검찰 조사만으로는 경정이 있을 것을 미리 알았다고 볼 수 없음

구미세무서장이 2010.1.6. 청구법인에게 한 2008년 귀속 892,000,000원의 소득금액변동통지처분은 이를 취소한다. 이 유

• 가. 청구법인은 ○○○에서 시내버스 정기노선여객육상운송업을 영위하는 법인(2008.2.11. 대표이사 ○○○ 취임)으로, ○○○지방검찰청이 2009.5.19.부터 2009.11.11.까지 ○○○시청으로부터 무상지원 받은 보조금을 횡령하였다는 등의 혐의에 대해 수사하는 과정에서 청구법인의 대표이사인 ○○○(51% 주식소유)과 주주인 ○○○(49% 주식소유)이 2008.2.20. ○○○은행으로부터 청구법인 명의로 5억원을 대출받아 청구법인 인수자금으로 사용하는 등 개인적으로 유용한 사실 외에도 대표이사 ○○○이 2008.2.5.부터 2009.5.19.까지 청구법인의 운송수송금 중 현금수입금 일부를 빼돌리는 방법으로 총 1,279,000,000원(2008년 892,000,000원, 2009년 387,000,000원)을 횡령하여 개인자금으로 유용한 사실을 확인하고 2009.11.11. ○○○을 기소하자, 2009.10.23.부터 2009.11.18.까지 3회에 걸쳐 ○○○으로부터 횡령액 1,279,000,000원 전액을 회수한 후, 2009.11.18. 2008사업연도분 횡령액 892,000,000원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 사내유보로 소득처분하여 2008사업연도 법인세를 수정신고·납부하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 한 2008사업연도분 법인세 수정신고에 대하여 “경정이 있을 것을 미리 알고 수정신고한 경우”에 해당한다고 하여 쟁점금액에 대하여 청구법인의 대표이사인 ○○○에 대한 상여로 소득처분하여 2010.1.4. 청구법인에게 소득금액변동통지하였고, 청구법인은 2010.2.10. ○○○에 대한 2008년 귀속분 근로소득세 291,135,100원을 원천징수하여 신고·납부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.3.11. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 ○○○이 횡령한 1,270,000천원을 3회(2009.10.23. 387,000천원, 2009.10.30. 500,000천원, 2009.11.18. 392,000천원)에 걸쳐 모두 회수하였으며, 법인세법 시행령제106조 제4항 단서의 규정에 의하면 “다만, 세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입한 경우에만 상여 등으로 처분하는 것으로, 처분청은 청구법인에 대한 김천지방검찰청의 수사가 종결되어 공소를 제기한 때(2009.11.11.) 및 청구법인의 법인서 수정신고일(2009.11.18.)까지 청구법인에 대한 세무조사나 과세자료에 대한 소명안내문 발송 등 어떠한 조치도 취한 사실이 없으며, 법인의 대표자에 대한 검찰의 수사가 반드시 당해법인에 대한 세무조사로 이어지는 것은 아닌 점 등을 고려할 때 청구법인이 처분청의 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 회수하여 익금에 산입한 것이 아니므로 익금산입한 쟁점금액의 소득처분은 사내유보로 하는 것이 타당함에도 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 후 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 법인세법 시행령제106조 제4항 단서 “세무조사의 통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다”와 같이 세무조사통지를 받거나 세무조사에 착수된 것을 알게 된 경우 등은 예시적인 경우로서 2010.2.18. 법인세법 시행령제106조 제4항 단서 규정에 “수사기관의 수사 또는 재판과정에서 사외유출사실이 확인된 경우” 등 경정이 있을 것을 미리 알고 부당하게 사외로 유출된 금액을 회수하고 수정신고하는 경우 상여처분한다고 명확하게 규정하였으며, 청구법인의 수정신고일인 2009.11.18.보다 앞선 2009.11.4. 지역신문인 0000신문에서 청구법인의 대표이사 횡령액이 구체적으로 12억 7천만원으로 기재되어 보도된 사실이 있어 청구법인에서도 세무조사 등 경정이 있을 것을 미리 인지할 수 있었던 것이므로 유보가 아닌 상여로 소득처분한 것은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점금액에 대한 소득처분을 사내유보로 할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 등

(1) 법인세법 제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제67조【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. (2) 법인세법 시행령 (가) 2005.2.19. 대통령령 제18706호로 개정된 것 제106조【소득처분】① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호 생략)에게 귀속된 것으로 본다.

• 나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여④ 내국법인이국세기본법제45조의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 세무조사의 통지를 받거나 세무조사가 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다. 부칙 제7조【소득처분에 관한 적용례】제106조 제4항의 개정규정은 이 영 시행후 수정신고하는 분부터 적용한다. (나) 2010.2.18. 대통령령 제22035호로 개정된 것 제106조【소득처분】④ 내국법인이국세기본법제45조의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우로서 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 세무조사가 착수된 것을 알게 된 경우

3. 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우

4. 납세지 관할세무서장으로부터 과세자료 해명안내 통지를 받은 경우

5. 수사기관의 수사 또는 재판 과정에서 사외유출 사실이 확인된 경우 (2010.2.18. 신설)

