 의하여 소득세 납세의무가 있는 개인에게 다음 각 호의 1의 소득에 해당하는 소득금액 또는 수입금액을 국내에서 지급하는 자(법인을 포함하며, 제127조 제6항의 규정에 의하여 소득금액의 지급을 대리하거나 그 지급을 위임 또는 위탁받은 자 및 제150조의 규정에 의한 납세조합을 포함한다)는 대통령령이 정하는 바에 의하여 지급조서를 그 지급일(제135조 제2항 및 제3항과 제147조 제2항 내지 제4항의 규정을 적용받는 소득에 대하여는 당해 소득금액 또는 수입금액에 대한 과세연도 종료일을 말한다)이 속하는 연도의 다음 연도 2월 말일(휴업 또는 폐업한 경우에는 휴업일 또는 폐업일이 속하는 달의 다음 다음달 말일)까지 원천징수 관할세무서장ㆍ지방국세청장 또는 국세청장에게 제출하여야 한다.

(5) 국세기본법 제14조 【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다. 제16조 【근거과세】① 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치ㆍ기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치ㆍ기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의하여 국세를 조사ㆍ결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항의 규정에 의하여 기장의 내용과 상이한 사실이나 기장에 누락된 것을 조사하여 결정한 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 부기하여야 한다.

(7) 여객자동차 운수사업법 제22조 【운송사업자의 준수사항】① 대통령령이 정하는 운수사업자는 운수종사자가 이용자로부터 수령한 운임 또는 요금(이하 “운송수입금”이라 한다)의 전액을 당해 운수종사자로부터 납부받아야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 부가가치세 및 법인세 과세경위를 보면, 처분청은 청구법인에 대하여 2009.2.12. 癔 2009.2.24. 법인세 통합조사를 실시하여 청구법인의 ‘운전자별월계표’를 근거로 총운송수입금액을 산출하고 총운송수입금액에서 정액사납금을 뺀 초과사납금을 청구법인이 부가가치세 매출세액으로 신고하지 아니한 사실을 확인한 다음, 청구법인에게 2003년 제2기 癔 2007년 제2기의 부가가치세 합계 353,747,360원을 각각 경정瘼고지하고, 초과사납금을 청구법인의 익금에 산입함과 동시에 이를 운전기사의 급여로 보아 지급조서미제출가산세를 산정하여 2003사업연도 癔 2007사업연도의 법인세 합계 91,721,480원을 각각 경정瘼고지하였다.

(2) 택시회사의 운송수입금액의 관리주체와 관련한 영업형태는 세가지인 바, 첫째, 운전기사는 택시 운송수입금액 전액을 회사에 입금하고 회사에서 운송수입금액을 관리하는 ‘전액관리제’, 둘째, 운전기사는 택시 운송수입금액 전액을 회사에 입급하지만 정액 사납금 초과액은 운전기사에게 반납하는 ‘전액 수납제’, 셋째, 운전기사는 정액 사납금만을 회사에 입금하고 정액사납금 초과액을 자기 책임 하에 직접 사용하는 정액 사납금제로 분류할 수 있다. 처분청의 조사결과에 의하면 청구법인은 실질적으로 정액사납금제에 의하여 운송업을 영위하고 있고 이에 따라 청구법인의 택시기사는 승객에게 택시운송용역을 제공하고 그 대가를 지급받은 후 정액사납금만을 청구법인에 입금하고 초과사납금은 택시기사가 직접 사용한 것으로 나타난다.

(3) 처분청의 청구법인에 대한 조사결과는 다음과 같다. (가) 청구법인의 총운송수입금액 산정과정을 보면, 처분청은 청구법인이 보관하고 있던 타코자료를 확보하였고, 구성내용은 아래 <표1>과 같다.

○○○ (나) 처분청의 청구법인에 대한 2003년 제2기 운송수입금액 월별 계산내역은 아래 <표2>와 같다.

