조세심판원 심판청구 법인세

기업부설연구소용 목적으로 취득하여 취득세 등을 감면받은 후, 법인의 요청으로 용지매매계약을 해제시 취득세 등을 추징한 것의 타당여부(기각)

사건번호 조심 2009지1070 선고일 2010-10-12 조세심판원

[요지] 기업부설연구소를 설립하지 않은 상태에서 토지에 대한 소유권이 이전된 사실이 확인됨에 따라 매매계약 해제에 따른 대금정산이 완료된 시점에 토지의 일부가 기업부설연구소 미사용 등을 이유로 과세대상으로 전환되었다고 봄이 타당

[참조결정] OOOOOOOOOO /

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요 가.청구법인은34개 업체로 구성된 OOOOOOOOOOOOO컨소시엄 구성 회원사중의 하나로, 2008.9.10. OOO OOO OOO OOOOOOOO 내 도시지원시설용지 A-1블럭 47,220㎡ 중 1,936.24㎡(청구법인지분 4.10%, 이하 “이 건 토지”라 한다)를OOOOO로부터 분양받아 취득한 후, 2008.10.8. 이건 토지 중 연구시설부분에 해당하는 토지 1,436.30㎡(이하 “쟁점 토지”라 한다)에 대하여 지방세법제282조의 규정에 의거 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로보아 취득세 등을 면제 신청하였고, 일반 연구지원시설 499.94㎡에대하여는 일반세율로 취득세와 농어촌특별세를 신고·납부하였다. <표> 취득세 등 면제 내역 (단위:원) 구분 취득지분 (OO OOO) 과세표준액 면 제 세 액 감면 비율 (%) 계 취득세 농어촌특별세 청구법인 1,936.24㎡ 5,042,127,077 82,285,480 74,804,990 7,480,490 74.18 나.청구법인은 2009.5.27. OOOOOOOOOOOOO 컨소시엄구성 34개 회원사에서 탈퇴하고 OOOOO와 이 건 토지에 대한 매매계약을 해제하였으며, 2009.6.25. 쟁점토지에 대하여 기 과세면제받은 취득세 74,804,990원, 농어촌특별세 7,480,490원, 합계 82,285,480원을 신고하고 2009.6.26. 납부하였다. 다.청구법인은 이에 불복하여 2009.7.3. 이의신청을 거쳐 2009.10.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구인 주장

(1) 청구법인은 OOOOO와 이 건 토지에 대하여 매매계약을 체결하고 잔금을 지급하였으나, 2008년 발생한 국제 금융위기 및 경제불황으로 인하여 OOO 의회의 의결 및 OOOOO의 확인을받아 이 건 토지를 반환하고 매매계약을 해제하였는바, 그 효력은 소급되어 해제되었고, 20년간 용도변경금지 및 10년간 전매제한이라는 계약조건에서 볼 수 있듯이 매수인인 청구법인에게 일방적으로 불공정한 조건하에 이루어진 계약이므로 당초부터 효력이 없는 계약이라고 보아야 하므로, 이 건 취득세 납세의무 자체가 존재하지 아니한다. (2)지방세법제282조에서 매각행위를 추징사유로 규정하고 있지않고, 청구법인은 연구소를 설치한 사실이 없었기 때문에 연구소를폐쇄하거나 다른 용도로 사용한 사실도 없었고, 따라서 추징사유는 존재하지 아니함. 설령, 추징사유가 존재한다 하더라도 본 계약 해제가 청구법인의 자의적인 선택에 의한 것이 아니라 전세계적으로 불어닥친 금융위기에 처한 중소기업이 살아남기 위한 마지막 몸부림이었으므로, 이에 따른 매매계약 해제는 정당한 사유에 해당한다.

