조세심판원 심판청구 부가가치세

매매계약서상 토지 등의 가액이 불분명하다고 보아 건물 등의 공급가액을 감정가액으로 안분계산한 것의 당부

사건번호 조심-2010-부-3937 선고일 2011.04.05

취득일이 확인되지 아니하는 경우 등기부등본상 농지개혁법에 의한 상환완료일로 봄

주 문

심판청구를 기각합니다.

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 1999.11.30. 개업하여 자동차부품 제조업을 영위하다가 2010.1.13. 현재의 사업장으로 이전한 후, 2010.1.29. 경상남도 ○○○ 공장용지 2,445㎡ 및 공장건물 1,496.2㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 매매대금 1,110,000,000원(토지가액 930,000,000원, 건물가액 180,000,000원)에 (주)○○○(이하 “매수법인”이라 한다)에게 양도하였다 하여 매수법인에게 공장건물에 대하여 공급가액 180,000,000원의 세금계산서를 교부하고, 2010년 제1기 부가가치세 예정신고당시 이를 부가가치세 과세표준에 포함하였다.
  • 나. 처분청은 2010년 5월 중 청구법인에 대하여 부가가치세 환급 현지확인조사를 실시하여 쟁점부동산의 토지 및 건물의 가액이 불분명하고 기계장치를 포함하여 양도한 것으로 보아 쟁점부동산의 매매대금을 토지·건물·기계장치의 감정가액을 기준으로 안분계산하여 토지가액을 609,290,000원, 건물의 공급가액을 413,326,932원, 기계장치 공급가액을 21,344,471원으로 재계산하고, 현재 사업장의 공장건물 신축공사비 관련 매입세액 52,309,091원을 불공제하여 2010.6.1. 청구법인에게 2010년 제1기 부가가치세 91,044,430원을 경정·고지하였다가, 2010.9.14. 부산지방국세청장의 이의신청결정에 의하여 신축공사비 해당 매입세액을 공제하고 당초 고지세액을 32,939,500원으로 감액경정하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.11.25. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 매수법인이 쟁점부동산의 건물가액이 180,000,000원임을 인정하고 있는 점, 양도당시 건물분 재산세의 과세표준이 237,700,000원인 점, 매수법인 입장에서도 세금계산서의 교부시점과 부가가치세 신고기일 간에 차이가 별로 없어 부가가치세를 단기간에 환급받을 수 있고 건물가액을 높게 하면 감가상각비 한도액이 증가되어 법인세 부담이 줄어들게 되므로 낮게 할 이유가 없는 점 등에 비추어 볼 때, 신고한 건물가액이 적정함에도, 처분청이 이를 무시하고 감정가액을 기준으로 건물의 공급가액을 안분계산하여 부가가치세를 과세한 것은 부당하다.

(2) 또한, 처분청은 쟁점부동산 외에 기계장치도 양도한 것으로 보아 과세표준에 포함하였으나, 해체비용, 운반비용, 재설치비용 등을 고려하여 매도당시 이를 평가대상에서 제외하였음에도, 감정가액으로 안분계산하여 기계장치의 가액을 과세표준에 포함한 것은 부당하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 쟁점부동산의 매매계약서에 토지·건물가액이 구분되어 있으나, 그에 대한 객관적 계산근거를 제시하지 못하는 점, 당초 청구법인이 건물의 공급가액을 538,017,000원으로 하여 세금계산서를 교부하자 매수법인이 동 가액을 하향조정하자고 강력하게 요구하여 180,000,000원으로 결정하였다고 현지확인조사 당시 청구법인의 대표이사가 확인한 점, 건물의 공급가액이 양도당시의 기준시가, 장부가액 및 감정가액에 비추어 지나치게 낮은 점 등을 감안할 때, 청구법인이 신고한 건물의 공급가액을 정상적인 거래가액으로 인정하기는 어렵다.

(2) 쟁점부동산의 매매계약서에 기계장치의 가액이 기재되어 있지 아니하나, 동 장치가 매수법인에게 실제 양도되었고, 사회통념상 감정가액이 20,582,000원인 기계장치를 대가도 없이 이전을 하였다고 인정하기는 어려운바, 처분청이 쟁점부동산의 토지·건물의 가액 및 기계장치의 가액이 불분명한 것으로 보아 감정가액을 기준으로 하여 안분계산하고 부가가치세를 부과한 처분은 적법·타당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점 매매계약서상 토지, 건물 및 기계장치의 가액이 불분명하다고 보아 건물 등의 공급가액을 감정가액으로 안분계산한 것의 당부
  • 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액(價額)을 합한 금액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가

2. 금전 외의 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가(時價) (2) 부가가치세법 시행령 제48조의2 【과세표준의 안분계산】

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호에 정하는 바에 의한다.

