토지관련 매입세액 해당 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 1998.2.1. 개업하여 폐기물중간처리업을 영위하고 있는 법인으로, 2008년 제2기 부가가치세 과세기간 중에 주식회사 ○○○○○(이하“○○○○○”라 한다)와 ○○ 폐기물 처리시설(변경)결정 및 실시계획 (변경)승인 용역계약(이하 “쟁점용역계약”이라 한다)을 체결하여, 그에 따른 환경영향평가용역을 제공받고 공급가액 2억원(이하 “쟁점용역비”라 한다)의 매입세금계산서 1매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 관련 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 쟁점용역비용을 토지(폐기물처리시설의 부지)의 조성 등을 위한 자본적지출로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 2010.1.11. 청구법인에게 2008년 제2기 부가가치세 24,028,000원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.2.11. 이의신청을 거쳐 2010.4.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인이 지출한 환경영향평가비용 등은 고유목적사업인 폐기물처리를 위하여 지출한 비용임에도 처분청에서는 토지의 취득 및 형질변경 등의 비용으로 보아 매입세액을 불공제하였는 바, 폐기물처리장으로 산지를 전용하게 되면 전용기간 만료 후에는 폐기물처리장을 산지로 원상복구하여야 하며 이를 담보하기 위하여 보험증권도 제출하였다. 따라서, 산지를 청구법인이 고유목적사업인 폐기물처리장으로 사용하다가 다시 산지로 원상회복하므로 지가상승 요인이 없음에도 처분청이 폐기물 처리시설의 변경계획이 이루어지면 다른 용도로 사용할 가능성도 배제할 수 없다는 점을 들어 환경영향 평가용역이 토지의 조성과 관련이 있다고 보아 쟁점용역비에 상당하는 매입세액을 토지관련 매입세액으로 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 ○○○○○와 계약한 쟁점용역계약은 폐기물처리시설부지를 추가(추가면적 65,192㎡)하기 위한 각종 환경평가, 교통평가, 도시계획시설 변경 승인 관련 용역으로 확인되며, 도시계획시설 변경승인이 나면 폐기물처리시설 부지 조성을 위한 대규모 토목공사로 기존 임야를 폐기물처리부지로 용도변경하여 폐기물 및 재활용골재를 보관할 수 있게 되어 토지의 이용가치가 높아질 것으로 예상되므로 쟁점용역비에 상당하는 매입세액을 토지관련 매입세액으로 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점용역비를 토지조성 등을 위한 자본적지출로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】 】①사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다.(단서 생략)

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 (2) 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】

⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정한 토지관련 매입세액”이라함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세경위를 보면, 청구법인이 2008년 제2기 부가가치세 과세기간 중에 ○○○○○로부터 쟁점세금계산서를 수취하여 관련매입세액을 공제하고 부가가치세를 신고한 데 대하여 처분청은 쟁점용역비는 토지의 가치를 증가시키는 자본적지출로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 2010.1.18. 청구법인에게 2008년 제2기 부가가치세 24,028,000원을 경정․고지한 사실이 심리자료에 나타난다.

