조세심판원 심판청구 법인세

사업권 양도대가를 익금 산입함에 있어 산출 근거나 합리성을 찾아보기 어려움

사건번호 조심-2010-광-2256 선고일 2012.02.17

처분청이 양 법인간의 거래의 실체를 부인하고 사업부지의 매입 및 매각 과정에서 그 중 한 법인이 청구법인의 도관 역할만을 수행한 것으로 보기는 무리가 있어 보일 뿐만 아니라, 사업권의 양도대가 중 청구법인에 귀속되는 프리미엄 상당액을 산출한 근거 또한 일종의 추계에 의한 산출방식으로서 그 법률상 근거나 합리성을 찾아보기 어려움

주 문

OO세무서장이 2010.3.16. 청구법인에게 한 2006사업연도 법인세 OOO원의 부과처분 은 이를 취소한다.

1. 처분개요
  • 가. OO지방국세청장은 2009.10.29. ∼2010.1.13. 기간중 청구법인에 대한 세무조사 결 과, 청구법인과 OOO 주식회사 및 OOO 주식회사가 OOO학교부지(이하 “사업부지”라 한 다) 및 아파트사업시행에 관한 권리 일체 (이하 “사업권”이라 한다)를 OOO 주식회사에 양도 하는 과정에서 부당거래 를 한 것으로 보고, 사업권의 양도대가 OOO원 중 청구법인의 도관(conduit)역할을 한 것으로 조사된 OOO 주식회사 명의로 청구법인이 보유하고 있던 기간중의 프리미엄 상당액을 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)으로 산정하고 쟁점금액을 익금에 산입하여 2010.3.16. 청구법인에게 2006사업연도 법인세 OOO원을 경정 ․ 고지하였다.
  • 나. 청구법인은 이에 불복하여 2010.6.7. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인의 실지사주인 김OO(OOO의 총사주)이 사업부지 매입과정에서부터 토지가격협상 등에 주도적으로 개입하였다 하여 OOO 주식회사가 사업권을 OOO 주식회사에 양도하고 받은 사업권의 양도대가 OOO원 중 OOO원(쟁점금액)에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용하고, 쟁점금액을 청구법인의 각사업연 도 소득금액 계산상 익금에 산입하여 법인세 과세표준 및 세액을 경정한 처분은 다음과 같은 이유로 부당하다. (가) 사업부지 매입에 관한 모든 법률행위는 청구법인이 아닌 OOO 주식회사가 주도하였음에도 단지, 김OO이 토지가격협상 등에 개입한 사실이 있다 하여 OOO 주식회사의 법인격과 법률행위 자체를 부인하고, 그 경제 적 효과가 청구법인에게 귀속된 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 부당하다. 2005.5.9. OOO 주식회사는 OOO 85,292㎡(사업부지)에 대한 매매계약을 체결하고, 약정내용에 따라 계약금 및 중도금 OOO원을 2006.3.2.까지 4차례에 걸쳐 지급하였으나, 임대아파트 건설업만을 주로 시행하던 OOO 주식회사로서는 신 규 분양시장의 극심한 침체, 아파트사업시행 인가의 어려움, 금융권의 PF자금동원 난관 등에 봉착하여 자체적인 고급아파트의 분양사업 추진 이 어렵다고 판단하고 아파트사업시행 전문회사인 OOO 주식회사 에 계 약금과 중도금 합계액 OOO이 지급된 상태에서 2006.10.20. 사업부지 에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하였다. 이러한 결정은 아파트사업부지에 대한 손절매를 통하여 불황을 이겨내고 기업경영의 정상화를 도모하는 방법으로 주택건설업계에서 흔히 채택되는 기업경영기법인 바, OOO 주식회사로서는 더 큰 손실의 수렁에서 빠져나오는 것이 최선이라고 판단하고 사업을 포기한 것이다. (나)사업부지를 그대로 인계받은 OOO 주식회사는 각종 인허가절차를 진행하여 2007.6.20. OOO 건설사업시행 허가를 얻었다. 사업부지에 대한 계약금 및 중도금 OOO원이 지급(정산)된 상태 에 서 사업부지를 인수받은 OOO 주식회사는 계약조건에 따라 OOO 주식회사에 OOO원을 지급하고, OOO에 토지대금 중 잔금을 전액 지급하였으며, 아파트를 건설 ․ 분양하기 위하여 교통영향 평가, 지구단위계획, 지반조사, 설계측량 및 기존건물의 철거공사 등 제 반절차와 허가를 자체비용(OOO원)과 책임하에 진행, 주택건설 사 업계획 승인을 신청하여 2007.6.20. OOO으로부터 주택건설사 업계획 승인을 받았다. 또한, 같은 날 OOO를 대주로 하고 시공사를 주식회사 OOO로 하는 프로젝트파이낸싱(PF)사업 약정을 체결하고 사업부지매입자금 및 초기사업비충당 목적으로 OOO원을 승인받았

  • 다. (다) 주택건설사업계획 승인을 받은 OOO 주식회사는 대형아파 트 단지를 건설 ․ 분양하여 고도성장의 기반을 마련하고자 하였으나, 여의 치 않게 되자 부득이 사업부지와 사업권을 OOO 주식회사에 다시 양도하였다. OOO 주식회사는 아파트건설사업시행에 관한 제반절차를 완료 하고 아파트분양을 시작하려 했으나, 신규아파트분양시장은 얼어붙어 있었고, 더욱이 OOO 주식회사가 시행하고자 하였던 사업부지는 OOO의 일반버스 및 고속버스터미널 바로 앞에 위치한 관계로, 매입단가가 평당 300만원에 이르러 분양가격을 당시로서는 고가인 OOO원 이상으로 책정할 수 밖에 없는 여건이었는 바, OOO의 경제력이나 경기여건 등에 비추어 볼 때, 도저히 순조 로 운 분양이 어렵다고 판단하고 사업부지 및 사업권을 대기업인 OOO 주식회사에 양도하게 된 것이다. 만약, 지방 중소건설회사에 불과한 OOO 주식회사가 무리하게 사업추진을 계속하였다면, 그 후 불어닥친 금융위기의 여파로 OOO 주식회사를 비롯한 관련회사가 큰 어려움에 봉착하게 되었을 것은 분명 한 사실이다. 사업부지와 사업권을 OOO 주식회사로부터 양수한 OOO 주식회사는 2008년 4월경 33평형, 42평형, 49평형, 58평형 등 아파트 1,096세대를 분양하였으나 청약율이 극히 저조하여 현재까지도 미분양아파트에 대하여 할인분양을 하고 있는 실정이다. (라) 이러한 일련의 거래과정에서 보듯이 OOO 주식회사와 OOO 주식회사의 거래실체를 부인하는 것은 조세법률주의에 위배되는 것이다. 처분청은 청구법인이 계열회사의 주력회사로서 실지사주인 OOO이 모든 의사결정에 주도적으로 관여하고 있고, 소속 직원들이 동일한 장소에서 근무하고 있으며, 계열사 구분없이 통일된 급여체계를 가지고 있다 하여 실제로는 하나의 회사로 운영된다고 보아 학교법인 OOO 과 OOO 주식회사간의 거래, OOO 주식회사와 OOO 주식회사 간의 거래, OOO 주식회사와 OOO 주식회사 간의 거래의 실체 를 부인하고 모든 거래의 주체를 청구법인으로 보아 과세한 것인 바, 이는 “납세의무자가 경제활동을 함에 있어서 동일한 경제적 목적을 달성하기 위해서는 여러 가지 법률관계 중 하나를 선택할 수 있는 것이 고, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 납세의무자가 선택한 법률관계를 존중하여야 한다.”는 대법원 판례(대법원 2000두963, 2001.8.21., 대법원 2006두13008, 2006.7.13. 같은 뜻)의 입장과 배치되는 것이고, 계열법인간 지배주주의 경영권행사를 하나의 회사가 주도하는 것으 로 보아 계열사간의 정당하고 독립적인 거래를 부인하는 것도 “조세법규의 해석을 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적인 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다.”는 대법원 판례(대법원 2002두9537, 2003.1.24. 등 다수)에 배치되는 것이며, 조세 법률주의에도 위배되는 것이다. (마) OOO 주식회사가 도관행위만 하였다는 처분청의 주장은 OOO 주식회사의 적법하게 이루어진 법률행위와 법인격을 완전히 부인하는 초법적인 판단이다. 처분청이 주장하는 도관회사에 대한 판단기준(국세청 적부 2007-0133, 2008.4.23.)은 다음과 같다.

