이월과세적용신청서를 기한내 제출하지 아니한 경우

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2006.1.10. 개인기업을 법인으로 전환하면서 ○○○ 대지 1,652㎡ 및 기타건물 1,243.31㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 사업양수도 방식으로 (주)○○○에 양도하고 확정신고를 하지 아니하였다가, 2009.5.11. 기한후신고를 하면서 조세특례제한법 제32조 의 규정에 의한법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세적용신청서를 제출하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 쟁점부동산을 양도하고 확정신고 기한내 이월과세적용신청 서를 제출하지 아니하였다 하여 양도소득세의 이월과세를 배제하고 2009.11.10. 청 구인에게 2006년 귀속 양도소득세 65,426,500원을 결정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.12.15. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 개인기업을 법인으로 전환하기 위하여 사업양수도 방식으로 쟁점부동산 을 (주)○○○에 양도하면서 실무상의 착오로 이월과세적용신청서를 미처 제출하 지 못하였지만 조세특례제한법 제32조 (법인전환에 대한 양도소득세의 이월과 세)의 입법취지가 개인기업의 법인전환을 적극적으로 유도하기 위한 것임을 감안 할 때, 단순히 이월과세적용신청서를 기한내 제출하지 아니하였다는 이유로 법인 전환에 대한 양도소득세의 이월과세를 배제한 처분은 가혹하므로 이월과세를 적용 하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세는 조세감면과는 달리 납세자가 개인에서 법인으로 변경되어 조세가 개인에서 법인으로 전가되는 문제가 있어 납세자의 명확한 의사표시가 요구되는 것이므로 이월과세적용신청서를 기한내 제출하지 아니하여 이월과세의 적용을 배제한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 양도소득세의 이월과세적용신청서를 기한내 제출하지 아니하였다 하여 이월과 세의 적용을 배제한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 조세특례제한법 제2조【정의】 ① 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

6. “이월과세”라 함은 개인이 당해 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 “종전사업용고정자산 등”이라 한다)을 법인에게 현물출자 등을 통하 여 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대하여는 소득세법 제94조 의 규정에 의 한 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 당해 사업용고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 종전 사업용고정자산 등을 동 법인에게 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자 산이 없다고 보아 계산한 동법 제104조의 규정에 의한 양도소득산출세액 상당 액을 법인세로 납부하는 것을 말한다. 제32조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령이 정하는 사업양수도방법에 의하여 법인(소비성서비스업 을 영위하는 법인을 제외한다)으로 전환하는 경우 당해 사업용고정자산에 대하여 는 이월과세를 적용받을 수 있다.

② 제1항의 규정은 새로이 설립되는 법인의 자본금이 대통령령이 정하는 금액 이 상인 경우에 한하여 이를 적용한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 거주자는 대통령령이 정하는 바에 따라 이월 과세적용신청을 하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제29조【법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세】② 법 제32조 제1항에서 “대통 령령이 정하는 사업양수도방법”이라 함은 법인설립일부터 소급하여 1년 이상 당해 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제4항의 규정에 의한 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3월 이내에 당해 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.

③ 법 제32조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자 또는 사업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신 고를 포함한다)시 새로이 설립되는 법인과 함께 재정경제부령이 정하는 이월과세적 용신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 법 제32조 제2항에서 “대통령령이 정하는 금액”이라 함은 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28 조 제1항 제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2006.1.10. 개인기업을 법인으로 전환하면서 쟁점부동산을 사업양수 도 방식으로 (주)○○○에 양도하고 이월과세적용신청서를 제출하지 아니하였다가 2009.5.11. 기한후신고를 하면서 조세특례제한법 제32조 의 규정에 의한법인 전환에 대한 양도소득세의 이월과세적용신청서를 제출한 사실이 양도소득세 기한 후신고서 및 이월과세신청서 등에 나타난다.

(2) 처분청은 청구인이 확정신고 기한내 이월과세적용신청서를 제출하지 아니하였 다 하여 이월과세를 배제하고 이 건 과세한 사실이 경정결의서 등 심리자료에 나타 난다.

(3) 청구인은 개인기업을 법인으로 전환하기 위하여 사업양수도 방식으로 쟁점부 동산을 (주)○○○에 양도하면서 실무상의 착오로 이월과세적용신청서를 미처 제출 하지 못하였지만 조세특례제한법의 법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세 제 도의 입법취지가 개인기업의 법인전환을 적극적으로 유도하기 위한 것임을 감안할 때, 단순히 이월과세적용신청서를 과세표준 확정신고 기한내 제출하지 아니하였다 하여 이월과세를 배제한 처분은 가혹하므로 이월과세를 적용하여야 한다고 주장하 고 있고, 세무대리인 공인회계사 이○○○는 2010.2.10. 조세심판관회의에 출석하 여 청구주장과 동일한 취지로 의견진술을 하였다.

(4) 살피건대, 청구인은 이월과세적용신청서를 적법한 신고기한내 제출하지 못하였 다 하여 이월과세를 배제한 처분이 부당하다고 주장하나, 조세특례제한법 제32조 제1항 의 규정에 의하면, 거주자가 사업용 고정자산을 현 물출자하여 법인으로 전환하는 경우 당해 사업용 고정자산에 대하여는 이월과세를 적용받을 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제29조 제3항의 규정에 의하 면, 법 제32조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세 이월과세를 적용받고자 하는 자 는 현물출자한 날이 속하는 과세연도의 과세표준 신고시 새로이 설립되는 법인과 함께 이월과세적용신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다고 규정하고 있다. 조세감면의 경우 감면요건을 충족하는 경우에는 감면신청을 하지 아니하더라도 감 면대상이 되는 것으로 해석함으로써 위 기한내 제출규정을 단순한 협력의무에 불과 한 것으로 보고 있으나, 이 건은 조세감면이 아닌 이월과세에 관한 것으로 조세감면의 경우 납세자가 변경 되지 아니하지만 이월과세의 경우 납세자가 개인에서 법인으로 변경되어 부과하여 야 할 조세가 개인에서 법인으로 전가되는 문제가 있기 때문에 납세자의 명확한 의 사표시가 요구되는 점을 감안할 때, 이월과세적용신청서의 기한(당해 과세연도의 과세표준 확정신고)내 제출규정을 납 세자의 단순한 협력의무로 보기보다는 최소한 당해 과세연도 과세표준 확정신고시 까지 납세자가 이를 선택하도록 한 것으로 봄이 타당하다 하겠다 따라서, 청구인이 쟁점부동산을 양도하고 확정신고 기한내 이월과세적용신청서를 제출하지 아니하였다 하여 이월과세의 적용을 배제한 처분은 달리 잘못이 없는 것 으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.