쟁점농지를 자경하지 아니한 것으로 보아 양도소득세 감면을 배제하고, 쟁점농지를 비사업용 토지로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 정당함(기각)

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1999.3.5. ○○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○외 4필지 17,530.3㎡를 취득하였다가 2008.5.27. 같은 리 ○○-1 전 16,761㎡(이하 “쟁점농지”라 한다), 같은리 ○○ 대지 581㎡ 및 건물 188.3㎡ 등 17,530.3㎡ 전부를 양도하고, 양도소득세 신고시 쟁점농지가 조세특례제한법제69조의 규정에 의한 8년 이상 자경농지에 해당하는 것으로 하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면 신청하였다.
• 나. ○○○세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 청구인에 대하여 양도소득세 실지조사를 한 결과, 청구인이 조세특례제한법령에서 규정하는 자경농민의 요건에 해당하지 아니한다는 이유로 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 부인함과 동시에 쟁점농지를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 부인하고 양도소득세 중과세율(양도소득과세표준의 100분의 60)을 적용하여 2010.7.5. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 255,884,790원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.07.29. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점농지 매입 후 묘목운반을 위한 도로를 개설하였고, 조세특례제한법시행령제66조 제12항이 2006.2.9. 대통령령 제19329호로 신설되기 전에는 일손이 많이 필요하지 아니한 일본식의 새로운 관리농법을 적용하여 1년에 1~2회 농약을 살포하는 등의 방법으로 은행나무 500주, 느티나무 270주, 왕벚나무 76주의 묘목을 청구인의 책임 하에 식재․재배하였으며, 2006.2.9. 이후에는 중국에 설립한 법인을 관리하기 위하여 자주해외에 체류하였으나, 국내에 있는 동안에는 양도 시까지 쟁점농지와 4㎞ 거리에 위치한 청구인의 사업장에서 쟁점농지를 오가며 청구인의 노동력만으로 8년생 이상으로 성장한 나무들을 재배․관리한 사실이 청구외 이○○ 등 7명의 확인서 및 농지원부에 의하여 확인되고, 서울행정법원 판결서(2009.9.23. 선고 2009구단3432판결)에 의하면,조세특례제한법시행령제66조 제12항(2006.2.9.대통령령 제19329호로 신설)은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작에 상시 종사하지 아니하거나 농업 이외의 다른 직업을 가진 상태에서 농작업의 1/2이상을 타인을 고용하여 그 노동력으로 경작한 경우 이를 이 사건 특례규정의 적용대상에서 제외하기 위한 취지에서 마련된 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 거주자가 농지 소재지에서 상시 거주하면서 생계와 세대를 같이 하는 가족과 함께 농지를 경작한 경우에는 이 사건 특례규정에서 정한 농지를 ‘직접 경작’한 경우에 포함된다고 해석함이 상당한 것으로 판시하고 있을 뿐만 아니라, 국세기본법제18조(세법해석의 기준 및 소급과세의 금지) 제3항은 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있으므로, 처분청이 쟁점농지의 양도에 대하여 청구인이 2분의 1 이상의 자기 노동력으로 쟁점농지를 경작하지 아니하였다는 이유로 8년 자경에 따른 양도소득세 감면을 배제하고 쟁점농지를 비사업용 토지로 보아 과세한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 시행령제66조 제12항에서 “직접경작”의 개념을 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생(多年生) 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것으로 규정하고 있으며, 청구외 장○○이 묘목관리인으로서 약 5년간 쟁점농지에서 일당 또는 월급을 받고 묘목을 재배․관리한 사실에 대하여는 청구인도 이를 다투지 아니하고, 청구인이 쟁점농지 보유기간 중 ○○남도 ○○군과 ○○북도 ○○군에서 낚시용품 제조업체 대표로 재직한 고액연봉자이고 법인의 사업과 관련하여 2004년부터 2007년까지 연 간 200일 이상 해외에 체류한 사실이 출입국에 관한 사실증명에 의거 확인되므로 청구인의 주장은 이유가 없다.

