폐비닐재활용사업관련 매입세액 불공제는 정당하나 가산세 적용은 부당함

심판청구를 기각합니다.

• 가. ○○○은한국환경자원공사법에 따라 1979.8.17. 설립되어 폐비닐 등 재활용처리 및 판매사업, 폐기물 적법처리 대행사업 등을 영위하는 정부출연 비영리법인으로서 폐비닐재활용 및 처리업 등에 대하여 과세사업을 영위하는 것으로 보아 매입세액을 전액 공제받는 것으로 하여 부가가치세를 신고하여 왔다.
• 나. 중부지방국세청장은 2010.4.19.부터 2010.5.20.까지 법인제세통합조사를 실시하여 폐비닐의 외부 위탁처리, 자체 재활용처리 등과 관련된 2005년 제1기부터 2009년 제2기까지의 부가가치세 매입세액 54억7,882만원(이하 “외부위탁매입세액불공제액”이라 한다)은 부가가치세 비과세대상이라 하여 관련 매입세액을 불공제하고, 같은 기간 청구법인의 자체사업에 따른 부가가치세 매입세액 102억5,651만원은 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액으로서 공통매입세액 안분대상이라고 보아 국고보조금, 출연금수입과 과세사업의 공급가액 비율로 안분하여 매입세액 80억4,947만원(이하 “공통매입세액불공제액”이라 한다) 을 불공제(경정)하도록 ○○○세무서장 등 별첨 기재 23개 본·지점법인 관할 세무서장에게 과세자료를 통보함에 따라 처분청은 2010.6.7., 2010.7.7. 및 2010.9.1. 청구법인에게 별지와 같이 부가가치세 188억2,586만원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인들은 이에 불복하여 2010.9.2., 2010.10.4. 및 2010.11.5. 각각 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인들의 목적사업인 폐기물(폐비닐, 농약용기 등) 재활용사업은 수익성이 없어 민간부문에서 처리를 기피하는 영농폐기물을 주로 수거·처리하는 사업이기 때문에 투입원가에 비하여 과세매출이 과소하지만 부가가치세 과세사업에 해당하는 것으로서, 관련 매입세액은 과세사업과 관련된 매입세액으로 전액 공제되어야 하는 것이고, 적체 영농폐기물의 조기 처리를 위한 시멘트 킬른 사업과 민간위탁 소각처리 국고보조금을 교부받아 수행하였다 하더라도 역시 과세사업인 폐기물처리사업과 연관 지어 비용이 지급된 것이므로 전액 매입세액 공제가 되어야 한다.

(2) 청구법인들이 30여년간 매년 제1기분 및 제2기분 부가가치세 환급신고를 한데 대하여 처분청은 엄정한 조사절차를 거쳐 환급세액신고가 정당하다고 하여 청구법인들에게 부가가치세를 환급해 주었고, 그만큼의 국고보조금을 지원받을 수 있었고, 청구법인들이 부당한 의도를 갖고 세법을 자의적으로 해석하여 매입세액을 공제받은 것이 아닌데도 처분청은 세법해석에 있어 확실한 견해를 가지지 못하고 과세한 것이므로 청구법인에게 가산세를 부과하는 것은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 시멘트 킬른 연료화 사업 및 민간위탁 공모처리방식의 폐비닐 재활용 용역과 관련한 부가가치세 매입세액은 비과세사업에 해당하는 것으로 그 실지 귀속이 분명하므로 전액 매입세액 불공제하고, 농업용 폐비닐의 수거 및 처리 등 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 부가가치세법 시행령제61조에 따라 비과세사업의 국고보조금, 출연금 수입과 과세사업의 공급가액비율로 안분 계산하여 비과세사업에 해당하는 매입세액은 불공제하는 것이 타당하다.

