자경농지에 대한 양도소득세의 감면

• 가. 청구인은 1994.4.14. ○○○로부터 취득한 ○○○ 답 69㎡ 중 1/2지분, 같은 곳 22-27 답 2,359㎡ 중 1/2지분과 1994.5.17. ○○○으로부터 취득한 같은 곳 22-2 답 29㎡ 중 1/2지분, 같은 곳 22-28 답 1,211㎡ 중 1/2지분(이하 위 총 4필지 토지의 1/2지분을 “쟁점토지”라 한다)을 2008.8.18. ○○○에 양도(수용)하고, 2008.8.8. ○○○ 전 3,679㎡(이하 “대토농지”라 한다)를 취득한 후, 쟁점토지 양도와 관련하여 양도소득세 신고시 농지대토에 대한 양도소득세 감면신청을 하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 쟁점토지를 자경하지 아니한 것으로 보아 농지대토 및 자경농지에 대한 양도소득세 감면 규정의 적용을 배제하고 2009.12.8. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 88,486,890원을 경정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.3.8. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점토지 인근 소재지(8㎞이내)에서 출생하여 전업농민으로 평생 농사일과 목축업에만 종사하여 왔으며 1994년 쟁점토지를 취득한 이래 계속 경작하여 왔고, 2002년부터는 청구인의 나이(당시 만60세)로서는 매일 쟁점토지에 임하여 물관리를 하기 어려워 전 소유자에게 직불금을 받아 사용하게 하는 조건으로 물관리만을 맡게 하였으나, 청구인이 모내기, 농약살포, 김매기를 하는 등 직접 경작하였고 그 수확물도 청구인이 처분하였으며, 이 건 토지 수용(양도)당시 실지 경작자에게 지급하는 농작물 실비 보상액 7,395,460원을 청구인이 대한주택공사 광주전남지역본부로부터 수령하였고, 청구인은 ○○○, ○○○, ○○○(○○○)으로부터 어떤 명목의 임대료도 받은 사실이 없으며, 쟁점토지 인근 주민과 농지위원 ○○○의 확인서에서도 쟁점토지를 청구인이 약 14년간 직접 경작한 토지임이 확인되고 있고, 설사 쟁점토지의 직불금제도 시행전의 2002년 이전까지만 청구인이 8년이상(8년 7개월) 소유경작한 것으로 보아도 자경한 농지에 해당되는 바, 쟁점토지의 양도에 대하여 8년이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면이나 대토농지에 대한 양도소득세 감면규정이 적용되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 쟁점토지 전(前)소유자인 ○○○와 ○○○의 진술에 의하면 청구인의 보유기간동안 본인들이 자경하였음을 주장하면서 농지를 임차하여 연간 임차료로 100,000원～800,000원을, 양도농지의 공유자(1/2지분 소유)인 ○○○의 남편 ○○○ 소유 계좌로 송금하였음을 주장하고 있고, ○○○의 진술에 의하면 농지임차료를 남편 ○○○의 통장으로 수령하여 2분의 1을 ○○○(청구인)에게 지급하였다고 하며, 쌀소득보전직불금을 전 소유자인 ○○○와 ○○○이 수령한 것으로 확인(일부는 신청을 하지 아니함)되는 점 등을 고려할 때, 청구인이 농지(쟁점토지)를 임대차하는 등 쟁점토지를 자경하지 아니한 것으로 보이는 바, 청구인의 쟁점토지 양도는 자경농지 및 농지대토에 대한 양도소득세 감면 대상에 해당하지 아니한다.