  • 나. 처분청 의견 (1)지방세법제105조 제2항과 같이민법기타 관계법령에 의한 등기·등록 등을 이행하지 아니한 경우라도 잔금지급 등의 형식적인 취득의 요건이 충족되었다면 사실상으로 취득한 때에 취득한 것으로 보도록 규정하고 있어 그 취득세의 신고 및 납부 의무가 확정되었다 할 것이며, 취득세는 부동산의 취득행위를 과세객체로 하여 부과하는 행위세이므로 그에 대한 조세채권은 그 취득행위라는 과세요건사실이 존재함으로써 당연히 발생하고 일단적법하게 취득한 다음에는 그 합의에 의하여 계약을 해제하고 그 재산을 반환하는 경우에도 이미 성립한 조세채권의 행사에영향을 줄 수는 없다 할 것(OOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOO OO OO)이고, 청구법인 외 33개 회원사(최초 취득시)가 이 건 토지를 취득하는데 있어서 그 계약, 확약서 제출 및 계약금, 중도금, 잔금을 지급하고 지방세 감면을 신청하게 된 경위와 그 계약의 해제 및 대금정산 등 일련의 절차상 이 건 토지의 취득에 대한 취득세 납세의무의 성립과확정, 그 신고의 과정과 행위에 있어 원천적으로 당연히 무효가될 어떠한 사유도 확인된 사항이 없으므로, 당초 취득세 납세의무 자체가 존재하지 않는다는 청구주장은 이유없다.

(2) 또한,지방세법제282조의 규정에 대해 “기업부설연구소용 부동산을 취득할 당시에 취득세 및 등록세를 납부하게 한 다음 OOOOOOO이 인정하는 기업부설 연구소가 설립된 이후 환급하는 방식 등을 취하지 않고 기업부설연구소를 설립할 목적을 밝히면 부동산 취득세 및 등록세의 납부를 면제하고 실제 기업부설 연구소의 설립에 필요한 기간을 정한 다음 그 기한까지 연구소가 설치되지 않으면 비로소 취득세 및 등록세를 부과하는방식을 택하고 있다”(OOOOOO OOOOOOOOO OO OOOOOOOOOOO OO)고 판시하고 있는바와 같이, 취득 후 4년 이내에 기업부설연구소에 사용할 것을 전제로 하는해당 납세의무자의 사용 또는 개설계획서에 의해 감면을 결정하고 사후 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도에 사용하는 경우에 그 해당부분에 대하여 취득세를 추징하게 되는 것이지만,청구법인의 경우에 있어서는 해당 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당되어 취득세가 추징되는 경우가 아닌, 향후 예측되는 기업부설연구소 설립 및 사용 계획과 그것에 근거한 감면의 요건이 이 건 토지의 매매계약이 해제됨과 동시에 상실되고,지방세법제120조 제3항 규정에 따라 과세대상으로 전환되어 기 확정된 취득세 납세의무를 다시 이행하여야 할 상태로 환원된 것으로 보아야 하고, 기업부설연구소로 사용하기 위하여 취득한 부동산을 그 사업에 직접적으로 사용하지 못하게 된 원인에 대해서는 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(OOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOOO OO OO)인 바, 비록 청구법인이 대외 경영환경의 급격한 변화로 인해 기업경영상 손실이 예상되었다 하더라도 이는 청구법인의 일반적 경영사정에 기인한 것으로서 기업부설연구소의 설립 및 사용을 하지 못하게 된 정당한 사유에 해당한다고 보기는 어려우므로 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 적법하다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁 점 OOOOO로부터 OOOOOOOO 내 도시지원시설용지를 기업부설연구소용으로 직접 사용할 목적으로 취득하여 지방세법 제282조 본문 규정에 따라 취득세 등을 감면받은 후, 청구법인의 요청으로(자금사정등 경영문제)로 용지매매계약을 해제한 경우, 기 과세면제한 취득세 등을 추징한 것이 타당한지 여부
  • 나. 관련 법령 등 (1)지방세법 제105조【납세의무자 등】① 취득세는 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권의 취득에 대하여 당해 취득물건 소재지의 도(골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 및 종합체육시설이용회원권은 골프장·승마장·콘도미니엄 및 종합체육시설 소재지의 도를 말한다)에서 그 취득자에게 부과한다.

