중소기업간의 통합에 대한 양도소득세 등의 이월과세 해당 여부

심판청구를 기각한다.

○○○(이하 “쟁점사업장”이라 한다)에서 ○○○ 영위하던 사업자로서 ○○○ 공장용지 10,651㎡ 및 공장건물, 기숙사, 사무실 합계 2,935.59㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 포함한 사업용 자산 및 부채 전부를 2007.6.30.을 기준으로 청구법인에게 현물출자하고,조세특례제한법제31조의 중소기업간의 통합에 의한 이월과세규정을 적용하여 양도소득세를 신고하였다. 청구법인은 2008.8.14. ○○○로부터 현물출자 받은 쟁점부동산을 임의경매로 매각하였으나 이월과세된 양도소득세 상당액을 신고누락하였고, 이에 대하여 처분청은 2010.2.12. 청구법인에게 2008사업연도 법인세 167,135,990원을 경정·고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.2.18. 이의신청을 거쳐 2010.6.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2006.2.13. ○○○ 사업장으로 설립등기하였다가 2007.5.29. 쟁점사업장으로 법인소재지를 이전하고 2007.6.8. 처분청에 신규로 사업자등록을 한 법인으로, 2007.6.14. 이전에는 전혀 사업을 하지 아니한 휴업상태였으므로 설립 후 1년이 경과하지 아니한 법인이 출자자인 개인의 사업을 승계하는 것은 통합으로 보지 아니한다는 조세특례제한법 시행령제28조 제1항 및 법인 설립 후 1년이 경과하였다 하더라도 조세의무를 면탈하기 위하여 휴업기간이 있는 경우에는 그 휴업기간을 제외하는 것이라는 관련 예규(서일 46014-10940, 2003.7.18.)에 따라 청구법인은 휴업기간을 제외하면 법인설립 후 1년의 경과요건을 충족하지 못하였으므로 남경아의 양도소득세는조세특례제한법제31조의 이월과세규정에 해당되지 아니한다. 또한, 조세특례제한법 시행령제28조에 통합으로 소멸되는 중소기업 사업장의 사업에 관한 주된 자산 모두를 승계하여 사업의 동질성이 유지되어야 함에도 청구법인은 통합 이후 쟁점부동산에 대하여 소유권이전등기는 하였으나 담보로 설정된 차입금 4억 3,000만원의 승계문제로 사업을 하지 못하다가 ○○○의 모든 자산인 토지, 건물, 기계장치 등이 2008.8.14. 임의경매로 처분되어 ○○○의 개인채무를 상환하는데 사용되어 자산을 하나도 승계하지 못하여 사업을 전혀 영위할 수 없었고, 따라서 중소기업간의 통합에 대한 이월과세규정을 충족하지 못하였으므로 청구법인에게 남경아의 양도소득세 이월과세 상당액을 법인세로 과세한 처분은 부당하다.

(2) ○○○ 당시 청구법인의 이사로 등재되어 있고 청구법인의 전체주식의 약 84%를 보유하고 있는 최대주주이므로 청구법인에게 부과된 이 건 법인세는국세기본법상 2차 납세의무자인 ○○○에게 부과되는 것이 타당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 2006.2.13. 법인설립 후 2007.6.8. 사업자등록을 하였기 때문에 설립일 이후부터 사업자등록일까지를 휴업기간으로 보면 조세특례제한법 시행령제28조 제1항에 의하여 통합일인 2007.6.30. 기준으로 양도소득세 이월과세요건인 ‘설립 후 1년 경과’ 요건을 충족하지 못하였다고 주장하나, 법인이 설립된 후 단순히 사업자등록을 늦게 하였다는 사실만으로 그 사이 기간을 휴업기간으로 보기는 어렵고, 청구법인이 휴업에 대한 해석으로 주장하는 예규에서도 조세의무를 면탈하기 위한 휴업기간을 제외하도록 되어 있는 바, 청구법인의 경우에는 이에 해당하지 아니하므로 당초 ○○○의 양도소득세 이월과세는 적법한 것으로 판단된다. 또한, 중소기업간의 통합으로 소멸하는 중소기업 사업장의 사업에 관한 주된 자산 모두를 승계하여 당해 사업의 동일성이 유지되어야 하나 청구법인의 경우 통합된 이후 현물출자된 쟁점부동산이 임의경매로 경락되어 사업의 동일성이 유지되지 못하였다고 주장하나, ○○○는 개인기업인 ○○○ 쟁점부동산을 현물출자 방식으로 청구법인에게 이전한 사실이 있고, 양도소득세 이월과세적용신청서에 첨부된 ○○○ 대한 ‘순자산가액 평가를 위한 감사보고서’ 및 청구법인의 ‘감정인의 조사보고서 인가신청서’를 보면 위 ○○○ 사업과 관련된 자산 및 부채 전부를 포괄적으로 청구법인에게 현물출자한 사실이 있으며, 청구법인은 2007년 제2기 6개월 동안 5억 3,331만원의 매출을 신고한 것으로 보아 통합 이후 전혀 사업을 하지 못하였다는 주장은 설득력이 없으므로 당해 이월과세된 양도소득세 상당액을 청구법인에게 부과한 처분은 정당하다.

