적법한 청구인지 여부

[주 문] 심판청구를 각하한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구법인은 OOO 아파트 신축공사 사업를 시행하는 것과 관련하여 2004.8.12. OOO주식회사(이하 “OOO”이라 한다)와 도급금액 OOO억원에 도급계약을 체결하였다가 2004.10.12.과 2004.11.26. 도급금액을 각각 OOO억원과 OOO억원으로 변경하였고 위 아파트는 2007.9.11. 준공되었다. 그 후 청구법인은 기존 사업비용 보전금 명목으로 OOO로부터 OOO억원(이하 “쟁점보전금”이라 한다)을 지급받고 쌍방은 필요시 정산합의서 내용을 반영한 공사도급변경계약을 체결하기로 하는 내용으로 2007.11.2. OOO과 정산합의서를 작성하였고, OOO은 2007.11.5.과 2007.12.11. 각각 OOO억원과 OOO억원을 청구법인에게 지급하였으며, OOO억원을 공사도급금액에서 차감한 공사도급변경계약서(안)을 2009.1.21. 청구법인에게 이메일로 발송하였으나 청구법인이 응하지 않자 2009.1.22. 퀵서비스를 이용하여 공사도급변경계약서(안)과2008.12.31.자 부(負)의 세금계산서(공급가액 △OOO원, 세액 △OOO원)와 부(負)의 계산서(공급가액 △OOO원)(이하 “쟁점세금계산서등”이라 한다)를 청구법인에게 송달하였다.
• 나. 청구법인은 쟁점세금계산서등을 반영하여 2008년 제2기분 부가가치세와 2008사업연도분 법인세를 확정신고‧납부하였다가, 쟁점보전금은 2003년, 2004년에 기투입된 부외경비 등에 대한 사업비용 보전금이므로 도급공사원가와 무관하고, OOO이 청구법인과 협의없이 일방적으로 작성한 것이므로 기납부한 2008년 제2기분 부가가치세 OOO원과 2008사업연도분 법인세 OOO원을 환급하여 줄것을 2009.11.13. 1차 경정청구를 하였고, 처분청이 쟁점세금계산서등은 2007.11.2.자 정산합의서에 따라 정상적으로 발행된 것이고, 경정청구 내용에 부합하는 수정세금계산서가 발행된 사실이 없다 하여 2010.1.14. 1차 경정거부통지를 하자, 2007~2008사업연도 법인세 신고서상 대손충당금의 세무상 기초 및 기말 잔액이 잘못되었다는 내용(동일한 금액이 익금산입 및 손금산입되어 세액의 증감은 없음)에 1차 경정청구와 동일한 내용을 포함하여 2010.3.31. 2차 경정청구를하였고, 처분청은 대손충당금 부분은 정당한 것으로 인정하였으나, 쟁점보전금과 관련한 부분은 1차 경정청구에 대하여 거부통지한 것과 동일한 내용의 경정청구로서 요건에 미비되어 인정할 수 없다는 내용으로 2010.6.8. 2차 경정거부통지를 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.7.14. 이의신청을 거쳐 2010.11.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2010.1.11. 처분청의 1차 경정청구 거부처분이 있은 후 2007~2008사업연도 대손충당금 기초 및 기말 유보잔액이 잘못되었다는 새로운 경정청구 사유가 발생하여 1차 경정청구 내용을 포함하여 새로이 2010.3.31. 2차 경정청구를 한 것으로 이는 국세기본법제45조의2 규정에 의한 적법한 경정청구에 해당한다.

(2) 청구인은 주식회사 OOO가 1999년부터 2002년말까지 추진하던 아파트 신축공사사업을 2003년 8월 승계하여 추진하였는바, 청구법인이 OOO로부터 수령한 쟁점보전금은 주식회사 OOO로부터 사업승계시 장부에 반영하지 못한 부외경비를 보전받은 것으로서 공사도급금액과는 무관하고, OOO이 청구법인과의 협의없이 일방적으로 발행한 것이며, 아파트 신축공사 준공일은 2007.9.11.이고 청구법인이 OOO로부터 쟁점보전금을 수령하기로 약정한 것은 2007.11.2.이며 청구법인이 실제로 쟁점보전금을 수령한 것은 2007년 11월, 12월임에도 OOO은 작성일자를 2008.12.31.로 하여 쟁점세금계산서등을 발행하였으므로 이는 적법한 수정세금계산서와 수정계산서에도 해당하지 아니하므로 공사원가로 인정하고 매입세액으로 공제하여야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 2010.1.11. 1차 경정거부처분에 대하여 대손충당금 잔액 오류라는 새로운 경정청구 사유를 추가하여 2010.3.31. 2차 경정청구를 하였는바, 경정거부처분에 대하여 불복절차를 밟지 않고 동일한 경정청구를 다시 할 수 있다고 한다면 국세기본법에서 불복청구기간을 단기의 불변기간으로 규정하고 있는 취지에 반하여 경정청구기간만큼 불복청구기간이 연장되는 모순점이 있으므로 2차 경정거부처분은 정당하다.

