청구법인이 가공세금계산서를 교부받아 해당 공급가액을 손금에 산입하여 소득을 사외에 유출하고 그 귀속이 불분명한 이 건은, 처분청이 2010.4.15. 해당 공급대가 를 대표자 상여로 소득처분하여 2003년 귀속 소득금액을 변동통지한 처분이므로 국세부과제척기간인 5년이 만료된 이후에 행한 것으로 보는 것이 타당하다고 할 것임.
청구법인이 가공세금계산서를 교부받아 해당 공급가액을 손금에 산입하여 소득을 사외에 유출하고 그 귀속이 불분명한 이 건은, 처분청이 2010.4.15. 해당 공급대가 를 대표자 상여로 소득처분하여 2003년 귀속 소득금액을 변동통지한 처분이므로 국세부과제척기간인 5년이 만료된 이후에 행한 것으로 보는 것이 타당하다고 할 것임.
1. ○○○세무서장이 2010.4.15. 청구법인에게 한 부가가치세 2003년 제1기분 40,436,080원과 2003년 제2기분 13,224,020원의 부과처분 및 대표자 상여로 소득처분하여 2003년 귀속 소득금액 309,147,300원을 변동통지한 처분 중 소득금액변동통지처분은 이를 취소하고,
2. 나머지 심판청구는 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점세금계산서1에 대하여 보면 다음과 같다. 청구법인은 2003. 6.27. ○○○로부터 도메스틱을 매입하고 쟁점세금계산서1을 교부받아 대금은 2003.7.1. 1억 3,000만원은 인터넷뱅킹으로 1억원은 현금을 인출하여 계좌이체로 지급한 사실이 금융거래자료에 나타나고, 나머지 126만원은 2003.7.3. 지급한 사실이 외상매입금 계정에 의하여 확인되는 만큼, 설사 ○○○이 자료상 혐의자로 고발되었다 하더라도 위와 같이 금융거래자료, 계정과목 등의 증빙서류를 제시하는 경우 가공거래에서 제외하는 것이 타당하며, 청구법인은 쟁점세금계산서1의 거래를 입증할 수 있는 장부의 보존기한인 5년이 경과하였음에도 세금계산서와 대금결제한 금융거래자료 등을 증빙서류로 제시하고 있는 바, 처분청이 쟁점세금계산서1의 거래를 가공으로 보기 위해서는 거래 및 대금결제내역이 허위라는 입증을 하여야 함에도 그러하지 아니하고 거래상대방의 진술에만 의존한 것은 부당하다. 또한, 쟁점세금계산서2에 대하여 보면 아래와 같다. 청구법인은 ○○○에게 컴퓨터 보안 및 방화벽과 관련한 제품을 납품하기로 약정하고 물품을 공급하기 이전인 2002.10.31. 쟁점세금계산서2의 공급대가인 7,788만원 상당의 매출세금계산서를 선발행하여 교부하였으나 대금을 지급하지 아니하지 아니함에 따라 물품을 공급할 수 없었던 바, 청구법인은 세무처리를 함에 있어 당초 발행한 매출세금계산서에 대하여 부(-)의 매출세금계산서를 교부하였어야 함에도 세법의 무지로 인하여 동일한 금액인 쟁점세금계산서2를 교부받는 방법을 선택한 것이며, 그 결과 청구법인은 부득이한 사정에 의하여 실물거래 없이 동일한 금액의 매출․매입세금계산서를 과세기간만 달리 하여 수수하였기 때문에 쟁점세금계산서는 가공세금계산서가 아니므로 해당 매입세액을 불공제할 것이 아니라 세금계산서합계표불성실가산세를 적용하여야 하는 것이고, 2003년 제2기 매입에서 쟁점세금계산서상의 매입금액을 차감하고 2002년 제2기분 매출에서 동 금액을 차감하는 것이 타당하다.
