토지와 건물의 총양도가액을 감정평가액에 따라 안분하여 과세한 처분의 당부

• 가. 청구인은 2001.10.29. ○○○으로부터 취득한 ○○○에 소재한 토지(이하 “쟁점토지”라한다.)와 그 쟁점토지에 신.증축하여 직접 운영한 ○○○건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 2008.7.22. 일괄양도하고, 쟁점토지의 양도가액을 ○○○원, 쟁점건물을 ○○○원, 그 취득가액을 ○○○원(환산취득가액)으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 신고한 쟁점토지 및 쟁점건물의 양도가액 구분이 객관적이과 합리적인 가치를 반영하지 못하여 불분명한 것으로 보아, 쟁점토지 및 쟁점건물의 총 양도가액을 감정평가액에 비례하여 쟁점토지, 건물을 아분 등을 하여 2010.1.12. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 ○○○원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.1.27. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 각 구성자산별 가액을 구분함이 없이 일괄매각하는 경우 토지 및 건물등의 가액 구분이 불분명할 때 안분계산을 하게 되나, 이 건의 경우에는 매매계약서(영업양도양수계약서)상에 토지 ○○○원, 건물 ○○○원 등, 자산별 가액구분이 분명한바, 청구인과 매수인은 특수관계자가 아니며 시세에 따라 이 건 영업양도양수계약서를 작성하고 이건 골프연습장의 합리적이고 정상적인 시세가액에 따라 거래를 하였는 바, 매수인과의 상호 협의를 통하여 시세를 반영한 매매가액으로 거래한 것이다. 위와 같이 영업양도양수계약서상의 쟁점토지 및 쟁점건물의 가액이 실지양도가액이 분명함에도 쟁점토지 및 쟁점건물에 대하여 그 양도가액을 감정가액에 따라 안분 계산하여 과세한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 토지, 건물 등 가액을 구분기재하였다며 영업양도양수계약서를 제시하였으나, 등록세 신고시 첨부된 부동산매매계약서에는 건물과 토지가액이 구분기재되어 있지 아니하고, 청구인은 영업양도양수계약서에 구분 기재된 금액과 관련하여 시세가 반영되었다는 근거자료를 제시한 바 없으며, 청구인이 제시한 위 영업양도양수계약서는 조세경감을 위해 객관적이고 합리적인 (토지 및 건물 가액의)배분 기준 없이 임의로 작성된 것으로 보이는 등, 청구인은 위 영업양도양수계약서에 구분 기재된 쟁점토지와 건물가액의 객관적이고 합리적인 구분계산 근거를 제시하고 있지 못하여 그 토지와 건물가액의 구분이 불분명하므로, 부가가치세법시행령 제48조의2 제4항 을 준용하여 감정평가액으로 안분하는 것이 타당하므로 이건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액 구분이 불분명한 것으로 보아 쟁점토지와 쟁점건물의 총양도가액을 감정평가액에 따라 안분하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제96조 【양도가액】① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라한다) 에 의한다. 제97조 【양도소득의 필요경비계산】① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가
• 나. 가목 본문의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것

4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것 제100조 【양도차익의 산정】① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액․감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액․감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항의 규정에 따라 매매사례가액․감정가액․환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시기 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. (2) 소득세법 시행령 제1666조 【양도차익의 산정 등】⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다. (3) 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 【과세표준의 안분계산】

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호에 정하는 바에 의한다.

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시기(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액 〔제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다〕이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한다.

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시기가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한다.

