재건축조합원의 신축주택 감면대상 양도차익 계산

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1990.12.13.○○광역시 ○○구 ○○동 주공아파트 ○동 ○호(이하 “종전주택”라 한다)를 취득하였다가 재건축사업의 시행으로 인하여 이를 재건축조합에 양도하고, 2006.5.9.재건축조합으로부터 ○○광역시 ○○구 ○○동 ○아파트 ○동 ○호 (이하 “ 쟁점주택”이라 한다)을 분양받아 소유권 이전등기를 하였다가 같은 날 이를 양도한 후,2006.6.30. 양도소득세 과세표준 예정신고를 하면서 양도소득세 14,802,540원을 납부하였다.
• 나. 그 후 청구인은 2009.10.13. 처분청에 ‘쟁점주택은 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다)제99조의3에 의하여 양도소득세 감면대상인 신축주택에 해당하므로 이미 납부한 양도소득세를 환급하여야 한다’는 취지의 경정청구를 하였다.
• 다. 처분청은 2009.10.21. 청구인에게 ‘쟁점주택이 조특법 제99조의3에서 규정하는 신축주택에는 해당되나, 감면대상이 되는 양도소득금액이 없으므로 경정하여야 할 이유가 없다“는 뜻을 통지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2010.1.18. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 1990.12.31.종전주택을 취득하고, 종전주택의 재건축공사를 통해 2006.2.10. 완공된 쟁점주택을 2006.5.9. 양도하였는 바, 쟁점주택은 조특법 제99조의3에서 정하는 양도소득세 감면대상 신축주택에 해당하여 쟁점주택의 전체 양도소득금액에 대하여 양도소득세가 감면되어야 하는데 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 아래와 같은 이유로 부당하다. 첫째, 처분청은 신축주택 취득후 5년 이내에 양도함으로서 발생하는 소득금액을 신축주택 완공전에 발생한 소득금액과 신축주택 완공 후 발생한 소득으로 나누어 신축주택 완공후 발생한 소득금액에 대하여만 양도소득세가 감면된다고 해석하고 있으나, 조특법 제99조의3 제1항에서 신축주택을 취득한 후 5년 이내에 양도하는 경우 양도소득금액 전부를 감면하도록 규정하고 있을 뿐, 청구인과 같이 종전주택을 소유하다가 재건축사업을 통하여 쟁점주택을 취득한 경우 이를 구분하여 감면대상 소득을 산정하도록 규정하고 있지 아니하므로 처분청의 해석은 잘못이다 둘째, 처분청은 쟁점주택의 취득일부터 양도일 사이에 기준시가의 변동이 없으므로 쟁점주택의 취득 및 양도에 따른 소득금액이 없다는 의견이나, 조특법 시행령 제40조 제1항의 산식은 신축주택 취득일로부터 5년이 경과한 후에 사용하는 산식으로 5년이 경과되지 아니한 이 건에 위 산식을 적용하는 것은 잘못이다. 셋째, 소득세법시행령 제166조 의 양도차익 산정 규정은 2007.2.28. 종래의 기준시가 방식에서 실지거래가 방식으로 변경되었는데, 쟁점주택은 실거래가 양도차익 계산대상이므로 위 산식을 적용하는 것은 자의적인 세법해석에 해당된다.
• 나. 처분청 의견 쟁점주택이 조특법 제99조의 3에서 규정하는 양도소득세 감면대상 신축주택에는 해당되나, 청구인이 신고납부한 양도소득세는 종전주택을 취득할 당시(1990.12.31.)부터 쟁점주택을 양도할 당시(2006.5.9)까지의 양도차익에 대한 것으로, 종전주택을 취득할 당시부터 쟁점주택을 완공할 당시(2006.2.10.)까지는 양도차익이 발생하였으나, 쟁점주택이 완공되어 청구인이 취득할 당시(2006.2.10.)부터 쟁점주택을 양도할 당시(2006.5.9.)까지의 양도차익은 없는 것으로 확인되므로 이 건 양도소득세를 환급하여야 한다는 주장은 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁점 재건축사업으로 종전에 소유하던 주택을 재건축조합에 양도하고 조합원 주택을 취득하였다가 양도한 경우, 양도소득세 전체가 조세특례제한법 제99조의3 의 규정에 의하여 양도소득세 100% 감면대상에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제99조 의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법 제89조제1항제3호 에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

④ 제1항을 적용할 때 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령 (2008.2.29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것) 제99조 의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】

① 법 제99조의3제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역을 말한다. <신설 2002.12.30 부칙, 2005.2.19 부칙, 2009.2.4 부칙>

② 법 제99조의3제1항 각 호 외의 부분을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. <개정 2010.2.18 부칙>

③ 법 제99조의3제1항제1호에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다. <개정 2001.12.31 부칙, 2003.6.30 부칙, 2003.11.29 부칙, 2005.2.19 부칙, 2010.2.18 부칙>

1. 주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 "주택조합등"이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 "잔여주택"이라 한다)으로서 법 제99조의3제1항제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 이내에 주택조합등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원(도시 및 주거환경정비법 제48조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일(주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 주택법 제16조 의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합등이 조합원외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다. 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】

① 법 제43조제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 소득세법 제95조제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조제1항 의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} (3) 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. (4) 소득세법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19890호로 개정되기 전의 것) 제166조 【양도차익의 산정 등】

⑤ 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축건물 및 그 부수토지를 양도하는 경우 기준시가에 의한 양도차익은 다음 각호의 구분에 따라 계산한 양도차익의 합계액(청산금을 수령한 경우에는 이에 상당하는 양도차익을 차감한다)으로 한다.