○○○ (다) 처분청은 청구법인에 대하여 위의 <표2>와 같이 2003년 제2기 부가가치세 과세기간의 매출과표 신고누락금액 671,131,545원을 적출하였는 바, 청구법인은 도급제 방식으로 운영하는 택시차량도 일부 보유하고 있었으므로 처분청은 위 타코자료에서 도급제운영 택시차량의 데이터는 제외하고 오로지 정액 사납금제로 운영되는 택시차량의 데이터에 대하여만 위와 같은 방법으로 수입금액을 산정하였고 도급제 운영 택시에 대하여는 위와 다른 별도의 사실 확인을 거쳐 청구법인이 2003사업연도에 14,581,818원(공급가액)을 신고누락하였음을 적출한 사실이 나타난다. (라) 처분청은 이 사건 부과처분에 앞서 2009.2.19. 적출된 초과사납금이 청구법인의 수익에 해당하는지에 관하여 과세쟁점위원회에 자문을 신청한 결과, 과세쟁점자문위원회가 2009.2.23. 청구법인의 초과사납금의 경우 청구법인의 운송용역 수입금액으로 봄이 타당하다고 결정한 것으로 나타난다. (마) 법인세 경정시에 적출된 초과사납금을 익금산입하고 동시에 해당 금액을 운전기사들의 급여로 보아 손금산입해주면서, 운전기사들의 급여가 손금산입한 초과사납금 만큼 과소신고된 것이라는 이유로, 법인세법제76조 제7항에 따른 ‘지급조서미제출가산세’를 적용한 사실이 나타난다.

