취득세를 감면받았을 경우 동 법인의 과점주주인 청구법인의 간주취득에 대하여도 취득세를 감면하여야 하는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 청구법인은 유통자회사인 OOOOO OO OOO OOO OO (O)OOOOOOOOOOO(OO OO O OOOOO OO)의 출자 지분 68.72%를 소유하고 있는 상태에서 2009.9.30. 지분 21.1%를 추가로 취득한 후 2009.10.22. 이 건 법인의 취득세 과세물건에 대한 장부상 가액 중 그 지분 증가분에 해당하는 금액 6,985,246,326원을 과세표준으로 하고 지방세법 제112조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 139,704,920원, 농어촌특별세 13,970,490원, 합계 153,675,410원을 신고하고 2009.10.30. 이를 납부하였다.
• 나. 청구법인은 이에 불복하여 2009.11.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 지방세법 제105조 제6항에서 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량 등을 취득한 것으로 본다고 규정하고 있고, 같은 법 제266조 제3항 및 OOOOOO 감면 조례 제10조의2 제1항에서 OOOOOOOOO가 구판사업 등에 직접 사용하거나 또는 유통자회사로 하여금 농수산물유통시설로 사용토록 하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 75를 경감토록 규정하고 있으며, 농업협동조합법에 따라 설립된 청구법인은 농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률 제70조 제1항의 규정에 의하여 설립된 유통자회사인 이 건 법인의 지분 68.72%를 소유하고 있는 상태에서 2009.9.30. OOOOOO으로부터 이 건 법인에 대한 지분 21.1%를 취득함에 따라 이 건 법인 소유 부동산의 21.1%를 간주취득하게 되어 2009.10.22. 이에 대한 취득세 등을 신고하면서 위 규정을 들어 이 건 법인이 농수산물유통시설로 직접 사용하고 있는 부동산 부분에 대하여 취득세 등의 감면신청을 하였으나 청구법인이 간주취득한 이 건 법인 소유의 농수산물유통시설용 부동산은 위 규정에 의한 취득세 등의 경감대상에 해당되지 아니한다고 하면서 처분청이 이를 반려하자 이 건 취득세 등을 납부하였는바, 지방세법 제105조 제6항 소정의 간주취득세 제도는 주식 또는 지분의 독과점을 억제하고 이를 분산하도록 세제면에서 규제하려는데 그 목적이 있는 것으로서 과점주주가 되면 당해 법인의 재산을 사실상 임의처분하거나 관리운영할 수 있는 지위에 서게 되어 실질적으로 그 재산을 직접 소유하는 것과 크게 다를바 없으므로 바로 이 점에서 담세력이 나타난다고 보아 과세하는 것이고(OOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOOO OO), 이러한 간주취득세 제도는 원래의 취득개념에는 포함되지 아니하는 것을 취득으로 간주하여 과세하는 예외적인 규정일 뿐만 아니라 실제 과점주주가 취득하는 주식의 가치는 당해 법인의 순자산가치를 반영한 것임에도 불구하고 과점주주가 취득한 것으로 간주되는 부채가 전혀 반영되지 아니한 자산가치 전체이어서 과다하게 취득세를 부과하는 면이 있는 만큼 그 해석을 엄격하게 할 필요성이 있으며, 그렇게 해석하는 조세법률주의 원칙에 부합하는 것이라 하겠으므로(OOOOOO OOOOOOOOO OO OOOOOOOOOOO OO), 관련 법령에서 지방세법 제105조 제6항 소정의 간주취득세의 감면에 관한 명문의 규정을 두고 있지 않더라도 과점주주의 취득이 법령의 다른 규정에서 정하고 있는 감면대상 취득에 해당하는 것으로 볼 수 있는 경우에는 과점주주에 대한 간주취득세 또한 감면되어야 할 것으로, 이 건 법인은 청구법인의 유통자회사에 해당되고, 청구법인의 이 건 지분 취득은 이 건 법인의 농수산물유통시설용으로서의 기능을 활성화하기 위함에 있으며, 청구법인의 이 건 법인 소유 부동산의 간주취득 목적은 계속하여 이 건 법인으로 하여금 농수산물유통시설로 사용토록 하고자 함에 있고, 더구나 지방세법 제266조 제3항에서 감면대상의 하나로 OOOOOOOOO가 유통자회사로 하여금 농수산물유통시설로 사용토록 하기 위하여 취득하는 부동산으로 규정하고 있을 뿐 같은 법 제105조 제6항 소정의 간주취득을 제외하고 있지 아니한 이상, 청구법인이 이 건 지분 취득에 따라 간주취득한 이 건 법인 소유의 농수산물유통시설용 부동산 부분에 해당하는 취득세 등은 경감되어야 하므로 이 건 취득세 등은 경정되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 지방세법 제266조 제3항의 규정은 OOOOOOOOO 등이 구판사업 등 당해 지방자치단체의 조례가 정하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률 제70조의 규정에 의한 유통자회사에게 농수산물유통시설로 사용하게 하는 부동산 포함)에 대한 취득세 등의 경감규정으로써 청구법인이 과점주주에 의한 간주취득 부동산은 이 건 법인의 소유로서 청구법인의 사업과는 별개이므로 위 규정에 의한 감면대상이 아니라 하겠고, 조세의무의 성립과 그 내용·범위는 오로지 조세법규에 의하여야 하고 조세의무는 각 세법에서 정한 과세요건이 완성된 때에 성립되는 것이므로, 청구법인은 이 건 법인의 지분 68.72% 소유하고 있는 상태에서 2009.9.30. 추가로 지분 21.1%를 취득함에 따라 지방세법 제105조 제6항의 규정에 의한 토지, 건축물, 차량, 기계장비를 취득하였으므로 간주취득세 납세의무가 성립되었다 하겠고, 또한, 세법은 납세의무 성립 당시의 세법을 적용하여야 하는 것으로, 청구법인이 인용한 대법원 판결(OOOOOOO, OOOOOOOOOO)은 구 지방세법(2005.12.31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제105조 제6항 단서 규정의 ‘취득세가 비과세 또는 감면되는 경우’는 ‘과점주주의 간주취득이 지방세법 또는 기타 법령의 규정에 의한 비과세 또는 감면요건에 해당하는 경우’라고 판시한 것으로 동 규정은 2005.12.31. 지방세법 개정시 삭제되었으므로 청구법인의 이 건 취득세 납세의무 성립일인 2009.9.30. 현재에는 구 지방세법 제105조 제6항의 적용여부에 대한 다툼의 실익이 없다 하겠으므로 이 건 취득세 등의 부과처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 법인이 취득한 부동산에 대하여 취득세를 감면받았을 경우 동 법인의 과점주주인 청구법인의 간주취득에 대하여도 취득세를 감면하여야 하는지 여부
• 나. 관련 법령 등

