3. 심리 및 판단
- 가. 쟁점 자료상으로 확정된 거래처로부터 수취한 매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부
- 나. 관련 법령 ⑴ 부가가치세법 제17조 【 납부세액 】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.
② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. 제16조제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 ⑵ 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】② 법 제17조 제2항 제1호의2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.
2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우
- 다. 사실관계 및 판단 ⑴ 청구법인은 2005.12.12. ○○○에서 설립되었고 현재는 ○○○번지에 본점을 두었으며 자본금 42억원의 일본법인(29.13%)과 합작한 법인으로서, ○○○ 일대 임야 4,908,582㎡에서 풍력발전사업을 영위하기로 하고 2006년 6월부터 ○○○풍력발전단지 건설에 대한 사업타당성 검토를 시작하여 2007.8.17. 산업자원부로부터 발전사업인가를 얻은 것으로 나타난다. ⑵ 처분청의 과세자료처리보고서(2010.4.8.) 등에 의하면, 청구법인은 ○○○으로부터 풍력발전단지 건설 타당성 검토 용역을 제공받고 쟁점세금계산서를 수취한 것으로 신고하였으나, ○○○에 대한 ○○○세무서의 자료상혐의자 조사에서 ○○○이 건설면허 대여자로서 자료상으로 확정됨에 따라, 처분청은 청구법인을 조사하여 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 확인하고 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과한 것으로 나타난다. ⑶ 청구법인은 쟁점세금계산서가 실제 용역을 제공받고 수취한 세금계산서라고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. ㈎ ○○○세무서의 자료상혐의자 조사 복명서(2009.5.21.)에 의하면, ○○○의 실질경영자는 법인등기부등본상의 공동대표자인 ○○○과 ○○○이 아닌 ○○○의 친형 ○○○이고, ○○○은 거래처 영업 담당으로서 조사당시 연락이 두절된 것으로 나타난다. ○○○은 토공, 철근콘크리트, 상하수도 등의 전문건설면허가 있는 회사로서 건설면허가 없는 회사나 개인에게 면허를 대여하고 그 대가로 공사금액의 3% ～ 5%의 수수료를 받았으며, 수수료를 수령하는 계좌는 면허를 대여하는 자들의 편의상 ○○○ 명의의 법인통장을 만들어 준 것으로 확인된다. ○○○의 실질대표 ○○○은 전말서에서 청구법인과의 거래 시 청구법인의 ○○○ 이사의 요청을 받아 가공세금계산서를 교부하고 거래대금은 ○○○이 만들어 준 ○○○은행 계좌○○○로 입금하였다가 직접 출금하였다고 확인하였고, ○○○의 ○○○은행 계좌○○○에 부가가치세 신고 직전인 2007.7.24. 부가가치세액에 상당하는 35,600,000원이 입금된 것으로 확인된다. 한편 ○○○에 대한 자료상 고발은 ○○○지검에서 2009.12.10. ‘혐의없음(증거불충분)’으로 통보된 것으로 나타난다. ㈏ ‘○○○풍력단지 건설에 따른 타당성검토용역도급계약서’에 의하면, 동 사업타당성 검토용역은 용역기간이 2006.8.30. ～ 2007.8.29., 용역대금은 356,000,000원, 대금지급 시기는 명시되지 않았으나 이체확인증에는 2006.8.30. 313,000,000원, 2006.9.4. 43,000,000원이 지급되어 용역공급 전에 공급대가 356,000,000원이 지급되었고, 2007.7.24. 부가가치세 상당액인 35,600,000원이 지급된 것으로 나타난다. ㈐ 공사사실 증빙인 견적서에는 직접공사비 262,000,000원, 토목공사 타당성조사 84,700,000원, 전기공사 타당성조사 54,000,000원, 건축공사 타당성조사 44,500,000원 소로개설비용 46,000,000원, 허가신청서 작성 53,500,000원으로 기재되었고, 소로개설비용은 2007.8.23. 당시 관할 ○○○세무서 조사에서 공사 사실을 확인한 것으로 나타난다. ㈑ 처분청의 검토보고서(2010.5.4.)에 의하면, ○○○으로부터 용역을 제공받은 증빙이 없고, 전기사업허가신청서의 타당성보고서 작성 업체인 ○○○에서는, 담당연구원이 개인적으로 검토해준 사실은 있으나, 용역을 의뢰받아 보고서를 작성한 사실은 없다고 확인한 것으로 나타난다. ㈒ 위 사실 등을 종합하면, ○○○은 면허를 대여하고 수수료를 받은 업체로서 자료상으로 고발된 점, ○○○의 실질대표 ○○○은 청구법인에 대한 용역제공 없이 가공세금계산서를 교부하였다고 시인한 점, 용역결과물인 사업타당성 검토보고서가 존재하지 않고, 사업타당성 보고서 작성업체인 ○○○에서는 담당연구원이 개인적으로 검토해준 사실은 있으나, 용역을 의뢰받아 보고서를 작성한 사실이 없다고 확인한 점, 공급가액 상당액은 용역제공 전에 지급하고, 부가가치세 상당액은 부가가치세 신고 직전에 별도로 지급된 점 등에 비추어 청구법인은 ○○○으로부터 사업타당성 검토 용역을 공급받은 것으로 인정하기 어렵다. 따라서 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하고 과세한 당초 처분은 잘못이 아니라고 판단된다.