• 가. 쟁 점 청구인이 쟁점농지를 자경하지 아니한 것으로 보아 조세특례제한법제69조의 규정에 의한 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하고, 쟁점 농지를 비사업용 토지로 보아 양도소득세를 부과한 처분의 당부.
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 (2008.6.5. 법률 제9088호로 개정되기 전의 것) 제69조【자경농지에 대한 양도소득세 감면】

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 및 농지관리기금법에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세․감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.(단서 생략) (2) 조세특례제한법 시행령 (2008.6.20. 대통령령 제20854호로 개정되기 전의 것) 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제69조제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자"라 함은 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농촌공사(이하 이 조에서 "한국농촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 토지"라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

⑫ 법 제69조제1항에서 "직접 경작"이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(다년성)식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다. 부칙 (제19329호,2006.2.9) 제10조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면에 관한 적용례】 제66조제11항 및 제12항의 개정규정은 이 영 시행 후 양도하는 분부터 적용한다.

(3) 소득세법 (2008.12.26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것) 제95조【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제1항제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 다음 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 제104조 【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 당해년도의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. 2의7. 제104조의 3의 규정에 의한 비사업용 토지 양도소득과세표준의 100분의 60 제104조 의3 【비사업용 토지의 범위】

① 제96조제2항 8호 및 제104조 제1항 제2호의7에서 "비사업용 토지"라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 "비사업용 토지"라 한다)를 말한다.

1. 전·답 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

• 가. 대통령령이 정하는 바에 의하여 소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 농지법 그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.

(4) 소득세법시행령 (2008.7.24. 대통령령 제20931호로 개정되기 전의 것) 제168조의6 【비사업용 토지의 기간기준】 법 제104조의3제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령이 정하는 기간"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

• 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간
• 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
• 다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. 제168조의8 【농지의 범위 등】

① 법 제104조의3제1항제1호에서 "농지"라 함은 전·답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소(지소)·농도·수로 등의 토지 부분을 포함한다.

② 법 제104조의3제1항제1호 가목 본문에서 "소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지"라 함은 농지의 소재지와 동일한 시·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 연접한 시·군·구 또는 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내에 있는 지역에 주민등록이 되어 있고 사실상 거주(이하 "재촌"이라 한다)하는 자가 농지법 제2조제5호 의 규정에 따른 자경(이하 "자경"이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다. 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 5.“자경(自耕)”이란 농업인이 그 소유농지에서 농작물 경작 또는 다년생식물 재배에 상시 종사하거나 농작업(農作業)의 2분의 1 이상을 자기의 노동력으로 경작하거나 다년생식물을 재배하는 것을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구인이 쟁점농지를 2분의 1 이상의 자기 노동력으로 경작하지 아니하였다는 이유로 8년 자경에 따른 양도소득세 감면을 부인하여 과세한바, 그 과세근거를 본다. (가) 우선, 국세통합전산망에 의거 확인되는 청구인이 대표자인 법인의 법인세 신고내역(<표1>) 및 청구인의 근로소득 내역(<표2>)은 아래와 같다. <표1>청구인이 대표자인 법인의 법인세 신고내역 (단위:백만원) 법인명 대표자 업종 사업연도 수입금액 소득금액 (주)AA 청구인 제조도매 낚시대 외 2004~2008 69,760 7,403 (주)BB 청구인 제조 낚시대 2004~2008 18,452 2,037 합계 88,212 9,440 <표2>청구인의 근로소득 내역 (단위:백만원) 법인명 대표자 근로소득수입금액 2004 2005 2006 2007 2008 계 (주)AA 청구인 82 81 86 108 109 466 (주)BB 청구인 74 86 79 101 101 441 합계 156 167 165 209 210 907 (나) 출입국에 관한 사실증명(행정정보공동이용망)에 의하여 확인되는 청구인의 연도별 해외체제일수는 아래 <표3>과 같다. <표3> 청구인의 연도별 해외체제일수 연도 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 일수 119 106 104 110 121 216 231 289 301 105 (다) 처분청이 실지조사시 징취한 인근주민의 확인서에 의하면, 청구외 장○○(1939년생)은 2000년부터 2006년까지 쟁점농지에서 매일 오전 7시30분부터 저녁 6시까지 관상수를 관리하면서 청구인으로부터 월급 90만원을 현금으로 수령하였고, 주업무는 잡초제거 및 전지작업이었으며 청구인은 한 달에 평균 4~5회 정도 방문하여 작업을 지시하였다고 진술하였고, 청구외 배○○(1941년생)은 청구인이 일주일에 한 두 번 방문․관리하였으며 주말에는 (주)AA의 직원들이 잡초를 제거한 적도 있다고 진술하였다.