(2) 부가가치세는 납세자의 신고로 납세의무가 확정되는 세목으로 납세의무자가 과세표준과 세액의 신고의무를 이행하지 않거나 신고내용에 오류·탈루가 있는 경우 경정절차를 거쳐 조세채권을 확정하는 것이므로 단순히 처분청이 청구법인들의 부가가치세 신고내용대로 부가가치세를 환급하였다는 사실만으로 이를 잘못된 매입세액공제에 대한 정당한 사유가 있는 것으로 볼 수 없으며, 출연금, 국고보조금 등을 재원으로 하는 비과세사업 관련 매입세액이 불공제대상임은 여러 법령해석사례에서 일관되고 명확하게 규정하고 있다.

• 가. 쟁 점

(1) 청구법인의 폐비닐재활용·처리 사업 관련 매입세액을 불공제하거나 공통매입세액으로 안분 계산한 처분의 당부

(2) 신고납부불성실가산세 적용이 부당하다는 청구주장의 당부

• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제12조 【면세】

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

4. 의료보건용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 것과 혈액 제17조【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련매입세액 제13조【과세표준】② 다음 각 호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.

(2) 부가가치세법 시행령 제29조 【의료보건용역의 범위】법 제12조 제1항 제4호에 규정하는 의료보건용역은 다음 각 호에 규정하는 것(의료법 또는 수의사법의 규정에 의하여 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.

11. 폐기물관리법 제25조 의 규정에 의하여 생활폐기물 또는 감염성폐기물의 폐기물처리업 허가를 받은 사업자가 공급하는 생활폐기물 또는 감염성폐기물의 수집ㆍ운반 및 처리용역과 동법 제29조의 규정에 의하여 폐기물처리시설의 설치승인을 얻거나 그 설치의 신고를 한 사업자가 공급하는 생활폐기물의 재활용용역 제48조【과세표준의 계산】⑩ 법 제13조 제2항 제4호에 규정하는 국고보조금과 공공보조금은 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금으로 한다. 제61조【매입세액의 안분계산】ⓛ 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세공급가액 면세사업에 관련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × ─────── 총공급가액 (3) 부가가치세법 시행규칙 제18조의2 【매입세액의 안분계산】① 영 제61조 제1항 및 제3항에서 “총공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해 과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하며, “면세공급가액”이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해 과세기간의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다. (4) 국세기본법 제47조 【가산세의 부과】① 정부는 세법에 규정하는 의무를 위반한 자에 대하여 이 법 또는 세법이 정하는 바에 의하여 가산세를 부과할 수 있다. (2006.12.30. 개정) 제48조【가산세의 감면 등】① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항의 규정에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. (2006.12.30. 개정) (5) 폐기물관리법 폐기물관리법(2002.12.26. 법률 6817호로 개정된 것) 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. “폐기물”이라 함은 쓰레기·연소재·오니·폐유·폐산·폐알카리·동물의 사체 등으로서 사람의 생활이나 사업활동에 필요하지 아니하게 된 물질을 말한다.

2. “생활폐기물”이라 함은 사업장폐기물외의 폐기물을 말한다.

5. “처리”라 함은 폐기물의 소각·중화·파쇄·고형화 등에 의한 중간처리(제6호의 규정에 의한 재활용을 포함한다. 이하 같다)와 매립·해역배출 등에 의한 최종처리를 말한다.

6. “재활용”이라 함은 폐기물을 재사용·재생이용하거나 재사용·재생이용할 수 있는 상태로 만드는 활동 또는 폐기물로부터 환경부령이 정하는 기준에 따라 에너지이용합리화법 제2조제1호 의 규정에 의한 에너지를 회수하는 활동을 말한다.

7. “폐기물처리시설”이라 함은 폐기물의 중간처리시설과 최종처리시설로서 대통령령이 정하는 시설을 말한다. 제29조【폐기물처리시설의 설치】ⓛ 폐기물처리시설은 환경부령이 정하는 기준에 맞게 설치하되, 환경부령이 정하는 규모 미만의 폐기물 소각시설을 설치·운영하여서는 아니 된다.

