정비사업 전문 관리업체로부터 수취한 매입세금계산서 중 공통매입분은 현재 까지 미분양 상태이므로 총 예정 사용면적을 기준으로 안분계산하여 매출세액에서 공제 하는 것이 타당함

〇〇세무서장은 청구법인이 2010.2.23. 제기한 경정청구에 대하여 동 법인이 △△ 주식회사로부터 교부받은 세금계산서상의 매입 세액의 합계인 98,061,075원(2007년 제1기 56,034,900원, 2007년 제2기 14,008,725원, 2008년 제1기 14,008,725원, 2009년 제2기 14,008,725원) 에서 각 과세기간별로 토지와 관련한 매입세액을 확인한 다음, 이를 차감한 나머지를 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 단서에 따라 안분 계산하여 해당 과세기간의 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

• 가. 청구법인은 부산광역시 〇〇구 〇〇동 〇〇〇-〇〇번지 일대의 토지 64,527㎡에서 주택재개발정비사업(이하 “쟁점재개발사업”이라 한 다)을 추진하면서 2007년 제1기부터 2009년 제2기까지의 과세기간 중 정비사업 전문관리업체인 △△ 주식회사(이하 “△△”라 한다)로부터 정비사업 용역비에 대하여 공급가액 합계가 980,610,763 원인 세금계산서 5매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하고 부가가치세 신고당시 관련된 매입세액의 합계 98,061,075원(2007년 제1기 56,034,900원, 2007년 제2기 14,008,725원, 2008년 제1기 14,008,725원, 2009년 제2기 14,008,725원, 이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 전액 불공제하였다가, 2010.2.23. 쟁점매입세액을 총예정사용면적에 대한 면세 사업에 관련된 예정사용면적의 비율을 기준으로 하여서 안분계산하고 부가가치세 합계 50,293,140원(2007년 제1기 26,021,200원, 2007년 제2기 13,190,730원, 2008년 제1기 5,538,730원, 2009년 제2기 5,542,480원)을 환급하여 달라는 내용으로 처분청에 경정청구를 제기하였다.
• 나. 처분청은 2010.4.22. 경정청구에 대한 보정요구만을 하고, 2010.4.30. 경정청구에 대한 내부 검토서만 작성하였을 뿐이며, 청구법인에게 경정청구에 대한 결과통지를 하지는 아니하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.6.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점매입세액은 청구법인이 △△ 로부터 공급을 받은 주택의 신축·분양과 관련한 업무 대행용역에 대한 것이므로 공제대상인 매입 세액이며, 청구법인의 경우 현재까지 분양 및 분양계약을 하지 아니한 상태이므로 각 과세기간에 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없으나, 관리처분계획인가서 등에 의하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정 면적을 구분할 수 있기 때문에 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 단서를 적용하여 총예 정 사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용 면적의 비율을 기준으로 쟁점매입세액을 안분계산하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 쟁점매입세액은 청구법인 사업 전체를 위하여 지급한 비용에 대한 것이므로 건축물의 신축과 관련된 매입세액과는 달리 토지공급가액을 포함하는 총예정공급가액을 기준으로 쟁점매입세액을 안분계산하여야 하며, 경정청구 당시에는 예정공급가액을 산정할 수 없었으므로 추후 분양하거나 분양계약을 하는 시점에 안분계산하는 것이 타당하다.

• 가. 쟁 점 주택재개발사업 중 신축·분양 업무대행용역과 관련한 공통매입 세액을 안분계산함에 있어 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없는 경우 예정사용면적을 기준으로 하는 것인지 여부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】⑥ 법 제17조제2항제6호에서 "대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 제61조 【매입세액의 안분계산】① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율 제61조 의2 【공통매입세액의 정산】 사업자가 제61조제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다.(각호 생략) (2) 도시 및 주거환경정비법 제69조 【정비사업전문관리업의 등록】

