확정신고 경과 후 법령해석 착오를 사유로 기준시가에 의해 경정청구 할 수 있음

○○세무서장이 양도차익을 기준시가로 재계산하여 기납부한 양도소득세 20,747,160원을 환급해 달라는 내용의 경정청구를 거부한 2010. 3. 18.의 처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 2004. 08. 27. 취득한 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 61-13 토지 331㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2006. 8. 11. 양도하고 비사업용토지로 보아 실지거래가액(양도가액 430,000,000원, 취득가액 337,468,354원)에 의하여 2006. 10. 10. 납부할 양도소득세를 31,968,110원으로 하여 양도소득세 예정신고 ․ 납부한 후, 2009. 08. 24. 쟁점토지 중 주택이 정착된 면적(46.94㎡)에 5배에 해당하는 토지 234.7㎡에 대하여는 양도차익을 기준시가로 재계산하여 기납부한 양도소득세 20,747,160원을 환급해 줄 것을 요청하는 경정청구서를 제출하였으나, 처분청은 청구인의 경정청구에 대하여 2010. 3. 18. 거부하였다.
• 나. 청구인은 이에 불복하여 2010. 4. 5. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점토지상에 미등기주택(46.94㎡)이 있어 미등기주택의 부수토지에 대하여는 소득세법 제104조 의 3 제1항 제5호를 적용하지 않는 것으로 잘못 알고 비사업용토지로 보아 실지거래가액에 의하여 양도소득세를 신고 ․ 납부하였으나, 추후에 미등기주택의 부수토지도 소득세법 제104조 의 3 제1항 제5호를 적용한다는 사실을 뒤늦게 알고 경정청구한 것이므로 거부처분한 것은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 국세기본법 제45조 의 2 규정을 보면, 경정청구의 요건을 “과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때”로 규정하고 있으며, 소득세법 제96조 규정에 의해 실지거래가액으로 양도소득세 과세표준을 산정하여 양도소득세를 신고하고 확정신고기한이 경과하여 양도소득세가 확정된 이 건의 경우 경정청구의 대상이 되지 않는다.

• 가. 쟁 점 양도소득세 예정신고시 실지거래가액으로 신고한 양도소득세를 확정신고기간이 경과한 후에 법령해석의 착오로 기준시가에 의해 경정청구할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

○ 국세기본법 제45조 의 2【경정등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과 후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때

○ 소득세법 제96조 【양도가액】(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것)

① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다.

1. ～ 7.(생략)

8. 제104조의 3의 규정에 의한 비사업용토지인 경우

○ 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가

○ 소득세법 제104조 의 3【비사업용토지의 범위】

① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제2호의 7에서 “비사업용토지”라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 “비사업용토지”라 한다)를 말한다.

5. 지방세법 제182조 제2항 의 규정에 의한 주택부속토지 중 주택이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지

○ 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정․경정 및 통지】

① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

③ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다. 다만, 거주자가 제96조 제1항, 제96조 제2항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 가목 본문의ㅏ 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액 ․ 매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

○ 소득세법 시행령 제168조 의 12【주택부수토지의 범위】 법 제104조의 3 제1항 제5호에서 “지역별로 대통령령이 정하는 배율”이라 함은 다음 각 호의 배율을 말한다.

1. 도시지역 안의 토지 5배

2. 도시지역 밖의 토지 10배

○ 지방세법 제182조 【과세대상의 구분】

② 주거와 주거외의 용도에 겸용되는 과세대상의 구분방법, 주택부속토지의 범위 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 지방세법 시행령 제133조 【과세대상의 구분과 한계】

① 1동의 건물이 주거와 주거외의 용도에 사용되고 있는 경우에는 주거용에 사용되고 있는 부분만을 주택으로 본다. 이 경우 건물의 부속토지는 주거와 주거외의 용도에 사용되고 있는 건물의 면적비율에 따라 각각 안분하여 주택의 부속토지와 주택외의 건물의 부속토지로 구분한다.

② 1구의 건물이 주거와 주거외의 용도에 겸용되는 경우에는 주거용으로 사용되는 면적이 전체의 100분의 50 이상인 경우에는 주택으로 본다.

③ 주택의 부속토지의 경계가 명백하지 아니한 때에는 그 주택의 바닥면적의 10배에 해당하는 토지를 주택의 부속토지로 한다.