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나, 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분 계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 2001.10.29. ○○○로부터 취득한 쟁점토지와 그 쟁점토지에 2002.7.6. 및 2005.10.25. 신․증축하여 직접 운영한 쟁점건물 등을 2008.7.22. 일괄양도하고, 쟁점토지의 양도가액을 ○○○원, 그 취득가액을 ○○○원, 쟁점건물의 양도가액을 ○○○원, 그 취득가액을 ○○○원(환산취득가액)으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였으나, 처분청은 청구인이 신고한 쟁점토지 및 쟁점건물의 양도가액 구분이 객관적이고 합리적인 가치를 반영하지 못하여 불분명한 것으로 보아, 쟁점토지 및 쟁점건물의 총 양도가액을 감정평가액에 비례하여 쟁점토지의 양도가액을, 쟁점건물의 양도가액을 안분 등으로 하여(쟁점토지의 취득가액은 청구인이 신고한 가액으로 하고 쟁점건물의 취득가액과 관련하여서는 환산가액을 적용) 2010.1.12. 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과하였다.

(2) 처분청이 제시한 쟁점토지 및 쟁점건물에 대한 부동산 매매계약서(2008.6.19.)에 의하면 매도인이 청구인이고, 매수인이 ○○주식회사이며 부동산의 매매대금이 ○○원으로 기재되고, 쟁점토지 및 쟁점건물의 매매대금이 구분되어 기재되어 있지는 아니하다. 한편, 위 등록세 신고시 첨부되었다는 부동산매매계약서에 대하여 청구인은, 등록세는 양도자인 청구인이 신고한 것이 아니고 양수한 자가 법무사무소에 소유권이전등기를 의뢰하여 매수인이 신고한 것으로, 법무사무소에서 작성하여(등기시) 제출한 계약서에도 (쟁점토지 및 쟁점건물의 가액이 구분기재된) 영업양도양수계약서가 첨부되어 있다고 주장한다. 한편, 쟁점토지 및 쟁점건물에 관한 주식회사 ○○감정평가법인의 감정평가서에 의하면 의뢰인이 주식회사 ○○은행 ○○지점장으로 평가목적이 담보이고, 가격시점은 2008.7.1.로 기재되어 있으며, 그 대지에 관한 감정가액이 ○○원, 건물에 관한 감정가액이 ○○원으로 기재되어 있다.

(3) 쟁점토지 및 쟁점건물의 양도와 관련하여 청구인이 제출한, 양도인이 청구인이고, 양수인이 ○○주식회사로 기재된 영업양도양수계약서(2008.6.19.)에 의하면, 양도양수 대상 자산․부채 등 목록을 보면 토지 ○○억원, 건물 ○○억원 등으로 기재되어 있고, 청구인은 위 매매가액이 매수인과 상호 협의하여 시세를 반영한 가액으로서, 매수인과 협의하여 토지는 양도당시의 개별공시지가인 평당 ○○원보다 상회한 주변시세를 감안하여 평당 ○○원에 매매가액을 정한 것이고, 쟁점건물의 경우에도 매수인과 혐의하여 건물가액은 평당 ○○원정도를 정하고 건물매매가액을 ○○원으로 하였다고 주장한다. 이에 대하여 처분청은 쟁점토지 및 쟁점건물의 양도가액, 기준시가, 감정가액 등의 비율을 비교하여 보면 청구인이 산정한 양도가액의 경우 쟁점건물의 가액이 쟁점토지 및 쟁점건물의 양도가액 합계액에서 차지하는 비율은 27%이나, 감정평가액의 경우 쟁점건물 가액이 쟁점토지 및 쟁점건물 전체액에서 차지하는 비율은 16%이고, 기준시가의 경우 쟁점건물 가액이 쟁점토지 및 쟁점건물 전체액에서 차지하는 비율은 19%에 불과하여 청구인이 신고한 쟁점건물 양도가액의 비중이 상당히 높아 감정평가액이나 기준시가 비율과 비교할 때 편차가 큰 바, 이를 객관적인 가치가 반영된 실지거래가액으로 볼 수 없다는 의견이다.