1. 도관회사에 대하여는 거래자체를 부인하거나 조세협약상 거주자 지위를 부인하는 것이 아니라 사실관계 규명 등을 통해 거래의 주요 목적(main purpose)이 조세회피에 해당하는 경우 조세협약상 혜택의 적용만을 부인하는 것이다.

2. 조세협약상 혜택을 작용받기 위해서는 단순히 거주자증명, 납세 사실, 인적 ․ 물적자산(resource)의 존재만으로는 충분하지 않으며, 정당 한 사업목적(reasonable business purpose)의 존재, 실질적 사업활동수행 등 당해 거래체결 또는 소득처분 등과 관련하여 독립적으로 완전한 지배통제권을 행사하였어야 한다. 의 판단기준으로 볼 때, 사업권 양도거래는 조세협약상 혜택의 적용만을 목적으로 한 거래가 아니라 법인간의 독립적인 거래이고, OOO 주식회사와 OOO 주식회사는 당해 거래만을 주목적으로 설립된 법인이 아니며, 이 건 거래 이외에도 독립적인 사업 을 계속적으로 수행하고 있는 법인이다. 또한, OOO 주식회사는 인적 ․ 물적설비를 갖추고, 임대주택건설사업을 영위하는 법인으로 자산규모는 2005년말 OOO원, 2006년말 O,OOOO원, 종사직원은 2005년말 OOO명, 경상이익은 2005년 OOO억, 2006 년 OOO원으로 지극히 정상적으로 운영되는 회사이다. 처분청은 OOO과의 매매계약 과정에서 사업부지 매입가격협상, 가격조정, 계약체결 등 일체의 법률행위를 주식회사 OOO에서 수행하였고, OOO 주식회사는 단지 도관행위만 하였다고 주장하면서 계약금 및 중도금 OOO도 청구법인이 지급한 것으로 보고 있으나, 계약금과 중도 금 OOO원을 OOO 주식회사가 부담한 사실이 재무제표 및 금융기관의 금융자료에 의해 입증되고 있으므로 당해 거래에 따른 자산의 취득 및 매각대금의 실질적인 귀속은 청구법인에게 귀속되는 것이 아니다(서울행정법원 2006구합32788, 2007.9.4. 참조) (바) 처분청의 주장처럼 설령, 청구법인의 실지사주인 김OO이 사업부지매입 당시 OOO 이사장과 매매가격을 협의한 사실이 있다 하더라도 청구법인에게 소득을 귀속시킨 것은 법인세법 제52조 (부당행위 계산부인)를 잘못 적용한 것이다.

1. 부당행위계산부인은 법인이 특수관계자와 거래함에 있어 경제적 합리성이 결여된 것으로 인정되는 경우 과세당국이 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 객관적으로 타당한 소득이 있었던 것으로 보아 소득금액을 다시 계산하여 과세하는 제도로써 그 행위자체를 부인하는 것과는 본질적으로 다르다.

2. 따라서, 「 법인세법 」 상의 부당행위계산부인 제도는 과세목적상 소득금액의 재계산을 위한 것에 불과하며 법인과 그 특수관계자간에 적법 ․ 유효하게 성립한 법률행위나 계산 그 자체의 사법상 효력까지 부인하는 것은 아니고, 부당행위계산부인의 효과는 과세소득금액 계산 에만 영향 을 미칠 뿐 그 행위의 법률적 효력에까지 영향을 미치는 것은 아니다.

3. 그런 의미에서 과세당국이 「 법인세법 」 제52조에 의하여 내국법인 의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각사업년도의 소득금액을 재계산할 수 있는 것이다.

4. OOO 주식회사와 OOO 주식회사간의 거래자체를 부인 하고 실지 거래주체를 청구법인으로 보아 부당행위계산부인규정을 적용 한 것은 적법 ․ 유효하게 성립한 법률행위나 계산 그 자체의 사법상 효력을 부인하지 아니하고 과세소득금액 계산에만 영향을 미치는 부당행위계산부인제도의 기본취지에 위배된다.

5. OOO은 “과세관청이 부당행위계산부인에 관한 「 법인세법 시행령 」 제88조 제1항 각호를 적용함에 있어서 조세법률주의의 원칙상 과세대상이 된 거래의 법 형식에 따라야 하고, 과세관청이 임의로 당사 자가 선택한 거래형식을 부정하고 새로이 거래형식을 구성하여 위 규정 을 적용할 수는 없는 것이다”라고 판시(서울행정법원 2008구합31536, 2009.6.12., 참조)하였다.

6. 만일, OOO 주식회사와 OOO 주식회사의 거래실체를 부 인하는 것이 적법 ․ 타당하다고 가정한다면, 당해 거래에 대하여 실질과세원칙에 따라 청구법인에 대하여 과세를 하는 경우에는 OOO 주식회사의 신고내용에 대하여는 감액경정을 하여야 한다.

7. 이 건은 부당행위계산부인의 적용요건이 성립되지 아니하는 것으 로, 부당행위계산부인은 「 법인세법 」 제52조, 같은 법 시행령 제87조 및 제88조 에 의하여 법인이 특수관계자와 거래를 함에 있어서 조세부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우 소득금액을 재계산하는 것으로 아래와 같은 세 가지 요건을 반드시 충족하여야만 한다.

