부동산등기부등본상 등기접수일을 취득일로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2008.1.29. ○○○으로부터 취득한 ○○○(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 2009.2.17. ○○○에게 109,500천원에 양도하고, 2009.4.30. 2009년 귀속 양도소득세 신고시 양도가액을 109,500천원으로, 취득가액을 1999.8.23. 작성일자의 매매예약계약서상의 가액 60,000천원과 2008.1.8. 쟁점부동산의 경매취하를 위해 ○○○의 채무를 대위변제한 52,000천원(이하 “쟁점금액”이라 한다) 및 기타필요경비 등을 합한 115,000천원으로, 취득시기를 매매예약계약서상의 매매완결일인 1999.9.30.로 하여 예정신고를 하였다.
• 나. 2009년 11월 처분청은 청구인의 양도소득세 신고에 대한 현지확인 조사결과, 쟁점부동산에 대한 취득가액을 쟁점금액을 제외한 매매예약계약서상의 가액 60,000천원으로 하고, 취득시기를 쟁점부동산 등기부등본상 등기접수일인 2008.1.29.로 하여 양도차익을 계산하고, 2010.2.12. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 16,868,290원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 쟁점금액을 취득가액에 포함하여야 한다며 2010.5.12. ○○○지방국세청장에게 이의신청을 제기하였으나, 이의신청결정에서 기각결정되었으며, 쟁점부동산의 취득시기를 1999.9.30.로 하여야 한다는 주장으로 2010.8.31. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청이 쟁점부동산의 취득가액을 매매예약계약서상의 60,000천원으로 인정하면서도 그 취득시기를 매매예약계약서상의 매매완결일자인 1999.9.30.일이 아닌 쟁점부동산 등기부등본상의 등기접수일인 2008.1.29.로 한 것은 부당하므로, 쟁점부동산의 취득시기를 매매예약완결일인 1999.9.30.로 하여 이 건 양도소득세를 경정하여야하다.
• 나. 처분청 의견 소득세법제98조 및 같은 법 시행령 제162조에서 대금을 청산한 날을 취득시기로 하면서, 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기접수일이 취득일로 규정하고 있어, 청구인이 제출한 매매대금 지급증빙으로는 잔금청산 내용이 불분명하므로, 쟁점부동산 등기부등본상 청구인 명의로 소유권이전 등기접수일인 2008.1.29.을 쟁점부동산의 취득시기로 보아 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산의 취득시기를 부동산등기부등본상 등기접수일을 취득일로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법(2009.12.31, 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제98조 (양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령(2010.2.18, 대통령령 제22034호로 개정되기 전의 것) 제162조 (양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 1999.8.23.자 청구인(예약권리자)과 ○○○(예약자)간에 작성된 쟁점부동산에 대한 ‘매매예약계약서’를 보면, 제1조에서 대금 60,000천원에 ○○○이 청구인에게 쟁점부동산을 매도할 것을 예약하고 청구인은 이를 승낙하는 것으로 되어 있으며, 제2조에서 매매완결일자는 1999.9.30.로 하고, 완결일자가 경과하였을 때에는 청구인의 매매완결의 의사표시가 없어도 매매가 완결된 것으로 보는 것으로 되어 있으며, 제3조에서 매매가 완결되었을 때에는 ○○○과 청구인간에 쟁점부동산에 대한 매매계약이 성립되고, ○○○은 청구인으로부터 제1조의 대금을 수령함과 동시에 청구인에게 쟁점부동산에 관하여 매매로 인한 소유권이전 등기절차를 이행하고 쟁점부동산을 인도 및 명도하여야 하는 것으로 되어 있다.

(2) 1999.9.30.자 청구인(매수인)과 ○○○(매도인)간에 작성된 쟁점부동산에 대한 ‘매매계약서’를 보면, 매매대금 60,000천원(1999.9.30. 계약금 50,000천원, 2008.1.24. 잔금 10,000천원)으로 되어 있고, 특약사항으로 1999.8.23. 가등기금액을 대체하는 것으로 되어 있으며, 동 부동산매매계약서는 2008.1.25. ○○○구청장이 검인 날인한 것으로 나타난다.

(3) 쟁점부동산에 대한 부동산등기부등본상의 소유권 이전사항을 보면, 1999.5.25. ○○○가 각 2분의1 지분으로 소유권보존 등기를 한 것으로 되어 있고, 1999.8.24. ○○○이 매매를 원인으로 소유권을 취득한 것으로 되어 있으며, 1999.8.24. 청구인이 매매예약을 원인으로 소유권이전청구권가등기를 한 것으로 되어 있고, 2006.1.27. 채권자 ○○○ 주식회사(이하 “○○○”이라 한다)가 ○○○지방법원의 경매개시결정을 원인으로 임의경매개시결정등기가 된 것으로 되어 있으며, 2008.1.28. 임의경매개시결정이 취소기각결정에 따라 임의경매개시결정등기가 말소된 것으로 되어 있고, 2008.1.29. 청구인이 매매를 원인으로 소유권을 취득한 것으로 되어 있으며, 2009.2.17. ○○○에게 매매를 원인으로 소유권을 이전한 것으로 되어 있다.

