농장에 공급한 사료의 영세율 적용여부 (기각)

[참조결정] 조심2010부2952

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 OOO의 지점법인으로 1984.6.30. 개업하여 경상남도 OOO에서 사료제조업을 영위하며, 2005년 제1기부터 2006년 제1기까지의 과세기간 중에 OOO의 다른 지점법인인 경상남도OOO에게 공급가액 합계가537,612,960원(2005년 제1기 240,740,800원, 2005년 제2기 186,474,560원, 2006년 제1기 110,397,600원)에 상당한 사료(이하 “쟁점사료”라 한다)를 공급(이하 “쟁점거래”라 한다)하고, 동 농장을 사실상 농민으로 보아 쟁점거래에 대하여 영세율세금계산서를 교부한 후, 이를 과세표준에 반영하여 각 과세기간별 부가가치세를 신고하였다.
• 나. 서울지방국세청장은 2009.10.29.부터 2010.1.29.까지 청구법인의 본점 및 계열회사 등에 대한 세무조사를 실시하여 OOO이조세특례제한법에서 규정하는 농민이 아니라고 보아 쟁점거래에 대하여 부가가치세를 추징하라는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였다.
• 다. 처분청은 이에 따라 2010.6.10. 청구법인에게 부가가치세 2005년 제1기분 41,542,090원, 2005년 제2기분 31,059,100원, 2006년 제1기분 17,784,950원 합계 90,386,140원을 경정·고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2010.9.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1)조세특례제한법에서 농어민에게 공급되는 사료에 대하여는 영세율을 적용하여 축산의 장려를 지원하고 있는 점,사립학교법에 따른 학교법인의 축산실습농장에 대하여 영세율을 적용하는데, 청구법인이 공급한 쟁점사료를 시험농장인 OOO이 시험재료로 사용한 점, 동 농장도 농민과 같이 사료를 공급받아 산란계를 사육하고 계란을 판매함에도, 청구법인이 개인인 농민에게 공급하는 사료에만 영세율을 적용하고 지점법인인 동 농장에게 공급한 것에는 그러하지 아니한다면 부당한 점 등을 감안하면, OOO도 사실상 농민인 것으로 보아 쟁점거래에 대하여 영세율을 적용하여야 한다.

(2) 부가가치세법 기본통칙 6-15-1에 의하면 사업자가 자기 사업과 관련하여 생산한 재화를 자기의 과세사업을 위하여 자기사업상의 기술개발을 위하여 시험용으로 사용·소비하는 경우에는 재화의 공급으로 보지 아니한다고 해석하고 있는바, 청구법인은 2003년 11월 연구개발전담부서인 OOO기술연구소를 개설하여 사료의 품질개선과 신제품개발을 위한 연구를 시작하였고, OOO에서 쟁점사료를 연구개발전담부서의 시험연구용 등의 목적으로 사용·소비한 이상, 쟁점거래는 결국 재화의 공급이 아님에도 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인으로부터 쟁점사료를 공급받은 OOO이조세특례제한법상 농민인지의 여부는 법인의 주업에 따라 판단하는 것인바, 청구법인은 사료제조업을 주업으로 하고 있고, 축산업을 영위하였다 주장하는 OOO은 지점농장일 뿐이므로 이를조세특례제한법상 농민으로 보아 쟁점거래에 대하여 영세율을 적용할 수는 없다. 또한, 2009.2.4. 개정된 농·축산·임·어업용 기자재 등에 대한 부가가치세 영세율 및 면세적용 등에 관한 특례규정 제2조 제1항 제7호에 사립학교법인의 축산실습농장에 가축용 사료를 공급받는 경우에 당해 학교법인을조세특례제한법상 농민으로 볼 수 있다는 내용이 신설되었으므로 그 이전에 행한 쟁점거래에 이를 적용할 수는 없다.