• 가. 쟁점 쟁점토지의 양도가 농지대토나 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면 대상에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 ① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 및 농지관리기금법에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역등”이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 그밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 제70조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면】 ① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면과 소액부징수를 포함한다)이 되는 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 ① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자”라 함은 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농촌공사(이하 이 조에서 “한국농촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시(지방자치법 제3조 제4항 의 규정에 의하여 설치된 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외한다)에 있는 농지 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

• 가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우
• 나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우

2. 환지처분이전에 농지외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지

⑫ 법 제69조 제1항에서 "직접 경작" 이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(多年性) 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다. 제67조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등】 ① 법 제70조 제1항에서 “대통령령이 정하는 거주자”라 함은 3년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작을 개시할 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다. 이하 이 조에서 “농지소재지”라 한다)에 거주한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구 안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

② 법 제70조 제1항에서 "직접 경작" 이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

③ 법 제70조 제1항에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년(공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1 이상일 것
• 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1 이상일 것

2. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 새로운 농지의 취득일부터 1년 내에 종전의 농지를 양도하고 새로이 취득한 농지를 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

• 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1 이상일 것
• 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1 이상일 것
• 다. 사실관계 및 판단

(1) ○○○ 토지[당초 답 2,428㎡에서 2007.10.17.(등기접수) 분할로 인하여 답 2,359㎡를 ○○○에 이기하고 답 69㎡가 됨] 등기부등본에 의하면 1994.4.14.(등기접수) 청구인이 그 1/2지분을 취득하고, 2008.8.18.(등기접수) 그 공유자 지분(1/2)을 ○○○에 토지수용을 원인으로 이전하였으며, 같은 리 22-27 토지 등기부등본에 의하면 2008.8.18.(등기접수) 청구인 지분(1/2)이 토지수용을 원인으로 전부 ○○○에 이전되었고, 같은 리 22-2 토지[당초 답 1,240㎡에서 2007.10.17.(등기접수) 분할로 인하여 답 1,211㎡를 같은 리 22-28에 이기하고 29㎡가 됨]등기부등본에 의하면 1994.5.17.(등기접수) 청구인이 1/2지분을 취득하였고 2008.8.18.(등기접수) 토지수용을 원인으로 ○○○에 청구인 지분이 이전되었으며, 같은 리 22-28 토지 등기부등본에 의하면 2008.8.18.(등기접수) 청구인 지분(1/2)이 토지수용을 원인으로 전부 ○○○에 이전된 것으로 기재되어 있다.

(2) 처분청이 제시한 청구인에 대한 양도소득세 조사(종결) 보고서(2009년 10월) 등에 의하면, 쌀소득보전직불금에 대하여 수령 내용이 아래 <표>와 같이 기재되어 있는 바, ○○○에 확인한 바 아래 내용과 같이 전 소유자인 ○○○와 ○○○이 수령한 것으로 확인된다고(일부는 신청하지 아니함) 되어 있고, 주민등록이 전산작성된 1968.10.20.부터 쟁점토지 양도일까지 청구인이 ○○○에거 거주하였고 청구인에 대하여 타소득 유무를 조사한 결과 2003.1.1.부터의 ○○○번지 소재 부동산 임대업 외에는 국세통합전산망에서 소득자료를 발견할 수 없으며, 청구인 주소지에 확인한 바 농사만 지었던 전업농으로 확인된다고 기재되어 있다. 대토요건 충족여부와 관련하여 거주자 요건에 있어 양도농지가 소재하는 시․군․구 안의 지역에서 해당 농지로부터 직선거리 20㎞이내의 지역에서 거주하여 그 요건을 충족하나, 자경요건의 경우에는 전(前)소유자인 ○○○와 ○○○의 진술에 의하면 청구인의 보유기간동안 본인들이 자경하였음을 주장하면서 농지를 임차하여 연간 임차료로 100,000원～800,000원을 양도농지의 1/2 공유자인 ○○○의 남편 ○○○에게 송금하였음을 주장하고, ○○○의 진술에 의하면 농지임차료를 남편 ○○○ 통장으로 수령하여 2분의 1을 항상 청구인에게 지급하였다고 주장하고 있는 바, 따라서 청구인이 조세특례제한법 시행령 제67조 제3항 제1호 및 제2호상의 ‘3년이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자’의 요건을 충족하지 못한다고 기재되어 있고, 8년이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면 요건 충족 여부를 검토한 결과 쟁점토지 취득일부터 양도일까지 자경을 하지 아니하였으므로 요건을 충족하지 못한다고 되어 있으며, 이와 관련하여 ○○○의 확인서(2009.9.11.), ○○○의 확인서(2009.10.12.), ○○○에 대한 문답서 등을 제출하였다.