(4) 청구인이 쟁점부동산을 양도하고 2009.4.30. 2009년 귀속 양도소득세 예정신고를 한 사실에 대하여, 2009년 11월 처분청 조사공무원이 쟁점부동산에 대한 양도소득세 현지확인 조사를 실시한 결과, 청구인이 신고한 취득가액 중 청구인이 ○○○의 채무를 대위변제한 쟁점금액을 취득가액에서 부인하고, 잔금 지급사실이 확인되지 아니한다 하여 쟁점부동산의 등기부등본상 등기접수일인 2008.1.29.을 취득일로 보아 청구인에게 이 건 2009년 귀속 양도소득세를 경정․고지한 사실이 나타나며, 처분청이 조사한 쟁점부동산의 취득과 관련하여 확인한 금융자료 조사내용을 보면, 1987.8.11. 20,000천원(대출출금), 1998.5.16. 5,000천원(송금), 1998.6.20. 3,000천원(송금), 1998.9.25. 3,000천원(송금), 1999.4.15. 2,000천원(대출출금), 1999.5.18. 10,572천원(출금)의 출금사실이 확인되는 것으로 되어 있으나, 잔금 10,000천원에 대한 지급사실이 확인되지 아니하는 것으로 되어 있다.

(5) 청구인이 심리자료로 제시한 2009.12.23.자 작성된 ○○○의 확인서를 보면, ○○○은 쟁점부동산에 대하여 ○○○으로부터 1999.9.30. 이전까지 차용한 총 60,000천원에 대한 가등기를 설정해 주었으며, 2008.1.8. 매매계약을 하였으나 ○○○이 쟁점부동산을 매입할 당시 ○○○로부터 받은 담보대출금액 52,000천원(원금 40,000천원, 연체이자 12,000천원)이 있어 이를 청구인이 대신 변제하기로 하고, 청구인이 2008.1.8. ○○○은행을 통하여 52,000천원을 변제한 후 청구인이 쟁점부동산의 소유권을 인수하였다는 내용으로 되어 있다.

(6) 한편, 청구인은 처분청이 쟁점부동산의 취득가액을 ‘매매예약계약서상’의 60,000천원으로 인정하면서도 그 취득시기를 ‘매매예약계약서상’의 매매완결일자인 1999.9.30.이 아닌 쟁점부동산의 등기부등본상 등기접수일인 2008.1.29.로 보아 양도차익을 계산한 것은 부당하다면서, 취득시기를 매매예약완결일인 1999.9.30.로 하여 이 건 양도소득세를 경정하여야 한다는 주장이다.

(7) 살피건대, 소득세법 시행령제162조(양도 또는 취득의 시기) 제1항에서 자산의 양도차익을 계산함에 있어 취득시기 및 양도시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하는 것으로 규정하면서, 같은 항 제1호에서 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일로 하는 것으로 규정하고 있는 바, 청구인이 쟁점부동산의 취득시기를 ‘매매예약계약서’상의 매매예약완결일인 1999.9.30.로 하여야 한다는 주장이나, ‘매매예약계약서’ 제2조에서 매매완결일자는 1999.9.30.로 하고 완결일자가 경과하였을 때에는 청구인의 매매완결의 의사표시가 없어도 매매가 완결된 것으로 보는 것으로 되어 있으며, 제3조에서 매매가 완결되었을 때에는 이동진과 청구인간에 쟁점부동산에 대한 매매계약이 성립된다고 되어 있어, ‘매매예약계약서’상의 매매성립일(매매완결일자)인 1999.9.30.에 쟁점부동산에 대한 대금이 청산되었다고 볼 수 없으며, 1999.9.30. 작성되고 2008.1.25. ○○○구청장이 검인한 쟁점부동산의 매매계약서를 보면 잔금 10,000천원을 2008.1.24. 지급하는 것으로 되어 있으나, 처분청의 금융자료 조사내용으로 보아 잔금지급에 대한 입증자료를 제시하지 못하고 있어, 청구인이 쟁점부동산의 소유권을 취득하고 그 잔금을 청산한 날이 불분명한 경우에 해당하는 것으로 판단된다. 또한, 쟁점부동산의 전 소유자 ○○○이 작성한 확인서의 내용으로 보아, 청구인은 쟁점부동산을 ○○○으로부터 취득하기 전까지 ○○○에 대하여 상당한 금액의 대여금(약 60,000천원)이 있었던 것으로 판단되고, 동 대여금에 대한 채권확보를 위하여 쟁점부동산에 대하여 1999.8.24. 청구인이 매매예약을 원인으로 소유권이전청구권가등기를 한 것으로 판단되며, 이동진이 ○○○로부터 대출받은 금액을 상환하지 못하게 되자 ○○○이 쟁점부동산에 대한 임의경매개시결정 등기를 하였다가, 청구인이 ○○○의 채무를 대신변제하고 임의경매개시결정 등기를 말소한 후 쟁점부동산에 대한 소유권을 취득한 것으로 보아, 쟁점부동산의 소유자였던 ○○○이 청구인에 대한 채무의 이행에 갈음하여 쟁점부동산의 소유권을 청구인에게 대물변제의 형태로 소유권을 이전한 것으로 판단되므로, 청구인과 ○○○간의 채권․채무는 대물변제로 쟁점부동산의 소유권이전 등기가 된 날에 소멸된 것으로서 청구인이 쟁점부동산을 취득한 날은 쟁점부동산의 소유권 이전등기가 된 날로 보는 것이 타당한 것으로 판단된다. 따라서, 처분청이 쟁점부동산의 양도에 대한 양도차익을 계산함에 있어 쟁점부동산의 취득시기를 부동산등기부등본상 등기접수일인 2008.1.29.을 쟁점부동산의 취득시기로 보아 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.