(2) OOO은 생산하는 계란을 거래처에 매출하고 계산서를 발행하는 등 일반적 축산업을 영위하는 법인이고, 2004년부터 2007년까지 연간평균 620,195천원 상당의 계란을 매출하여 상당한 매출총이익이 발생한 사실을 감안할 때, 동 농장 자체가 연구개발전담부서는 아니므로 청구법인이 당해 농장에게 공급한 쟁점사료를 연구개발전담부서에서 시험연구용 사료로 사용·소비하였다고 인정할 수는 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점

① 청구법인이 생산한 쟁점사료를 다른 지점법인인 농장에 공급한 쟁점거래가 영세율 적용대상에 해당되는 것인지 여부

② 쟁점사료가 연구개발전담부서의 시험연구용 등의 목적으로 사용·소비된 것으로 보아 재화의 공급에서 제외할 수 있는지 여부

• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제105조【부가가치세 영세율의 적용】① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다. 이 경우 제5호 및 제6호의 규정은 2008년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 적용한다.

5. 대통령령이 정하는 농민 또는 임업에 종사하는 자에게 공급(농업협동조합법ㆍ엽연초생산협동조합법 또는 산림조합법에 의하여 설립된 각 조합 및 이들의 중앙회를 통하여 공급하는 것을 포함한다)하는 농업용ㆍ축산업용 또는 임업용 기자재로서 다음 각목의 1에 해당하는 것

• 마. 사료관리법에 의한 사료(부가가치세법 제12조의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것을 제외한다)

(2) 농·축산·임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세적용 등에 관한 특례규정(2007.2.28. 대통령령 제19901호로 개정되기 전의 것) 제1조【목적】이 영은조세특례제한법제105조 제1항 제5호ㆍ제6호, 제105조의 2 및 제106조의 2에서 위임된 사항과 그 시행에 관하여 필요한 사항을 정함을 목적으로 한다. 제2조【영세율 적용대상 농어민 등의 범위】① 조세특례제한법(이하 “법”이라 한다) 제105조 제1항 제5호 본문에서 “대통령령이 정하는 농민”이라 함은 통계법 제17조의 규정에 따라 통계청장이 고시하는 “한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류”라 한다)상의 농업 중 작물재배업ㆍ축산업 또는 작물재배 및 축산복합농업에 종사하는 자로서 다음 각 호의 1에 해당하는 자(이하 이 장에서 “농민" 이라 한다)를 말한다. 다만, 한국표준산업분류상 시설작물재배업 중 기획재정부령으로 정하는 업종에 종사하는 자를 제외한다.

1. 개인

2. 농업·농촌기본법에 의하여 설립된 영농조합법인과 농업회사법인

3. 축산업을 주업으로 하는 법인으로서 당해 사업연도 개시일을 기준으로 당해 법인의 총발행주식 또는 총출자지분의 3분의 2 이상을 다음 각목의 1에 해당하는 자가 출자하고 있는 법인. 이 경우 사업연도중에 출자지분의 변경으로 다음 각목의 1에 해당하는 자의 출자지분이 총발행주식 또는 총출자지분의 3분의 2 이상이 되는 경우에는 당해 출자지분변경일을 기준으로 한다.

• 가. 농업ㆍ농촌기본법 제3조 제2호의 규정에 의한 농업인
• 나. 당해 법인의 임원 또는 직원으로서 상시 근무하고 있는 자

4. 농업협동조합법에 의한 조합 및 중앙회. 다만, 가축용 사료를 공급받는 경우에 한한다.

5. 제1호부터 제3호까지의 규정에 의한 농민에게 위탁하여 가축을 사육(이하 이 호에서 “위탁사육”이라 한다)하거나 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 농민과 계약을 체결하여 가축 및 사료를 공급하여 가축을 사육(이하 이 호에서 “계약사육”이라 한다)하는 축산업을 주업으로 하는 법인으로서 농림부장관이 고시하는 계열화사업자. 다만, 위탁사육 또는 계약사육을 위한 가축용 사료를 공급받는 경우에 한한다.

(3) 농·축산·임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세적용 등에 관한 특례규정(2009.2.4. 대통령령 제21306호로 개정된 것) 제2조【영세율 적용대상 농어민 등의 범위】①조세특례제한법(이하 “법”이라 한다) 제105조 제1항 제5호 각 목 외의 부분에 따른 농민이란통계법제22조에 따라 통계청장이 고시하는 “한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류”라 한다)상의 농업 중 작물재배업ㆍ축산업 또는 작물재배 및 축산복합농업에 종사하는 자로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장에서 “농민" 이라 한다)를 말한다. 다만, 한국표준산업분류상 시설작물재배업 중 기획재정부령으로 정하는 업종에 종사하는 자를 제외한다. 7.사립학교법에 따른 학교법인. 다만, 사립학교의 축산실습농장에 가축용 사료를 공급받는 경우만 해당한다. (2009.2.4. 신설) 부칙(대통령령 제21306호, 2009.2.4. 개정) 제2조【일반적인 적용례】① 이 영 중 부가가치세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 재화를 공급하거나 공급받는 분 또는 수입신고하는 분부터 적용한다.