(2) 이월과세된 양도소득세 상당액에 대한 법인세를 청구법인이 아닌 동 법인의 이사이며 과점주주인 ○○○ 개인에게 부과하여야 한다고 주장하나, 이는 쟁점1에서 주장하는 법인에 대한 법인세 부과가 부당하다는 주장과 배치되고,조세특례제한법제2조에 사업용 고정자산을 양도하는 경우 양도소득세를 과세하지 아니하고 그 대신 이를 양수한 법인이 그 사업용고정자산을 양도하는 경우 양도소득세 산출액 상당액을 법인세로 납부한다고 규정되어 있어 청구법인 주장 또한 근거가 없는 것으로 판단된다.

• 가. 쟁점

(1) 중소기업간의 통합에 대한 양도소득세 등의 이월과세 해당 여부

(2) 이 건 법인세를 2차 납세의무자인 ○○○에게 과세하여야 하는지 여부

• 나. 관련법령

○조세특례제한법(2009.5.21. 법률 제9671호로 개정되기 전의 것) 제2조【정 의】

① 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

6. "이월과세" 라 함은 개인이 당해 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 “종전사업용고정자산등”이라 한다)을 법인에게 현물출자 등을 통하여 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대하여는 소득세법 제94조 의 규정에 의한 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 당해 사업용고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 종전사업용고정자산 등을 동법인에게 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 동법 제104조의 규정에 의한 양도소득산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것을 말한다. 제31조【중소기업간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등】

① 대통령령이 정하는 업종을 영위하는 중소기업간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령이 정하는 사업용고정자산(이하 “사업용고정자산”이라 한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합후 존속하는 법인(이하 이 조에서 “통합법인”이라 한다)에게 2009년 12월 31일까지 양도하는 경우 당해 사업용고정자산에 대하여는 이월과세를 적용받을 수 있다. (2) 조세특례제한법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 제28조【중소기업간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등】

① 법 제31조 제1항에서 “대통령령이 정하는 업종을 영위하는 중소기업간의 통합”이라 함은 소비성서비스업(괄호 생략)을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자(중소기업기본법에 의한 중소기업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 설립후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인(국세기본법제39조 제2항의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다.

1. 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자가 통합후 존속하는 법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인의 주주 또는 출자자일 것

2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다) 이상일 것

② 법 제31조 제1항에서 “대통령령이 정하는 사업용고정자산”이라 함은 당해 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산(1981년 1월 1일 이후에 취득한 부동산으로서 재정경제부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산의 판정기준에 해당되는 자산을 제외한다)을 말한다.

③ 법 제31조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 통합일이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 통합법인과 함께 재정경제부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 국세통합전산망 조회자료를 보면, 청구법인은 2006.2.10. ○○○을 발기인으로 하여 정관을 작성하고, 2006.2.13. ○○○를 사업장으로 법인설립등기하였다가 2007.5.29. 쟁점사업장으로 법인소재지를 이전하고 2007.6.8. 처분청에 사업자등록을 신청한 사실이 나타난다.

(2) 국세통합전산망 조회자료 및 등기부등본을 보면, ○○○ 2005.4.28. 쟁점사업장 ○○○이라는 상호로 개업하여 고무보트, 고무충격완화제 제조업을 영위하던 중 2007.6.14. 사업용 자산 및 부채 전부를 청구법인과 포괄양수도하기로 계약을 체결한 후 2007.9.11. 쟁점부동산을 청구법인 명의로 소유권이전등기하고 2007.10.24. ○○○ 개인사업장을 폐업한 사실이 나타난다.

(3) ○○○ 자산과 부채를 청구법인에게 현물출자하기 위하여 2007.8.20. ○○○ 공인회계사가 당해 사업체의 2007.6.30. 현재의 대차대조표를 감사하여 작성한 ‘순자산가액 평가를 위한 감사보고서’ 및 청구법인의 주주명부를 보면, 토지 3억 7,200만원, 건물 5억 4,700만원, 기계장치 2억 9,400만원 등 자산총액 13억 7,300만원과 ○○○은행 차입금 4억 3,000만원, 외상매입금 7,700만원 등 부채총액 8억 5,000만원으로 현물출자한 순자산가액은 5억 2,300만원으로 확인되고, 청구법인은 출자가액과 같은 가액의 청구법인의 발행주식 104,709주(1주당 가액 5,000원)를 ○○○에게 배정한 사실이 나타난다.

