영농조합법인의 유형자산처분이익을 농업소득 외의 소득으로 볼 수 있는지 여부

○○세무서장이 2010.3.10. 청구법인에게 한 2004.1.1.∼ 2004.12.31.사업연도 법인세 90,631,140원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 2001.6.22. 설립하여 ○○시 ○○○시 ○○면 ○○리 2497에서 작물재배와 육우⦁양돈⦁가금 등 축산업을 영위하는 영농조합법인으로, 2004.12.22. ○○시 ○○○시 ○○면 ○○리 1991-1외 1필지 목장용지 29,291m²(이하 "쟁점토지"라 한다)를 농업기반공사에 양도하고, 2004.1.1.∼2004.12.31. 사업연도(이하 "2004사업연도"라 한다)법인세 신고시 쟁점토지의 양도대금 281,193,600원에서 취득원가 42,789,909원을 차감한 238,403,691원(이하 "쟁점금액"이라 한다)과 쟁점토지의 양도에 따른 영농손실보상금 75,491,690원(이하 "영농손실보상금"이라 한다)을 '농업소득외의 소득'으로 보아 ⌜조세특례제한법⌟ 제66조 제1항 및 같은 법 시행령 제63조 제1항의 '영농조합법인 등에 법인세의 면제 등' 규정을 적용하여 법인세 56,437,075원을 신고⦁납부하였다.
• 나. 처분청은 ○○지방국세청장의 '2009년 감면법인 사후관리에 따라 법인세 감면신청에 대한 보정할 사항 제출안내'에 따라 청구법인이 2004사업연도 법인세 수정신고시 신고대상에서 제외한 쟁점금액과 영농손실보상금을 법인세가 면제되는 소득금액에서 제외하여 2009.12.30. 청구법인에게 2004사업연도 법인세 118,518,290원을 과세하겠다는 취지의 예고통지를 하자, 청구법인은 2010.2.3. 과세전적부심사를 제기하였고, 처분청은 영농손실보상금은 농업소득으로 인정하여 법인세를 면제하였으나 유형자산처분이익인 쟁점금액은 법인세가 면제되는 소득금액에 해당하지 아니한 것으로 보아 2010.3.10. 청구법인에게 2004사업연도 법인세 90,631,140원을 경정⦁고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.5.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 2007.2.28. 개정되기 전의 ⌜ 조세특례제한법 시행령⌟ 제63조 제1항에는 농업외소득의 범위에 대하여 아무런 규정을 하고 있지 아니하였는 바, 청구법인이 공공기관에 의하여 수용됨에 따라 비자발적으로 매각한 쟁점토지는 제조업이 공장용 토지나 건물을 매각하는 것과는 달리 농업의 토대임에도 불구하고, 2007.2.28. 개정된 ⌜ 조세특례제한법 시행령⌟ 제63조 제1항의 규정을 소급적용하여 쟁점금액을 법인세가 면제되는 소득금액에서 제외하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 ⌜ 법인세법 시행규칙⌟ 제75조 및 같은 법 기본통칙 113-156…6에서는 고정자산처분익을 감면배제 대상인 개별익금으로 구분하여 규정하고 있으므로 자산처분익인 쟁점금액을 영농조합법인의 사업에서 발생하는 농업소득외의 소득으로 볼 수 없고, 2007.2.28. 개정된 ⌜ 조세특례제한법 시행령⌟ 제63조 제1항에서 영농조합법인의 농업소득외의 소득에 대하여 ⌜농업⦁농촌기본법 시행령⌟ 제13조에서 규정한 사업에서 발생한 소득으로 규정하고 있는 바, 이는 ⌜농업⦁농촌기본법⌟에서 규정한 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득에 대해서만 조세감면을 허용하겠다는 것으로서 개정 전 관련법령의 입법취지를 보충한 것에 불과하므로 작물재배와 관련된 농업소득을 제외한 모든 소득을 원천에 관계없이 농업소득외의 소득으로 보아 법인세를 면제할 수 없는 것이다. 2007.2.28. 개정된 ⌜ 조세특례제한법 시행령⌟ 제63조 제1항 개정시 법인세가 면제되는 소득을 '⌜농업⦁농촌기본법 시행령⌟ 제13조에 따른 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득'으로 규정한 것은 법 개정전부터 위와 같이 영농조합법인의 설립목적과 부합되는 사업에서 발생한 농업소득외의 소득에 한하여 법인세를 감면하였던 것을 선언적⦁확언적으로 규정한 것일 뿐이고, 영농조합법인에 대한 ⌜조세특례제한법⌟의 법인세 면제규정은 영농조합법인 및 그 조합원에 대하여 조합원이 농민인 점을 감안하여 조합원 각자가 농업경영시의 ⌜소득세법⌟ 상 세제지원수준과 동일한 혜택을 부여하고 있으며, 농민의 경우 농업소득에 대하여는 소득세를 과세하지 아니하는 것과 형평을 맞추어 영농조합법인의 농업소득에 대하여 전액 법인세를 면제하여 주고 있으며, 또한, 농업소득외의 소득에 대하여도 농민의 경우 ⌜소득세법⌟ 상 일정한 농가 부업소득에 대하여 비과세하는 것과 형평을 맞추어 조합원 1인당 12백만원의 범위내에서 법인세를 면제하여 주고 있는 법 제정취지를 비추어 보아도 유형자산처분이익인 쟁점금액에 대하여 법인세 감면규정을 배제하여 이 건 법인세를 과세한 처분은 타당하다.