① 특수관계자와의 거래시 거래당사자가 상호 특수관계자일 것

② 행위 ․ 계산의 부당성 판정시 시가를 기준으로 할 것

③ 법인소득에 대한 조세부담의 감소가 있을 것 OOO 주식회사가 OOO 주식회사에 사업부지를 2006.10.20. 양도한 데 대하여 OOO 주식회사의 거래실체를 부인하고 청구법인 이 OOO 주식회사에 양도한 것으로 보아 부당행위계산부인을 하면서 거래행위 당시에는 존재하지도 아니하던 사업권(OOO 주식회사는 2007.8.23. 권리의무 승계)의 사후 거래가액을 시가로 보아 과세한 것은 부당행위계산부인에 있어 행위 ․ 계산의 부당성 판단시점인 거래행위 당시를 기준으로 판단하여야 함에도 거래행위 당시에 존재하지 아니 하는 사실에 대하여 과세한 결과가 되므로 부당하다. 한편, 자산의 취득, 양도 등 가액의 산정이 정상적인가의 여부는 그 대금 을 확정짓는 거래행위 당시를 기준으로 판단하여야 하고, 거래당시 라 함은 일반적으로 매매계약에 의하여 거래가 확정되는 날이라는 심판 결정례와 예규도 존재하고 있다(법인 46012-1594, 2000.7.18. ; 국심 94 광3654, 1995.1.25.).

8. 부당행위거래 당시에는 사업권 자체가 존재하지 아니하는 것으로, 토지와 건물을 OOO 주식회사가 OOO 주식회사로부터 원래의 상태로 2006.10.20. 양수받아 사업권과 관련된 실질적인 행위인 구건물철거공사, 측량 및 지반조성, 인허가절차 등의 사업권 취득과 관련된 제반 행위와 절차를 독립적으로 수행하여 2007.6.20. OOO 으로부터 주택건설사업계획 승인을 얻어 지배와 통제가 가능한 배타적 무형자산의 권리가 형성되었으므로, 부당행위거래 당시인 2006년에는 OOO 주식회사의 권리창출에 일체의 행위를 하지 아니하여 아파트분양 에 대한 법률상의 지위가 존재하지 아니하는 무형자산인 사업권에 대하여 과세한 결과가 된 것이다. 참고로, 사업권 양도의 공급시기는 배타적으로 이용가능하게 된 때이며, 재화의 공급시 인도일의 다음날부터 최종부불금 지급일까지의 기 간 이 확정되지 아니하는 경우에는 장기할부판매에 해당되지 아니한다는 예규도 존재하고 있다(법규과-3999, 2007.8.22.). OOO 주식회사가 OOO 주식회사에 사업부지를 양도한 2006.10.20.에는 아파트분양사업에 대한 배타적 권리와 의무가 형성되어 있지 아니하였기 때문에 공급대상 자산 그 자체가 존재하지 아니하였

  • 다. 참고로, 무형자산이란 「 법인세법 」 제23조 제2항, 같은 법 시행령 제24조 제1항 제2호 가목, 같은 법 시행규칙 제12조에 의하면, 사업의 양도 ․ 양수과정에서 양도 ․ 양수자산과는 별도로 양도사업에 관 한 허가 ․ 인가 등 법률상의 지위, 사업상 편리한 지리적 여건, 영업상 의 비법, 신용, 명성,거래선 등 영업상의 이점 등을 감안하여 적절한 평가방법에 따라 유상으로 취득한 금액을 말하는 바, 만일, 사업권에 대한 과세당국의 판단이 옳다면 존재하거나 확정 되지도 아니한 배타적 권리가 존재하지도 아니하는 무형자산으로서의 사업권에 대하여 그 가액을 합리적으로 추정하여 OOO 주식회사가 OOO으로부터 사업부지를 매입할 때부터 대차대조표에 사업권 가액 을 자산으로 인식하고 「 법인세법 」 에 따라 감가상각하여 손금으로 계상하는 것이 적법타당하다. 또한, 기 업회계기준 제11장(한국회계기준원 회계기준위원회 의 결)에 의한 회계학상 무형자산의 개념은 물리적 실체는 없지만 기업이 식별 가능하고 기업이 통제하고 있으며 미래의 경제적 효익이 있는 자산으로

① 첫째, 자산의 분리, 분할이 가능하여 개별적으로 계약, 매각, 임대, 교환 이 가능할 것, 둘째, 자산이 계약상 권리 또는 기타 법적 권리로부터 발생할 것 중 하나를 충족할 것(식별가능성),

② 기업이 자산을 통제하고 있는 것으로 일반적으로 법원이 강제할 수 있는 법적 권리로부터 나오는 통 제가능성이 있을 것,

③ 미래 경제적효익이 있을 것 등의 세가지를 모두 충족하여야 하는 것으로 정의되는 바, 토지와 구건물을 OOO 주식회사가 OOO 주식회사에게 취득 당시의 원상태로 양도한 것은 사업권의 법적권리를 취득하지 않은 상태에서 토지와 구건물만 거래한 것으로, 당해 거래시점에서는 무형자산인 사업권을 식별할 수도 없고 배타적으로 통제할 수도 없으므로 자산으로 인식할 수 없다. (자) 이러한 일련의 진행과정은 건전한 사회통념이나 상거래 관행과 경제적 합리성에 기초한 기업경영판단에 의하여 결정된 것은 물론 청구법인이 OOO 주식회사에게 이익을 분여하기 위하여 부당하게 개입하거나 비정상적인 거래를 주도한 점이 전혀 없는 정상거래이다. 따라서, OOO 주식회사가 사업권을 양도한 대가 중 일부인 O,OOO OO원을 청구법인의 각 사업년도 소득금액 계산시 익금에 산입한 처분 은 부당하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구법인과 OOO 주식회사 및 OOO 주식회사는 「 상법 」 상 주식회사로 별도의 법인격을 갖고 있으나, 이들 업체들은 주력회사인 주식회사 OOO의 방계회사로 인력과 조직을 형식적으로 배치시켜 놓았을 뿐, 실제로는 주식회사 OOO의 구성원으로 조직을 갖추고 영업활동을 하고 있으며 직원 개개인이 때로는 주식회사 OOO 등 계열회사(주식회사 OOO, OOO 주식회사, 주식회사 OOO, 주식회사 OOO, 주식회사 OOO, OOO 주식회사, OOO 주식회사, 주식회사 OOO)의 업무를 수행하고 있다.

(2) 주식회사 OOO은 아파트시공, 시행, 분양대행 등 실질적으로 OO계열의 모든 사업을 실지로 시행한 사업주체에 해당하고 그 실지 사주 는 OOO 회장이다.

(3) OOO 주식회사는 아파트 분양 및 임대업을 영위하는 법인으로 OOO에 소재하고 있으며, 대표이사 OOO은 1990년부터 1998년까지 주식회사 OOO에 재직하였던 자로 2005.12.31. 현재 주주현황은 아래와 같다.