6. 그 밖에 제1호부터 제5호까지의 규정에 따른 사항과 유사한 경우로서 경정이 있을 것을 미리 안 것으로 인정되는 경우 부칙 제16조【사외유출된 금액의 익금산입에 관한 적용례】제106조 제4항 단서의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 사업연도에 익금산입하는 분부터 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 ○○○ 시내버스 정기노선여객육상운송업을 영위하는 법인(2008.2.11. 대표이사 ○○○ 취임)으로, ○○○지방검찰청에서 2009.5.19.부터 2009.11.11.까지 청구법인이 ○○○시청으로부터 무상지원 받은 보조금 횡령 등의 혐의에 대해 수사하여 청구법인의 대표이사인 ○○○이 2008.2.5.부터 2009.5.19.까지 청구법인의 운송수송금 중 현금수입금 중 일부를 빼돌리는 방법으로 쟁점금액인 총 1,279,000,000원(2008년 892,000,000원, 2009년 387,000,000원)을 횡령하여 개인자금으로 유용한 사실을 확인한 것으로 나타나고 있으며, 청구법인은 ○○○지방검찰청장이 2009.11.11. ○○○을 업무상 쟁점금액 등 횡령한 혐의로 기소함에 따라 2009.10.23.부터 2009.11.18.까지 3회에 걸쳐 ○○○으로부터 횡령액 1,279,000,000원 전액을 회수(2009.10.23. 387,000,000원 현금 회수 및 추가로 ○○○ 명의 부동산 근저당권 설정, 2009.10.30. 500,000,000원을 청구법인의 ○○○로 현금 입금, 2009.11.18. 392,000,000원을 청구법인의 ○○○ 입금)한 후 2009.11.18. 세무조정으로 쟁점금액을 익금산입 및 2008사업연도 대차대조표에 전기오류수정이익으로 계상하고 2008사업연도분 횡령액인 쟁점금액(892,000,000원)을 사내유보로 소득처분하여 2008사업연도 법인세를 수정신고·납부한 것으로 확인된다.

(2) 처분청은 ○○○지방검찰청이 2009.5.19.부터 2009.11.11.까지 청구법인에 대한 수사를 하여 2009.11.11. 대표이사 ○○○을특정범죄가중처벌 등에 관한 법률위반(횡령)으로 기소한 바 있으므로 청구법인이 2009.11.18. 2008사업연도분 법인세에 대해 수정신고한 것은 2010.2.18. 대통령령 제22035호로 신설된 법인세법 시행령제106조 제4항 제5호에서 규정한 수사기관의 수사 또는 재판 과정에서 사외유출 사실이 확인된 경우로서 “경정이 있을 것을미리 알고 수정신고한 경우”에 해당한다고 하여 쟁점금액에 대하여 청구법인의 대표이사인 ○○○에 대한 상여로 소득처분하여 2010.1.4. 청구법인에게 소득금액변동통지하였다. (3)법인세법제67조 및 같은법 시행령 제106조에 의하면법인세법제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자 등에게 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등으로 소득처분하도록 규정하고 있고, 2005.2.19. 대통령령 제18706호로 신설된 법인세법 시행령제106조 제4항의 규정에 의하면 내국법인이국세기본법제45조의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 하며, 다만, 세무조사의 통지를 받거나 세무조사가 착수된 것을 알게 된 경우 등 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 상여 등으로 소득처분하도록 하고 있다. 한편, 2010.2.18. 대통령령 제22035호로 개정된 법인세법 시행령제106조 제4항에 의하면 내국법인이국세기본법제45조의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 하도록 하면서, 제5호에서 수사기관의 수사 또는 재판과정에서 사외유출 사실이 확인된 경우로서 경정이 있을 것을 미리 안 것으로 인정되는 경우에는 그러하지 아니하는 것으로 규정하고 있으나, 부칙에서 동 개정사항은 2010.2.18.이 속하는 사업연도에 익금산입하는 분부터 적용하는 것으로 규정하고 있다.

(4) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 청구법인은 청구법인의 대표이사 ○○○이 2008.2.5.부터 2009.5.19.까지 청구법인의 운송수송금 중 일부를 빼돌리는 방법으로 1,279,000,000원(2008년 892,000,000원, 2009년 387,000,000원)을 횡령한 혐의로 ○○○지방검찰청으로부터 2009.5.19.부터 2009.11.11.까지 수사를 받고 2009.11.11. 특정범죄가중처벌 등에 관한 법률위반(횡령)으로 기소된 점, 그에 따라 청구법인이 2009.10.23.부터 2009.11.18.까지 3회에 걸쳐 쟁점금액을 포함한 횡령액 전액을 ○○○으로부터 회수(2009.10.23. 387,000,000원, 2009.10.30. 500,000,000원, 2009.11.18. 392,000,000원)한 후 익금에 산입하여 처분청의 처분일(2010.1.4.) 이전인 2009.11.18. 2008사업연도분 법인세를 수정신고·납부한 것으로 확인되고 있는 점, 청구법인이 쟁점금액을 익금에 산입하여 수정신고하기 전까지 처분청이 청구법인에 대하여 세무조사통지나 과세자료에 대한 소명안내문 발송 등 세무조사와 관련된 어떠한 조치를 취한 사실도 없었던 점, 청구법인에 대한 검찰의 수사는 당초 언론의 폭로성 보도에 의하여 시작되었고, 법인의 대표자에 대한 검찰의 수사가 반드시 당해 법인에 대한 세무조사로 이어지는 것은 아니라는 점 등을 종합적으로 고려할 때, 청구법인이 “처분청의 경정이 있을 것을 미리알고” 사외유출된 쟁점금액을 회수하여 익금산입한 후 2008사업연도분 법인세를 수정신고한 것으로 보기는 어려우므로, 쟁점금액의 소득처분은 법인세법 시행령제106조 제4항 단서에 따라 사내유보로 하는 것이 타당하다(○○○ 2008.3.12., 같은 뜻)고 하겠다.

(5) 따라서, 처분청이 쟁점금액을 사외유출된 것으로 보아 대표이사(○○○)에 대한 상여로 소득처분하여 청구법인에게 소득금액변동통지한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.