① 정비사업의 시행을 위하여 필요한 다음 각호의 사항을 추진위원회 또는 사업시행자 로 부터 위탁받거나 이와 관련한 자문을 하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 자본 ㆍ기술인력 등의 기준을 갖춰 시ㆍ도지사에게 등록 또는 변경(대통령령이 정하는 경미한 사 항의 변경을 제외한다)등록하여야 한다. 다만, 주택의 건설ㆍ감정평가 등 정비사업 관련 업무를 하는 정부투자기관 등으로 대통령령이 정하는 기관의 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 조합 설립의 동의 및 정비사업의 동의에 관한 업무의 대행

2. 조합 설립인가의 신청에 관한 업무의 대행

3. 사업성 검토 및 정비사업의 시행계획서의 작성

4. 설계자 및 시공자 선정에 관한 업무의 지원

5. 사업시행인가의 신청에 관한 업무의 대행

6. 관리처분계획의 수립에 관한 업무의 대행

7. 제77조의4제2항제2호에 따라 시장ㆍ군수가 정비사업전문관리업자를 선정한 경우에는 추진위원회 설립에 필요한 다음 각 목의 업무

• 가. 동의서 징구(징구)
• 나. 운영규정 작성 지원
• 다. 그 밖에 조례로 정하는 사항
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제시하는 〇〇청장의 관리처분계획인가서, 청구 법인의 홈페이지에 게시한 자료 사업자등록증 사본 등의 심리자료에 의하면, 아래와 같은 내용이 나타난다. (가) 청구법인은 쟁점재개발사업을 추진하기 위하여 2006.11.21. 설립되었고, 2006.12.4. 업태를 부동산 및 건설로 하고, 종목은 부동산 매매업 및 주택신축판매업 으로 하여 사업자등록을 하였다. (나) 〇〇 청장은 쟁점재개발사업과 관련하여 2007.7.13. 사업 시행인가서를, 2009.6.24. 관리처분계획인가서를 각각 교부하였다. (

• 다) 쟁점재개발사업의 사업시공자는 □□건설 주식회사이고, 정비 사업 전문관리업체는 △△이다.

(2) 청구법인이 2006.12.4. △△ 와 체결한 부암4구역 주택재개발 정비사업 전문 관리 업체 계약서의 주요 내용은 아래와 같다. (가) 계약내용은 쟁점재개발사업의 시행에 따른 인·허가 등 제반 업무의 위탁 및 관련된 행정업무의 대행이고 계약기간은 계약체결일 부터 청산시까지이다. (나) 계약금액은 건축연면적(57,178.47평)을 기준으로 평당 24,500 원씩(부가가치세는 별도) 총 1,400,872,515원으로 하고, 용역비 가운데 70%는 계약체결일부터 50일 이내에 10%를 지급하는 등의 방법으로 관리처분계획인가일까지 6회에 걸쳐 지급하고, 나머지 30%는 일반분양 시에, 건축공사 착공시에, 조합청산완료시에 각각 10%씩 지급한다. (다) △△ 가 수행하여야 할 용역엽무의 범위는 ① 토지 등 소유자 관련 업무 및 각종 동의서 징구업무, ② 총회 등의 각종 회의 개최업무 등, ③ 홍보 및 협력사 관련 지원 업무 등, ④ 사업시행인가 업무 등, ⑤ 이주업무 등 지원, ⑥ 국·공유지 매수관련 업무,

⑦ 관리 처분계획 수립 및 인가업무, ⑧ 분양업무 지원, ⑨ 정산 및 청산업무, ⑩ 유지 관리 및 하자, 입주업무 자문 등 총 10가지로 구분되어 있다. (라) 위 10가지 용역업무의 세부적인 내용은 동 계약서에 첨부된 ‘수행할 업무의 범위’에서 약정하고 있으며, 그 중 ① 토지 등 소유자 관련 업무 및 각종 동의서 징구업무와

⑥ 국·공유지 매수관련 업무의 세부적인 범위는 아래 〈표1> 과 같다. < 표 1> 수행할 업무의 세부 내역 용역비 항목 세부적인 업무의 범위 토지 등 소유자 관련 업무 및 각종 동의서 징구 업무

