[요지] 청구법인의 쟁점거래 관련 매입세액 공제를 부인하는 것은 위에서 살펴본 부가가치세법 제6조 제6항 제2호의 사업의 양도에 대한 부가가치세 비과세 입법취지와도 맞지 않을 뿐만 아니라 청구법인과 양도법인의 세무관계만 복잡하게 만드는 불편을 초래한다는 점을 고려하면, 처분청이 쟁점거래와 관련된 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분은 부당함
[요지] 청구법인의 쟁점거래 관련 매입세액 공제를 부인하는 것은 위에서 살펴본 부가가치세법 제6조 제6항 제2호의 사업의 양도에 대한 부가가치세 비과세 입법취지와도 맞지 않을 뿐만 아니라 청구법인과 양도법인의 세무관계만 복잡하게 만드는 불편을 초래한다는 점을 고려하면, 처분청이 쟁점거래와 관련된 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분은 부당함
[주 문] OO세무서장이2010.9.6. 청구법인에게 한 2007년 제2기분 부가가치세 91,440,700원의 부과처분은 이를 취소한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(2) 청구법인은 매입·매출만 직영하고 충전소의 관리(종업원의 채용, 상품매출대금의 관리 등 일체)는 위탁운영용역계약에 의해 용역제공업체의 책임하에 운영하도록 하여 청구법인이 양도법인의 종업원을 인수하지 아니하였는바, 종업원 인수여부는 사업의 양도로 보는 절대적인 기준이나 장애가 될 수 없으므로 사업의 양도로 보아야 한다고 하는 처분청의 주장은 가스 취급의 전문성을 요하는 충전소의 사업특성을 감안할 때 사리에 맞지 아니하고, 쟁점충전소를 직접 운영하던 양도법인과 달리 청구법인은 위탁운영방식으로 쟁점충전소를 운영하여 사업운영방식이 전혀 상이하므로 사업의 동일성이 유지된다고도 볼 수 없다.
(3) 청구법인이 사실상 주요 매입처와 매출처를 인수한 것은 사실이나, 매입처나 매출처는 단순히 상거래조건이 서로 합치하여 계속적으로 거래관계를 유지하는 것일뿐, 사업의 인수조건으로 거래관계를 유지하고 있는 것은 아니고, 계약내용에도 매입처와 매출처를 인수한다는 조건은 포함되어 있지 않으며, 처분청은 청구법인이 채권을 전부 인수하였다고 주장하고 있으나, 이는 양도법인의 채권자들이 채권이행을 원만하게 확보하게 해 달라는 부탁 때문에 쟁점거래가 이행되고 난 이후에 청구법인이 채권자의 애로사항을 들어주는 과정에서 일어난 오해로 양도법인의 채권은 양도법인이 회수하였으므로 청구법인이 인수한 채권금액은 없다.
3. 심리 및 판단
(1) 부가가치세법 제6조(재화의 공급) ⑥ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.
1. 재화를 담보로 제공하는 것으로서 대통령령이 정하는 것
2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령이 정하는 것
3. 법률에 의하여 조세를 물납하는 것으로서 대통령령이 정하는 것
(2) 부가가치세법 시행령 제17조(담보제공·사업양도 및 조세의 물납) ② 법 제6조 제6항 제2호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 사업장별(상법에 의하여 분할 또는 분할합병하는 경우에는 동일한 사업장안에서 사업부문별로 양도하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(법인세법 제46조 제1항의 요건을 갖춘 분할의 경우와 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 해당 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.
1. 미수금에 관한 것
2. 미지급금에 관한 것
3. 당해 사업과 직접 관련이 없는 토지·건물 등에 관한 것으로서 재정경제부령이 정하는 것
(3) 2007.10.16. 청구법인과 양도법인이 체결한 쟁점충전소 매매계약서에는 양도법인이 계약목적물에 설정된 저당권, 공과금의 미납 등 제반 제한사항을 잔금을 수령하기 전에 제거하고, 명도일 이전에 발생한 계약 목적물과 관련한 각종 채무는 양도법인이 책임지고 변제한다고 규정하고 있다.