(4) 위 주주 중 OOO이 소유한 주식은 세무조사 과정에서 실질적인 사주인 OOO의 배우자 인 OOO의 주식을 명의신탁한 것으로 확인되어 「상속세 및 증여세법」 제45조의2 에 따라 명의신탁에 의한 증여의제로 과세하였다.

(5) 위 명의수탁자 OOO등은 2005.3.25. 자신들의 명의로 소유한 주식을 OOO 주식회사 등에게 처분하였으며 처분된 주식대금을 2005.3.31. OOO에게 입금한 사실이 확인되었는 바, 적어도 주식처분일인 2005.3.25.까지는 주식회사 OOOO의 실지사주인 OOO이 당해 회사를 지배하여 온 것으로 보아 야 한다.

(6) 또한, 주식회사 OOO의 임직원들은 위 계열법인의 대표이사 등으로 등재되어 있으나 명목상의 대표이사일 뿐이고 실지로는 주식 회사 OOO건설의 각 부서에서 임원, 차장, 부장 등 임직원으로 근무하고 있는 바, 실례로 OOO 주식회사의 대표이사 OOO은 OOO 회장 비서실의 차장으로 근무하고 있는 것으로 OOO건설 주식회사의 조직도 에 나타난다.

(7) 위 명목회사들은 공사수주 목적, 사업시행목적 등에 따라 TF형식으로 구성하여 목적사업을 수행하며 이 때 내부적으로 명목회사를 관리하는 직원을 지정하여 운영하고 있고, 실제로는 OOO 사무실에서 근무하고 있으며 소속 직원들의 급여도 OOO건설 주식회사 소속 경영지원본부에서 작성하여 시행하고 있는 급여지급규정에 따라 계열사별 구분없이 급여체제를 통일화하여 일률적으로 지급하고 있는 등 실제로는 하나의 회사형태로 운영중인 사실이 주식회사 OOO의 직원현황, 급여지급 내부문건 등에 나타난다.

(8) 특수관계자간 거래에 대하여 부당행위계산부인규정을 적용하여 사업권양도대가 OOO원 중 OOO 주식회사 명의로 청구법인이 보유 한 기간 동안의 사업권 프리미엄 상당액 OOO원을 청구법인에게 익금산입하여 과세한 처분은 다음과 같은 이유로 정당하다. (가) OOO 주식회사는 아파트를 신축할 목적으로 사업부지를 2005년 5월 취득하였다가 2년 3개월이 경과한 2007년 8월에 OOO 주식회사에 양도하였고, 이 과정에서 토지대금 OOO원 이외에 사업권양도대가로 OOO원을 OOO 주식회사로부터 수령하였는바, 사업 부지와 관련한 토지대금 및 사업권 양도대금의 흐름은 아래와 같다. (나) 청구법인과 OOO 주식회사와의 관계를 보면, OOO 주식회사의 주식은 2005.3.25.까지 OOO의 배우자인 OOO가 OOO주(총발행주식 OOO주의 15.63%)를 소유하고 있어 「법인세법」상 청구법인의 특수관계자에 해당될 뿐만 아니라, OOO 주식회사에 대하여 OOO이 구체적으로 업무지시를 한 사실이 2006 년 작성된 “11월 사장단 회의시 각사별 점검사항” 및 “각계열사별 지시점검사항”에 나타난다. 또한, 2005.6.17. 작성된 “채권보유현황”, 2005.3.9. 작성된 “OOO총괄자금현황” 서류에는 청구법인, OOO건설 주식회사 등 계열사 외에도 OOO의 채권보유현황 및 각종 예금잔액 등의 자료를 계속 관리하고 있는 사실이 나타난다. 주식회사 OOO이 OOO에 제출한 “고객기본자료제공서”에도 OOO 주식회사의 경영실권자(소유자)를 OOO로 표기하고 있고 “재무구조개선확약서”에도 계열회사로 표시되어 있는 내용이 나타나는 바, OOO 주식회사는 적어도 2005년까지는 청구법인의 실질지배를 받고 있는 특수관계자에 해당된다고 보아야 한다. (다) 실지귀속에 따른 부당행위계산부인에 대하여 보면, 청구법인은 사업부지의 취득 및 양도, 사업권 양도대가와 관련한 모든 법률행위를 OOO 주식회사가 행하였다고 주장하면서 청구법인의 대표이사인 OOO이 사업부지 매입과정 및 협상에 참여하였다 하여 OOO 주식회사 의 법인격과 법률행위 자체를 부인하고 그 경제적 효과를 청구법인 에게 귀속시킨 것은 모든 법인이 실재한다는 기본가정을 부인한 것이라 고 주장하나, 처분청이 여러 증빙에 의하여 확인한 바, 청구법인과 관련 계열법인들은 위에서 설명한 회사의 운영실태와 같이 OOO을 정점으로 하여 부동산취득, 아파트신축분양, 자금조달, 일부 아파트임대 등의 업무를 수행하고 있는 바, 사업부지 매입 등의 업무를 어느 법인의 명의로 할 것인 지 등의 결정권을 OOO이 가지고 있다. 2005년 5월 사업부지 취득과 관련하여 향후 설명하는 근거자료와 같이 사업부지의 취득, 양도 및 사업권의 양도가 실질적으로 청구법인 에서 기획되고 실행된 사실이 확인되므로 「 국세기본법 」 제14조의 규정 에 따라 청구법인을 실지귀속자로 보아 「 법인세법 」 의 규정을 적용한 것임 에 도 청구법인은 처분청이 모든 법인이 실재한다는 기본가정을 어긴 것처럼 주장하는 것은 타당하지 아니하다. 청구법인의 사업부지와 관련한 회계처리를 보면, 청구법인은 리젠 시빌 주식회사가 토지취득에 따른 중도금을 지급한 상태에서 모든 권리의무를 전부 OOO 주식회사로 넘김으로써 양도차익이 전혀 발생 하지 아니하도록 하였고(사업부지 매매대금 OOO원 중 계약금, 중도금 등OOO원이 지급된 상태에서 권리의무승계 방식으로 양도하여 양도 차익이 발생하지 아니함), 또한, 사업권 양도대가가 전혀 없는 상태에서 양도함으로써 표면 상으로 「 국세기본법 」 상 실질과세 문제(귀속 및 거래내용의 실질)가 발생 하지 아니하도록 한 채, 사업부지를 OOO 주식회사에 넘긴 것이다. 따라서, 처분청은 「 국세기본법 」 제14조의 규정에 의한 귀속과 거래 내용에 관한 실질과세의 원칙을 적용하여 사업부지의 취득, 양도 및 사업권 양도로 인한 경제적 이익이 실지 행위자인 청구법인에게 귀속 되는 것으로 판단하고, 수익이 발생하지 아니하도록 한 거래행위에 대하여 「 법인세법 」 제52 조 의 규정에 의한 부당행위계산부인 규정을 적용 한 것임에도 청구법 인 은 모든 법인이 실재한다는 기본적 가정을 무시하였다고 주장하고 있다. (라) 실질귀속이 청구법인이라는 근거를 밝히면, 청구법인에 대한 조사과정에서 확인한 여러 가지 서류에서 실지로는 사업부지의 취득을 청구법인이 주도하였으나 명의상으로는 청구법인의 계열법인들로 한 여러 가지 서류를 확인할 수 있었는 바, 2008.7.22. 청구법인의 경영기획부에서 작성한 “임대부지 매각방안 1차 검토보고”에서 “OOO” 등의 토지를 “OOO”로 하고, “해당법인이 특례분할요건을 충족하여 회사를 물적분할할 수 있을 것으로 판단된다”고 보고한 점을 보면, 사업과 관련하여 취득하는 부동산의 소유 명의를 계열법인인 OOO 주식회사로도 운영하고 있음을 알 수 있다. 또한, 청구법인의 경영기획부에서 2006.1.12. 작성한 “사업부지 관련 지급이자 예상” 문건을 보면, 사업부지와 관련하여 대출받는데 1차분 OOO원은 OOO 주식회사를 채무자로 하여 대출받았고, 2차분 OO,OOOOO원은 2006년 3월 대출받았으며, OOO원은 2006년 12월 에 7%의 이자율로 대출받을 것으로 예상하고 있는 서류를 보더라도 사업부지와 관련된 부분은 실지로 청구법인에서 관리하고 있었고, 이와 관련된 대출금도 청구법인이 관리하고 있었음을 알 수 있다. 그 외에도 청구법인이 작성한 “OOO 부지처리에 대한 시나리오 별 세무영향”이라는 제목의 문건을 보면, “OOO개발의 지분양도 후 OOO에 합병(안), OOO개발과 OOO의 즉시합병(안), 컨소시엄구성 후 토지지분 양도(안)” 등을 검토하였음을 알 수 있는데, 청구법인의 주장대로 사업부지가 실질적으로 OOO 주식회사 소유의 부동산이었다면 청구법인에서 사업부지 처리에 관하여 검토할 이유가 없었고, 청구법인의 경영기획부에서 작성한 “사업권 양수도시 핵심쟁점인 사업권(영업권)의 평가문제”에 대하여 검토한 문건을 보더라도 사업권 양도와 관련하여 청구법인에서 사업비를 줄이는 방안에 대해 검토하였음을 알 수 있다. 이러한 증거서류 및 정황에 의해 청구법인의 실지사주인 OOO을 상대로 임의로 확인서를 징구하였는데, 당시 작성한 확인서에는 그러한 사실을 아래와 같이 인정한 바 있다.