○ 주택법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. “주택”이라 함은 세대의 세대원이 장기간 독립된 주거생활을 영위할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지를 말하여, 이를 단독주택과 공동주택으로 구분한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2004. 8. 27. 취득한 쟁점토지를 2006. 8. 11. 양도하고 비사업용토지로 보아 실지거래가액에 의하여 2006. 10. 10. 납부할 양도소득세를 31,968,110원으로 하여 양도소득세 예정신고 ․ 납부한 후, 2009. 8. 24. 쟁점토지 중 주택이 정착된 면적(46.94㎡)의 5배에 해당하는 토지 234.7㎡에 대하여는 양도차익을 기준시가로 재계산하여 기납부한 양도소득세 20,747,160원을 환급해 달라는 내용의 경정청구서를 제출하였으나, 처분청은 청구인의 경정청구에 대하여 2010. 3. 18. 이 건 거부한 사실이 심리자료에 나타난다.

(2) 청구인은 미등기주택의 부수토지는 지방세법 제182조 제2항 의 규정에 의한 주택부속토지에 해당되지 않는 것으로 알고 그 부수토지에 대하여는 소득세법 제104조 의 3 제1항 제5호를 적용하지 않는 것으로 잘못 알고 비사업용토지로 보아 실지거래가액에 의하여 양도소득세를 신고 ․ 납부하였다며 (말소)일반건축물관리대장을 제시하고 있어, 그 내용을 보면 쟁점토지상에 건축물 연면적 46.94㎡ ‘1946년 사용승인’, ‘2007. 1. 2. 말소’, ‘현재 미등기’라고 표시되어 있다.

(3) 2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 소득세법 제96조 제2항 제8호, 제97조 제1항 제1호 가목, 제104조의 3 제1항 제5호에서, 지방세법 제182조 제2항 의 규정에 의한 주택부속토지 중 주택이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지에 대하여는 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하도록 규정하고 있고, 지방세법 제182조 제2항, 같은 법 시행령 제133조 및 주택법 제2조 제1호 에서 미등기주택은 주택에서 제외한다는 명문규정이 없어 미등기주택의 부수토지도 주택이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적에 대하여는 기준시가에 의하여 양도차익을 계산할 수 있는 것으로 판단된다.

(4) 실피건대, 위와 같이 쟁점토지가 주택의 부수토지에 해당된다면 소득세법 제104조 의 3 제1항 제5호 규정에 의거 주택이 정착된 면적에 같은 법 시행령 제168조의 12 제1호에서 정하는 배율(5배)을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지에 대하여만 실지거래가액으로 신고할 수 있는데도 불구하고 미등기주택은 주택에 해당되지 않는 것으로 알고 쟁점토지 전체를 비사업용토지에 해당하는 것으로 관련법령을 잘못 알고 실지거래가액으로 신고한 것으로 보인다. 한편 실지거래가액으로 신고하였다가 기준시가로 경정청구할 수 있는지에 대하여 보면, 부동산의 양도에 따른 과세표준 및 세액을 기준시가에 의하여 산정하여 신고할 수 있는 경우에는 당초 실지거래가액에 의하여 신고한 과세표준 및 세액은 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에 해당하여 그 경정을 청구할 수 있다고 할 것(대법원 2008두3067, 2008. 4. 24. 같은 뜻임)이고,다만 실지거래가액으로 신고하였다가 기준시가로 신고방법을 변경하는 경정청구를 허용하지 않겠다고 하는 것은 당초 양도자가 기준시가로 신고할 수 있음에도 기준시가보다 낮은 허위의 실지거래가액으로 신고한 다음 과세관청이 실제 거래한 실지거래가액을 확인하여 기준시기보다 높은 양도가액으로 과세하는 경우 기준시가로의 경정청구를 허용하게 되면 당초부터 성실하게 기준시가로 신고한 납세자와 형평이 맞지 아니하고, 실제 거래한 양도가액 등의 조사를 위한 행정력 낭비를 초래하게 되므로 이를 방지하기 위한 차원으로 해석하는 것이 합리적이라고 판단된다. 따라서 이 건과 같이 쟁점토지의 일부면적에 대한 양도차익을 기준시가로 산정하여 신고할 수 있는 경우로서 청구인이 관련법령을 잘못 알고 쟁점토지 전체면적에 대하여 실지거래가액으로 신고하였다면 경정청구를 허용하는 것이 국세기본법 제45조 의 2의 규정에 의한 경정청구 취지 및 문리해석에 부합하는 것이므로 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다(조심2009광2623, 2009. 12. 31. 같은 뜻임)

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.