(1) 지방세법 제22조【출자자의 제2차납세의무】법인(주식을 한국증권선물거래소법 제2조 제1항의 규정에 따른 유가증권시장에 상장한 법인을 제외한다)의 재산으로 그 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부 또는 납입할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목에 있어서는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차납세의무를 진다. 다만, 제2호의 규정에 의한 과점주주의 경우에는 그 부족액을 그 법인의 발행주식총수(의결권이 없는 주식을 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 과점주주의 소유주식수(의결권이 없는 주식을 제외한다) 또는 출자액(제2호 가목 및 나목의 과점주주의 경우에는 당해 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식수 또는 출자액)을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

2. 과점주주(주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하는 자들을 말한다. 이하 같다)중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자 제105조【납세의무자 등】

⑥ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량, 기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다. 다만, 법인설립시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 그러하지 아니하다. 제266조【농어민관련사업 등에 대한 감면】③ OOOOOOOOO·수산업협동조합중앙회·산림조합중앙회가 구판사업 등 당해 지방자치단체의 조례가 정하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률 제70조의 규정에 의한 유통자회사에게 농수산물유통시설로 사용하게 하는 부동산을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감하고, 과세기준일 현재 그 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세의 100분의 50을 경감한다. 이 경우 당해 지방자치단체의 조례로 그 경감률을 100분의 50을 초과하여 정할 수 있으며, 부동산의 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이 그 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 사업에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 경감된 취득세와 등록세를 추징한다.

(2) OOOOOO 감면 조례 10조의2【농협중앙회 등에 대한 감면】① 지방세법(이하 “법”이라 한다) 제266조 제3항에서 “구판사업 등 당해 지방자치단체의 조례가 정하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 구매·판매 및 그 부속사업용 토지와 건축물

2. 보관·가공·무역 및 그 부속사업용 토지와 건축물

3. 생산 및 검사사업용 토지와 건축물

4. 농어민 교육시설용 토지와 건축물

② 제1항의 규정에 의한 사업용 토지와 건축물에 대한 취득세와 등록세의 경감률은 100분의 75로 한다.

(3) 농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률 제70조【유통자회사의 설립】① 농림수협 등은 농수산물유통의 효율화를 도모하기 위하여 필요한 경우에는 종합유통센터, 도매시장공판장의 운영 기타 유통사업을 수행하는 별도의 법인(이하 “유통자회사”라 한다)을 설립·운영할 수 있다.

(4) 구 지방세법(2005.12.31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 것) 제105조【납세의무자 등】⑥ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산, 차량, 기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다. 다만, 법인설립시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우 또는 과점주주에 대한 취득세 납세의무성립일 현재 이 법 및 기타 법령에 의하여 취득세가 비과세·감면되는 부분에 대하여는 그러하지 아니하다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 2009.9.30. 청구법인은 이 건 법인의 출자 지분 68.72%를 소유하고 있는 상태에서 지분 21.1%를 추가 취득하였다.

(2) 이 건 법인은 농수산물유통 및 가격안정에 관한 법률 제70조, 지방공기업법 제79조의2를 설립 근거로 하여 청구법인과 OOOOOO이 공동으로 출자한 상법상 주식회사이다.

(3) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다 할 것으로, 지방세법 제266조 제3항 및 OOOOOO 감면 조례 제10조의2 제1항에서 취득세 등의 경감대상을 OOOOOOO가 구판사업 등에 직접 사용하거나 OOOOOOOOO가 그 유통자회사로 하여금 농수산물유통시설로 사용토록 하기 위하여 취득하는 부동산이라고 한정하여 규정하고 있는 반면, 지방세법 제105조 제6항에서는 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인이 소유한 부동산 등을 취득한 것으로 본다고 하여 간주취득세 납세의무를 규정하고 있을 뿐 과점주주의 간주취득에 대하여 취득세를 감면한다는 규정을 두고 있지 아니하며, 더구나 과점주주로서 법인 소유의 취득세 과세대상 물건을 간주취득하는 것은 과점주주 자신이 직접 지방세법 제266조 제3항 및 OOOOOO 감면 조례 제10조의2 제1항에서 정하고 있는 사업을 하기 위하여 취득한 것으로 보기는 어려울 뿐만 아니라 이 건 법인 소유의 농수산물유통시설용 부동산 등은 이미 당해 용도에 사용되고 있는 것이어서 청구법인의 이 건 지분 취득이 위 규정에 의한 취득세 등의 경감대상에 해당된다고 볼 수는 없다 할 것이다. 따라서 청구법인이 이 건 취득세 등을 처분청에 신고납부한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.