(4) 청구인이 제출한 쟁점사실관계에 대한 청구인의 의견회보서(2009.9.8.)를 보면, 수신자가 납세자보호담당관이고 제출자가 청구인으로서, 영업양도양수계약서의 구분기재된 금액은 계약당시에 매도인과 매수인이 상호협의하여 당시 시세를 기준으로 작성하였는 바, 토지 3,103평은 시세를 반영하여 대략 평당 ○○원(2008년 개별공시지가는 평당 ○○원)으로 하여 ○○원으로 하고, 건물 538평은 건축비 시세를 반영하여 대략 평당 ○○원으로 하여 ○○원으로 하였다고 되어 있고, 매수인은 위 영업양도양수계약서의 구분 기재액 목록에 따라 법인의 장부상에 토지가액 ○○원, 건물가액 ○○원 등으로 계상하고 있다고 기재되어 있다. 위와 관련하여 청구인이 제시한 매수인 ○○주식회사의 대차대조표(2008.12.31. 현재)에는 토지 ○○원, 건물 ○○원 등이 기재되어 있고, 청구인이 제출한 ○○주식회사의 거래사실 및 취득가액확인서(2009.9.21.)에 의하면 ○○주식회사는 위 부동산물건(쟁점토지, 쟁점건물)의 거래 계약 당시에 매도인과 매수인 및 입회인이 함께 부동산매매계약서를 작성하여 날인하였고, 대지(쟁점토지)3,103평은 당시 평당시세가 대략 ○○원에서 ○○원정도이어서 평당 ○○원으로 거래가액을 정하여 ○○원으로 하였고, 건물(쟁점건물) 538평을 당시를 기준으로 평당 건축비를 ○○원 정도로 하여 감가상각을 고려하여 ○○원으로 거래하였는바, 매수인 ○○주식회사는 법인의 토지계정에 ○○원, 건물계정 ○○원을 장부상 계상하였다고 되어 있다.

(5) 살피건대, 쟁점토지 및 쟁점건물 양도와 관련하여 청구인이 제출한 영업양도양수계약서를 보면 청구인은 쟁점토지의 가액을 ○○원, 쟁점건물의 가액을 ○○원으로 하여 양도하였고, ○○주식회사의 거래사실 및 취득가액확인서에 의하면 ○○주식회사는 쟁점토지 및 쟁점건물의 거래계약 당싱 매도인과 매수인 및 입회인이 함께 부동산매매계약서를 작성하여 날인하였고, 쟁점토지는 당시의 평당 시세가 대략 ○○원에서 ○○원정도이어서 평당 ○○원으로 거래가액을 정하여 ○○원으로 하였으며, 쟁점건물은 당시를 기준으로 평당 건축비를 ○○원 정도로 하여 감가상각을 고려하여 ○○원으로 거래하였는바, ○○주식회사는 법인의 토지계정에 ○○원을, 건물계정에 ○○원을 장부상에 계상하였다고 기재되어 있다. 또한, 청구인이 제시한 ○○주식회사의 대차대조표(2008.12.31. 현재)를 보면 토지 ○○원, 건물 ○○원 등이 기재되어 있고, 쟁점토지와 쟁점건물의 영업양도양수도계약서에 따른 가액 비율(73.0:27.0)이 그 기준시가 비율이 (80.7:19.3)이나 감정평가액 비율이 (83.9:16.1)과 비교할 때 큰 차이가 있는 것으로 보이지 아니한다. 따라서 위와 같은 사실 등을 고려할 때 쟁점토지의 양도가액 ○○원과 쟁점건물의 양도가액 ○○원은 상거래상 통상의 거래가액 범위에 해당하는 것으로 보이고, 이 건 양도소득세 신고한 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액이 신빙성이 있음에도 이들 가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 그 총양도가액을 감정평가액에 따라 안분하여 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 보인다. 따라서, 이 건 양도소득세 부과처분에 대하여 쟁점토지 및 쟁점건물에 대한 양도가액을 각각 ○○억원 및 ○○억원으로 하고 그 취득가액을 각각 청구인이 신고한 가액 및 환산가액으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하여야 할 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.