(2) 대표자 상여처분에 대하여 보면 다음과 같다. 이 건 소득금액변동통지처분은 그 귀속연도가 2003년인 바, 대법원 판례○○○는 가공세금계산서를 수취하고 매입금액의 귀속이 불분명한 것으로 보아 대표자에게 상여처분한 경우 소득세 부과제척기간을 5년으로 판시하고 있으므로 소득금액변동통지일(2010.4.15.) 현재 부과제척기간이 만료된 이 건 소득금액변동통지처분은 취소하여야 한다.
(1) 쟁점세금계산서1에 대하여 보면 다음과 같다. 청구법인이 ○○○에게 지급한 매입대금 중 인터넷뱅킹분인 1억 3,000만원의 금융거래내역을 조사한 바, 2003.7.1. 자료상인 (주)○○○의 예금계좌에서 1억 3,137만원, 자료상인 ○○○의 예금계좌에서 9,787만원이 청구법인 명의 예금계좌로 입금되었다가 당일 2억 3,000만원이 ○○○로 입금되는 등 가공거래를 위장하기 위하여 금융거래증빙을 조작한 것으로 확인되고, ○○○의 대표이사인 ○○○가 청구법인과 거래는 실물거래가 아니라고 진술한 사실이 있으므로 쟁점세금계산서1을 가공세금계산서로 보아 해당 매입세액을 불공제하고 대표자 상여로 소득처분하여 소득금액변통지한 처분은 정당하다. 쟁점세금계산서2에 대하여 보면 아래와 같다. 청구법인은 당초 매출세금계산서 발행분의 취소에 대하여 수정세금계산서를 교부하지 아니하고 세법에 무지하여 쟁점세금계산서2를 교부받았다고 주장하지만, 특별한 사정의 존재 여부에 대하여는 청구법인에게 입증책임이 있는데, 제출한 증빙자료에 의하면 사실관계를 확인할 수 없으므로 쟁점세금계산서2를 가공세금계산서로 보아 해당 매입세액을 불공제하고 대표자 상여로 소득처분하여 소득금액변통지한 처분은 정당하다.
(2) 대표자 상여처분에 대하여 보면 다음과 같다. 자료상으로부터 실물거래 없이 가공세금계산서를 교부받아 법인의 손금으로 신고하는 것은 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하는 행위에 해당하므로 10년의 부과제척기간을 적용하여 과세한 처분은 정당하다.
① 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 교부받은 가공세금계산서로 보아 해당 매입세액을 불공제하고 대표자 상여처분하여 부가가치세를 부과하고 소득금액변동통지한 처분의 당부(주위적 청구)
② 위의 소득금액변동통지처분은 5년의 국세부과제척기간이 만료된 이후에 한 것이라 위법하다는 청구주장의 당부(예비적 청구)
(1) 부가가치세법(2003.12.30. 법률 제7007호로 개정되기 전의 것) 제17조【납부세액】
② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액.(단서 생략) 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액.(단서 생략) 제21조【결정 및 경정】① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.
2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 제31조【기 장】
③ 사업자는 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 기록한 장부와 제16조 및 제32조의 규정에 의하여 교부하거나 교부받은 세금계산서 또는 영수증을 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 확정신고를 한 날로부터 5년간 보존하여야 한다.
(2) 법인세법(2007.12.31. 법률 제8831호로 개정되기 전의 것) 제67조【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. (3) 법인세법 시행령(2003.12.30. 대통령령 제18174호로 개정되기 전의 것) 제106조【소득처분】① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(생략)에게 귀속된 것으로 본다.
(4) 국세기본법(2007.12.31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것) 제26조의2【국세부과의 제척기간】① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다.(단서 생략)
1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간
2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간 제85조의3【장부 등의 비치 및 보존】① 납세자는 각 세법이 규정하는 바에 따라 모든 거래에 관한 장부 및 증빙서류를 성실하게 작성하여 비치하여야 한다.
