비거주자에 대한 장기보유특별공제 적용 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2001.3.7. 서울특별시 서초구 BB동 173-4 AA연립 주택 나동 205호(이하 “AA연립”이라 한다)를 2억4,000만 원에 취득 하고 2004.1.6. 캐나다로 이주하였으며 2006.4.1. AA연립에 대한 재건축인가에 따른 재건축으로 2008.2.18. 같은 곳 서리풀 CCCCC 106동 203호(분양권, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 분양받아 2009.2.13. 쟁점 주택을 12억 7,000만 원에 양도하기로 계약(잔금지급일: 2009.3.20.)하고, 쟁점주택을 1세대 1주택으로 보아 소득세법 제95조 제2항 단서 <표2>의 장기보유특별공제 317,139,385원을 적용하여 2009.2.26. 양도소득세 57,094,490원을 신고ㆍ납부하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 비거주자이고 출국일로부터 2년이 경과하여 양도하였다는 이유로 1세대 1주택에 적용하는 장기보유특별공제 를 적용할 수 없다고 보아 소득세법제95조 제2항 본문 <표1>의 장기 보유특별공제 129,910,018원을 적용하여 2009.11.1. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 58,048,630원을 경정ㆍ고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.11.30. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 소득세법 시행령 제154조 제1항 제2호 나목에 의하여 해외이주자 는 보유기간 및 거주기간을 불문하고 1세대 1주택의 비과세 규정을 적용하나, 나목의 단서에 의하여 출국일로부터 2년 이내에 양도하는 경우에만 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하는 것이지 처분청의 주장 과 같이 1세대 1주택에 해당하지 않는다는 것이 아니며, 청구인이 2009.3.20. 양도한 쟁점주택은 조합원입주권으로 소득세법 제89조 제2항 에 의거 주택에 해당하는 것으로 장기보유특별공제 적용대상(국심 2005중1231, 2006.1.20.)이다. 쟁점주택은 청구인이 2001.3.7. AA연립을 취득하여 2년 10개월 보유하다가 2004.1.6. 해외이주하였고, 2006.4.1. 재건축인가(관리처분 계획 인가)를 받은 것으로 2008.2.18. 조합원 분양을 받은 후 2009.3.20. 양도하였는바, 소득세법 시행령 제154조 제1항 제2호 나목 및 제155 조 제17항 제1호에 의거 1세대 1주택에 해당되므로 같은 법 시행령 제159조의2에 의거 장기보유특별공제를 소득세법 제95조 제2항 단서의 <표2>의 공제율을 적용하여야 한다. 따라서, 당초 취득한 AA연립 취득분에 대한 양도차익은 보유 기간이 8년 이상(2001.3.7. - 2009.3.20,)으로 64%를 적용하여야 하며, 청구인이 추가 부담한 477,318,255원(이하 “청산금”이라 한다)에 대하여는 3년 미만이므로 0%를 적용하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 소득세법 제95조 제2항 단서 규정에 의한 <표2>의 공제율을 적용받을 수 있는 자는 1세대 1주택으로 한정하고 있고 같은 법 시행령 제154조에서 1세대를 “거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대”로 명시 되어 있는바 청구인의 경우 비거주자이므로 장기보유특별공제를 적용함에 있어 소득세법 제95조 제2항 단서 규정에 의한 <표2>의 공제율이 적용되는 것이 아니라 같은 항 본문 규정에 의한 <표1>의 공제율 적용대상이다. 또한, 2006.2.9. 이전에 해외 이주자들은 2007.12.31.까지 양도하는 경우에 한하여 보유기간 및 거주기간을 불문하고 출국시 보유한 1주택에 대하여 1세대 1주택으로 보아 비과세 규정을 적용하였으나, 2006.2.9. 세법개정을 통하여 2006.2.10.부터는 출국일로부터 2년 이내에 양도하는 경우에만 출국시 보유한 1주택에 대하여 1세대 1주택으로 보아 비과세 규정을 적용하는 것으로 개정되었는바, 청구인의 경우 해외이주일이 2004.1.6.이므로 2007.12.31.까지 양도하여 야만 1세대 1주택으로 볼 수 있다.

• 가. 쟁점 비거주자인 청구인이 양도한 쟁점주택에 대하여 장기보유특별공제를 소득세법제95조 제2항 본문 <표1>의 공제율을 적용하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 별지 기재와 같다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구인은 2001.3.7. AA연립을 취득하여 보유하던 중 2004.1.6. 캐나다로 해외이주를 하였으며 AA연립은 2006.4.1. 재건축인가를 받았고, 2008.2.18. 청구인은 조합원으로 쟁점주택을 분양받아 2009.3.20. 양도하였으며, 청구인은 쟁점주택이 1세대 1주택에 해당하는 것으로 보고 장기보유특별공제를 소득세법제95조 제2항 단서 규정에 의한 <표2>의 공제율을 적용하여 2009.2.26. 2009년 귀속 양도소득세 57,094,490원을 신고ㆍ납부하였다. (나) 처분청은 청구인이 비거주자라는 사유로 장기보유특별공제를 소득세법 제95조 제2항 본문의 규정에 의한 <표1>의 공제율을 적용 하여 2009.11.1. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 58,048,630원을 경정ㆍ고지하였다.

(2) 비거주자인 청구인이 양도한 쟁점주택에 대하여 장기보유특별 공제를 소득세법 제95조 제2항 본문 <표1>의 공제율을 적용하여 과세 한 처분이 정당한지에 대하여 본다. (가) 청구인은 쟁점주택이 조합원입주권으로 소득세법 제89조 제2항 에 의거 주택에 해당하여 장기보유특별공제 적용대상이고 같은 법 시행령 제154조 제1항 제2호 나목 및 제155조 제17항 제1호에 의거 1세대 1주택에 해당되므로 같은 법 시행령 제159조의 2에 의거 장기보유 특별공제를 소득세법제95조 제2항 단서의 <표2>의 공제율을 적용 하는 것이 타당하다고 주장한다. (나) 그러나, 1세대 1주택에 대한 양도소득세 비과세를 규정한 소득세법 시행령제154조 제1항에서 거주자 및 그 배우자와 그들이 동일 한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족을 “1세대”로 정의하고 있어 1세대는 거주자로 구성됨을 알 수 있고, 한편 장기보유특별공제 에 관한 규정인 소득세법 제95조 제2항 에서 “장기보유특별공제액” 이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제1항 제2호 의3 내지 제2호의8의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간 이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다고 규정하면서, 그 제3호에 “당해 자산의 보유기간이 8년 이상인 것은 양도차익의 100분의 24”로 규정하고 있으나, 단서에서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 “당해 자산의 보유기간이 8년 이상인 것은 양도차익의 100분의 64"라고 규정하고 있으며 법 제95조 제2항 제3호 단서의 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”에 대하여 소득세법 시행령 제159조의2 에서는 “1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다”고 규정되어 있는 바, 위 규정의 “1세대”라 함은 거주자인 1세대를 의미하는 것으로 보여지므로 비거주자에 대하여는 거주자와 동일한 장기보유특별공제율을 적용할 수 없다 할 것이다(조섬 2009서2060. 2009.7.8.같은 뜻). (다) 따라서 비거주자인 청구인이 양도한 쟁점주택에 대하여 장기보유 특별공제를 소득세법 제95조 제2항 본문의 〈표1〉의 생계율을 적용하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.