④ 폐기물처리시설을 설치하는 자는 그 설치공사를 끝낸 후 그 시설의 사용을 시작하려면 다음 각 호의 구분에 따라 해당 행정기관의 장에게 신고하여야 한다.

2. 제1호 외의 폐기물처리시설의 경우: 제29조 제2항에 따른 승인관청 또는 신고관청

• 다. 사실관계 및 판단 (가) 심리자료를 보면, 청구법인은한국환경자원공사법제17조 제1항의 규정에 따라 재활용가능자원의 수거·재활용 및 처리, 폐기물재활용시설의 설치·운영 등의 사업을 수행하고 있으며, 2009년 현재 전국에 9개의 지사가 있고, 그 하부에 52개의 사업소(이 중 9개는 폐비닐중간가공시설을 갖춘 사업장이며, 기타 사업소는 폐비닐수거업무 등을 수행)와 5개의 폐비닐처리공장 등을 갖추고 있고, 폐비닐 재활용, 처리 등 판매흐름도는 아래 그림과 같다. 청구법인의 사업소에서는 농경지에 방치되는 폐비닐을 무상수거하여 일부 폐비닐은 가공과정 없이 상품으로 판매하고, 그 외의 폐비닐은 9개의 중간가공시설이나 5개의 폐비닐처리공장으로 보내어 재활용하고 있으며, 폐비닐처리공장은폐기물관리법제29조의 규정에 의하여 폐기물처리시설의 설치신고를 한 사업장으로 폐비닐의 파쇄, 세척, 융용 등의 공정을 거쳐 펠렛 등의 부산물을 생산하는 재활용사업을 수행하며, 폐비닐중간시설 또한 같은 법 제29조의 규정에 의하여 폐기물시설의 설치신고를 한 사업장으로서 폐비닐을 파쇄하고 이물질을 제거한 후 박스 형태로 압축하는 재활용작업이 이루어지며, 압축물형태의 가공품이 부산물로 생산되고 있으며, 2005년 이후 청구법인들의 처리시설만으로는 재활용하지 못하여 적체된 폐비닐에 대하여 시멘트 킬른 연료화사업으로 소각 재활용하거나, 민간에 기술공모하여 위탁처리재활용하는 방법이 사용되고 있는데 이에 소요되는 비용은 별도로 편성된 국고보조금으로 충당하는 것으로 나타난다. (나) 처분청은 아래 폐기물처리시설설치신고증명서와 같이 청구법인들이폐기물관리법제29조의 규정에 의하여 폐기물시설의 설치승인을 얻거나 그 설치의 신고를 한 사업자로서 부가가치세법 시행령제29조 제11호의 규정에 의해 부가가치세 면제대상이며, 다만, 재활용과정에서 생산되는 부산물과 중간가공물의 매출은 과세대상이고, 청구법인이 수행하는 폐비닐 등의 재활용용역(과세되는 부산물은 제외)은 수혜자가 모든 국민이며, 이와 관련하여 정부로부터 지급받는 국고보조금은 폐비닐 처리용역의 제공대가로 지급받는 것이 아니라 고유목적사업을 수행하고 그에 소요된 운영비용을 보전 받는 것으로 대가성이 없는 부가가치세 비과세 대상으로 이와 관련하여 시멘트 킬른 사업비 및 위탁소각처리비로 지급함에 따라 발생하는 부가가치세 매입세액 54억7,882만원은 과세사업과 관련 없는 면세관련 매입세액으로 전액 불공제대상이며, 청구법인의 사업운영비 보전목적의 출연금 수입 또한 과세사업과 관련 없이 환경부로부터 지급받는 것이므로 부가가치세 비과세 대상으로 이와 관련된 매입세액은 면세관련 매입세액으로 불공제 대상이라는 의견이다. 따라서 청구법인의 폐비닐 관련 부가가치세 과세매출은 폐비닐 상품과 가공품의 매출로서 2006년의 경우 전체 수입금액(국고보조금 및 출연금 포함) 797억4,300만원 중 40억9,300만원(5.1%)에 불과한 것으로서 폐비닐 수거 및 처리, 시멘트 킬른 연료화, 민간공모 위탁처리와 관련하여 발생한 매입세액은 출연금과 국고보조금을 재원으로 지출된 것으로서 비과세사업 및 면세사업에 해당하고, 이과 관련된 매입세액 102억5,651만원은 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액으로서 