1. 청구법인은 아파트 건축을 위해서 청구법인의 대표이사이자 실지사주인 본인이 학교법인 OOO(이사장 OOO)과 사업부지를 총 매매대금 OOO원에 매매하기로 하였으나, 2005.5.9. 실지 매매 계약서 작성시는 청구법인의 사정으로 인해 부득이 매매계약서상 취득 자 명의를 청구법인과 특수관계있는 OOO 주식회사OOO로 하여 매매계약을 체결하였다.

2. 따라서, 사업부지의 취득과 관련하여 매매가격 협상, 가격조정, 계약체결 등의 부동산매매와 관련된 일체의 법률행위는 모두 청구법인에서 하였으며, OOO 주식회사는 도관역활만 수행하였다. (마) 청구법인이 수취하였어야 할 적정한 사업권 양도대가의 산출에 대하여 보면, 사업부지는 2005년 5월 청구법인이 취득한 시점에 총매매 대금이 OOO원에 달하는 대형규모의 아파트 신축용 부지로, 사업부지가 OOO 주식회사에 양도되는 시점에는 프리미엄이 약 OOO원이 추가되어 실제로 OOO 주식회사 입장에서는 약 OOO원을 지급하여야 동 부지를 취득할 수 있었던 상황이었고, 1,000억원을 지급하고서도 사업성이 있다고 판단하여 사업부지를 취득한 점을 고려하면 사업부지 양도당시의 토지가격은 OOO원대 이었을 것으로 추정된다. 따라서, OOO 주식회사가 OOO 주식회사로부터 수취한 사업 권 양도대금 OOO원은 첫째, 아파트 신축용지의 기간경과에 따른 지가상승 분, 둘째, OOO 주식회사의 명의로 되어 있으나 실지로는 청구법인이 취득한 사업부지의 계약금OOO, 중도금OOO, 2차중도금(OOOOOOOOO O OOOOO)의 지급에 따른 이자상당액, 셋째, 교통영향평가, 지반조사, 설 계측량, 기존건물의 철거공사 등 진행에 따른 원가가산액, 넷째, 주택건설 사업계획승인획득에 따른 프리미엄 등이 복합적으로 가산되어 “사업권양도대가”의 명목으로 OOO원이 수수된 것으로 판단되고 사업부지를 아파트 신축 목적으로 취득하였으므로 당해 토지의 취 득, 보유, 양도 단계의 어느 부분이 특별히 중요하다고 할 수 없으므로, 처분청은 가장 합리적인 배분방법으로 청구법인이 OOO 주식회사 명의로 보유하였던 기간과 OOO 주식회사가 보유하였던 기간 중의 발생원가(이자+투입원가)를 기준으로 안분계산하여 청구법인이 리젠 시빌 주식회사의 명의로 보유하였던 기간 동안의 사업권 프리미엄 상당액을 산출하였다. 사업권 양도대가는 청구법인이 OOO 주식회사 명의로 사업권을 취득하였을 때에도 계속 형성되고 있었다고 봄이 타당하다. 위에서 산출한 바와 같이 청구법인이 받았어야 할 적정한 사업권 양도대가는 OOO 주식회사의 명의로 사업부지를 보유한 이후, OOO 주식회사가 OOO에 지급한 중도금까지의 금액만 보더라도 OOO원에 달하고, 계약일(2005.5.9.)로부터 사업부지와 관련한 권리의무 승계일 (2006.10.20.)까지의 기간이 무려 1년 5개월이나 되는 점을 감안하면 어떤 형태로든 이자상당액에 해당하는 금액 만큼은 보상받았어야 함이 타당함에도 청구법인은 부득이하게 사업부지와 함께 사업권을 OOO 주식 회사에 양도한 점만 주장하고, OOO 주식회사의 명의에서 OOO 주식회사로 권리의무를 승계한 부분에 대한 사업권 양도대가에 대해서 는 전혀 언급이 없는 바, 만약, OOO 주식회사와 OOO 주식회사가 특수관계에 해당 하지 않는다면, OOO 주식회사는 실제 OOO원이 투입되었으므로 자금조달과 관련된 지급이자가 상당액 발생하였는데, 사업진행에 따른 토지대금이 상승추세에 있고 사업권 추진도 예상 되는 상황에서 이에 대한 이자상당액 조차 받지 아니하고 사업부지를 양도한다는 것은 일반적인 상거래관행에 부합하지 아니한다. 따라서, 사업부지는 OOO 주식회사에서 OOO 주식회사로 양도할 때, 사업권양도에 따른 프리미엄이 OOO원이나 붙어있는 상태 였으므로 청구법인이 OOO 주식회사(실제 행위자는 청구법인) 명의로 보유하였 던 기간 중에도 사업권의 프리미엄은 계속하여 형성되고 있었다고 봄이 타당하다. 부당행위계산부인은 법률관계나 거래사실 자체를 부인하지 못한다는 주장에 대하여 보면, 청구법인은 부당행위계산부인제도는 과세목적상 소득금액의 재계산 을 위한 것에 불과하며 법인과 그 특수관계자 사이에 적법, 유효하게 성립한 법률행위나 계산 그 자체의 사법상 효력까지 부인할 수 있는 것은 아님에도 처분청에서 OOO 주식회사와 OOO 주식회사의 거래실체를 부인하고 사법상 효력까지 부인하면서 부당행위계산부인 규정을 적용 하였다고 주장하나, 특수관계자간의 거래가 해당 법인과 특수관계없는 제3자를 통하여 이루어진 경우에도 특수관계자간의 거래로 보아 부당행위계산부인 규정 을 적용할 수 있으며(「 법인세법 시행령 」 제88조 제2항), 이러한 부당행위계산부인은 사법상의 적법하고 유효한 행위의 효력 을 부인하는 것이 아니며, 단지 납세자가 정상적인 경제인의 합리적인 거래형식에 의하지 아니하고 우회행위, 다단계행위 그 밖의 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 경감 내지 배제시키는 행위계산을 말하는 것으로서, 「 국세기본법 」 제14조 제2항에서 규정하고 있는 실질계산의 원칙에 대한 개별세법의 예에 해당하는 것이고(행법 2008구합31666, 2009.7.16), 대법원은 이 규정이 있기 전에도 우회적 또는 다단계적인 거래에 있어서 중간단계에 특수관계 아닌 자가 개입되어 있더라도 최종적인 당사자 사이에 특수관계자 간의 거래로 볼 수 있다고 판시하였는 바 (대법 90누5504, 1990.11.27.), OOO 주식회사는 청구법인의 실질적 영향력하에 있는 관계회사이고, OOO 주식회사와 OOO 주식회사의 거래에 있어서 실질 행위자는 청구법인으로, 전술한 바와 같이 청구법인은 조세면탈 목적으로 우회적인 거래를 행하였음이 확인된 이상 당연히 청구법인은 권리의무 승계에 따른 이자상당액 만큼을 OOO 주식회사로부터 받아야 할 것이 당연하다. 