(2) 청구법인은 폐기물처리장으로 산지를 전용하면 전용기간 만료후에는 폐기물처리장을 산지로 원상복구하여야 하며, 이를 담보하기 위하여 보험증권도 제출하였는 바, 이는 산지가 청구법인의 고유목적사업인 폐기물처리장으로 사용되다가 다시 산지로 원상회복되어 지가상승 요인이 없음에도 쟁점용역비와 관련한 매입세액을 토지관련매입세액으로 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인이 ○○○○○와 체결한 기술용역표준계약서(2008년 6월)에 의하면, 경상남도 ○○○ ○○○ ○○○-○번지 일원 150,316㎡(당초:85,214㎡, 추가:65,192㎡)에 ○○폐기물 처리시설(변경)결정 및 실시계획(변경)승인 용역과 관련 ○○○○○가 청구법인에 경관성, 교통성 사전환경성, 사전재해 영향성 검토를 하고 아래〈표〉와 같이 공급가액 3억 9,000만원을 지급받기로 약정한 사실이 나타난다. (단위: 백만원,%) 지불시기 지급비율 공급가액 부가가치세 지급일 1차기성금 51.2 200 20 시설결정 및 환경협의회 서류 접수시 2차기성금 25.6 100 10 실시계획 서류 접수시 준공금 23.2 90 9 승인시 계 100 390 39 (나) ○○시장이 청구법인에게 통보(2009.4.14.)한 ○○도시 관리계획 결정(변경) 및 지형도면 승인내용에 의하면, 건설폐기물 발생량의 증가로 기 결정된 폐기물처리시설이 포화상태가 되어 건설폐기물 및 부산물의 보관을 위한 보관장소의 확보와 기존 시설을 재검토하여 보다 체계적이고 효율적인 시설 설치를 위하여 승인한 것으로 나타난다. (다) 청구법인이 ○○시청에 제출(2009년 8월)한 ○○ 폐기물 처리시설(순환골재 자원화 시설) 조성사업 환경영향평가서에 의하면, 사업의 배경 및 목적이 기존의 폐기물처리시설 부지를 증설하여 건설폐기물을 적정처리하는 것으로 되어 있고, ○○시장이 청구법인에게 통보(2009.11.9.)한 ○○지구 폐기물처리시설 및 진입도로 개설공사 실시계획변경인가내용에 의하면, 사업의 부지면적은 당초 85,124㎡에서 135,055㎡로 49,931㎡ 증가하였으며, 사업기간은 당초 2002.8.10.~2009.12.31.에서 2002.8.10.~2012.12.31.로 3년간 연장되었고, 확장된 부지 49,931㎡ 중에는 원형보존 면적 29,410㎡가 포함된 것으로 나타난다. (라) 청구법인은 실시계획변경인가조건에 의거 대체산림자원조성비 116,073,490원을 납부하였고, 복구책임을 담보하기 위하여 보증보험회사에서 발급한 인허가보증보험증권을 ○○시에 제출하였으며, ○○시장이 고시(2009.11.9.)한 ○○도시계획사업 ○○지구 폐기물처리시설 및 진입도로 개설공사 실시계획변경인가조건에 의하면, 신청인은 산지전용 목적사업이 완료되거나 그 산지전용기간 등이 만료된 때에는 산지를 복구하여야 하며, 복구가 완료된 때에는 복구준공검사를 받아야 하는 것으로 나타난다. (마) 청구법인이 부산지방국세청장에게 한 이의신청시 담당세무공무원이 ○○시 ○○출장소 주민복지과에 확인한 바에 의하면, 산지전용기간이란 도시계획실시계획 인가기간으로 도시계획실시 준공예정일을 의미하고 복구의 의미는 산지전용기간까지 도시계획실시공사(토목공사 등)의 진행과정에서 발생하는 법면(절개지, 경사지 등)을 외관상 자연스럽게 보이도록 만드는 것이며, 전용된 토지(형질변경된 토지)를 전용 이전의 산지형태로 되돌리는 것은 아닌 것으로 회신한 사실이 심리자료에 나타난다. (바) 살피건대, 매이세액이 불공제되는 토지관련 매입세액은 부가가치세법시행령제60조 제6항의 규정에 의하여 토지의 취득 및 토지조성 등을 위한 자본적 지출 이외에도 토지의 형질변경 또는 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는데 관련된 매입세액도 해당하는 바, 청구법인이 쟁점용역비를 지급하고 제공받은 용역은 당해 산지를 전용하여 폐기물처리시설 부지확장 및 부지조성공사를 위한 것이 주된 내용인 것으로, 이는 이용효율을 높임으로써 현실적으로 토지의 가치를 증가시키기 위한 용역에 해당한다고 보이며, 위에서 본 바와 같이 이 건 ○○시의 실시계획변경인가조건에서 복구의 의미는 산지전용기간까지 도시계획실시 공사(토목공사 등)의 진행과정에서 발생하는 법면(절개지, 경사지 등)을 외관상 자연스럽게 보이도록 만드는 것으로 전용된 토지(형질변경된 토지)를 전용 이전의 산지형태로 되돌리는 것은 아닌 것으로 회신한 사실 등을 감안할 때, 쟁점용역비를 토지조성 등을 위한 자본적지출로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.(국심 2007중 3568, 2007.12.20. 참고)

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.