② 제1항의 규정에 의한 장부 및 증빙서류는 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 당해 국세의 법정신고기한이 경과한 날부터 5년간 보존하여야 한다.
(1) 쟁점①(주위적 청구)에 대하여 본다. (가) ○○○세무서장이 2009년 1월 ○○○에 대한 자료상혐의자 조사를 실시하고 작성한 조사복명서상 확인내용은 아래와 같다.
1. ○○○은 ○○○에서 2000.10.11. 설립되어 컴퓨터 및 주변기기 등의 도소매업을 영위하다, 2001.10.10. ○○○로 이전하고, 대표이사를 ○○○에서 ○○○로 변경한 뒤, 2002.12.5. 같은 구 ○○○으로 다시 이전한 후 부가가치세 등을 신고하지 아니하다가 부도로 인하여 전출지가 불분명하여 2004.12.31. 직권으로 폐업하였다.
2. 자료상과의 거래, 뺑뺑이거래(자전거래), 거래금액의 당일 입금 ․출금 등의 수법으로 실물거래 없이 세금계산서만 발행하고 수취하여 아래<표>와 같이 가공매출이 3,404백만원(전체금액 대비 86.9%)이고, 가공매입이 3,271백만원(전체금액 대비 91.5%)인 것으로 확정하였다.
3. 청구법인 명의 ○○○은행 예금계좌○○○를 보면, 2003.7.1. 자료상인 (주)○○○의 예금계좌로부터 1억 3,137만원이, 자료상인 ○○○의 예금계좌로부터 9,787만원이 각각 위 예금계좌로 입금된 당일 ○○○ 예금계좌로 입금되는 등 가공거래를 정상으로 위장하기 위하여 금융거래를 조작한 것으로 확인된다.
4. 대표이사인 ○○○가 2009.1.7. 작성한 전말서에는 청구법인과의 거래는 실물거래가 아니라고 진술한 내용이 기재되어 있다. (나) ○○○세무서장이 2009년 3월 ○○○에 대하여 자료상혐의자에 대한 조사를 실시하고 작성한 조사복명서상 확인내용은 아래와 같다.
1. ○○○는 ○○○에서 2001. 9.17. 설립되어 컴퓨터 및 주변기기 등의 도소매업을 영위하다가, 2002.1.15. ○○○으로 이전한 뒤에, 2004.5.15. ○○○로 다시 이전하였으나, 2004.12.31. 사업장의 부재 및 부가가치세 무신고 등에 따른 전출지가 분명하지 아니하여 2005.4.22. 직권으로 폐업하였다.
2. 아래의 <표>와 같이 2003년 제1기～2004년 제1기 과세기간에 (주)○○○ 외 4개 업체에게 공급가액이 1,633백만원(전체금액 대비59%)인 가공세금계산서를 발행하고, 같은 기간에 (주)○○○ 외 4개 업체로부터 공급가액 998백만원(전체금액 대비 38%)의 가공세금계산서를 교부받아 자료상혐의자로 확정하였다.
