신축한 건물의 취득가액이 불분명하다고 보는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 2005.3.29. 취득한 전라북도 OOO OOO OOO OO OOOOO 대지 116㎡, 같은 곳 562-3 전 2㎡, 같은 곳 563 대지 529㎡, 같은 곳 564-1 대지 156㎡(4필지의 토지 803㎡를 이하 “쟁점토지”라 한다)의 지상에 2006.4.21. 4층의 근린생활시설 1,424㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지를 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축하여 2007.7.26. 쟁점부동산을 1,720,000,000원에 일괄 양도한 후, 쟁점부동산의 양도가액을 양도당시의 기준시가에 의하여 안분계산하여 쟁점토지 719,661,733원, 쟁점건물 1,000,338,267원으로 각각 산정한 다음, 취득가액을 쟁점토지는 실지거래가액인 611,764,240원으로 하고, 쟁점건물은 신축공사비 등이 불분명하다는 이유로 환산가액인 927,945,366원으로 하여 2007.9.30. 양도소득세를 예정신고·납부하였다.
• 나. 처분청은 2009.9.2.부터 2009.9.10.까지 청구인에 대하여 양도소득세실지조사를 실시하여 지출한 사실이 확인되는 신축공사비 684,865,250원에 취득세 및 등록세 합계 20,626,550원을 가산한 705,491,800원을 쟁점건물의 취득가액으로 하여 양도차익을 산정하고 2009.12.3. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 114,590,030원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.3.2. 이의신청을 거쳐 2010.7.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 청구인은 2005.10.17. (유)OOOOOO(OO OOOOOOOO OO)과도급금액 540,000,000원(부가가치세 별도)에 쟁점건물을 신축하기로 하는 내용으로 도급계약을 체결하고, 나머지인 미장공사·방수공사의 일부, 전기공사, 옥상공사, 바닥포장공사 등의 공정은 청구인이 직영으로 공사하였으나, 직영공사비에 대한 증빙자료가 제대로 갖추어 있지 아니하고, OO건설이 도급계약서의 내용대로 공사를 시행하였는지도 정확히 파악할 수 없으므로 쟁점건물의 취득가액이 불분명하다. 또한 처분청이 쟁점건물의 취득가액으로 인정한 705,491,800원은 쟁점건물이 준공된 직후인 2006.4.24. OOOO평가법인이 평가한 감정가액인 752,430,000원보다 낮을 뿐만 아니라 구 건설교통부장관이 과밀부담금의 부과기준으로 고시한 2006년도 표준건축비를 적용하여계산한 금액 1,902,464,000원 및 조달청의 공공청사 표준공사비를 적용하여 계산한 금액 2,089,022,670원에 비하여도 현저히 낮으므로 이를 쟁점건물의 실지취득가액으로 인정하기에는 무리가 있다. 소득세법 시행령제176조의2【추계결정 및 경정】규정은 납세자 및 과세관청 모두가 양도소득세 산정의 기초가 되는 취득가액을 확인하고자 적극적인 노력을 기울였음에도 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 납세자에게 불리하여도 적용할 수밖에 없는 것이고, 납세자에게 유리한 경우에도 과세관청이 객관적인 다른 방법으로 과세할 수없는 경우에는 적용되어야 할 것인데, 청구인의 경우 처분청이 파악한 신축공사비보다 많은 비용이 소요되었음에도 불구하고, 이를 입증할 만한 객관적인 증빙을 제출하지 못한다 하여 과다하게 양도소득세를 부과하는 것은 불합리하므로 쟁점건물의 취득가액이 불분명한 것으로 보아 위 규정에 의하여 산정한 환산가액을 적용하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 양도소득세에 대한 실지조사를 실시한 결과, 쟁점건물 취득가액이 705,491,800원임이 공사도급계약서, 거래상대방의 문답서, 금전출납부 등의 대금결제증빙에 의하여 객관적으로 확인되었으므로 쟁점건물의 취득가액이 불분명하다는 청구인의 주장은 타당하지 아니하다. 또한 청구인은 처분청이 쟁검건물의 취득가액으로 인정한 금액이 OOOO평가법인의 감정가액 및 구 건설교통부장관이 과밀부담금의 부과기준으로 고시한 2006년도 표준건축비를 적용하여 계산한 금액등에 비하여 현저히 낮다고 주장하고 있으나, 쟁점건물의 신축공사비가 적정한지 여부를 감정가액 등에 비추어서 판단하는 것은 합리적이지못하며, 연도별 표준건축비 또한 서울특별시에 소재하는 대형건축물에 과밀부담금을 부과하기 위하여 고시한 것이므로 이를 전주시에 소재하고 있는 쟁점건물에 대하여 적용하는 것도 적절하지 아니하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 신축한 건물의 취득가액이 불분명하다 하여 취득가액을 환산가액으로 신고한 것에 대하여 실지조사를 실시한 결과 확인된 신축공사비 등을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 소득세법(2007.12.31, 법률 제8825호로 개정되기 전의 것) 제97조【양도소득의 필요경비계산】① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액.다만, 제96조 제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가 나.가목 본문의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것 제100조【양도차익의 산정】① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항의 규정에 따라매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 양도차익을 산정함에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액ㆍ매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령 (2007.2.28. 대통령령 제19890호로 개정되기 전의 것) 제89조【자산의 취득가액 등】① 법 제39조 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액에 의한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세ㆍ등록세 기타 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가행한 제조ㆍ생산 또는건설 등에 의하여 취득한 자산은원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액 제163조【양도자산의 필요경비】① 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문에서 “취득에 소요된 실지거래가액”이라 함은 다음 각호의 금액을 합한 것을 말한다.