(4) 청구법인은 처분청이 청구법인을 조사하면서 보관된 타코미터에 의한 운전자별월계표’를 근거로 총운송수입금액을 추정하여 산출한 후 정액사납금을 뺀 초과사납금을 부가가치세 매출누락하였다고 보고 부가가치세를 과세한 이 건 처분과, 초과사납금을 법인세 익금가산하고 이를 운전기사의 급여로 보아 ‘지급조서미제출가산세’를 부과한 이 건 처분은 부당하다고 주장하며 다음과 같은 증빙을 제시하고 있다. (가) 운전자별 월계표에 의하면 월별 운전자의 운행시간, 차량번호, 주행km, 영업km. 공차, 영업수, 이후수, 영업율, 유량, L당 수입, L당km 및 약 8만원癔9만원의 정액사납금이 운행된 날짜별로 기재된 사실이 나타난다. (나) 청구법인의 사용자측과 노동조합측이 2001년경 체결한 임금협정서에 의하면, 제1조에서 “노사는 운행기록장치(타코메타기)에 의한 운송수입과 운행으로 발생한 모든 수입(이하 “운송수입금”이라 한다)을 전액 납부 및 수납하고 운송수입금 기준액을 정한 수입금에 상응한 월급제와 운송수입금 기준액을 초과한 금액에 대한 성과급식 제도를 실시한다”라고 기재되어 있는 것으로 나타난다. (다) 청구법인의 대표이사와 노동조합 위원장이 2002.1.22. 체결한 노사합의각서에 의하면 운송수납금 납부방법에 대하여 “운송수입금은 1일 가동 미터기 기록요금 전액을 회사에 납부키로 한다. 운송수입 사납금은 오전 80,000원, 오후 88,000원인 바, 운송수입금 잔액의 차액은 회사에 예치한다.”라고 기재되어 있는 것으로 나타난다. (라) 청구법인의 사용자측과 노동조합측이 2003.6.30. 체결한 임금협정서에 의하면 “제1조 제1항 임금제도는 정액급여 임금제도와 성과급 제도로 한다. 월 1일에 기준 운송수입금액은 현행에서 1일 2,000원 하향조정하고 임금은 현행으로 한다. 성과급은 월정액급여 산정을 위한 기준운송수입 금액 초과금액이 발생할 시 초과금액에 대하여 노사가 6:4(노 60%: 사 40% 비율)로 배분한 금액을 말한다.”라고 기재되어 있으며, 청구법인의 대표이사와 노동조합 위원장이 2003.8.4. 체결한 노사합의각서에 의하면 “2003년도 임금협정에 있어 운송수입금 사납금 조정에 현행 1일 사납금 84,000원에서 82,000원으로 조정한다.”라고 기재되어 있는 것으로 나타난다. (마) ○○○(주) 노동조합원이 연명으로 2005년 및 2006년에 작성한 “정액입금제 시행에 대한 동의서”에 의하면 “건교부훈령으로 정하여진 택시운송수입금 전액관리제 시행방안의 취지에 대하여 ○○○(주)노동조합은 전 조합원의 어려운 경제적, 사회적, 기타여건을 충분히 고려하여 절차합의에 의거 월급제(업적금제)체제의 임금협정에 반한 2005년(2006년) 임금협정을 정액입금제로 시행할 것을 요구하며 또한 노瘼사협의회를 통해 조합의 협의위원들이 적극적으로 시행 요구한 정액입금제를 재확인하고 이후 운송수입금 전액관리제를 위반한 관계 법령에 대하여 어떠한 처분된 불이익과 손해에 대해서 전적으로 ○○○(주)노동조합원인 본인이 질 것을 동의하며, 추후 기한 없이 이 문제에 대하여 어떠한 의의를 제기하지 않을 것을 각서합니다.”라고 기재되어 있음이 나타난다. (바) 청구법인의 노동조합 분회장 ○○○ 외 대의원 5인이 2006.11.25. 작성하여 청구법인에 접수한 사실확인서에 의하면, 전국택시노동조합 청구법인 분회는 운송수입금 전액관리제에 반대하며, 그 이유로서 첫째, 일일 운송수입금을 전액 회사에 입금하게 되면 성과급을 매일 필요로 하는 대다수의 분회원의 불편한 원성이 있고, 둘째, 회사가 전액관리제를 시행하면 맞교대가 원천적으로 불가능하며, 셋째, 사측의 성실근로자와 불성실근로자의 판단여부 자료에 대한 노瘼사의 불편한 관계로 인해 노사갈등심화로 부정적인 근로의식이 발생하며, 넷째, 출고시간, 입고시간의 통제로 인해 부득이 출근이 늦고 원거리에서 출퇴근하는 분회원은 새벽 택시교통비 부담을 안게 되는 것으로 기재되어 있으며, 노瘼사의 화합을 해하는 운송수입금전액관리제를 청구법인 분회장 ○○○와 대의원은 전분회원을 대표하여 반대 사실확인서에 서명하며 추후 전액관리제를 위반한 관계법령에 대하여 어떠한 불이익과 손해에 대하여 전적으로 청구법인 분회원 전체가 책임질것을 확인하는 것으로 기재되어 있는 것으로 나타난다. (사) 서울북부지방법원 2007과982, 2007.11.5. 