사실관계 및 법률상의 규정이 이러함에도 청구법인은 처분청이 거래사실 자체를 부인하려고 한다면서 부당행위계산부인규정을 적용할 수 없다고 청구법인은 주장하고 있다. 부당행위(거래) 시점에 사업권 자체가 존재하지 않는다는 주장에 대하여 보면, 청구법인은 OOO 주식회사가 주택건설 사업계획 승인 을 얻음 으로 지배와 통제가 가능한 배타적인 무형자산의 권리가 형성되었 고, 부당 행위(거래) 시점인 2006년에는 OOO 주식회사가 권리창출에 일체의 행위를 하지 않았으므로 사업권 자체가 존재하지 않았다고 주장하나, 아파트를 건설하기 위해서는 용지의 구입계약, 철거공사, 측량, 지반 조성, 사업계획승인 등 다양한 일련의 단계를 거쳐야 하고, 이러한 과정 은 별도과정이 아니라 하나의 연속과정으로 어느 하나라도 생략시 다음 단계로 진행이 이루어지지 못하는 것이다. 청구법인이 권리가 형성되었다고 주장하는 사업계획승인 단계는 연속과정 중 권리가 형성된 최종단계로서 무형자산의 권리가 인식되는 시점일 뿐이고, 사업권을 양도하여 창출된 수익은 용지의 구입계약 등 일련의 과정 을 통해서 각 단계별로 점진적으로 가득되는 바, 모든 단계가 수익창출에 기여하고 있으므로, 주택건설사업계획승인에 따라 사업권이 일시에 창출된 것으로 주장하는 청구법인의 주장은 수용하기 어렵다. OOO 주식회사 명의로 사업부지를 취득하기 위한 일련의 과정상 관련경비의 발생, 보유기간 동안의 이자상당액 등의 경비발생은 당연히 수익창출과 관련된 것인데, 청구법인의 주장대로라면 관련 이자경비 등의 발생이 수익창출과 무관하게 되는 논리적 모순에 빠지게 된다. 따라서, 처분청은 수익비용대응 관점에서 가장 합리적인 배분방법 으로 아래와 같이 각 단계별로 발생원가(이자+투입원가)를 기준으로 안분 계산하여 청구법인이 OOO 주식회사 명의로 보유하였던 기간 동안의 프리미엄 상당액을 계산한 것이다. 상기와 같은 사유로 특수관계자간 사업부지 및 사업권 양도대가 OOO원에 대하여 부당행위계산부인규정을 적용하여 OOO원을 청구 법인의 소득금액 계산상 익금에 산입한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 특수관계자간의 거래로 인해 발생된 사업부지 및 사업권 양도대가 OOO원에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용하여 OOO원을 청구법인의 소득금액 계산상 익금에 산입한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령 (1) 법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할세무서장 또는 관할 지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준 하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한

  • 다. ③ 내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계자와 거래한 내역이 기재된 명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령 제88조【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

2. 무수익 자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우

3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우

4. 불량자산을 차환하거나 불량채권을 양수한 경우

5. 출연금을 대신 부담한 경우

6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 주주 등이나 출연자가 아닌 임원(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 사택을 제공하는 경우를 제외한다.

7. 금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율ㆍ요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우

8. 다음 각목의 1에 해당하는 자본거래로 인하여 주주 등인 법인이 특수관계자인 다른 주주 등에게 이익을 분여한 경우

  • 가. 특수관계자인 법인간의 합병(분할합병을 포함한다)에 있어서 주식 등을 시가보다 높거나 낮게 평가하여 불공정한 비율로 합병한 경 우
  • 나. 법인의 증자에 있어서 신주를 배정받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기(그 포기한 신주가증권거래법제2조 제3항의 규정에 의한 모집방법으로 배정되는 경우를 제외한다)하거나 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우
  • 다. 법인의 감자에 있어서 주주 등의 소유주식 등의 비율에 의하지 아니하고 일부 주주 등의 주식 등을 소각하는 경우

9. 기타 제1호 내지 제8호에 준하는 행위 또는 계산 및 그외에 법인 의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우

② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계자간의 거래(특수관계자외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. 다만, 제1항 제8호 가목의 규정을 적용함에 있어서 특수관계자인 법인의 판정은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 개시일(그 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날을 말한다)부터 합병등기일까지의 기간에 의한다.

