산업용 부동산을 당해 용도에 직접사용하지 못한 정당한 사유가 있었는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요 가.청구법인은 2005.7.15. OOOO OOO OOO OOO 838-11 소재공장용 건축물 492.32㎡(이하 "이 건 건축물"이라 한다)를 신축취득한데 대하여 지방세법 제276조 제1항에서 취득세 등의과세면제대상으로 규정하고 있는 산업용 건축물의 취득으로 하여처분청으로부터 취득세 등을 과세면제 받았다. 나.처분청은 2009.4.16. 현지 확인 결과, 청구법인이 이 건 건축물을취득일부터3년 내에 정당한 사유 없이 산업용 건축물 용도에 직접사용하지 아니한 것으로 보아 이 건 건축물의 취득가액 303,236,364원을 과세표준으로 하고 지방세법 제112조 제1항 등의세율을 적용하여 산출한 취득세 7,914,450원, 농어촌특별세 791,430원, 등록세 3,165,770원, 지방교육세 584,620원, 합계 12,456,310원을 2009.7.29. 청구법인에게 부과고지 하였다. 다.청구법인은 이에 불복하여 2009.10.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 등 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 폐기물과 관련한업종을 영위하고자이 건 건축물을취득하였고, 이 건 건축물을 동 업종을 직접 사용하기 위하여는그에 따른 법적 절차와시설설치가완료되고 폐기물 처리 분야에 시설물 적합 판정을 받아야하므로, 이 건 건축물 취득일 이후 계속하여 수많은 금액과 시간을 들여 적법한 절차에 따라 건축물을 증축하고 소각 시설을 새로이 설치하였으며,2008.6.24. 처분청으로부터 폐기물처리시설 설치검사에 따른 사용기간 부여 공문을 받고 10일치 분량으로 설치검사를 위한 가동을 하였으며, 2008.8.26. 처분청으로부터 에너지회수기준 검사를 위한 폐기물 반입승인을 얻어 가동한 사실이 있음이 청구법인이 제출된 증빙서류에서 입증됨에도 처분청이 이 건 건축물 취득일 이후부터 3년 내에감면받은 건축물을 산업용에 직접 사용하지 아니한 것으로 판단하여 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 부당하므로 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 처분청 세무담당공무원이 2009.4.16. 인근 사업체를 상대로 탐문조사와 사용실태를 확인한 결과, 이 건 건축물은공장으로서 가동된 적이없어 보이고 현재도 가동되지 않고 있고,그 동안 특별징수 주민세, 법인세할 주민세 등의 납부실적이 전혀없으므로 산업용으로 직접 사용한다고 볼 수 없다고 하겠고,청구법인의 종전 대표이사 OOO이2008.6.30. 청구법인의 사업자등록을 폐업하고, 2009.2.1. 청구법인의 현재대표이사 OOO이다시 사업자등록을 할 때까지 약 6개월간 사업자등록이 없는 점,청구법인이 이 건 건축물 신축 후, 4년이 경과되어 가는시점까지관련 허가가 종료되지 아니한 점 등을 종합하여 판단하면, 이는폐기물 처리업을 영위하기 위한 환경분야 관련 허가를 유예기간내에 충분히 할 수 있었음에도 회사 내부적인 사정으로 대처하지못한 것으로 이 건 건축물을 유예기간 내에 당해 사업에 직접 사용하지못한정당한 사유라 할 수 없으므로 처분청이 청구인에게 이 건 취득세 등을부과고지 한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 산업용 부동산을 취득일부터 3년 내에 당해 용도에 직접사용하였는지 여부와당해 용도에 직접사용하지 못한 정당한 사유가 있었는지여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법 제276조(산업단지 등에 대한 감면) ① 산업입지 및 개발에 관한 법률에 의하여 지정된 산업단지와 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률에 의한 유치지역 및 산업기술단지지원에 관한 특례법에 의하여 조성된 산업기술단지안에서 산업용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물로서 대통령령이 정하는 건축물(이하 이 조에서 "산업용 건축물등"이라 한다)을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 부동산에 대한 재산세는 당해 납세의무가 최초로 성립되는 날부터 각각 5년간 100분의 50을 경감(수도권정비계획법 제2조제1호의 규정에 의한 수도권외의 지역에 소재하는 산업단지의 경우에는 면제)한다. 