(3) 청구인이 제출한 청구인의 ○○○ 사본에 의하면 2008.8.25. ○○○부터 7,395,460원이 입금된 것으로 기재되어 있고, 이와 관련하여 처분청의 ○○○에 대한 현지확인 조사서에 의하면 영농보상비 지급내역을 ○○○에 확인한 결과 이 건 부동산(○○○)의 공동 소유자인 ○○○(청구인)이 신청하여 수령하였고 영농보상비 지급액은 7,395,460원인 것으로 기재되어 있다.

(4) 청구인이 제출한 예금주 ○○○(청구인)에 대한 자립예탁 거래명세표(○○○에 의하면, 조회기간이 2003.1.1.～2006.12.31이고 ○○○으로부터 2004.4.19. 400,000원, 2004.12.7. 400,000원, 2006.2.6. 350,000원이 입금된 것으로 기재되어 있으며, 청구인은 임대료라면 가을 추수가 끝난 매년 10～11월 사이 임대료를 일정기간내 지급하는 것이 관례인 점 등을 감안하더라도 위 금액은 임대료가 아니라고 주장한다.

(5) 청구인의 농지원부(2010.4.21.)에 의하면 최초작성일자가 1991.2.15.이고 쟁점토지에 관하여 경작구분이 자경으로 기재되어 있다.

(6) 청구인은 쟁점토지를 양도한 후 대토농지 등을 포함한 다른 농지(○○○ 외 1필지 전 5,355㎡와 청호리 575-3 답 549㎡)를 취득하여 현재까지 경작하고 있어 농지대토에 대한 양도소득세 감면이 적용되어야 한다고 주장하고 있고, ○○○ 전 3,679㎡(대토농지), 575-3 답 549㎡, 575-16 전 1,676㎡ 등기부등본을 보면 2008.8.8.(등기접수) 매매를 원인으로 공유자전원지분이 전부 청구인에게 이전된 것으로 기재되어 있으며, 2010.6.3.자 청구인의 농지원부를 보면 ○○○전 3,679㎡(대토농지)와 같은 곳 575-3 토지 549㎡, 575-16 토지 1,676㎡에 대하여 경작구분이 자경으로 기재되어 있다.

(7) 청구인이 제출한 ○○○의 경작사실 확인서(2008.8.20.)에 의하면, ○○○ ○○○에게 농지위원 ○○○가 ○○○ 답 2,359㎡, ○○○ 답 1,211㎡를 2007년 9월(사업인정고시일 당시)부터 현재까지 청구인이 경작하였음을 확인한다고 되어 있고, 청구인이 제출한 ○○○의 경작 관련 확인서(2010.3.20.)에는 ○○○가 1994년 4월 ○○○ 답 2,428㎡를 청구인과 ○○○에게 각각 2분의1 지분씩 양도하였고 2003년부터 위 토지 벼농사의 물관리를 ○○○가 하고 그 대가로 직불금을 ○○○가 수령하여 사용한 사실이 있으나, 세무서 조사시 실제 경작자가 아닌 ○○○가 직불금을 수령하는 것이 법적으로 문제가 있지는 않을까 두려워 사실과 다르게 진술한 것이며, 위 토지는 1994년부터 양도시까지 청구인이 경작한 토지임을 확인한다고 되어 있다. 또한, 청구인이 제출한 ○○○의 경작관련 확인서(2010.3.20.)에는 ○○○은 1994년 4월 ○○○ 답 375평을 청구인과 ○○○에게 각각 2분의1 지분씩 양도하였고 당초 토지소유자가 위 토지의 벼농사의 물관리를 하고, 그 수고비조로 직불금을 수령하여 사용한 것은 사실이며, 실제 경작자는 청구인이었으나 세무서 조사시 실제 경작자가 아닌 ○○○이 직불금을 수령하는 것이 법적으로 문제가 있지는 않을까 두려워 사실과 다르게 진술한 것이며, 위 토지는 1994년부터 양도시까지 청구인이 경작한 토지임을 확인한다고 되어 있고, 이외에 청구인은 ○○○, 2번지, 22-27, 28번지, 4필지의 답 3,668㎡를 청구인이 1994년부터 양도일까지 농작물을 경작하였다는 취지의 ○○○(○○○)의 인우보증확인원(2010.3.20.) 등을 제출하였다.