(3) 국세기본법 제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다. ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한

  • 다. 다. 사실관계 및 판단

(1) OOO 주식회사는 OOO 앞에 위치한 OOO 학교부지(사업부지) 위에 고급아파트를 건설분양할 목적으 로 OOO과 사업부지에 대한 매매계약(2005.5.9.)을 체결하였는 바, 그 약정내용은 다음과 같이 나타난다. (가) 매매목적물은 OOO 외 11필지 소재 학교부지 85,292㎡로 한다. (나) 총매매대금은 OOO원으로 하고, 계약금은 2005.5.9. OOO원, 중도금은 2005.11.9. OOO원, 2006.3.9. OOO원, 2006.12.27. OOO원, 잔금은 2006년 12월중 완불하기로 한다. (다) 부대조건으로, 본 계약 체결 후 OOO 주식회사가 제3자로 매수자 명의변경 또는 컨소시움 구성으로 매수자 추가를 요구할 경우 OOO은 이를 수용한다.

(2) OOO 주식회사는 사업부지의 대금을 약정일자에 맞추어서 자체자금 및 OOO의 융자금을 통하여 다음과 같이 지급한 사실이 여신거래약정서(2005.11.4.)에 나타난다.

(3) OOO 주식회사는 사업부지의 매매대금을 지불하기 위하여 부족자금 OOO원을 OOO에서 대출받아 지불하였으며(이율 연 5.93%, 대출기간 2005.11.4. ∼ 2007.11.8.) 사업시행을 위한 시공사확보 및 프로젝트파이낸싱(PF)을 추진하면서 각 금융기관과 협의를 추진 하던중 총 사업금액이 OOO 규모에 달하는데 비하여, OOO 주식회사의 2004년 및 2005년 재무상태가 열악하고 주택분양 경기가 침체되어 금융권으로부터 원활한 PF추진이 되지 아니하자 사업을 진행하지 못하고 OOO 주식회사에게 다음과 같은 조건으로 권리 의무를 승계하게 된 사실이 부동산매매(권리의무승계)계약서(2006.10.20.)에 나타난다. < 권리의무 승계내용 > (가) 부동산표시: 학교법인 OOO과 2005.5.9. 부동산매매계약체결한 목적 토지 및 건물 일체 (나) 매매대금: 총 매매대금 OOO원, 계약금 OOO원 (지급일: 2006.10.20.), 중도금 OOO원(지급일: 2006.10.27.), 잔금 OOO원(지급일: 소유권 이전시) (다) 매도인의 책임: 위 부동산에 관하여 지상권, 전세권, 저당권, 임차권 등 소유권의 완전한 행사를 제한하는 권리가 설정되어 있을 때에는 OOO 주식회사는 이를 소멸시켜 완전한 소유권을 OOO 주식회사에게 이전하여야 한다.

(4) 사업부지에 관한 모든 권리의무를 인계받은 OOO 주식회사(설립자본금 OOO원)는 아파트건설 시행을 목적으로 2005.12.1. 설립된 시행사로 다음과 같이 토지대금을 정산한 내역이 나타난다.

(5) OOO 주식회사는 OOO 부지에 고급아파트를 건설분양하기 위하여 주택건설사업계획 승인을 신청하여 2007.6.20. OOO으로부터 주택건설사업계획 승인을 얻고 교통영향평가, 지구단위계획, 지반조사, 설계측량 및 기존건물의 철거공사를 진행한 내역이 나타나고, 2007.6.20. OOO를 대주로 하고 시공사를 주식회사 OOO로 하는 프로젝트 파이낸싱 사업약정을 체결하고 사업부지 매입자금 및 초기사업비 용도로 OOO원을 승인을 받은 사실이 사업약정서 등에 나타난다.

(6) OOO 주식회사는 자본금 규모에 비추어 OOO의 경제상황 이 불투명할 뿐만 아니라, 분양이 부진할 경우 감당할 수 없을 불안감 때문에 사업진행을 계속하지 못하고 대형 건설업체로 자금동원능력이 뛰어난 OOO 주식회사에 사업부지와 사업권을 양도하게 된 것이라고 청구법인은 주장한다.

(7) OOO 주식회사와 OOO 주식회사 간에 체결된 사업양도양수계약서에는 다음과 같은 내용이 약정되어 있다. (가) 양도대상 목적물은 사업부지 인수권한(OOOOO OO OO O OOO-O O OOOO)과 본 건 사업권한(본 건 부지에 대한 주택건설사업계획승인에 따른 사업권 등 일체의 권리)으로 한다. (나) 사업부지 및 사업권 양도양수대금은 다음과 같이 지급하기로 한다. (다) 양도에 따른 부대조건으로, 사업주체의 명의는 OOO 주식 회사에서 OOO 주식회사로 변경한다. 본 사업권한을 득하기 위하 여 지출한 사업진행 경비(교통영향평가, 지구단위계획, 문화재지표조사, 지반조사, 용역비, 설계비, 측량관련비용 등)는 OOO 주식회사의 책임으로 처리하기로 한다.

(8) 청구법인이 제출한 증빙들을 중심으로 사업부지 및 사업권의 양수도 진행사항을 요약하면 다음과 같다.

(9) 처분청이 사업권의 양도대가 중 일부인 OOO원을 청구법인 에게 귀속시킨 처분근거는 위 「처분청 의견」에 나타나는 바와 같고, 청구법인은 이 건 부과처분의 부당성을 위 「청구주장」에 나타나는 바와 같이 항변하고 있으며, 처분청의 조사공무원인 나과 청구법인 의 세무대리인인 세무사 김은 2010.12.23. 및 2011.1.27. 조세심판관회의 에 출석하여 각각 「처분청 의견」 및 「청구주장」과 동일한 요지의 의견 진술을 하였다.