• 가. 쟁점 영농조합법인 소유의 농지가 공공용지로 수용되면서 발생한 유형자산처분이익을 ⌜ 조세특례제한법 시행령⌟ 제63조 제1항의 법인세가 면제되는 농업소득 외의 소득으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제66조 [영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등] (2004.12.31. 법률 제7322호로 개정되기 전의 것)

① 농업⦁농촌기본법에 의한 영농조합법인(이하 "영농조합법인"이라 한다)에 대하여는 2006년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 지방세법 제197조 의 규정에 의한 소득(이하 "농업소득"이라 한다)의 전액과 농업소득외의 소득 중 대통령령이 정하는 범위안의 금액에 대하여 법인세를 면제한다. 제66조 [영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등] (2006.12.30. 법률 제8146호로 개정된 것)

① 농업⦁농촌기본법에 의한 영농조합법인(이하 "영농조합법인"이라 한다)에 대하여는 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 지방세법 제197조 의 규정에 의한 소득(이하 "농업소득"이라 한다)의 전액과 농업소득외의 소득 중 대통령령이 정하는 범위안의 금액에 대하여 법인세를 면제한다. 부칙(2006.12.30. 법률 제8146호) 제1조[시행일] 이 법은 2007년 1월 1일부터 시행한다.(단서생략) 제2조 [일반적 적용례] ① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다. 제16조 [영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등에 관한 적용례] 제66조 제1항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 사업연도분부터 적용한다. (2) 지방세법 제197조 [정 의] (2005.12.31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것) 이 절에서 "농업소득"이라 함은 통계법 제17조 의 규정에 의하여 통계청장이 작성⦁고시하는 한국표준산업분류표상의 농업중 대통령령이 정하는 작물(이하 이 절에서 "작물"이라 한다)의 재배로 발생하는 소득을 말한다. (3) 조세특례제한법 시행령 제63조 [영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등] (2005.2.19. 대통령령 제18704호로 개정되기 전의 것)

① 법 제66조 제1항의 규정에 의하여 농업소득 외의 소득중 법인세가 면제되는 소득금액은 각 사업연도별로 다음 산식에 의하여 계산한 금액이하의 금액으로 한다. 1천200만원 ✕ 조합원 수 ✕ 사업연도월수 12 제63조 [영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등] (2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정된 것)

① 법 제66조 제1항의 규정에 의하여 농업소득 외의 소득중 법인세가 면제되는 소득금액은 (⌜농업⦁농촌기본법 시행령⌟ 제13조에 따른 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득으로서) 각 사업연도별로 다음 산식에 의하여 계산한 금액 이하의 금액으로 한다. 1천200만원 ✕ 조합원 수 ✕ 사업연도월수 12 부칙(2007.2.28. 대통령령 제19888호) 제2조 [일반적 적용례] ① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제8146호 조세특례제한법 일부 개정법률 시행일 이후 개시하는 과세연도분부터 적용한다.