1. 제89조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(괄호 생략)

⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 "대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액"이라 함은 제176조의 2 제2항 내지 제4항의 규정에 의한 가액을 말한다. 제176조의2【추계결정 및 경정】① 법 제114조 제5항 본문에서 “대통령령이 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1.양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

② 법 제114조 제7항에서 "대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액"이라 함은 다음 각호의 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다.

2. 법 제96조 제1항 및 동조 제2항 제1호 내지 제9호(제6호의 규정은 제4항의 규정에 의한 의제취득일 전에 취득한 자산에한하여 적용한다)의 규정에 의한 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액 양도당시의 실지거래가액, 취득당시의 기준시가 제3항 제1호의 매매사례가액 × ───────────────── 또는 동항 제2호의 감정가액 양도당시의 기준시가(괄호 생략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 쟁점부동산 양도가액을 양도당시 기준시가에 의하여안분계산하여 쟁점토지를 719,661,733원, 쟁점건물을 1,000,338,267원으로 각각 산정하고, 쟁점토지 취득가액을 실지거래가액인611,764,240원으로 인정한 것에 대하여는 당사자 간에 다툼이 없다.

(2) 양도소득세 조사종결보고서 및 경정결의서에 의하면, 청구인이 쟁점부동산의 양도에 대한 양도소득세를 신고하면서 쟁점건물의 취득가액이 불분명하다 하여소득세법 시행령제176조의2 제2항 제2호의 산식에 의하여 계산한 927,945,366원을 취득가액으로 계산한 것에 대하여, 처분청은 양도소득세의 실지조사결과확인된 705,491,800원을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세하였음이 나타난다.

(3) 건축물관리대장에 의하면, 쟁점건물에 대하여 OO건설을 시공자로 하여 청구인의 명의로 2005.10.14. 건축허가를 받았고, 2006.4.21. 사용승인이 난 후에, 2007.7.26. OOO 명의로 소유권이 이전되었다.