공통매입세액 안분대상이라고 보아 매입세액 80억4,947만원을 불공제 처분하였고, 외부위탁 매입세액불공제 54억7,882만원과 합하여 135억2,830만원을 불공제하고 가산세 52억9,756만원을 합하여 본사, 지사, 사업소 및 폐비닐처리공장 등 23개의 사업장에 188억2,5869만원의 부가가치세를 경정·고지한 것으로 나타난다. (다) 이에 대하여 청구법인은, 처분청이 정부로부터 수령한 출연금 및 국고보조금을 부가가치세 비과세사업의 수입금액으로 전제한 뒤 비과세사업과 관련된 매입세액을 불공제한 것으로 청구법인의 출연금 및 국고보조금 수입을 면세수입금액과 동일한 것으로 취급하여 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 적용되는 부가가치세법 시행령제61조 제1항의 규정을 유추 적용하여 매입세액 불공제액을 산정하였는 바, 청구법인이 영위하는 사업은 아래 <표>와 같이 부가가치세 과세사업으로서, 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 해당하지 아니하며, 면세대상 재화 또는 용역을 공급한 바도 없어 폐비닐 재활용처리 사업은 청구법인의 목적사업으로서 청구법인의 주요사업에 해당하고, 출연금 및 국고보조금과 관련하여 환경부 또는 폐비닐 배출자에게 폐비닐 위탁처리 용역계약을 체결한 바도 없으며, 폐비닐 배출자에게 폐비닐처리를 강제하지도 아니하여 환경부나 폐비닐 배출자를 상대로 용역을 공급한 것으로 볼 수도 없으며, 정부로부터 수령한 출연금 및 국고보조금은 사업 손실보전, 인건비 등으로 재화 또는 용역의 공급과 관련이 없으므로 부가가치세 과세표준에서 제외하여 부가가치세 신고를 하였고, 매입세액은 과세사업과 관련하여 발생한 매입세액이므로부가가치세법제17조 제2항 각 호 소정의 매입세액불공제 대상에 열거되지 않는 이상 그 매입세액 전액이 매출세액에서 공제되어야 하고, 청구법인의 폐비닐 위탁처리는 과세사업인 폐비닐 재활용, 처리, 판매사업에서 필수적으로 발생되는 재고자산을 처리하기 위한 것이므로 청구법인이 별도의 부가가치세 비과세사업을 영위한 것으로 볼 수 없으며, 매입세액불공제 처분은 법령에서 매입세액불공제 대상을 제한적으로 열거하고 있어 엄격하게 해석해야 함에도 이를 확장, 유추 적용한 것으로 조세법률주의를 위반한 처분이라는 주장이다. (라) 위 사실관계와 관련규정을 보면, 청구법인이 정부로부터 받는 국고보조금을 재원으로 수행하는 시멘트 킬른 및 민간 위탁소각사업은 수혜자가 모든 국민이며, 사업운영비 보전 목적의 출연금 수입은 폐비닐처리용역의 대가로 지급받는 것이 아니므로 부가가치세 비과세대상으로서 이와 관련된 매입세액 경우 실지귀속이 분명해 보이므로 관련 매입세액은 불공제하여야 할 것으로 보이고, 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 부가가치세법 시행령제61조의 규정에 따라 비과세사업인 국고보조금 및 출연금수입과 과세사업의 공급가액비율로 안분 계산하여 과세사업 해당분에 한하여 매입세액을 공제되어야 할 것으로 보이는 점에서 처분청이 청구법인의 폐비닐 재활용 및 처리사업에 대하여는 비과세사업이므로 전액불공제하고, 과세사업과 비과세사업 공통매입세액에 대하여는 안분계산 대상으로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다(대법원 2004두13288, 2006.10.27. 서울행정법원 2006구합45401, 2008.12.17. 국심 2007서3764, 2008.5.30. 같은 뜻임).