(4) 농업⦁농촌기본법 시행령(2004.4.24.대통령령 제18377호로 개정된 것) 제13조(영농조합법인의 사업) 영농조합법인의 사업은 다음 각호와 같다.

2. 농업에 관련된 공동이용시설의 설치⦁운영

3. 농산물의 공동출하⦁가공 및 수출

5. 기타 영농조합법인의 목적달성을 위하여 정관으로 정하는 사업 제21조 (부대사업) 농업회사법인은 부대사업으로 다음 각호의 사업을 할 수 있다.

1. 영농에 필요한 자재의 생산⦁공급

2. 영농에 필요한 종자생산 및 종균배양사업

3. 농산물의 구매⦁비축사업

4. 농업기계 기타 장비의 임대⦁수리⦁보관사업

5. 소규모 관계시설의 수탁⦁관리사업 (5) 법인세법 시행규칙 제75조 [구분경리의 범위] ① 영 제156조의 규정에 의한 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산⦁부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 한다. 다만, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다. ➁법률에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 제1항과 제76조 제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 구분경리하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2004.12.22. 쟁점토지가 농업기반공사에 농촌용수개발사업지구로 수용되어 281,193,600원에 양도하고, 2004사업연도 법인세 신고시 쟁점토지의 양도차익인 쟁점금액 238,403,691원과 영농손실보상금 75,491,690원의 합계 313,895,381원을 ⌜조세특례제한법⌟ 제66조 제1항 및 같은 법 시행령 제63조 제1항의 '법인세가 면제되는 농업소득외의 소득'으로 보아 법인세 감면신청하였으나, 처분청은 ○○지방국세청장의 '2009년 감면법인 사후관리에 따라 법인세 감면신청에 대한 보정할 사항 제출안내'에 따라 청구법인이 2004사업연도 법인세 수정신고시 과세소득으로 신고하지 아니한 쟁점금액과 영농손실보금을 법인세가 면제되는 소득금액에서 제외하여 청구법인에게 2004사업연도 법인세 118,518,290원을 과세하겠다는 취지의 예고통지를 하자, 청구법인은 과세전적부심사를 제기하였고, 처분청은 영농손실보상금은 농업소득으로 인정하여 법인세를 면제하였으나 유형자산처분이익인 쟁점금액은 법인세가 면제되는 소득금액에 해당하지 아니한 것으로 보아 이 건 경정⦁고지한 사실이 심리자료에 나타난다.

(2) 청구법인의 2004사업연도 주식등변동상황명세서 및 조합원명부를 보면, 사업연도말 현재 총출자좌수 957,426좌(좌당 액면가액 10,000원)로서, 소액출자자 908.976좌(비농업인으로서, 조합에서 생산한 농⦁축산물을 매입할 수 있는 준조합원으로 확인됨), 영리법인(10개 법인의 준조합원) 출자자 17,750좌, 조합원 45인(농업인) 30,700좌로 구성되어 있는 것으로 확인된다.