판결에서 청구법인은 운송수입금 전액관리제를 미이행한 사실을 인정할 수 있고, 기록에 나타난 모든 사정을 참작하여 과태료 2,500,000원이 부과된 것으로 나타나며, 서울북부지방법원 2008과l3414, 2009.1.23. 판결에서 청구법인은 전액관리제를 위반한 사실은 인정되나 제반사항을 참작하여 과태료가 부과되지 아니한 것으로 나타난다. (아) 2008.8.21. 울산광역시 ○○○에 소재하는 ○○○(주)는 2008.8.4. 세무조사 결과통지한 2003년 癔 2008년 귀속 법인세 등 10건 202,580,953원에 대하여 사납금 외 추가 수입금은 사실상 소득이 귀속되는 자(택시기사)의 수입으로 과세하여 줄 것을 울산세무서장에게 청구한 고충민원에 대한 처리결과 통지서에 의하면 고충민원에 대한 청구주장에 이유가 있다고 보아 사납금제도에 의한 법인수입금액을 인정하여 경정결정할 예정으로 통보한 사실이 나타나고 있으며, 울산광역시 ○○○가 2008.8.19. 동울산세무서장에게 청구한 고충민원에 대한 처리결과 통지서에 의하면 운송수입금액에 대하여 정액사납금만을 회사수익으로 인식하고, 기사들 부담 유류대의 부가가치세 매입세액 공제분에 대하여는 부가가치세 부과제척기간내 귀속분 전액을 과세하는 처분으로 결정되었음을 통지하는 것으로 나타난다. (자) 한편, 2009년 2월 서울특별시 택시운송사업조합장이 대표로 국세청장에게 제출한 탄원서에 의하면, “일반택시운수사업은 효율적인 관리를 위하여 노瘼사합의하여 운송수입금 중 일부만을 회사에 입금하고 초과운송수입금은 개인수입으로 취하고 있는데, 2009년 1월부터 실시한 세무조사에서 택시에 부착된 타코미터기에 의하여 조사를 실시함으로서 노瘼사가 합의한 사항과 너무나 상이한 결과가 나오고 있는 바, 노瘼사간에 합의 결정된 단체협약에 따라 납입되는 사납금 외에 초과운송수입금은 그 발생여부나 금액 범위 또한 일정하지 아니하여 회사로서는 개인수입이 얼마나 되는지 알 수 없고 이에 대한 관리가능성이나 지배가능성도 없으며 이는 오직 운수 종사자 개인의 수입으로 편입되는 택시운송업의 특수성과 더욱이 타코미터기 기록안에 운수종사자가 매일 교대시간에 맞춰 회사에 복귀하는 길에 빈차 표시 등을 켜 놓고 운행하다 방향이 맞지 않으면 승차거부가 되어 수십만원씩 과태료를 물기 때문에 빈차임에도 주행버튼을 눌러 운행함으로서 타코미터기의 수치 자체도 신빙성이 없어 회사에서는 이를 바탕으로 부가가치세를 신고하기 어렵고, 전국적으로 1,770(88,000여대)여개의 택시운송업체가 위와 같은 현실 아래 택시운송사업을 경영하고 있음에도 불구하고 만약 이러한 상황 아래에서 타코미터기에만 의존하여 세무조사를 실시한다면 우리 택시업계에는 엄청난 혼란이 야기될 것이며, 영세한 업체에 영향을 미치는 영향은 가히 회복이 불가능한 수준에 이를 것으로 예상됩니다. (중략) 이러한 사정을 감안하시어 노동관계법령대로 노瘼사간에 합의결정된 단체협약에 의한 운송수입금을 기준으로 세무조사를 실시하여 주실것을 간곡히 바라며 탄원서를 제출합니다.”라고 기재된 사실이 나타난다. (차) 서울지방국세청장이 서울시 소재 택시회사에 발송하였다는 안내문에 의하면 “귀 법인이 제출한 부가가치세 및 법인세과세표준 신고서와 동 부속서류를 검토한 결과 2005 癔 2009사업연도의 택시운송 관리형태와 관련하여 유류비(LPG), 택시경감세액, 유류보조금 등의 적정 신고여부를 확인코자 법인세법 제60조 제6항 및 같은 법 제122조에 따라 안내하오니 관련자료를 제출기한까지 서면에 의해 우편으로 제출하여 주시기 바랍니다.”라고 기재된 사실이 나타나며, 이에 대한 청구법인 주장을 보면, 다수의 택시회사들이 상기 안내문을 받고 25리터 초과분 유류비에 대하여 매입세액을 공제하여 신고한데 대하여 수정신고하고 있는 바, 이 건 처분청 의견대로 운전기사에게 귀속된 초과입금액까지 택시회사의 운송수입금액으로 본다면 유류비로 사용한 25리터 초과분에 대하여 매입세액공제함이 당연한 것인 바, 25리터 초과분 유류비의 매입세액공제를 인정하지 아니함은 정액입금제를 통한 택시회사에 귀속된 금액만을 운송수입금액으로 본다는 반증이라고 주장하고 있다.

