비영리법인이 고유목적사업에 사용하지 아니한 토지 매각대금은 손금불산입함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인(구. □□학원)으로서 1985.12.16. □□남도 ○○시 ○○구 동정동 258-1 전 281㎡, 같은 동 258-3 전 193㎡, 같은 동 258-4 전 15㎡, 같은 동 920-1 도로 859㎡, 같은 동 920-3 학교용지 439㎡ 합계 1,613㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득한 이후 이를 고유목적사업에 사용하지 아니하다가, 2007.12.28. 공공용지의 협의취득방식으로 511,226천원(이하 “쟁점매매대금”이라 한다)에 ◇◇철도시설공단에게 양도한 것에 대하여, 법인세의 법정신고기한내에는 신고를 하지 아니하다가 2010.6.28. 기한후 신고를 하였으나 세액을 납부하지는 아니하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 위 기한후 신고를 하고 납부하지 아니한 세액에 대하여 2010.7.7. 청구법인에게 2007.3.1. ~ 2008.2.28. 사업연도의 법인세 147,757,740원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.10.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 쟁점토지를 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 사실에 대하여는 이의가 없는바, 청구법인은 쟁점토지를 양도하기 전인 2007.10.23. ◇◇○○여자고등학교 설립계획을 승인받았는데, 쟁점토지의 양도가 법인세 과세대상에 해당한다는 사실을 알지 못함에 따라 고유목적사업준비금을 설정하거나 비영리사업(학교)회계로 전출한 적은 없으나, 실제 ◇◇○○여자고등학교의 신축공사대금으로 쟁점매매대금을 초과한 금액인 2,374백만원을 사용하였다. 청구법인의 경우 순수한 수익사업회계는 없으며 비영리사업회계만 존재하므로 동 회계로의 전출이라는 절차를 거칠 필요가 없다 판단한 것일 뿐이고, 청구법인은법인세법제29조 제3항 제4호에서 규정한 5년 이내에 쟁점매매대금을 고유목적사업에 사용할 예정이다.

(2) 쟁점매매대금은사립학교법에 의하여 관할 교육청의 허가를 받는 등 엄격한 감독을 받고, 이를 위반할 경우 징역 또는 벌금형에 처하게 되므로 학교법인이 기본재산 처분대금을 고유목적사업 외의 용도에 사용하는 것은 사실상 불가능하므로, 형식적인 절차에 불과한 고유목적사업준비금의 설정이나 비영리사업회계로의 전출이 누락된 사실을 기준으로 과세하는 것은 부당하며, 위와 같이 쟁점매매대금을 고유목적사업에 사용하는 것이 법률에 의하여 강제되는 상황이 존재하고 있다면 이를 고유목적사업에 지출한 것으로 보아 손금에 산입하는 것을 인정하여 주는 것이 실질과세원칙에 부합된다.

• 나. 처분청 의견

(1) 비영리내국법인이 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 토지를 처분하는 경우에는 그에 대한 정당한 사유의 존재 여부에 불구하고 당해 토지의 처분으로 인하여 생기는 수입금액에 대하여는 법인세가 과세되는 것이며,

(2) 청구법인은 쟁점매매대금에 대하여 고유목적사업준비금을 설정하거나 비영리사업회계로 전출한 적이 없을 뿐만 아니라, 실제 고유목적사업에 사용한 바도 없으므로 청구주장은 이유 없는 것이다.

• 가. 쟁 점 학교법인의 부동산매각대금에 대하여 고유목적사업준비금을 설정하거나 비영리사업회계로 전출하지 아니하였으나, 추후 고유목적사업에 사용할 것이 분명하므로 손금에 산입하여야 한다는 주장의 당부
• 나. 관련법령 (1) 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업년도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위안에서 당해 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

1. 소득세법 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 의한 이자소득금액 및 같은 법 제17조 제1항 제5호의 규정에 의한 투자신탁수익의 분배금

2. 소득세법 제17조제1항제1호 ㆍ제2호ㆍ제5호 및 제6호의 배당소득의 금액. 다만, 상속세 및 증여세법 제16조 또는 같은 법 제48조의 규정에 의하여 상속세 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득금액을 제외한다.

3. 특별법에 의하여 설립된 비영리내국법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

4. 제1호 내지 제3호외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률에 의하여 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

② 비영리내국법인이 제1항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업년도의 고유목적사업준비금으로부터 순차로 상계하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 당해 사업년도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 이를 당해 사업년도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항의 규정을 적용한다.

③ 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각호의 1에 해당하게 된 경우 그 잔액은 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다.