(4) 처분청은 청구법인이 양도법인으로부터 2007.12.6. 작성된 채권채무조회서 등에 의해 조회된 230,548,743원의 채권액과 양도법인의 매입처 OOOOOOOOO에 지급할 양도일(2007.11.30.) 현재 채무액357,042,558원(외상매입금 162,042,558원, 지원금 195,000,000원) 및 일반승용적립금 10,437,227원, 개인택시보조금 796,300원 합계 368,276,085원의 채무액을 인수하고 채무초과액 104,334,576원을 양도법인으로부터 수취하였다고 주장하며, 청구법인의 회계장부 사본, 채권양도양수계약서 등을 제시하고 있다. (5)처분청은 청구법인이 2007년 중 OOOOO OOOO와 액화석유가스판매대리점계약을 체결한 것으로 된 OOO OOOOOOOO, OOOOOOOOOOO OOOOO 주식회사가 이 건 쟁점충전소 토지 및 건물에 대해 근저당권자로 하고, 채무자를 양도법인에서 청구법인으로 변경하는 것을 내용으로 하는 근저당권 채무자변경에 따른 계약인수계약서를 각 제출하고 있다. (6)우리 심판원이 OOO세무서에 확인한 바에 의하면, 양도법인은 2007년 제2기 부가가치세 신고시 쟁점거래에 대한 과세표준과 세액을 신고하고 부가가치세를 납부하였으나, OOOO국세청장의 감사지적에 따라 OOO세무서장은 쟁점거래에 대한 양도법인의 매출을 부인하고 쟁점거래와 관련한 매출세액에 대하여 환급결정을 하였으나 심리일 현재 환급을 하지 아니한 것으로 확인되었다.
(7) 부가가치세법제6조 제6항 제2호에서 사업의 양도를 재화의 공급으로 보지 아니하고 부가가치세 비과세 대상으로 하는 취지는 사업의 양도는 전사업자의 지위를 양수자에게 그대로 승계시키고 사업 자체의 전체적인 가액을 정하여 그에 대한 대가를 지급하기 때문에 특정재화의 개별적 공급을 과세요건으로 하는 부가가치세의 성격에 맞지 않고 또한 그 거래금액과 부가가치세액이 커서 그 양수자는 거의 예외없이 매입세액을 공제받을 것이 예상되어 과세관청으로서는 과세실익이 없는 반면, 실질적인 세부담자인 사업 양수자는 일단 세부담을 한 후 다시 환급받아야 하기 때문에 불필요한 자금압박을 주게되는 문제점을 피하여야 한다는 조세 내지 경제정책상의 배려에 연유한 것이다.(대법원 1983.6.28. 선고, 82누86 판결 같은 뜻)
(8) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점충전소의 토지, 건물, 기계장치, 재고자산, 집기·비품 및 액화석유가스판매업 허가 일체를 인수한 점, 양도법인으로부터 양도법인의 채권 및 채무를 별도로 인수하고 양도법인의 거래처를 유지하고 있는 점 등을 감안할 때, 쟁점거래가 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체가 교체되어 쟁점거래를 사업의 양수에 해당하는 것으로 볼 수 있는 측면도 있으나, 청구법인이 7,300여만원의 자금 부담을 안고서도 쟁점거래와 관련된 매입세액을 양도법인에게 지급하였고, 양도법인 역시 2007년 제2기 확정분 부가가치세 신고시 청구법인으로부터 거래징수한 세액을 기한내 신고·납부한 점에 비추어 이는 청구법인과 양도법인이 쟁점거래와 관련된 부가가치세의 납세절차를 이행한 것이며, 이로써 과세관청 입장에서도 과세실익에는 영향이 없고, 조세회피의 우려도 적다고 할 것인데 처분청이 양도법인이 납부한 부가가치세를 환급하고, 청구법인의 쟁점거래 관련 매입세액 공제를 부인하는 것은 위에서 살펴본 부가가치세법 제6조 제6항 제2호의 사업의 양도에 대한 부가가치세 비과세 입법취지와도 맞지 않을 뿐만 아니라 청구법인과 양도법인의 세무관계만 복잡하게 만드는 불편을 초래한다는 점을 고려하면, 처분청이 쟁점거래와 관련된 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.