(4) 처분청이 쟁점건물의 취득가액에 대하여 조사한 주요 내용을 보면 다음과 같다. (가) OO건설에 출장하여 2005.10.17. 체결한 공사도급계약서, 세금계산서 교부내역, 금전출납부 및 공사대금의 결제서류 등을 제시받아 이를 확인한바, 도급금액인 540,000,000원(부가가치세 제외)이 정당한 것으로 확인되므로 쟁점건물의 신축공사비로 인정한다. (나) 청구인이 쟁점건물의 신축공사 중 일부를 직접 시공하고 공사비로 318,145,500원을 지출하였다는 주장에 대하여 확인한바, 그 중에 235,280,250원은 증빙서류와 대금결제사항이 없으므로 쟁점건물 취득가액으로 인정할 수 없으나,아래와 같이 구체적인 도급계약서 및 대금지급사항 등에 의하여 직영으로 시공한 사실이 객관적으로 확인되는 금액인 82,865,250원만큼은 쟁점건물의 취득가액으로 인정한다. OOO OOO OOOOO (OO O O) (다) 쟁점건물을 시공한 OO건설의 금전출납부상에 2006.3.14.부터2006.5.13.까지 청구인이 공사비로 62,000,000원을 입금한 것으로 기재된 것에 대하여, 청구인은 OO건설의 전 대표이사이자 쟁점건물의 신축공사 당시 현장소장인 OOO가 개인적으로 청구인으로부터 도급받아 공사를 진행하였다고 주장하나, 실제로는OO건설이 도급받아 시공한것으로 판단되므로 62,000,000원을 쟁점건물의 추가공사비로 인정하고, 관할세무서장에게 OO건설과 관련된 과세자료를 파생한다. (라) 청구인이 쟁점건물에 대한 소유권 보존등기 이행과 관련하여 납부한 취득세 15,421,950원과 등록세 5,204,600원 합계 20,626,550원을 쟁점건물의 취득가액에 포함한다. (마) 따라서 쟁점건물의 취득가액은 청구인이 OO건설과 체결한 신축공사 도급금액 540,000,000원, 청구인이 직영한 공사비 82,865,250원, 지출한 사실이 확인되는 기타 추가공사비 62,000,000원 및 취득세·등록세 20,626,550원의 합계액인 705,491,800원이다.

(5) 처분청의 심리자료에 의하면, 아래와 같은 내용이 나타난다. (가) 청구인과 OO건설 간에 2005.10.17. 체결된 표준도급계약서에 의하면, 도급금액이 540,000,000원(부가가치세는 별도임)으로 기재되어 있고, OO건설은 청구인에게 쟁점건물에 대한 신축공사비에 상당한 공급가액의 합계액이 540,000,000원인 세금계산서를 교부하였고, OO건설 금전출납부에는 청구인이 2006.5.3.부터 2006.9.5.까지 3회에걸쳐쟁점건물 신축공사비로 524,000,000원을 입금한 것으로 기장되어 있다. 그리고 청구인은 2009.9.9.자 문답서에서 당초 OO건설이 쟁점건물에 대하여 836,000,000원의 공사견적서를 제시하였으나, 청구인의어려운 자금사정으로 인하여 견적한 내용 중 2억원에 상당하는 일부의 공사를 직영하기로 합의하여 도급금액을 540,000,000원(부가가치세는 제외)으로 하여 도급계약을 체결하였다는 내용으로 진술하였다. 또한 OOOOO OOOOO OOO은 2009.9.7.자 문답서상에서 당초에는 OO건설은 쟁점건물을 평당 1,620,000원에 건축하는 것으로 하여 전체 도급예정금액을 670,680,000원으로 하여 견적서를 제시하였으나, 청구인이 직영하여 처리하는 부분, 설계비 및 산재보험료 등의공과금 등을 부담하기로 함에 따라 도급금액 540,000,000원(부가가치세 제외)에 도급계약을 체결하였다는 취지로 진술하였다. (나) OOOO평가법인이 쟁점부동산에 대하여 감정평가한 내용을 요약하면 아래와 같으며, 처분청이 쟁점건물의 취득가액으로 인정한 705,491,800원은 건물감정가액 752,430,000의 93.7% 수준이다. (다) 쟁점건물에 대한 소유권보존등기신청서에 첨부된 2006.4.28.자 등록세 영수증상의 과세표준액은 542,147,200원이다.

(6) 살피건대, 처분청이 양도소득세 실지조사과정에서 도급계약서, 대금지급증빙, 세금계산서 교부사항, 거래상대방의 확인 및 취득세·등록세 영수증 등에 의하여 쟁점건물의 신축공사비를 구체적으로 확인한 점, 처분청이 인정한 쟁점건물의 취득가액이 감정가액의 93.7%이므로 큰 차이가 없고, 신축건물 취득가액은 원가의 성격이 강하나 감정가액은 시가에 가까우므로 그 정도의 차이는 별다른 문제가 없어 보이는 점 등을 감안할 때, 처분청이 직영공사비 가운데 지출사실이 객관적인 증빙서류에 의하여 확인되지 아니하는 일부의 금액을 취득가액으로 인정하지 아니하였다는 이유만으로는 쟁점건물의 취득가액이 불분명한 것으로 보아 환산가액으로 산정하기는 어렵다 하겠다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.