• 토지 등 소유자 관련 업무 (주소 등 명부작서으 토지·건축물 조서작성등)

• 권리자별 명세 및 소유권 이외의 권리분석

• 동 사업 관련 분쟁 및 소송

• 조합회계 및 세무 관련 지원

• 토지 등 소유자의 각종 동의서 징구 업무

• 기타 토지 등 소유자와 관련된 업무 국·공유지 매수관련 업무 등

• 국·공유지 지적관리

• 국·공유지 매수조사 작성

• 국·공유지 매수신청 및 계약업무

• 기타 국·공유지와 관련된 업무 등

(3) 청구법인은 2007년 제1기부터 2009년 제2기까지의 과세기간 중 5회에 걸쳐 계약 금액의 70%에 상당하는 쟁점세금계산서를 교부받았으나, 품목란에 ‘〇〇4지구 용역비 기성금으로만 표시되어 있어 쟁점 매입세액이 어떠한 용역의 제공에 관한 것인지, 그리고 각 용역비가 구체적으로 얼마인지 여부가 확인되지 아니하며, 또한 처분청도 이에 대하여 세부적으로 검토하여 분류한 사실이 없다.

(4) 경정청구서 등 심리자료에 의하면, 청구법인은 2007년 제1기 ~ 2009년 제2기 과세기간 중 부가가치세를 신고하면서 쟁점매입세액의 전액을 불공제하였다가, 2010.2.23. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율을 기준으로 하여서 쟁점매입세액을 안분 계산하고 아래 〈표2> 와 같이 경정청구를 제기하였음이 나타난다. < 표2 > 쟁점세금계산서 수취 및 경정청구 내역 (단위: 원) 세금계산서 수취내역 경정청구한 부가가치세 과세기간 거래일자 품 목 공급가액 쟁점매입세액 2007.1기 2007.1.3.

○○4지구 용역비 기성금 420,261,755 56,034,900 26,021,200 2007.3.22 140,087,252 2007.2기 2007.7.4. 140,087,252 14,008,725 13,190,730 2008.1기 2008.4.22. 140,087,252 14,008,725 5,538,730 2009.2기 2009.7.10. 140,087,252 14,008,725 5,542,480 합계 980,610,763 98,061,075 50,293,140

(5) 처분청은 2010.4.22. 청구법인에게 아래와 같은 내용으로 경정 청구에 대한 보정요구(법인세과-1720, 2010.4.22)를 하였다. (가) 귀사가 △△ 로부터 공급받은 업무대행용역은 주택재개발 사업에 부수된 토지를 포함하여 아파트를 신축 ․ 분양함에 있어 추진하여야 하는 업무를 포괄적으로 대행하는 분양과 관련된 매입용역의 성격이므로 쟁점매입세액은 공통매입세액에 해당합니다. (나) 귀사는 쟁점매입세액에 대해 토지가액을 제외하고 예정건축 면적을 기준으로 하여 안분계산하고 하여 경정청구를 하였으나, 건물 신축과 관련 있는 매입세액이 아니라 분양과 관련된 공통매입세액은 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 단서의 규정이 적용되지 아니 하고, 안분계산시 총공급가액 중 토지가액을 포함한 면세공급가액의 비율로 하는 것이므로 예정건축면적기준으로 안분하지 아니합니다. (다) 따라서 분양과 관련한 공통매입세액 안분계산을 위하여 필요 하오니 평형별 토지·건물의 예정공급가액 및 부가가치세를 확인할 수 있는 보정서류를 2010.4.30.까지 제출하여 주시기 바랍니다.