② 부동산ㆍ차량ㆍ기계장비ㆍ입목ㆍ항공기ㆍ선박ㆍ광업권ㆍ어업권ㆍ골프회원권ㆍ승마회원권ㆍ콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권의 취득에 있어서는 민법광업법수산업법선박법산림법건설기계관리법자동차관리법 또는 항공법등 관계법령의 규정에 의한 등기ㆍ등록 등을 이행하지 아니한 경우라도 사실상으로 취득한 때에는 각각 취득한 것으로보고 당해 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다. 제111조【과세표준】⑤ 다음에 게기하는 취득(증여·기부 그 밖의 무상취득 및 소득세법 제101조제1항 또는 법인세법 제52조제1항에 따른 거래로 인한 취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다.

3. 판결문·법인장부중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득 제120조【신고 및 납부】③ 이 법 또는 다른 법령에 의하여 취득세를 비과세·과세면제 또는 경감 받은 후에 당해 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일 이내에 당해 과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액[경감 받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다. 제282조【기업부설연구소용 부동산에 대한 면제】대통령령이 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내의 것에 한한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 면제한다. 다만, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다. (2)지방세법 시행령 제73조【취득의 시기】① 유상승계취득의 경우에는 다음 각 호에 정하는 날에 취득한 것으로 본다.

1. 법 제111조 제5항 제1호 내지 제4호의 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일

2. 제1호에 해당하지 아니하는 유상승계취득의 경우에는 그 계약상의 잔금지급일(계약상 잔금지급일이 명시되지 아니한 경우에는 계약일 부터 30일이 경과되는 날). 다만, 취득 후 30일 이내에 민법 제543조 내지 제546조의 규정에 의한 원인으로 계약이 해제된 사실이 화해조서ㆍ인낙조서ㆍ공정증서 등에 의하여 입증되는 경우에는 취득한 것으로 보지 아니한다. 제228조【기업부설연구소】법 제282조에서 "대통령령이 정하는 기업부설연구소"라 함은 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 교육OOOOOOO의 인정을 받은 것을 말한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 회원사로 있는 OOOOOOOOOOOOO과 OOO간에 체결한 용지매매계약서 등에 의하면, 이 건 토지는 OOO OOO OOO OOOOOOOO 내 도시지원시설용지 A-1블럭 47,220㎡ 중 1,936.24㎡(청구법인지분 4.10%)이고, 쟁점토지는 이 건 토지 중 연구시설부분에 해당하는 토지 1,436.30㎡로 나타난다.

(2) 청구법인을 포함한 34개 법인은 OOOOOO에 반도체 및 디스플레이 관련 산업의 집적단지 조성을 통해 산업 및 경제발전에 이바지할 목적으로 OOOOOOOOOOOOO 컨소시엄구성을 구성하여 2004.2.17. 구 OOOOOOO으로부터 허가를 받아 사단법인 OOOOOOOOOOOOO을 설립하였다.

(3) 청구법인을 포함한 OOOOOOOOOOOOO 컨소시엄구성 34개 회원사는 2006.9.20. OOOOOO OOOOOOOO 내 도시지원시설용지(지정용도: 일반연구용지) A-1블럭 47,220㎡에 대하여 매매대금 120,762,220,000원에 매매하기로 하는 OOOOOOO조성사업 용지매매계약을 체결하였으며, 2008.9.10. 매매잔금을 지급하여 이를 취득하였다.

(4) OOOOOOOOOOOOO 컨소시엄구성 34개 회원사 중 일부인 청구법인은 2008.9.10. 위 토지를 취득한 후, 이 건 토지 중 기업부설용에 사용할 직접 목적인 쟁점 토지에 대하여 2008.10.8. 지방세법제282조의 규정에 의하여 처분청으로부터 취득세 등을 면제받았다.

(5) 그 후 청구법인을 포함한 OOOOOOOOOOOOO 컨소시엄구성 회원사 중 20개 회원사는 경영상의 어려움을 이유로 토지 매매계약을 이행할 수 없음을 명시적으로 표시하면서 OOOOO에게 토지매매계약을 해제하여줄 것을 요청하였으며, 이에 OOOOO와 이들 회원사들은 심의위원회를 거쳐 2009.5.27. 일부 회원사들의 탈퇴, 매수인변경, 매매목적물 및 매매대금을 변경하기로 하는 OOOOOOO조성사업 용지 매매계약 변경계약을 체결하였다.

