비영리법인이 수익사업에 사용하지 아니한 자산이 사외유출된 경우 소득처분대상임

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2004.5.17. 송○○○(청구법인의 재단이사장)으로부터 토지 및 건물과 예금을 출연받아 설립된 ○○○에 소재하는 의료법인으로서, 같은 곳 소재 ○○○을 운영중에 있으며, 2005.6.24. 취득한 ○○○ 토지 1,261m2 및 건물 3,848.77m2, 같은 동 666-2 토지 390m2, 같은 동 666-3 토지 192m2(이하 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 2006.7.20. 2,350,000,000원에 양도한 것으로 2006사업연도 법인세 과세표준을 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 쟁점부동산을 3,150,000,000원에 양도하고800,000,000원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 신고누락하였다 하여 익금산입하여 2006사업연도 법인세 194,744,290원을 경정·고지하고, 2010.6.16. 쟁점금액을 이사장 서○○○이 사용하였다 하여 그 귀속자에게 상여로 소득처분하여 청구법인에게 이 건 소득금액변동통지를 하였다.
• 다. 청구법인 이에 불복하여 2010.9.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 비영리법인의 고정자산처분수입 등 수익사업의 경우 장부 비치·기장의무가 없어 재무제표와 세무조정계산서의 제출의무를 부여하고 있지 않으므로 세무조정 및 그에 따르는 소득처분이 요구되지 않으며, 자산양도소득에 대하여 소득세법상 양도소득 과세표준산정방식으로 법인세를 신고납부하도록 하여 해당 자산양도소득의 경정시에도 양도소득 과세표준산정방식으로 적용되므로 소득처분규정이 적용되지 않는 과세체계를 구비하고 있고, 법인세법상 소득처분인 상여는 기업회계상 순이익으로 계상되어야 할 금액을 상여로 처분된 것으로 보는 것이나, 법인세법에서는 비영리법인의 고정자산처분수익을 포함한 모든 수익사업에 대하여 소득처분이 적용되는 것으로 규정하고 있어 해석상 서로 상충되는바, 입법 연혁적으로 법인세법상 비영리내국법인에게도 소득처분이 영리법인과 동일하게 적용된다는 것은 당초 비영리법인의 사업으로 인한 수익사업에만 법인세가 과세되던 시기에 규정된 것으로 고정자산의 처분익 등에 대한 과세범위가 확대된 현행 규정에 비추어 해석하면 이를 사업으로 인한 수익사업에 한정하여 적용되는 것으로 해석해야 하며, 비영리법인의 보수 없는 임원에게 고정자산처분수익에 대한 상여처분을 일률적으로 적용하는 경우에 당해 임원은 근로를 제공한 것이 아니기 때문에 위법하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 수익사업인 의료업을 영위하기 위하여 쟁점부동산을 취득 후 동 부동산 소재지에 의료업을 위한 지점 사업자등록을 개설한 점 등으로 보아 쟁점부동산은 법인세법 제3조 제3항 제1호 의 수익사업에 포함된다고 판단되는바, 수익사업이 없는 비영리법인의 고정자산처분수익에 대한 소득세법 제92조 의 준용여부는 법인의 선택에 의할 것이고, 같은 법 같은 조를 준용한 경우 자산양도소득은 각사업연도 소득금액에 포함되지 않는다고 명시되어 있으나, 수익사업이 있는 비영리법인의 자산양도소득은 법인세법 제62조 에 의거한 신고대상으로서, 이때 각사업연도 소득금액 계산에 누락된 익금산입액은 법인세법 제67조 및 같은 법시행령 제106조에 의거 소득처분대상이 되는 것이며, 청구법인은 수익사업이 있는 비영리법인으로서 기업회계기준에 의거 순이익을 산정하였으므로 이에 대한 소득처분은 정당하고, 서○○○은 청구법인으로부터 급여를 수령하고 있으므로 보수를 받지 않는 임원에게 상여처분을 하였다는 청구인의 주장은 타당성이 없으며, 설령, 청구법인의 주장을 수용한다고 하더라도 서○○○은 청구법인의 이사장으로 있으면서 쟁점부동산 양도시 부동산에 대한 실제 매매가액 3,150,000,000원에 대한 부동산매매계약서 외에 2,350,000,000원에 대한 허위의 매매계약서를 추가로 작성하여 차액 800,000,000원의 이익을 취하였으므로 이는 소득세법 제21조 (기타소득) 제1항 제13호 또는 같은 항 제24호의 소득으로 과세되어야 할 것이다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산의 양도대금 과소신고액(쟁점금액)에 대해 귀속자(이사장)에게 상여처분하여 소득금액변동통지한 것이 적법한지 여부
• 나. 관련법령

(1) 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】① 법인세는 다음 각호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다.