(2) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 처분청은 재고 폐비닐의 외부 위탁처리, 자체 재처리 등과 관련된 2005년 제1기부터 2009년 제2기까지의 부가가치세 매입세액 54억7,882만원은 부가가치세 비과세대상이라 하여 매입세액을 전액불공제하고, 청구법인의 자체사업에 따른 부가가치세 매입세액 102억5,651만원은 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액으로서 공통매입세액 안분대상이라고 보아 비과세사업인 국고보조금, 출연금수입과 과세사업의 공급가액 비율로 안분하여 매입세액 80억4,947만원을 불공제하면서 청구법인에게 신고납부불성실가산세 52억9,756만원(신고불성실가산세 13억2,830만원 및 납부불성실가산세 39억4,473만원)을 적용하여 부가가치세 188억2,586만원을 경정·고지하였다. (나) 청구법인은, 대법원이 일종의 행정상 제재인 가산세는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다는 확립된 입장을 취하고 있고, 조세심판원도 과세관청이 세법이 해석에 있어서 확실한 견해를 가지지 못하고 오락가락한 경우에는 납세자의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 것이므로, 가산세를 부과할 수 없다고 결정(조심 2008서2978, 2010.4.16.)한 바 있고, 30여 년 동안 매년 제1기분 및 제2기분 부가가치세 환급신고를 한데 대하여 처분청은 엄정한 환급조사절차를 거쳐 환급세액신고가 정당하다고 하여 청구법인에게 부가가치세를 환급해 주었고, 그 만큼의 국고보조금을 지원받을 수 있었기 때문에 청구법인들이 부당한 의도를 갖고 세법을 자의적으로 해석하여 매입세액을 공제받은 것이 아닌데도 처분청은 세법해석에 있어 확실한 견해를 가지지 못하고 과세한 것이므로 청구법인에게 신고의무를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다는 주장이다. (다) 이에 대하여 처분청은 청구법인이 폐비닐 재활용사업과 관련한 매입세액을 공제대상이라 오해할 만한 어떠한 행위도 한 사실이 없고, 부가가치세는 납세자의 신고로 납세의무가 확정되는 세목으로 납세의무자가 과세표준과 세액의 신고의무를 이행하지 않거나 신고내용에 오류·탈루가 있는 경우에 한하여 경정절차를 거쳐 조세채권을 확정하는 것이므로 단순히 처분청이 청구법인들의 부가가치세 신고내용대로 부가가치세를 환급하였다는 사실만으로 이를 잘못된 매입세액공제에 대한 정당한 사유가 있는 것으로 볼 수 없으며, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한 것이며, 출연금 및 국고보조금 등을 재원으로 하는 비과세사업 관련 매입세액이 불공제대상임은 여러 법령 해석사례가 있다는 의견이다. (라) 살피건대, 처분청은 청구법인에 대하여 부가가치세 환급조사나 현지 확인 등을 실시하면서 매입세액 공제에 대한 유효적절한 행정지도를 하지 아니한 채 기왕에 별다른 이의 제기 없이 30여년간 청구법인 및 그 지사·사업소 등에게 전국적으로 부가가치세 환급이 정상적으로 이루어진 것으로 나타나고, 이는 처분청의 공적견해로 볼 수 있는 점 등에 비추어 청구법인에게 신고·납부의무를 게을리 한 귀책사유를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보이므로 처분청이 청구법인에 한 가산세 부과는 부가가치세 부과처분액에서 차감하여 그 세액을 경정하여야 할 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장에 일부 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.