3. 청구법인과의 거래분은 금융거래자료 등에 의하여 매입대금을 결제한 내역이 확인되지 아니하므로 가공거래로 확정하였다. (다) 위의 사실관계 등을 종합하면 다음과 같다. 청구법인은 ○○○로부터 물품을 구입하고 매입대금 중에 일부를 인터넷뱅킹으로 지급하며 쟁점세금계산서1을 교부받았고, 선발행한 매출세금계산서에 대하여 나중에 매출이 취소된 경우에는 수정세금계산서를 교부하여야 함에도 세법의 무지로 인하여 ○○○로부터 쟁점세금계산서2를 교부받았다고 주장하나, 쟁점세금계산서1의 매입대금 결제가 가공거래를 정상으로 위장하기 위하여 금융거래증빙을 조작한 것으로 확인된 점, ○○○의 대표이사가 청구법인과의 거래는 실물거래가 아니라고 진술한 점, 매출세금계산서 발행분을 취소하고 수정세금계산서를 교부하는 대신 세법에 무지하여 쟁점세금계산서2를 수취할 수밖에 없었던 특별한 사정에 대하여 입증할 책임이 있는 청구법인이 객관적인 증빙서류를 제시하지 아니하고 있는 점 등을 감안하면, 쟁점세금계산서는 실물거래가 없이 교부받은 것으로 보이므로 해당 매입세액을 불공제하고 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
(2) 쟁점②(예비적 청구)에 대하여 본다. (가) 2003년 제1기 및 제2기의 부가가치세 신고서에 의하면, 청구법인은 2003년 제1기 과세기간에 ○○○로부터 쟁점세금계산서1을 교부받고, 2003년 제2기 과세기간에 ○○○로부터 쟁점세금계산서2를 교부받아 해당 매입세액을 공제하여 신고한 사실이 확인된다. (나) 경정결의서 등에 의하면, 처분청은 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제한 뒤 2010.4.15. 부가가치세를 부과하고, 공급대가를 대표자 상여로 소득처분하여 2003년 귀속 소득금액 309,147,300원을 변동통지한 사실이 인정된다. (다)법인세법의 규정에 따라 법인의 대표자에 대한 인정상여로 소득처분되는 금액은 당해 법인이 소득금액변동통지서를 받은 날 그 소득금액을 지급한 것으로 보게 되나, 이는 그 소득금액을 대표자에게 현실적으로 지급하는 경우를 의미하는 것이 아니라 법으로 의제 하는 것에 불과하므로, 위와 같은 소득금액변동통지서를 받은 법인에게 원천징수의무가 성립하려면 그 성립시기인 위 소득금액변동통지서를 받은 때에 소득금액을 지급받은 것으로 보아야 할 원천징수의무자에게 소득세 납세의무가 성립되어 있어야 하며, 원천징수의무자의 소득세 납세의무가 그 소득세에 대한 부과제척기간의 만료 등으로 이미 소멸하였다면, 그에 대한 법인의 원천징수의무 또한 성립할 수가 없으므로 그 후에 이루어진 소득금액변동통지처분은 위법하다 할 것이다○○○. (라) 처분청은 실물거래가 없이 자료상으로부터 가공세금계산서를 교부받아 법인의 손금으로 신고하는 것은 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈한 행위이므로 대표자 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 처분은 10년의 부과제척기간을 적용하여야 한다는 의견이나, 법인의 대표자가 가공세금계산서를 수취하여 장부상의 매입금액을 과다하게 계상하여 소득을 은닉하는 경우, 대표자가 장차 당해 소득이 사외에 유출되어 그 귀속자가 밝혀지지 아니함에 따라 자신이 인정상여로 소득처분을 받을 것까지 모두 예상하여 그로 인하여 부과되는 소득세를 포탈하기 위하여 그러한 행위를 한 것으로 인정하기는 어려우므로국세기본법제26조의2 제1항 제3호에서 규정하고 있는 5년의 부과제척기간을 적용하는 것이 타당하다 할 것인바, 그렇다면, 청구법인이 가공세금계산서를 교부받아 해당 공급가액을 손금에 산입하여 소득을 사외에 유출하고 그 귀속이 불분명한 이 건은, 처분청이 2010.4.15. 해당 공급대가를 대표자 상여로 소득처분하여 2003년 귀속 소득금액을 변동통지한 처분은 같은 항 제3호에서 규정하고 있는 국세부과제척기간인 5년이 만료된 이후에 행한 것으로 보는 것이 적법․타당하다 하겠다(그 귀속이 분명한 경우에는 처분청 의견과 같이 10년의 국세부과제척기간을 적용하는 것이 타당하다). 따라서, 처분청이 가공세금계산서인 쟁점세금계산서의 공급대가를 대표자에게 상여로 소득처분하여 청구법인에게 2003년 귀속 소득금액 309,147,300원을 변동통지한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정내용은 붙임과 같습니다.