1. 토지와 건물 등에 대한소득세법제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.(1) 부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액(價額)을 합한 금액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가

2. 금전 외의 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가(時價) (2) 부가가치세법 시행령 제48조의2 【과세표준의 안분계산】

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호에 정하는 바에 의한다.

1. 토지와 건물 등에 대한소득세법제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 양도자인 청구법인과 양수자인 매수법인이 2009.11.24.에 작성한 쟁점부동산의 매매계약서에 의하면, 매매대금이 1,110,000,000원으로만 기재되어 있을 뿐이고, 부가가치세는 별도로 표시되어 있지 아니하며, 특약사항에는 아래와 같은 내용이 약정되어 있다.○○○

(2) 매수법인이 쟁점부동산을 담보로 한국외환은행 ○○○지점장으로부터 대출받는 과정에서 동 지점장의 의뢰에 따라 (주)○○○법인이 2010.1.5. 작성한 감정평가서의 내용을 요약하면 아래와 같다.

○○○

(3) 등기부등본에 의하면, 쟁점부동산의 소유권이 2010.1.19. 매수법인에게로 이전등기되었으며, 같은 날 한국외환은행 ○○○지점장이 매수법인을 채무자로 하여 쟁점부동산에 채권최고액이 1,080,000,000원인 근저당권을 설정한 사실 등이 나타난다.

(4) 처분청의 청구법인에 대한 부가가치세 환급 현지확인조사에서 청구법인의 대표이사가 20105.12. 작성한 확인서에 의하면, 당초 청구법인이 쟁점부동산 소유권이전등기일인 2010.1.29. 시세 등과 비교하여 공장건물의 공급가액을 538,017,000원으로 하여 매수법인에게 매출세금계산서를 교부하였으나, 매수법인이 건물가액이 지나치게 높다고 주장하면서 이를 하향조정하여 달라고 강력하게 요구함에 따라 당초 매매계약서의 특약사항을 수정·보완하여 건물가액을 180,000,000원, 토지가액을 930,000,000원으로 구분하여 기재하게 되었으며, 그와 같이 구분한 산정근거를 문건으로 작성하지는 아니하였으나, 매수법인과 계속 협의하여 결정하게 되었다는 내용이 나타난다.

(5) 매수법인은 청구법인과 마찬가지로 자동차부품 제조업을 영위하고 있으며, 감정평가서상의기계기구 감정평가명세표에 포함된 변압기, 크레인, 호이스트, 집진기 등의 기계장치를 쟁점부동산과 함께 청구법인으로부터 인수하여 사용하고 있다.

(6) 부가가치세 경정결의서 및 현지확인 종결보고서 등에 의하면, 처분청은 청구법인이 매매계약서상의 토지와 건물의 가액을 구분한 객관적인 계산근거를 제시하지 못하고, 동 계약서상 건물가액이 양도당시의 기준시가, 장부가액 및 감정가액 대비 50%에도 미치지 못하는 점 등에 비추어 쟁점부동산 등의 가액이 불분명하다고 인정하여 토지·건물의 가액 및 기계장치의 가액을 감정가액을 기준으로 다시 계산하여 아래와 같이 건물 및 기계장치의 공급가액인 254,671,402원을 과소신고한 것으로 보아 부가가치세를 과세한 사실이 나타난다.

○○○

(7) 살피건대, 부가가치세법 시행령제48조의2 제4항의 취지는, 일반적으로 부동산 매매계약서상 매매가액이 실지거래가액임이 확인되고, 동 계약서상에 토지와 건물의 가액이 구분표시되어 있으며, 그 가액이 당해 토지ㆍ건물의 규모와 형태, 이용도와 효용도, 인근 토지 및 건물의 공급가액 등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에는 동 계약서상의 건물가액을 공급가액으로 본다는 것인바, 이 건의 경우 청구법인이 당초 쟁점부동산 중 건물의 공급가액을 538,017,000원으로 하여 세금계산서를 교부하고자 하였으나, 매수법인 측의 요구에 따라서 180,000,000원으로 낮추기로 합의하였다고 주장할 뿐이고, 매매계약서상의 토지가액과 건물가액을 구분한 구체적 산정근거를 제시하지 못하는 점, 매매계약서상의 건물가액이 양도당시의 기준시가와 장부가액 및 감정가액과 비교하여 각각 50%의 수준에도 미치지 못하는 점, 매수법인이 감정평가서상의 기계장치를 청구법인으로부터 인수하여 사업에 실제 사용하고 있는 점 등을 종합할 때, 처분청이 쟁점부동산의 토지 및 건물의 가액이 불분명하고 기계장치를 포함하여 양도한 것으로 보아 쟁점부동산 매매대금을 토지·건물·기계장치의 감정가액에 따라 안분계산하여 과소신고한 금액에 대하여 부가가치세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)