(2) OOO은 2007.11.2. 청구법인과 체결한 정산합의서를 근거로2008.12.31. 공사도급변경계약서(안)과 쟁점세금계산서등을 작성하였고,2009.1.22. 청구법인에게 정상적으로 송달되었으며, 청구법인은 동 계약서 등을 반송하거나 거부의사를 표시하지 않았으므로 승낙한 것으로 보아야 하고, 이에 기초하여 부가가치세와 법인세 신고를 한 점, 쟁점세금계산서등은 당초 교부한 세금계산서 등의 오류에 따른 수정세금계산서 등이 아니라 공사도급금액 변경계약에 따른 세금계산서 등이므로 작성일자를 2008.12.31.로 하여 발행한 것은 적법한 점, 쟁점보전금이 공사원가의 감액이 아니라 단순 사업비용 손실에 대한 현금보상금이라는 주장을 인정할 증빙이 없는 점 등에 비추어, 2차 경정거부처분에는 잘못이 없다. 3.심리 및 판단

• 가. 쟁 점

① 이 건 심판청구가 적법한 청구인지 여부

② 쟁점보전금을 공사원가로 인정하고 관련 부가가치세 매입세액을 공제하여야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련법령

(1) 국세기본법 제45조의2 [경정 등의 청구] ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청·심사청구 또는 심판청구 기간을 말한다) 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. (각 호 생략) 제55조 [불복] ① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 제61조 [청구기간] ② 이의신청을 거친 후 심사청구를 하려면 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다. (단서 생략) 제68조 [청구기간] ① 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.

② 이의신청을 거친 후 심판청구를 하는 경우의 청구기간에 관하여는 제61조제2항을 준용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 심리자료 등에 의하면, 청구법인은 OOO동 소재 OOO 아파트신축공사의 사업시행자로서 2004.8.12. OOO을 시공회사로 하여 공사를 개시하였고, 2007.9.11. 동 아파트와 상가가 준공된 것으로 나타난다.

(2) 청구법인과 OOO 간에 2007.11.2. 작성된 울산 신천동 “극동스타클래스” 신축공사 정산 합의서 제3조 제1항에 의하면 OOO은 청구법인이 사업시행자로서 기투입한 사업비용의 보전금으로 현금 OOO억원을 지급하는 것으로 되어 있고, 제5조 제1항에 의하면 본 정산합의서 체결이후 청구법인과 OOO은 필요시 본 정산합의서 내용을 반영한 공사도급변경계약을 체결키로 하기로 한 것으로 되어 있다.

(3) 청구법인 명의의 국민은행 통장(계좌번호: OOO) 사본에 의하면, OOO은 2007.11.5. OOO억원, 2007.12.11. OOO억원을 위 계좌로 대체입금한 것으로 나타난다.

(4) 2008.12.31.자 공사도급변경계약서(안)에 의하면 공사도급금액을 OOO원에서 OOO원으로 OOO원이 감액된 것으로 나타나고, OOO 건축개발사업본부 사원 이OOO은 위 변경계약서(안)을 2009.1.21. 청구법인의 대표이사 김OOO의 메일계정으로 발송한 것으로 나타난다. (5)세금계산서 사본 및 배송인수증에 의하면, OOO은 작성일자가 2008.12.31.이고 공급가액이 △OOO원, 세액이 △OOO원인세금계산서와 공급가액이 △OOO원인 계산서를 2009.1.22. 청구법인에게 발송하였고, 청구법인의 대표이사 김OOO이 이를 수령한 것으로 나타난다. (6)청구법인은 쟁점세금계산서등의 공급가액 OOO원을공사원가로 인정하여 기납부한 2008사업연도분 법인세 OOO원을 환급하고, 쟁점세금계산서상 세액 OOO원을 매입세액 공제하여2008년 제2기분 부가가치세 OOO원을 환급하여 줄 것을 내용으로 하여 2009.11.13. 1차 경정청구를 한 것으로 나타난다.