(4) 부가가치세법 제6조【재화의 공급】② 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기의 사업을 위하여 직접 사용ㆍ소비하는 경우에 대통령령이 정하는 것은 재화의 공급으로 본다.

(5) 부가가치세법 시행령 제15조【자가공급의 범위】

① 법 제6조 제2항의 규정에 의하여 재화의 공급으로 보는 것은 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 위하여 사용 또는 소비되는 재화 ※ 부가가치세법 기본통칙 6-15-1【재화의 자가공급에 해당되지 아니하는 경우】 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 자기의 과세사업을 위하여 다음 각호의 예시와 같이 사용·소비하는 경우에는 재화의 공급으로 보지 아니한다.

2. 자기사업상의 기술개발을 위하여 시험용으로 사용·소비하는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 국세통합전산망에 의하면, OOO은 1970.6.1. 개업하여 제분 및 사료 제조업을 영위하고 있으며, OOO은 OOO의 지점법인으로 2002.6.12. 개업한 뒤 경상남도 OOO에서 축산업/산란계업을 영위하다가 2008.12.31. 폐업하였다.

(2) 부가가치세의 경정결의서 등의 심리자료에 의하면, 청구법인은아래〈표1〉과 같이 2004년 제2기부터 2006년 제1기까지의 부가가치세 과세기간에 쟁점사료를 포함하여 분기별로 평균 191,484,140원 상당의 사료를 OOO에게 공급하고 전액 영세율을 적용하여 부가가치세를 신고하였으며, 처분청이 2004년 제2기의 사료매출액 228,323,600원에 대하여 영세율 적용을 배제하고 2010.1.19. 부가가치세 39,796,520원을 경정·고지하자, 청구법인이 불복하여 심판청구를 제기하였으나 조세심판원은 2010.11.9. 기각결정(조심 2010부2952)한 사실이 나타난다. 〈표1〉청림농장에게 매출한 사료에 대한 부가가치세 신고내역 등 OOO

(3) 또한, 청구법인이 2006년 제2기부터 2007년 제2기까지의 과세기간 중 OOO 외에 축산업을 영위하지 아니하는 (주)OOO에게 아래의〈표2〉와 같이 사료를 공급하고 영세율세금계산서를 교부하자, 처분청이 영세율 적용을 배제하고 부가가치세를 과세한 것에 대하여는 청구법인이 다투지 아니하고 있다. 〈표2〉매출처별 영세율 매출내역 OOO

(4) OOO이 법인세 신고당시 제출한 손익계산서에 의하면, 2004사업연도부터 2007사업연도까지 OOO의 생란매출액은 아래의〈표3〉과 같으며, 연간 평균매출액은 620,195,498원 상당이다. 〈표3〉청림농장의 생란매출액 OOO

(5) 청구법인이 제시하고 있는 기업부설연구소 인정서(제20032080호, 2003.11.3.)에 의하면, OOO은 2003.11.3. 한국산업기술진흥협회장으로부터 OOO기술연구소를 기업부설연구소로 인정받았고, 또한 동 연구소의 소재지는 청구법인의 사업장 소재지와 동일하다.

(6) 청구법인은 OOO에게 매출한 쟁점사료의 전부가 OOO기술연구소의 시험연구용으로 사용·소비되었다고 주장만 하고 있을뿐이고 이를 인정할 수 있는 객관적 증빙자료는 제시하지 못하고 있다.