(6) 또한, 처분청의 법인세과 직원이 20l0.4.30. 작성한 부가가치세 경정청구 검토서에는 아래와 같은 내용의 검토의견이 기재되어 있다. (가) 청구법인은 도시 및 주거환경정비법 제14조 제1항 제2호 에 의하여 정비사 업 전문관리업체인 △△ 와 2006.12.4. 용역계약을 체결하여 같은 법 제69조의 업무를 대행하게 하고, 업무대행수수료를 계약체결시부터 조합청산완료시까지 9차례에 걸쳐 지급하기로 하였다. (나) 용역대행계약서상 업무는 도시 및 주거환경정비법 제69조 의 업무를 대행하는 것인바, 이는 토지 등의 소유자 관련 업무 및 각종 동의서 징구 업무, 총회 등 각종 회의의 개최업무 등, 홍보 및 협력사 관련 지원 업무 등, 사업시행인가업무 등, 이주업무 등, 국·공유지 매수 관련 업무, 관리처분계획 수립 및 인가업무 등을 대행하는 것이다. (다) 청구법인이 쟁점재개발사업을 추진함에 있어서 위 용역 외에 구역지정용역, 교통영 향평가용역과 지적측량용역은 △△ 과 대한지적공사에 발주하고 관련 매입세액은 전액 불공제하였다. (라) 따라서 동 행정대행용역비는 청구법인이 주로 주택의 신축·분양과 관련하여 △△ 로부터 업무대행용역을 공급받고 지급한 비용이므로 이를 과세사업과 면세사업의 공통매입세액으로 보아 부가 가치세법 시행령 제61조 에 의하여 안분계산하는 것이 타당하다.

(7) 심리과정에서 쟁점재개발사업을 관할하는

○○ 구청, 사업시행 자인

□□ 건설 주식 회사 및 정비사업의 전문관리업체인 △△ 에 쟁점재개발사업의 추진현황을 문의한 결과 사업추진의 과정에서 부산광역시 지역에서의 주택경기 침체로 인하여 재개발아파트 분양전망이 불투명하게 됨에 따라 청구법인 조합원 시공사 등 이해관계자 간의 협의를 거쳐서 사업의 추진을 늦추었기 때문에 아직까지도 사업지구 내에 있는 거주자의 이주 및 건물의 철거 등이 이루어지지 아니하여 아파트를 분양하지 못하고 있다는 내용으로 답변하였다. (8) 살피건대, 처분청의 위 경정청구에 대한 보정요구 및 경정청구 검토서의 내용에 의하면 처분청은 쟁점매입세액의 전부가 공통매입 세액으로 안분계산하여야 하는 대상 이라는 점은 인정하면서도 이를 모두 분양과 관련한 매입세액으로 보아 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 단서의 규정을 적용할 수 없다는 의견이나, 청구법인이 2006.12.4. △△ 와 체결한 용역대행계약서상의 분양업무 지원은 총 10가지 용역 업무 중 하나에 불과할 뿐만 아니라 아직까지 분양이 전혀 이루어지지 아니한 상태여서 청구법인의 경우에는 심리일 현재 까지도 과세사업과 면세사업의 공급가액이 발생하지 아니한 점, 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 단서 등에 과세사업 및 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 같은 항 제3호를 제1호 및 제2호보다 우선 적용하여 안분계산하도록 명시하고 있는 점 등을 감안할 때, 처분청이 추후 분양하거나 및 계약을 체결 하는 시점에 위 규정에 의하여 쟁점매입세액을 안분계산하여야 한다는 이유로 현재까지도 청구법인이 제기한 경정청구에 대하여 결과통지를 이행하지 아니하고 있는 것은 적법하지 아니하다 하겠다. 다만, 위 용역계약서상의 용역비 항목 중 ① 토지 등 소유자 관련 업무 및 각종 동의서 징구업무와 ② 국·공유지 매수관련 업무는 그 성격상 토지와 관련한 매입세액에 해당한다고 보이나, 처분청이 이를 검토한 바가 없고, 해당 매입세액이 얼마인지도 확인할 수 없다. (9) 따라서 처분청이 각 과세기간별로 쟁점매입세액 가운데 토지(위 2개 항목)와 관련한 매입세액이 얼마인지를 확인한 후에, 이를 차감한 나머지를 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 단서에 의하여 총 예정 사용면적을 기준으로 안분계산하여 해당 과세 기간 매출세액에서 공제 하는 것으로 하여 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세 기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.