다만, 그 취득일부터 3년내에 정당한 사유없이 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 산업용 건축물등의 용도로 직접 사용하지 아니하고 매각(당해 산업단지관리기관·산업기술단지관리기관 또는 당해 산업단지관리기관·산업기술단지관리기관이 지정하는 자가 환매하는 경우를 제외한다)하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세·등록세 및 재산세를 추징한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 자료에 의하면, 이 건 법인은 2002.11.26. 음식폐기물처리업 등을 목적사업으로 하여 설립되었고, 처분청으로부터 2005.7.15. 이 건 건축물 사용승인을 받았으며, 2006.4.28.특정토양오염관리대상시설설치신고필증(OOOO)을 교부 받았고, 2006.11.14.폐기물 중간처리업(재활용전문)사업변경계획서 적정 통보(OOOOOOOOOOO)를 받았으며,2006.12.4.폐기물중간처리업허가증을 교부(OOOO)받았고,2007.1.24.폐기물처리시설(소각)설치신고 수리통보(OOOOOOOOOO) 및 설치신고필증(OOOO)을 교부 받았으며, 2007.10.8.건축·대수선·용도변경허가서(증축300.71㎡)를 교부 받았고, 2008.5.14. 폐기물중간처리업 변경허가(OOOOOOOOOOO)를 받았으며, 2008.6.24.폐기물처리시설 설치검사에 따른 사용기간 부여(OOOOOOOOOOO)를 받았고, 2008.8.26. 에너지 회수기준 검사를 위한 폐기물 반입 승인(OOOOOOOOOOO)을 받았으며, 2009.2.25.폐기물 재활용 신고수리(OOOOOOOOOO)를 받았고, 2009.8.6. 폐기물처리시설 사용개시신고 수리(OOOOOOOOOOO)를 받은 사실을 알 수 있다.

(2) 지방세법 제276조 제1항에서는 산업입지 및 개발에 관한 법률에 의하여 지정된 산업단지안에서 산업용 건축물 등을 신축하거나 증축하고자 하는 자(공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자를 포함한다)가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하나, 그 취득일부터 3년내에 정당한 사유없이 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 등록세를 추징하는 것으로 규정하고 있다.

(3) 먼저, 청구법인이 이 건 건축물을 취득일부터 3년내에 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하였는지에 대하여 보면,청구법인이2005.7.15. 이 건 건축물을 취득한 후,2008.6.24. 처분청으로부터 폐기물처리시설 설치검사에따른 사용기간 부여 공문을 받고 10일치 분량으로 설치검사를 위한 가동을 하였고, 2008.8.26. 처분청으로부터 에너지회수기준 검사를 위한 폐기물 반입승인을 얻어 가동한 사실이 있으므로 이 건 부동산을 3년내에 산업용 건축물 등의 용도에 사용하였다고 주장하지만 청구법인의 주장과 같이청구법인이 처분청으로부터 사용기간 부여 및 폐기물 반입승인을받아 폐기물처리시설을 실제가동과같은 조건으로 가동하였다 하더라도 처분청의 공문내용과 처분청이2009.8.6.에서야 청구법인의 폐기물처리시설 사용개시신고 수리한점 등을 종합하여 보면,이는 청구법인의 목적사업에직접 사용된 것이 아니라폐기물처리시설 설치및 에너지 회수기준의 적합성 여부를 판단하는과정에서 일시적으로시험가동 한것에 불과하다 하겠으므로 청구법인은 이 건 건축물을 3년내에 산업용 건축물 등의 용도에 직접 사용하였다고 보기는 어렵다 할 것이다. (4)다음으로, 청구법인이 이 건 건축물을 취득일부터 3년내에 산업용건축물 등의 용도에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었는지에 대하여 보면,청구법인이 이 건 건축물을취득일부터 3년내에산업용 건축물등의 용도에직접 사용하지 못한 주된 사유는 법령이나행정관청의사용금지·제한 등의 외부적인 사유가 아닌청구법인이 사업상필요에따라 시행한 사업계획변경, 공장증축 및 방지시설변경 등에 기인한 것으로 보이므로청구법인이 이 건 건축물을 취득일부터 3년내에 산업용건축물 등의 용도에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었다고 보기도 어렵다 할 것이다. 따라서, 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과고지한 처분은잘못이없다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 지방세법제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에의하여 주문과 같이 결정한다.