(5) 처분청이 청구법인의 초과사납금의 수입금액 여부와 회사부담 유류비의 비용 여부에 대하여 과세쟁점위원회에 회부한 의결결과에 의하면 “택시운송용역은 택시기사가 아닌 택시회사가 승객에게 제공하는 것이므로 승객으로부터 받는 운송용역 제공대가는 전액 택시회사의 대가에 해당하며, 이 중 일부가 택시회사에 입금되지 않고 택시기사가 직접 사용하더라도 동 금액은 택시회사와 근로계약관계가 있는 택시기사의 추가적인 급여의 성격으로 봄이 타당하며, 승객으로부터 받는 택시요금이 전액 택시회사의 운송용역 제공대가에 해당되는 이상 25L 초과 연료비도 택시회사의 운송용역 관련 원가로 봄이 타당하다”라고 기재된 사실이 나타난다.

(6) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 첫 번째 쟁점을 살펴보면, 일반적으로 납세의무자의 신고내용에 오류 또는 탈루가 있어 이를 경정함에 있어서는 장부 및 증빙에 의하는 것을 원칙이라고 하겠으나 다른 자료에 의하여 그 신고내용에 오류 또는 탈루가 있음이 인정되고 실지조사가 가능한 때에는 그 다른 자료에 의하여서도 이를 경정할 수 있는 것이고, 이 경우 실지조사는 그것이 실제의 수입을 포착하는 방법으로서 객관적이라고 할 수 있는 한 특별한 방법상의 제한은 없다 할 것이다(대법원 2003.12.12. 선고, 2002두12786 참조). 청구법인은 택시기사의 운송수입금액을 청구법인이 정확히 인지하지 못하는 상황에서 타코미터기에 나타난 수치만을 근거로 이를 청구법인의 총운송수입금으로 보기는 어려울 뿐 아니라, 노사간 임금협정에 따라 청구법인이 관리한 바 없이 택시기사에게 전적으로 귀속된 금액에 대하여 청구법인이 수입금액을 누락한 것으로 보아 이 건 과세한 처분은 부당하다고 주장하나, 택시운송용역은 택시기사가 아닌 택시회사가 승객에게 제공하는 것이고 최종소비자인 승객이 지급한 용역에 대한 대가에는 부가가치세가 포함되어 지급된 것이므로 이 중 일부가 택시회사에 입금되지 아니하고 택시기사가 직접 사용하였다 하더라도 동 금액은 택시운송용역의 대가로서 택시운송사업자의 부가가치세 과세표준에 포함되는 것이며, 타코미터기에 나타나는 수치는 1일 승객을 태운 횟수에 기본요금을 곱하고 이후 올라간 추가요금의 합계로서 청구법인이 실제로 취득한 운송수입금액보다 적게 허위로 신고하였다고 봄이 상당하고, 처분청이 이와 같은 실지조사를 거쳐 타코미터기 운송기록을 조사하는 방법으로 납세의무자인 청구법인의 총수입금액을 경정한 것은 객관성이 있는 방법으로서 적절한 실지조사방법에 속한다고 보이는 바, 이를 실질과세원칙에 위반된다고 보기 어려울 뿐 아니라 청구법인과 같이 택시회사가 그 소속 운전기사들에게 매월 실제 근로일수에 따른 일정액을 지급하는 이외에 그 근로형태의 특수성과 계산의 편의 등을 고려하여 하루의 운송수입금 중 택시회사에 납입하는 일정액의 사납금을 공제한 잔액을 택시기사 개인의 수입으로 자유로운 처분에 맡겨왔다면 위와 같은 택시기사 개인의 수입으로 되는 부분 또한 그 성격으로 보아 근로의 대가인 임금에 해당한다 할 것인 바(대법원 2007.7.12. 선고 2005다25113 판결 참조), 청구법인의 소속 택시의 타코미터기에 나타난 운행기록에 의하여 이를 청구법인의 총수입금액으로 산정하여 누락된 수입금액에 대하여 이 건 법인세를 과세한 처분에는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(7) 두 번째 쟁점으로, 청구법인은 2003년분 지급조서미제출가산세에 대하여 2004.2.11.부터 기산하여 2009.2.10. 부과제척기간이 만료되었으므로 취소함이 타당하다고 주장하나, 지급조서미제출가산세의 부과제척기간은 지급조서제출기한 다음 날부터 기산하여 당해 원천징수세액의 부과제척기간과 같이 만료되는 것인바, 당초 2003년분 지급조서의 제출기한은 2004.2.28.까지이고, 2004.3.1.부터 기산하여 2009.2.28.에 부과제척기간이 만료된 것이므로 2009.2.25. 부과한 2003사업연도분 지급조서미제출가산세가 부과제척기간이 만료되었다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵고, 또한 청구법인은 우리원에 의견진술하면서 소득금액변동통지를 하지 아니하고 부과한 지급조서미제출가산세는 부당하다는 주장을 추가로 제기하였으나, 첫 번째 쟁점에서 살펴본 바와 같이 이 건 지급조서미제출가산세는 당시 택시회사인 청구법인이 택시기사에게 초과사납금을 근로의 대가로서 이를 임금으로 지급하였음에도 불구하고 이에 대한 지급조서를 제출하지 아니한데 대하여 가산세를 부과한 것으로서, 지급조서미제출가산세를 부과하기 전에 소득금액변동통지를 반드시 필요로 한다고 보기는 어려운 바, 소득금액변동통지를 하지 아니하였음을 이유로 청구법인에게 부과한 지급조서미제출가산세가 부당하다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.