2. 고유목적사업을 전부 폐지한 때

국세기본법 제13조제3항 의 규정에 의하여 승인취소되거나 거주자로 변경된 때

4. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업년도의 종료일이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 때(5년내 사용하지 아니한 잔액에 한한다) 법인세법 제113조 【구분경리】

① 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 구분경리의 방법 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령 제56조 【 고유목적사업준비금의 손금산입】

⑤ 법 제29조 제1항에서 “고유목적사업”이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업외의 사업을 말한다. 법인세법 시행령 제156조 【 구분경리】 법 제113조 제1항 내지 제3항의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산․부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 재정경제부령이 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다. (3) 법인세법 시행규칙 제75조 【구분경리의 범위】

① 영 제156조의 규정에 의한 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 한다. 다만, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다. 법인세법 시행규칙 제76조 【비영리법인의 구분경리】

④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 조세특례제한법 제74조제1항제1호 의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다. (4) 조세특례제한법 제74조 【고유목적사업준비금의 손금산입특례】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2012년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 법인세법 제29조 를 적용하는 경우 같은 조 제1항제4호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.

1. 사립학교법에 따른 학교법인, 산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률에 따른 산학협력단 및 평생교육법에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설을 운영하는 민법 제32조 에 따른 비영리법인 (5) 사립학교법 제28조 【재산의 관리 및 보호】

① 학교법인이 그 기본재산을 매도․증여․교환 또는 용도변경하거나 담보에 제공하고자 할 때 또는 의무의 부담이나 권리의 포기를 하고자 할 때에는 관할청의 허가를 받아야 한다. 사립학교법 제73조 【벌칙】 학교법인의 이사장 또는 사립학교경영자(법인의 경우에는 그 대표자 또는 이사)가 다음 각호의 1에 해당할 때에는 2년이하의 징역 또는 2천만원 이하의 벌금에 처한다.

2. 제28조의 규정에 위반한 때

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 결정결의서 등에 의하면, 청구법인이 1985.12.16. 쟁점토지를 취득한 후에 고유목적사업에 사용하지 아니하다가 2007.12.28. 공공용지의 협의취득방식으로 쟁점매매대금에 ◇◇철도시설공단에게 양도한 것에 대하여 법정신고기한내에는 신고하지 아니하자, 2010.6.28. 기한후 신고를 하였으나 세액을 납부하지 아니하자, 처분청이 위 무납부한 세액에 대하여 2010.7.7. 청구법인에게 2007.3.1.~2008.2.28. 사업연도의 법인세 147,757,740원을 경정․고지한 사실이 나타난다.

(2) 청구법인이 2007.3.31.~2008.2.28. 사업연도 세입․세출결산서를 보면, 예금이자수입 및 쟁점매매대금 등이 수입항목에 기재되어 있으나, 비영리법인(학교)회계 전출한 내역은 없으며, 심리일 현재까지 동 대금은 청구법인의 기본재산(예금)에 포함되어 있음이 확인된다.

(3) 청구법인이 2008.1.14. □□남도 ◇◇교육지원청 교육장에게 송부한 공문(수익용기본재산 처분신고 및 결과보고)에 첨부된 ‘처분대금의 처리결과 및 계획’에 의하면, 쟁점매매대금을 금융기관의 금융상품 중 수익률이 높은 상품에 예치하고, 추후 법인의 재산관리에 유리하도록 운용하여 법인과 ◇◇여자중학교의 발전에 도움이 될 수 있도록 조치하겠다는 내용이 기재되어 있음을 알 수 있다.

(4) 학교법인인 청구법인은 ◇◇○○여자중학교를 설립하여 운영하다가 2007.10.23. □□남도 교육감으로부터 ◇◇○○여자고등학교의 설립계획을 승인받았으며, 2008.4.28. 신축공사를 착공하여 2009.10.27. 여자고등학교의 설립인가를 받은 후 2009.11.21. 준공검사를 받았다.

(5) 청구법인과 □□개발(주)가 체결한 공사도급계약서를 보면 ◇◇○○여자고등학교의 신축공사에 대하여 공사대금을 2,374백만원으로, 착공일자를 2008.4.28.로, 준공일자를 2009.6.30.로 하여 약정한 사실이 확인되고, 이후 신축공사가 진행되며 청구법인은 2008.5.9.~2009.12.30. 기간 동안 위 공사대금을 지급한 뒤 세금계산서를 수수하였다.

(6) 살피건대, 청구법인은 쟁점매매대금에 대하여 고유목적사업에 사용할 것이 분명하므로 손금에 산입하여야 한다고 주장하고 있으나, 청구법인은 고유목적사업준비금을 설정하거나 학교회계로 전출하거나 또는 고등학교 신축공사대금으로 지출하는 등 고유목적사업에 사용하지 아니하였고, 심리일 현재까지도 청구법인의 수익용재산(예금)으로 계상되어 있는 등법인세법에서 규정한 손금산입요건을 충족할 수 있는 어떠한 조치도 취한 바가 없으므로 단순히 고유목적사업에 사용할 수 있다는 개연성만을 가지고 이를 손금에 산입할 수는 없다고 할 것이므로 청구주장은 법리를 오해한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.