1. 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일 전일까지의 양도차익: 관리처분계획인가일 전일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가(법 제99조제1항제1호의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다) － 기존건물과 그 부수토지의 취득일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가 － 기존건물과 그 부수토지의 필요경비(제163조제6항의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다)

2. 관리처분계획인가일부터 신축건물의 준공일(제162조제1항제4호의 규정에 의한 취득일을 말한다) 전일까지의 양도차익: 신축건물의 준공일 전일 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가 － 관리처분계획인가일 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가

3. 신축건물의 준공일부터 신축건물의 양도일까지의 양도차익: 신축건물의 양도일 현재의 신축건물과 그 부수토지의 기준시가 － 신축건물의 준공일 현재의 신축건물과 그 부수토지의 기준시가(신축주택의 양도일 현재 법 제99조제1항제1호 다목 및 라목의 규정에 의한 기준시가가 있는 경우에는 제164조제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 계산한 기준시가) － 신축건물과 그 부수토지(기존건물의 부수토지보다 증가된 부분에 한한다)의 필요경비

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1990.12.13. 종전주택을 취득하였고, 종전주택의 재건축공사를 통해 완공된 쟁점주택을 취득하였다가 양도하였는 바, 쟁점주택의 집합건축물대장 및 등기부등본 등에 의하면, 쟁점주택의 재건축공사 착공일은 2002.6.21이고, 사용승인일은 2006.2.10.이며, 청구인의 명의로 소유권 보존등기를 한 날은 2006.5.9.이고 쟁점주택의 양도일자는 소유권 보존등기일인 2006.5.9.로 확인된다.

(2) 한편, 구서주공아파트재건축조합(이하 “재건축조합”이라 한다)은 조합원에게 분양하고 남은 잔여세대에 대하여 2002년 12월경 조합원 이외의 자에게 분양을 실시하여 2003.1.3.부터 2003.1.6.까지의 기간 중 분양계약을 체결한 사실이 있는 것으로 나타난다.

(3) 청구인은 2006.5.9. 쟁점주택을 양도하고, 2006.6.30. 쟁점주택의 실지취득가액을 93,742,606원으로, 실지양도가액을 213,680,000원으로하여 이 건 양도소득세를 신고․납부하였다가, 2009.10.13. 처분청에 경정청구를 하였으며, 처분청은 2009.10.21. 청구인에게 경정청구에 대한 거부처분을 하였다.

(4) 이에 대하여 청구인은 쟁점주택이 조특법 제99조의3 제1항에서 규정한 신축주택에 해당되고, 이러한 신축주택을 5년 이내에 양도하는 경우 양도소득 전부를 감면하여야 하는데도 처분청이 청구인의 환급신청을 거부한 처분은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 조특법 제99조의3 제1항에서 신축주택의 취득일부터 5년이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 양도소득세의 100분의 100을 감면하도록 규정하였는 바, 쟁점주택이 조특법 제99조의 3 제1항의 신축주택에 해당된다는 점에 대하여는 다툼이 없으나, 재건축사업으로 인하여 조합원이 조합용 주택을 취득하는 경우 사용승인이나 사용검사를 받은 날이 취득일이 되는 것이므로, 양도소득세의 감면대상이 되는 취득일부터 5년 이내에 발생하는 소득이라 함은 신축주택의 취득일로부터 양도시까지 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 할 것이다. (나) 또한, 쟁점주택 양도당시의 소득세법 시행령 제166조 제5항 에서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축건물 및 그 부수토지를 양도하는 경우의 기준시가에 의한 양도차익은 ① 기존건물과 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일 전일까지의 양도차익 ② 관리처분계획인가일부터 신축건물의 준공일 전일까지의 양도차익 ③ 신축건물 준공일부터 양도일까지의 양도차익으로 나누어 계산하도록 규정하여고, 그 이후에 개정된 소득세법 시행령 제166조 제2항 에서도 관리처분계획인가전의 양도차익과 그 후의 양도차익을 구분계산하여 양도차익을 산정하도록 규정하고 있음에 비추어 보면, 조특법 제99조의3 제1항의 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득이라 함은 위 ③의 기간에 발생한 양도차익을 의미한다고 할 것이다. (다) 이 건의 경우, 청구인이 종전주택을 취득한 날은 1999.12.13.이고, 관리처분인가일은 2002.6.21.이며, 재건축조합의 조합원인 청구인이 신축주택인 쟁점주택을 취득한 날은 쟁점주택의 사용승인일인 2006.2.10.로 보아야 하고, 양도한 날은 2006.5.9.로 확인되므로, 조특법 제99조의3 제1하의 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득이라 함은 2006.2.10.부터 2006.5.9.까지의 사이에 발생한 소득을 의미한다고 할 것인데, 청구인 또한 이 건 양도소득 과세표준 예정신고를 하면서 당초 종전주택과 쟁점주택의 전체 양도차익을 1999.12.13.부터 2006.2.9.까지의 양도차익과 2006.2.10.부터 2006.5.9.까지의 양도차익으로 나누어 2006.2.10.부터 2006.5.9.까지의 양도차익을 △1,243,208원으로 계산한 바 있고, 처분청 또한 2006.2.10.부터 2006.5.9. 까지 약 3개월간 기준시가의 변동이 없이 비용만 발생하였으므로 양도차익이 없는 것으로 보았으며, 이후 청구인이 2006.2.10.부터 2006.5.9. 까지의 기간 중에 발생한 양도차익이 있었다는 점에 대하여 신빙성있는 증빙자료를 제시하지 못하고 있으므로 청구인에게는 신축주택인 쟁점주택의 취득 및 양도와 관련하여서는 감면대상소득이 없다고 보아야 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점주택에 대하여 감면대상이 되는 양도소득이 없는 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2010. 9. 17. 주심조세심판관 이 당 영