(7) OOO을조세특례제한법제105조 제1항 제5호에서 규정하고 있는 농민으로 보아서 쟁점거래에 대하여 부가가치세 영세율을 적용할 수 있는지 여부에 대하여 본다(쟁점①). (가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 할 것이고, 합리적인 이유 없이 확장하거나 유추하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 중 명백히 특혜규정인 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009.12.24. 선고 2007두5004 판결 ; 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결 등 참조). (나)조세특례제한법제105조 제1항 제5호 마목에서 대통령령이 정하는 농민에게 공급하는 농업용·축산업용 기자재로서 사료관리법에 의한 사료의 공급은 영의 세율을 적용한다고 규정하고 있다. (다) 이와 관련하여조세특례제한법제105조 제1항 제5호 등에서 위임된 사항과 그 시행에 관하여 필요한 사항을 규정하고 있는농·축산·임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세적용 등에 관한 특례규정제2조 제1항에조세특례제한법제105조 제1항 제5호 본문에서 “대통령령이 정하는 농민”이라 함은통계법제17조의 규정에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류의 농업 중 작물재배업·축산업 또는 작물재배 및 축산복합농업에 종사하는 자로서 개인,농업·농촌기본법에 의하여 설립된 영농조합법인과 농업회사법인, 축산업을 주업으로 하는 법인으로 당해 사업연도 개시일을 기준으로 당해 법인의 총발행주식 또는 총출자지분의 3분의 2 이상을농업·농촌기본법제3조 제2호에서 규정하는 농업인 또는 동 법인의 임원 또는 직원으로서 상시 근무하고 있는 자가 출자하고 있는 법인, 가축용 사료를 공급받는 경우에 한하여농업협동조합법에 의한 조합 및 중앙회를 말한다고 규정하고 있다. (라) 위 사실관계와 관련 법령 등을 감안할 때, OOO은조세특례제한법제105조 제1항 제5호에서 규정하고 있는 영세율의 적용대상자인 농민에는 해당되지 아니한다 하겠다. (마) 또한, 청구법인은 2009.2.4. 대통령령 제21306호로농·축산·임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세적용 등에 관한 특례규정제2조 제1항 제7호를 신설하여사립학교법에 따른 학교법인의 축산실습농장이 가축용 사료를 공급받는 경우에만 영세율을 적용하도록 규정한 점에 비추어, 청구법인은 시험농장인OOO에서 사용한 쟁점사료도 부가가치세 영세율의 적용대상이라 주장하지만, 당해 규정은 학생 및 교수(교사)의 현장실습 및 연구목적으로 개설된 학교법인 축산실습농장에서 가축을 사육하는 과정에서 부수적으로 생산된 축산물을 시장에 판매하나 주된 목적이 시험·연구임을 감안하여 사학의 육성과 발전을 도모할 목적으로 조세정책적으로 영세율을 적용하도록 하려는 취지에서 신설한 것이므로사립학교법에 규정한학교법인의 축산실습농장에 해당되지 아니하는 OOO에게 2005년 제2기부터 2006년 제2기까지 공급한 쟁점사료에 대하여 당해 규정을 소급하여 적용할 여지는 없다 할 것이다. (바) 그렇다면, 청구법인이 OOO에게 공급한 쟁점사료에 대하여 처분청이 영세율 적용을 배제하고 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다(조심 2010부2952, 2010.11.9. 같은 뜻임).

(8) 다음으로, 쟁점사료가 시험연구용으로 사용·소비된 것으로 보아 재화의 공급에서 제외할 수 있는지 여부에 대하여 본다(쟁점②). OOO은 청구법인으로부터 공급받은 사료를 이용하여 생산한 계란을 거래처에 매출하고 계산서를 발행하는 등의 일반적 축산업을 영위한 점, 2004사업연도부터 2007사업연도까지 OOO의 연간 평균 생란매출액이 620,195,498원인 점, 쟁점사료가 새로운 제품의 개발을 위하여 사용·소비되었다는 것을 입증할 만한 객관적 증빙서류를 제시하지 아니하는 점, OOO이 OOO기술연구소의 시험농장인지도 불분명한 점 등을 감안할 때, 청구법인이 생산하는 쟁점사료가 OOO에서 시험연구용으로 사용되었다 보기는 어려우므로 쟁점거래를 재화의 공급에서 제외하여야 한다는 청구법인의 주장을 받아들이기는 어렵다 하겠다(조심 2010부2952, 2010.11.9. 같은 뜻임).

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.