(3) ⌜조세특례제한법⌟ 제66조 및 같은 법 시행령 제63조는 당초 영농조합법인의 소득 중 '농업소득(⌜지방세법⌟ 제197조에 의한 작물재배업소득)'의 경우 법인세를 전액 면제하고, '농업소득 외의 소득'은 인적 한도(조합원 1인당 12백만원) 내에서 법인세를 면제하되 일몰기한을 2003.12.31.(일몰기한은 2003.12.30. 법률 제7003호에 의하여 2006.12.31.로, 2006.12.30. 법률 제8146호에 의하여 2009.12.31.로 연장되었다)로 정하고 있다가, 2006.12.30. ⌜조세특례제한법⌟의, 2007.2.28. ⌜ 조세특례제한법 시행령⌟ 의 각 규정 개정을 통하여, 일몰기한을 "2009.12.31."로 연장하고, 법인세가 일부 면제되는 '농업소득 외의 소득'을 "⌜농업⦁농촌기본법 시행령⌟ 제13조에 규정된 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득"으로 한정하면서, 2007.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도 분부터 이를 적용하도록 하였는데, 2007년 개정세법해설(기획재정부)은 그 개정취지에 관하여 "한⦁미 FTA 추진 등과 관련하여 농⦁어업 경쟁력 강화를 위해 농⦁어업 분야에 대해 지원을 당분간 유지할 필요가 있고, 감면대상 소득은 영농조합법인의 설립근거 법률에서 허용하는 사업에서 발생한 소득에 한정됨을 명확히 규정"한 것이라고 밝히고 있다.

(4) 이에 대하여 처분청은, ⌜ 법인세법 시행규칙⌟ 제75조 및 같은 법 기본통칙 113-156…6에서 고정자산처분익을 감면배제 대상인 과세사업의 개별익금으로 구분하여 규정하고 있고, 2007.2.28. 개정된 ⌜ 조세특례제한법 시행령⌟ 제63조 제1항에서 영농조합법인의 농업소득외의 소득에 대하여 ⌜농업⦁농촌기본법 시행령⌟ 제13조에서 규정한 사업에서 발생한 소득으로 규정하고 있는 바, 이는 ⌜농업⦁농촌기본법⌟에서 규정한 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득에 대해서만 조세감면을 허용하겠다는 것으로서 개정 전 관련법령의 입법취지를 보충한 것에 불과하므로 고정자산처분익긴 쟁점금액을 영농조합법인의 사업에서 발생하는 농업소득외의 소득으로 볼 수 없다는 의견이다.

(5) 반면, 청구법인은 2007.2.28. 개정되기 전의 ⌜ 조세특례제한법 시행령⌟ 제63조 제1항에는 농업소득 외의 소득의 범위에 대하여 아무런 규정을 하고 있지 아니하였는 바, 공공기관에 의하여 수용됨에 따라 비자발적으로 매각한 쟁점토지는 농업의 토대임에도 불구하고, 2007.2.28. 개정된 ⌜ 조세특례제한법 시행령⌟ 제63조 제1항의 규정을 소급적용하여 쟁점금액을 법인세가 면제되는 소득금액에서 제외하는 것은 부당하다는 주장이다.

(6) 이상의 내용을 종합하여 살피건대, 2007.2.28. ⌜ 조세특례제한법 시행령⌟ 제63조 개정 전 사업연도분의 경우, 동 개정 이전에는 ⌜ 조세특례제한법 시행령⌟ 제63조 등이 영농조합법인의 소득 중 작물재배업에 의하지 않은 '농업소득 외의 소득'에 대하여 일률적으로 조합원 1인당 1,200만원까지 법인세를 면제하여 준다고만 규정하고 있을 뿐이고, 영농조합법인의 목적에 부합하는 사업에서 발생한 소득으로 면제 대상 소득을 구체적으로 규정하고 있지 않아 이 건의 경우 쟁점금액이 2004사업연도말 현재 조합원수 45명에 1인당 1,200만원을 곱한 금액 540,000,000원에 미달되어 2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정된 ⌜ 조세특례제한법 시행령⌟ 부칙 제2조에서 규정하는 개정규정의 적용시기(2007.1.1. 이후 개시하는 사업연도분부터 적용) 이전에 개시되는 사업연도에 발생한 소득의 경우에는 ⌜조세특례제한법⌟ 제66조에 따라 법인세가 일부 면제되는 '농업소득 외의 소득'으로 보아야 할 것이어서(국심 2003중1781, 2004.5.27. 같은 뜻), 처분청이 이를 부인하고 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 ⌜국세기본법⌟ 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.