(8) 청구인이 제출한 ○○○ 및 ○○○의 사실확인 및 경위서(2010.10.19.)에 의하면, ○○○은 청구인과 당초 ○○○ 소유의 토지 ○○○ 답 2,428㎡와 ○○○ 소유 ○○○ 답 1,240㎡를 50%씩 공동소유로 취득하여 1996년 가을 추수까지 약 1년간은 ○○○ 토지는 청구인이 직접 경작하고 ○○○ 소유 토지는 ○○○․○○○ 부부가 직접 경작하다가 청구인이 ‘내 지분 전체를’ 경작하겠다 하여 경작권을 청구인에게 1997년부터 위임하여 청구인이 직접 경작해 온 것이 사실이고, 2004년 4월과 12월, 또 2006년에 송금한 것은 차입한 돈을 상환한 것인지 양파 대금인지는 기억이 나지 아니하지만 임대료는 아님을 확신하며, 세무서 조사시 사실과 다르게 진술하게 된 것은 청구인이 공동 소유자로서 작물보상금으로 거액을 수령하였으면서도 공동소유자인 본인 등에게 인사도 없이 혼자 독식한데 대한 서운한 감정으로 사실과 다르게 진술하였으며, 청구인이 계속 경작해 온 것이 사실이라고 기재되어 있다.

(9) 살피건대, 주민등록이 전산작성된 1968.10.20.부터 쟁점토지 양도일까지 청구인이 쟁점토지 소재지인 ○○○에 거주한 것으로 나타나고 있는 가운데, 청구인이 주장하고 있는 자경농지에 대한 양도소득세 감면이나 농지대토에 대한 양도소득세 감면에 관한 요건 모두 청구인이 양도농지인 쟁점토지에 대하여 일정 기간(8년 또는 3년) 이상의 경작하였을 것으로 요구하고 있는 바(조세특례제한법 제69조 및 제70조, 조세특례제한법 시행령 제66조 및 제67조 등 참조), 쌀소득보전직불금과 관련하여 ○○○와 ○○○이 2002년부터 수령한 사실이 나타나는 점 등에 비추어 볼 때, 청구인이 쟁점토지를 8년 이상 직접 경작하였다고 인정하기는 어려워 보이는 점이 있다. 그러나, 처분청이 제시한 양도소득세 조사보고서 등에 의하면 청구인에 대하여 타소득 유무를 조사한 결과 2003.1.1.부터의 ○○○번지 소재 부동산 임대업 외에는 국세통합전산망에서 소득자료를 발견할 수 없으며, 청구인 주소지에 확인한 바 농사만 지었던 전업농으로 확인된다고 기재되어 있고, 청구인은 대한○○○로부터 영농보상비 7,395,460원을 지급받았으며, 청구인의 농지원부에 쟁점토지 및 대토농지 등에 대하여 자경한 것으로 기재되어 있고, 처분청이 ○○○의 확인서 등에 따라 청구인이 쟁점토지를 자경하지 아니한 것으로 보아 이 건 과세한데 대하여 청구인이 위 확인서들과 내용이 상이한, 청구인이 경작한 것으로 기재된 ○○○, ○○○, ○○○ 등의 확인서를 제출하고 있는 점 등을 고려할 때, 대토농지의 3년 이상 경작에 관한 사항 등 사후관리 문제는 별론으로 하고 청구인의 쟁점토지 양도에 대하여 대토농지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.