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다 제113조 【구분경리】① 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다. (2) 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】② 법 제3조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. 제106조 【소득처분】① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것

• 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 의료법인 허가 신청서류 등에 의하면, 청구법인은 송○○○ 소재 토지 및 건물을, 서○○○이 예금 200,000,000원을 출연하여 2004.5.17. 설립등기하였고, 서○○○을 운영하고 있는바, 출연재산 목록은 아래와 같다.

○○○

(2) 제출된 심리자료에 의하면, 청구법인은 의료법인 지점설립을 목적으로 2005.6.24. 쟁점부동산을 1,936,800,000원에 경락받아 취득대금 중 1,500,000,000원은 당해 부동산에 대한 대출금, 나머지 금액은 서○○○으로부터 가수금을 차입하여 취득한 것으로 나타나는바, 쟁점부동산의 등기부등본을 보면 2005.6.24. 임의경매로 인한 매각을 원인으로 청구법인 명의로 소유권이전등기 되었으며, 같은 날짜에 청구법인을 채무자로 하여 ○○○으로부터 채권최고액 2,000,000,000원의 근저당권이 설정되었고, 청구법인 명의 ○○○으로부터 350,000,000원 및 ○○○의 대출금 1,500,000,000원 등이 입금된 후, 동일자에 1,846,209,800원이 이체되었으며, 가수금계정 원장 등을 보면, 2005.5.25.자 서○○○의 가수금 160,000,000원은 ‘지산동 건물구입 계약금’, 2005.6.24.자 서○○○의 가수금 350,000,000원은 ‘지산동 건물구입 잔금’으로 기재되어 있다.

(3) 사업자등록증 등에 의하면, 청구법인은 2005.7.29. 쟁점부동산 소재지에 분사무소 설치 등기후, 2005.11.10. 폐지 등기하였으며, 2005.12.15. 지점사업자등록(업태 보건/종목 일반병원)을 하였다가, 의료법인의 지점설립 허가가 나지 않자 기본재산처분허가를 ○○○으로부터 득한 후, 쟁점부동산을 2006.7.20. 김○○○에게 양도하였으며, 2006.8.23. 지점사업자등록을 폐업신고한 것으로 나타난다.

(4) 매매계약서 등에 의하면, 청구법인은 2006.7.20. 쟁점부동산 양도시 매매계약서 2부의 양도가액을 3,150,000,000원과 2,350,000,000원으로 작성하고 그 차액 800,000,000원을 서○○○이 수령하였으며, 2006사업연도 법인세 신고시 제출한 신고서류 및 관련 장부 등을 보면, 청구법인은 수익사업을 영위하는 비영리법인으로 쟁점부동산의 양도차익을 유형자산처분이익으로 하여 법인세법 제60조 의 규정에 의거 법인세 과세표준을 신고한 것으로 나타난다.

(5) 관련 법령 및 위 사실관계를 종합하면, 청구법인은 비영리법인이 수익사업에 사용하지 아니한 자산의 양도소득 과소신고액 등은 상여처분 대상이 아니라고 주장하나, 청구법인이 수익사업인 의료업을 영위하기 위하여 쟁점부동산을 취득하고 쟁점부동산 소재지에 의료업을 위한 지점 사업자등록을 하였으며, 쟁점부동산을 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하였을 뿐만 아니라, 쟁점부동산의 취득 및 양도에 대해 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것으로 구분경리한 것으로도 확인되지 않는 점 등으로 보아 쟁점부동산의 양도소득은 법인세법 제3조 제2항 제5호 에 규정된 소득으로 보이고, 법인세법 제67조 (소득처분)에서 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액이 사외유출된 경우 그 귀속자에게 소득처분하도록 규정하고 있는바, 청구법인이 공익법인이라 하여 사외유출된 금액을 달리 볼 것은 아니라 할 것이므로○○○ 쟁점금액이 상여처분 대상이 아니라는 청구법인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 보인다. 따라서, 처분청이 쟁점금액을 청구법인 이사장인 서○○○이 사용하였다 하여 그 귀속자에게 상여로 소득처분하여 2010.6.16. 청구법인에게 소득금액변동통지한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.