방위산업물자의 연구개발용역 비용이 연구 및 인력개발비 세액공제 대상인지 여부

○○○세무서장이 2010.1.27. 청구인에게 한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. 이 유

• 가. 청구법인은 2000.1.11. 설립되어 방위산업제품 및 관련제품을 개발, 제조하는 사업 등을 영위하면서, 방위산업의 전문화 및 계열화 규정(국방부 훈령)에 의하여 항공분야 중 VHF 무전기, 통신제어장치, 비행조정장치, 통신분야 중 망관리장비, 광학분야 중 포수조준경, 항공용 전자광학추적기 등에 대해 전문화 및 계열화 업체로 지정되어 국방과학연구소로부터 다수의 연구개발을 위탁받아 수행하여 왔다.
• 나. 청구법인은 2004사업연도에 국방과학연구소로부터 위탁받아 실시한 방위산업물자에 관한 연구개발에 소요된 연구원 인건비 5,216,402,429원, 재료비 4,484,466,929원, 공동기술개발비 195,725,455원, 합계 9,896,594,813원(이하 “쟁점비용”이라 한다)에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 신청하지 아니하였다가, 2008사업연도 법인세 신고시 생산성향상시설투자세액 179,497,520원, 안전설비투자세액공제 7,765,590원 합계 187,263,110원의 세액공제를 신청하여 공제받고 그에 대한 농어촌특별세 37,452,620원(세액공제 금액의 100분의 20에 상당하는 금액)을 납부하였다.
• 다. 이후 청구법인은 2009.12.24. 쟁점비용에 상당하는 연구 및 인력개발비 세액공제 금액 중 187,263,110원은 이를 2008사업연도에 이미 공제받은 생산성향상시설투자세액 179,497,520원, 안전설비투자세액공제 7,765,590원 대신 공제받는 것으로 적용순서를 변경하는 것으로 하여 기납부한 농어촌특별세 37,452,620원의 환급(연구 및 인력개발비 세액공제에 대하여는 농어촌특별세가 비과세됨)을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2010.1.27. 이를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2010.4.9. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 연구개발에 따른 책임과 위험이 이를 수행하는 법인에게 귀속되고 방위산업물자의 연구개발사업은 정부의 위탁연구용역 형태로 수행될 수 밖에 없는 특수성을 감안하였을 때, 국방과학연구소로부터 위탁받아 지출한 쟁점비용은 연구 및 인력개발비 세액공제의 대상이 되는 자체 연구개발로 보아야 한다(국심 2007서1000, 2008.8.29).
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제10조의 연구 및 인력개발비세액공제는 자체 연구개발에 의해 지출한 비용만이 그 대상이므로 국방과학연구소로부터 수탁받아 지출한 연구개발비용은 세액공제의 대상이 아니다.

• 가. 쟁 점 국방과학연구소로부터 위탁받은 방위산업물자의 연구개발용역 비용이 연구 및 인력개발비 세액공제 대상인지 여부
• 나. 관련법령 등

(1) 조세특례제한법(2003.12.30. 법률 제7003호로 개정된 것) 제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인(괄호 생략)이 2006년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구 및 인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다. 다만, 중소기업이 아닌 자에 대하여는 제1호의 규정만 적용한다.

1. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비가 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 40(괄호 생략)에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(괄호 생략) 또는 법인세에서 공제하는 방법

2. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세(괄호 생략) 또는 법인세에서 공제하는 방법 (2) 조세특례제한법 시행령(2003.12.30. 대통령령 제18176호로 개정된 것) 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다. 【별표6】 구 분 비 용

• 가. 자체기술개발

① 전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자의 인건비

• 나. 위탁 및 공동기술개발

① 다음의 기관에게 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관관의 공동기술개발을 수행함에 따른 비용 ㉯ 국ㆍ공립연구기관 ㉰ 정부출연연구기관

(3) 농어촌특별세법(2000.12.29. 법률 제6298호로 개정된 것) 제4조【비과세】다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.

12. 기술 및 인력개발, 저소득자의 재산형성, 공익사업 등 국가경쟁력의 확보 또는 국민경제의 효율적 운영을 위하여 농어촌특별세를 비과세할 필요가 있다고 인정되는 경우로서 대통령령이 정하는 것

(4) 방위사업법 제18조【연구개발】④ 방위사업청장은 무기체계 및 핵심기술의 연구개발을 수행하는 경우에는 연구 또는 시제품의 항목·방법·규모 그 밖에 필요한 사항을 정하여 방산업체·일반업체·전문연구기관 또는 일반연구기관으로 하여금 연구 또는 시제품의 생산을 위촉할 수 있다.

(5) 국방과학연구소법 제1조【목적】이 법은 국방과학연구소를 설립하여 국방에 필요한 병기ㆍ장비 및 물자에 관한 기술적 조사ㆍ연구ㆍ개발 및 시험과 이에 관련되는 과학기술의 조사ㆍ연구 및 시험 등을 담당하게 하여 국방력의 강화와 자주국방의 완수에 기여함을 목적으로 한다. 제2조【법인격】국방과학연구소(괄호 생략)는 법인으로 한다. 제5조【재원】① 연구소의 설립비, 건설비, 운영비 및 연구비는 정부 출연금과 그 밖의 수입금으로 충당한다. 제7조【사업】① 연구소는 제1조의 목적을 달성하기 위하여 국방부장관의 감독을 받아 다음 각 호의 사업을 한다.

1. 병기ㆍ장비와 그 밖의 군용 물자에 관한 기술적 조사ㆍ연구ㆍ개발과 이에 관련된 계통공학, 인간공학, 그 밖의 과학기술의 조사ㆍ연구

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 국방과학연구소와 체결한 ○○○ 등에 의하면, 청구법인이 방위산업과 관련하여 국방과학연구소로부터 연구개발을 위촉받아 수행하는 경우 전형적인 계약조건에 의하여 연구개발에 따르는 책임과 위험이 청구법인에게 귀속되는 것으로 되어 있다.

(2) 국방과학연구소는 국방과학연구소법에 의하여 국방에 필요한 병기·장비 및 물자에 관한 조사, 연구 등을 목적으로 설립되었으며, 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리법인으로서 고유번호증을 교부받았다.

(3) 살피건대, 연구 및 인력개발비 세액공제의 기본취지, 방위산업물자에 관한 연구개발에 따른 책임과 위험이 청구법인에게 귀속되는 점, 방위산업물자의 연구개발사업은 모두 정부기관의 위탁연구용역 형태로 수행될 수밖에 없는 방위산업의 특수성과 국방과학연구소가 수익사업을 영위하지 아니하여 쟁점비용에 대하여 이중으로 세액공제가 되지는 아니하는 점 등을 감안하여 볼 때, 쟁점비용은 연구 및 인력개발비 세액공제의 대상으로 보는 것이 타당하다 할 것이다(국심 2007서1000, 2008.8.29. 같은 뜻임). 따라서, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.