(10) 살피건대, 처분청은 청구법인과 OOO 주식회사 및 OOO 주식회사는 주식회사 OOO의 방계회사로 인력과 조직을 형식적으로 배치시켜 놓았을 뿐, 실제로는 주식회사 OOO의 구성원으로 조직을 갖추고 영업활동을 하고 있으며 직원 개개인이 때로는 주식회사 OOO 등 계열사(주식회사 OOO, OOO 주식회사, 주식회사 OOO, 주식회사 OOO, 주식회사 OOO, OOO 주식회사, OOO 주식회사, 주식회사OOO)의 업무를 수행하고 있는 것으로 보이는 점, OOO 주식회사의 주주 중 OOO, OOO, OOO, OOO, OO O, OOO이 소유한 주식이 세무조사 과정에서 실질적인 사주인 OOO의 배우자 인 OOO의 주식을 명의신탁한 것으로 확인되어 「상속세 및 증여세법」 제45조의2 에 따라 명의신탁에 의한 증여의제로 과세하였고, 명 의수탁자 OOO 등은 2005.3.25. 자신들의 명의로 소유한 주식을 OOO 주식회사 등에게 처분하였으며 처분된 주식대금을 2005.3.31. OOO에게 입금하였는 바, 적어도 주식 처분일인 2005.3.25.까지는 주식회사 OOOO의 실지사주인 OOO이 당해 회사를 지배하여 온 것으로 볼 수 있는 점, 주식회사 OOO의 임직원들은 위 계열법인의 대표이사 등으로 등재되어 있으나 명목상의 대표이사일 뿐이고 실지로는 주식회사 OOO의 각 부서에서 임직원으로 근무(OOO 주식회사의 대표이사 OOO은 OOO 회장 비서실의 차장)하고 있는 사실이 주식회사 OOO의 조직도 에 나타나는 점 등에 비추어 볼 때, OOO 주식회사는 명목상의 법인으로 사업권 양도대가OOO원 중 OOO 주식회사 명의로 청구법인이 보유 한 기간 동안의 사업권 프리미엄 상당액인 OOO원을 청구법인에게 익금산입하여 과세한 처분이 정당하다는 입장이나, 이 건은 2005.5.9. OOO 주식회사가 사업부지에 대한 매매계약을 체결하고 약정내용에 따라 계약금 및 중도금 OOO원을 2006.3.2.까지 4차례에 걸쳐 지급하던 중 분양사업 추진이 어렵다고 판단하고 아파트 시행 전문회사인 OOO 주식회사 에 계약금과 중도금 합계액 OOO이 지급된 상태에서 2006.10.20. 사업부지 에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하였고, 사업부지를 그대로 인계받은 OOO주식회사는 각종 인허가절차 를 진행하여 2007.6.20. OOO건설사업시행 허가를 얻었으며, 계약조건에 따라 OOO 주식회사에 OOO을 지급하고, OOO 에 나머지 토지대금을 지급함과 동시에 아파트를 건설 ․ 분양하기 위한 제반 절차와 허가를 자체비용OOO과 책임하에 진행하면서 주택건설사업계획 승인을 신청하여 2007.6.20. OOO으로부터 주 택건설사업계획 승인을 받고, 같은 날 OOO를 대주로 하고 시공사를 주식회사 OOO로 하는 프로젝트파이낸싱(PF)사업 약정을 체결하고 사업부지 매입 자금 및 초기 사업비 충당 목적으로 OOO원을 승인받아 대형아파트 단지 를 건설 ․ 분 양 하여 고도성장의 기반을 마련하고자 하던 중 부득이 사업부지와 사업권을 OOO 주식회사에 다시 양도한 것으로, 이러한 일련의 거래과정을 살피건대, OOO 주식회사는 인적 ․ 물 적설비를 갖추고 임대주택건설 사업을 영위하면서 자산규모가 2005사 업연도 OOO원, 2006사업연도 O,OOOO원, 종사직원은 2005사업연도 OOO명, 경상이익은 2005사업연도 OOOO원, 2006 사업연도 OOOOO인 정상적인 법인으로, 이 건의 거래만을 성사시키기 위하여 설립된 명목상의 법인이 아 니라 이 건과 동일 내지 유사한 사업을 수 년간 계속하여 영위하여 온 사실이 나타 나는 점, 비 록, 주식회사 OOO의 대표이사인 OOO이 계열법인들에 대한 모든 의사결정에 주도적으로 관여하고 있고, 소속 직원들이 동일 한 장소(건물)에서 근무하며, 계열법인들이 통일된 급여 체계를 가지고 있다 하더라도 여러 계열회사로 구성된 그룹회사의 경우 주력회사에 특정 지휘부서(Control Tower)를 두고 회사들의 경영 전반 에 관하여 기획 및 관리 ․감독을 하는 등 직․간접적으로 관여함으로써 그룹 전체의 이익을 도모하는 것이 일반적인 기업경영전략으로 보여지고, 그룹회사가 소정의 목적사업을 효율적으로 달성하기 위하여 필요한 경우에는 그룹 전체의 구성원을 대상으로 Task Force(T/F)를 구성하여 운영하는 것이 합리적인 경제행위로 보여지는 점, 처분청이 이 건 일련의 거래과정에 OOO 주식회사와 함께 참여한 OOO 주식회사의 실체는 부인하지 아니하면서도 OOO 주식회사의 거래만을 도관행위로 볼 만한 합리적 차별성을 찾아보기 어려운 점, 처분 청이 과세근거로 한 OOO 주식회사가 도관행위를 하였다는 내용 이 기재된 확인서는 세무조사의 조기종결을 위하여 조사공무원이 작성한 후 보여준 것에 형식적으로 날인한 것이라고 의견진술을 한 점, 납세의무자가 경제활동을 함에 있어서 동일한 경제적 목적 을 달성하기 위해서는 여러 가지 법률관계 중 하나를 선택할 수 있는 것 이고, 과세관청으로 서는 특별한 사정이 없는 한 납세의무자가 선택한 법률 관계를 존중하여 이를 근거로 과세하는 것이 적정하고 합리적인 것으로 보이는 점(대법 원 2000두963, 2001.8.21., 대법원 2006두13008, 2006.7.13. 같은 뜻) 등을 종합적으로 모아 볼 때, 처분청이 OOO 주식회사와 OOO 주식회사 간의 거래의 실체 를 부인하고 사업부지의 매입 및 매각 과정에서 OOO 주식회사가 청구 법인의 도관역할만을 수행한 것으 로 보기는 무리가 있어 보일 뿐만 아니라, 사업권의 양도대가 중 청구법인에 귀속되는 프리미엄 상당액을 산출 한 근거 또한 일종의 추계에 의한 산출방식으로서 그 법률상 근거나 합리성을 찾아보기 어렵다 하겠다. 따라서, 2006.10.20. OOO 주식회사가 특수관계법인인 OOO 주식회사에 사업부지를 취득할 수 있는 권리와 의무 일체를 양도하면서 OOO 주식회사가 사업부지 취득을 위한 계약당시부터 사업부지를 양도할 때까지 기간중 부담한 지급이자 상당액인 OOO원을 지급 받 지 아니한 채 원금 상당액인 OOO원만 지급받고 양도한 사실에 대하 여 이 건 사업부지의 양도거래가 법인세법 제52조 및 같은 법 시행령 제88 조 제1항 제3호의 규정에 의한 “조세를 부당하게 감소시킨 거래”에 해당하는지 등 위 관련 법령상 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 있 는지 여부는 별론으로 하더라도, OOO 주식회사가 OOO 주식회사로부터 사업부지를 매입한 후, 사업부지 및 사업권을 OOO 주식회사에 양도하고 사업권 양도대가로 지급받은 OOO원 중 쟁점금액을 청구법인의 소득금액 계산상 익금에 산 입하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로국세기본 법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)