(4) 국세통합전산망 조회자료를 보면, ○○○와 청구법인은 2007.11.30. 쟁점부동산의 양도로 발생된 양도소득세 152,956,880원을 이월과세액으로 하여 같이 날인한 이월과세적용신청서를 ○○○세무서에 접수한 사실이 나타난다.

(5) 쟁점부동산 등기부등본을 보면, 쟁점부동산은 현물출자를 원인으로 2007.9.11. ○○○에서 청구법인으로 소유권이전등기되었다가 2007.12.4. ○○○은행에 의해 ○○○에서 임의경매개시가 결정된 후 2008.5.28. ○○○지서에 압류된 후 2008.8.14. ○○○에 임의경매로 인해 매각된 사실이 나타난다.

(6) 국세통합전산망 조회자료를 보면, ○○○ 및 청구법인의 현물출자 전후의 부가가치세 신고내역은 아래 <표>와 같다. (단위: 천원) 상 호 과세기간 매출 매입 납부세액

○○○ 2006.2기 208,442 92,275 11,495 2007.1기 458,651 169,272 28,937 2007.2기 31,889 10,975 2,042 청구법인 2007.1기 무실적 2007.2기 533,312 251,707 28,017 2008.1기 66,252 61,978 428 2008.2기

• 5,718 -571

(7) 위 사실관계 등을 종합하여 보면, 청구법인은 조세특례제한법 시행령제28조 제1항 후단에 중소기업간의 통합에 대한 양도소득세 이월과세는 설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다고 규정하고 있는데, 법인이 설립은 되었으나 통합등기일전 3개월 이내에 사업자등록을 하였으므로 휴업기간을 포함하면 설립 후 1년이 경과하지 아니하였을 뿐 아니라, 통합 후 쟁점부동산이 경매처분되어 실지 사업을 영위할 수 없었으므로 통합요건을 충족하지 못하였다고 주장하나, 조세특례제한법 시행령제28조 제1항 후단이 중소기업간의 통합에 대한 양도소득세 이월과세는 설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니하는 것으로 규정하였으나 동 규정상 “설립”이란 “법인설립등기일”을 의미하는 것으로 청구법인과 ○○○의 통합일은 2007.6.30.로서 법인설립등기일인 2006.2.13.로부터 1년이 경과한 것이며 법인 설립 후 단순히 사업자등록을 늦게 하였다는 사실만으로 그 사이 기간을 휴업기간으로 보기는 어렵다고 할 것이다. 또한, ○○○ 본인의 개인기업인 ○○○ 사업과 관련된 자산 및 부채 전부를 포괄적으로 청구법인에게 현물출자하여 청구법인의 주식을 배정받았으며, 청구법인은 쟁점부동산을 ○○○로부터 소유권이전등기받은 후 ○○○와 함께 이월과세적용신청서를 제출하는 등 사업에 관한 모든 자산 및 부채를 승계받아 사업의 동일성이 유지된 것으로 보이고, 청구법인은 2007년 제2기 6개월 동안 5억 3,331만원의 매출을 신고한 것으로 보아 통합 후 사업을 전혀 영위하지 못하였다는 주장은 설득력이 없으며, 또한 현물출자 이후 개별적인 사정에 의해 쟁점부동산이 경매로 매각되고 동 경매대금이 ○○○의 개인채무를 변제하는데 사용되었다고 하더라도 이는 당초 양도소득세 이월과세를 배제할 사유가 아니라 후발적인 사유에 의한 부동산의 매각에 해당하는 점 등을 볼 때, 청구법인과 ○○○의 통합은조세특례제한법제31조에 의한 이월과세요건을 충족하지 못하였다는 청구법인의 주장은 받아 들이기는 어렵다고 하겠다. 한편, 청구법인은 이월과세된 양도소득세 상당액에 대한 법인세를 청구법인이 아닌 이사이자 과점주주인 ○○○ 개인에게 부과하여야 한다고 주장하나,조세특례제한법제2조 제1항 제6호에 말하는 “이월과세”라 함은 사업용고정자산을 양도하는 경우 양도소득세를 과세하지 아니하고 그 대신 이를 양수한 법인이 그 사업용고정자산을 양도하는 경우 양도소득세 상당액을 법인세로 납부하도록 규정하고 있으므로 청구법인의 위 주장 또한 받아 들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.