(2) 청구인은 2006.2.9. 이전에는 장○○과 함께 나무를 재배하였고, 그 이후에는 스스로의 노동력으로 경작하였다고 주장하면서 농지원부 등을 증빙으로 제출한 바, 이에 대하여 본다. (가) 청구인의 농지원부의 기재내용은 아래 <표4>와 같다. <표4>농지원부 지목 면적(㎡) 경작구분 소유자 주재배 작물 기록변경 공부 실제 일자 변경사유 전 전 16,761 자경 청구인 관상수 2000.5.17 현재 (나) 쟁점농지 인근주민 장○○ 등 7인이 작성한 확인서(2010.5.26~2010.5.28)에 의하면, 장○○은 쟁점농지에서 매년 4월부터 10월까지 주6일, 11월부터 익년 3월까지 주2일씩 2005년 10월경까지 근무하면서 약 850여 그루의 관상수에 물을 주거나 잡초뽑기 등 잡일을 주로 하였다고 진술하였고, 청구인으로부터 관상수를 매입한 조경사업자 청구외 송○○(○○조경)은 청구인이 1999년 3월경에 묘목을 식재한 후 2008년 5월 말까지 관상수를 재배하였다고 진술하였으며, 청구인의 운전기사 김○○은 청구인이 국내에 있을 때 거의매일 쟁점농지에 가서 나무관리 작업을 하였고 장○○이 그만 둔 2005년 10월경부터는 청구인의 노동력만으로 재배하였다고 진술하였다. (다) 중고농기계 매매계약서(2008.2.2)에는 청구인이 청구외 허○○로부터 중고 경운기 및 트랙터 각1대를 구입한 것으로 기재되어 있다.

(3) 살피건데, 조세특례제한법 제69조 제1항 의 규정을 적용받을 수 있는 자경농지는 농지소재지에 거주하면서 자기가 직접 농작물을 경작하거나 자기책임 하에 농사를 지은 농지로서 위탁경영하거나 대리경작 또는 임대차한 농지는 제외되고, 동 조항에서 8년 이상 계속하여 직접 경작한 토지라 함은 같은 법 시행령 제66조 제12항에서 규정하는 바, 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 경우를 말하는 것이며, 2006.2.9. 대통령령 제19329호로 신설된 조세특례제한법 시행령제66조 제12항은 같은 시행령 부칙(2006.2.9.대통령령 제19329호) 제10조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면에 관한 적용례)에 따라 동 시행령의 시행일 이후 양도하는 분부터 적용되는 바, 청구인이 2006.2.9. 이전에는 장○○이 청구인으로부터 급여를 받고 쟁점농지를 경작한 것에 다툼이 없고, 그 이후에도 청구인의 쟁점농지를 자경한 것으로 볼 만한 명백하고 객관적인 증빙이 있다고 할 수 없을 뿐만 아니라, 쟁점농지가 비사업용에서 제외되기 위해서는 소득세법 시행령제168조의 6에서 규정하는 요건 즉, 양도일 직전 5년 중 3년 이상 경작 또는 양도일 직전 3년 중 2년 이상 경작 또는 농지 소유기간의 100분의 80 이상에 상당하는 기간을 자경하여야 하는 바, 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다 할 것이어서, 처분청이 쟁점농지의 양도에 대하여 8년 자경에 따른 양도소득세 감면을 배제하여 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.(조심 2009서3963, 200912.30. 등 다수 참고).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.