(6) 청구법인을 포함한 탈퇴회원사(20개사)는 2009.5.27. OOOOOOOOOOOOO조성사업 용지 매매계약 변경계약을 체결하면서, 같은 날 토지 매매계약 해제 및 그에 따른 원상회복에 관한 확인서를 작성하였으며, 이 확인서에 의하면, 탈퇴회원사들의 귀책사유로 인하여 본 건 매매계약을 이행할 수 없음을 표시함에 따라 매매계약을 적법하게 해제하며, OOOOO는 매매대금 중 계약금을 제외한 금액에 연5%의 이자를 가산한 금액에서 계약해제로 인하여 발생한 손해액 등을 공제한 나머지 금액을 탈퇴회원사들에게 지급한다고 기재되어 있는 사실을 알 수 있다.

(7) 이에 처분청은 이 건 토지에 대한 청구법인과 OOOOO간의 매매계약 해제에 따른 대금정산이 완료됨에 따라 2009.6.19. 쟁점 토지가 기업부설연구소 미사용으로 인하여 취득세 과세대상으로 전환되었으므로 기 과세면제한 취득세 등을 신고·납부하라는 안내문을 발송하였으며, 청구법인은 2009.6.26. 쟁점 토지에 대하여 기 면제된 취득세 등을 신고납부 하였다. (8)지방세법제282조 및 같은 법 시행령 제228조에서 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 기술개발촉진법제7조 제1항 제2호의 규정에 의한 기준을 갖춘 연구소로서 OOOOOOOOO의 인정을 받은 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내의 것에 한한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여는 취득세 및 등록세를 면제하되, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있다.

(9) 조세감면의 우대조치는 정책목표 달성에 필요한 경우에 그 면제혜택을 받는 자의 요건을 엄격히 하여 극히 한정된 범위 내에서 예외적으로 허용되어야 할 것(OOOOO OOOOOOOOOO OOOOO OO)이고, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(OOO OOOOOOOOOO OO OOOOOOOOO OO)할 것이다.

(10) 지방세법제282조 및 같은 법 시행령 제228조에서 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세 및 등록세를 면제하는 이유는 일정 수준의 기업부설 연구소의 설립을 장려하기 위한 정책적인 목적을 달성하기 위한 것이라 할 것이므로, 위와 같은 취득세 등의 면제 혜택을 향유하기 위해서는 ‘일정 기간 내 기업부설 연구소의 설립’이 전제가 되어야 할 것이고, 기업부설 연구소용 부동산을 취득하여 취득세 등을 면제받은 후 4년의 유예기간 내에 연구소를 설치하지 못한 경우에는 기 과세면제된 취득세 등의 추징대상에 해당된다 할 것이다(OO OOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO O).

(11) 살피건대, 청구법인은 기업부설연구소용에 직접 사용할 목적으로 OOOOOOOOOOOOO 컨소시엄구성을 구성하여 2008.9.10. 이 건 토지를 취득한 후, 2008.10.8. 처분청으로부터 쟁점 토지에 대한 취득세 등을 면제받았으나, 청구법인들의 경영상의 어려움을 이유로 매도자인 OOOOO에게 매매계약을 해제하여 줄 것을 요청하여 기업부설연구소를 설립하지 않은 상태에서 2009.5.27. 이 건 토지에 대한 소유권이 이전된 사실이 확인되고 있는바, 청구법인과 OOOOO간의 이 건 토지 매매계약 해제에 따른 대금정산이 완료된 시점(2009.6.19.)에 이 건 토지의 일부에 해당하는 쟁점토지가 기업부설연구소 미사용 등을 이유로 취득세 과세대상으로 전환되었다고 봄이 타당하므로, 청구법인이 처분청의 안내에 따라 이 건 취득세 등을 신고·납부한 것은 적법하다고 하겠다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로지방세법제77조 제5항과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)