(7) 처분청은 쟁점세금계산서등은 2007.11.2.자 정산 합의서에 의거공사대금이 감액된 공사도급변경계약서에 따라 발행되었음이 확인되고, 청구법인도 쟁점세금계산서등에 대해 2008년 장부상 외주비에서 감액 및 적법하게 부가가치세 신고 이행하였음이 확인되며, 거래상대방인OOO은 본 경정청구와 관련된 수정세금계산서 및 계산서를 발행한 사실이 없어 경정청구를 수용할 수 없다는 내용으로 2010.1.11. 거부통지 공문을 발송하였고, 청구법인은 2010.1.14. 동 공문을 수령한 것으로 나타난다.

(8) 청구법인은 1차 경정청구와 동일한 내용에 2007, 2008사업연도당기 대손충당금 설정액 중 한도초과액 OOO원을 손금불산입하고, 전기 대손충당금한도초과액 OOO원을 익금불산입하는 내용을 포함하여 2010.3.31. 2차 경정청구를 하였으며 환급 청구세액은 1차 경정청구시와 동일한 것으로 나타난다.

(9) 처분청은 2차 경정청구는 2010.1.11. 거부통지한 1차 경정청구와 동일한 내용의 경정청구로서 경정청구 요건에 미비되므로 인정할 수 없다는 내용으로 2010.6.3. 거부통지 공문을 발송하였고, 청구법인은 2010.6.8. 동 공문을 수령한 것으로 나타난다.

(10) 납세의무자가 과세관청으로부터 경정청구에 대한 거부처분을 받은 경우, 거부처분에 대한 불복절차를 밟지 않고 국세기본법상 경정청구기간내라고 해서 언제든지 과세관청에 동일한 경정청구를 다시 할 수 있다고 한다면, 결과적으로 경정거부처분에 대한 불복청구기간이 경정청구기간으로 연장되는 것과 같게 되어 국세기본법이 불복청구기간을 단기의 불변기간으로 규정하고 있는 취지에 반하게 되는 점, 이미 경정청구 거부처분에 대하여 불복을 한 납세의무자가 다시 동일한 취지의 경정청구를 할 수 있게 됨으로써 양 절차가 중복 진행되어 처분에 대한 불복제도와 경정청구제도의 기능이 중첩적으로 작용, 상호 충돌될 소지가 있는 점 등에 비추어 볼 때, 경정청구기간 내라고 하더라도 납세의무자가 이미 과세관청에 자신이 신고한 과세표준과 세액에 대하여 경정청구를 하여 과세관청으로부터 그에 대한 경정청구거부처분을 받은 경우에는 당초의 경정청구와 동일한 경정청구를 다시 할 수 없고, 경정청구거부처분에 대한 불복절차를 통하여 그 과세표준과 세액을 다투어야 한다고 하는 것이 처분에 대한 불복제도와 함께 경정청구제도를 규정하고 있는 국세기본법에 대한 체계적 해석 및 법규의 합목적적 해석에 부합한다고 판단된다. 이 건의 경우,청구법인은 2009.11.13. 쟁점세금계산서등의 공급가액을 공사원가로 인정하고, 매입세액을 공제하여 법인세와 부가가치세를 환급하여 줄 것을 1차 경정청구하여 2010.1.14. 거부처분을 받았고, 사실상 동일한 내용으로 2010.3.31. 2차 경정청구를 하여 2010.6.8. 거부통지를 받은 것으로 나타나는 바, 처분청의 2차 경정거부통지는 청구법인의 권리 또는 이익을 새로이 침해하는 것이 아닌 단순한 사실의 통지에 불과하고 법적인 규제를 하려는 성질의 것이 아니어서 이를 불복대상으로서의 처분이라고 볼 수 없다. 따라서, 청구법인은 1차 경정거부통지서를 수령한 2010.1.14.로부터 90일이 경과한 2010.7.14. 이의신청을 제기하였으므로 동 이의신청은 청구기간이 도과한 부적법한 청구에 해당되고, 부적법한 이의신청에 터잡은 이 건 심판청구도 적법한 전심절차를 거치지 아니한 부적법한 청구에 해당된다고 판단된다.

(11) 쟁점②는 쟁점①에 대한 심리결과, 본안심리대상에 해당하지 아니하므로 그 판단을 생략한다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구기간을 경과하여 제기된 부적법한청구에 해당하므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.