대도시내 비영리법인 설립후 5년내 출자액 증가에 따른 등기시 등록세 중과대상에 해당여부(기각)

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요 가.처분청은 청구법인이 2009.5.6. 자산의 총액을 1,300,000,000원에서 2,100,000,000원으로 변경하고 이를 등기하면서 추가로 불입한 출자금액 800,000,000원에 지방세법 제137조 제1항 제2호(2) 및 제138조 제1항 제1호의 규정에 의한 세율(1,000분의 6)을 적용하여 산출한 등록세 4,800,000원, 교육세 960,000원, 합계 5,760,000원을 신고하고 2009.5.8. 납부하자 이를 수납하여 징수결정하였다.

• 나. 청구법인은 이에 불복하여 2009.7.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 등 의견

• 가. 청구법인 주장 국가 등을 대신하여 공공의 복리를 위해 복지업무를 수행하는 사회복지법인에게는지방세법 제127조 제1항 제3호 및 제288조에서 법인 설립시 또는 부동산 구입시 등록세 등을 비과세하고 있으므로 사회복지법인이 목적사업을 수행하기 위하여 출자금을 증액하고 이를 등기하는 경우에도 동일한 취지로 보아 비과세하여야 할 것이다. 설령 출자금 증자등기가 비과세 대상에 해당되지 아니하더라도, 지방세법 제138조 규정의 입법취지는 대도시의 인구팽창 억제, 환경의 순화보존 미 지역간의 균형적 발전 등을 도모하기 위한 것이므로 그 취지에 견주어 볼 때 사회복지법인 등과는 상호 관련성이 결여되어 있을 뿐만 아니라 입법취지 또한 부합되지 아니하므로 동 조항의 적용은 배제되어야 할 것이다.
• 나. 처분청 및 OOOOO 의견 청구법인은 사회복지법인의 설립등기에 대하여 등록세를 비과세하는 것과 마찬가지로 출자액 증자시에도 등록세를 비과세하여야 한다고 주장하고 있으나, 지방세법 제127조 제1항 제3호에 의하면 사회복지법인의 설립과 합병의 등기에 대하여 등록세를 비과세한다고 규정되어 있을 뿐 사회복지법인 설립 후 자산증가 등에 따른 변경등기에 대하여 명시되어 있지 아니한 점, 같은 법 제137조 제1항 제2호에 의하면 새로운 법인 또는 합병으로 인하여 존속하는 비영리법인이 등기를 받을 때에 납부하여야 하는 세율을 설립의 경우와 재산 총액의 증가의 경우를 구분하여 명시되어 있는 점 등으로 볼 때 비과세 규정은 사회복지법인을 단독으로 설립하거나 기존의 사회복지법인간의 합병을 통하여 사실상 새로운 법인을 설립하는 경우 그에 대한 세제지원을 통하여 사회복지법인의 설립을 장려하고 활성화하려는 취지로 제정된 것이지, 설립 후 운영과정에서 발생하는 변경등기까지 세제지원을 하려는 취지에서 제정된 것은 아니라 할 것이므로 청구주장은 받아들일 수 없다. 또한, 청구법인은 지방세법 시행령 제101조 제1항에서 규정하고 있는 대도시내 법인 중과세 예외업종을 영위하고 있지도 아니하므로 청구법인이 중과세율을 적용하여 신고납부한 등록세 등을 징수한 이 건 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점 대도시내 비영리법인이 설립후 5년내 출자액 증가에 따른 등기를 하는 경우 등록세 중과대상에 해당되는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 지방세법 제137조(법인등기의 세율) ① 법인이 등기를 받을 때에는 다음 각 호의 구분에 의하여 등록세를 납부하여야 한다.

2. 비영리법인의 설립 또는 합병으로 인한 존속법인

(2) 출자의 총액 또는 재산의 총액의 증가 불입한 출자 또는 재산가액의 1,000분의 2 제138조(대도시 지역내 법인등기등의 중과) ① 다음 각 호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 한다. 다만, 수도권정비계획법 제6조제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 "대도시"라 한다)안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종과 법인이 사원에게 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 대통령령이 정하는 주거용부동산(취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 당해 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 2년 이상 당해 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우를 제외한다)에 관한 등기 및 외국인투자촉진법에 의한 외국인투자기업이 2003년 12월 31일까지 행하는 공장의 신설 또는 증설에 따른 부동산등기(외국인투자비율에 해당하는 부동산의 등기에 한한다)에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 대도시안에서의 법인의 설립(설립후 5년 이내에 자본 또는 출자액을 증가하는 경우를 포함한다)과 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 등기

(2) 지방세법 시행령 제101조(대도시내 법인 중과세의 예외) ① 법 제138조 제1항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령이 정하는 업종"이라 함은 다음 각 호에 해당하는 업종을 말한다.(각호 생략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2008.2.18. OOO OOO OOO OOO 627-72를 주사무소 소재지로 하여 설립된 후 2009.5.6. 자산총액을 1,300,000,000원에서 2,100,000,000원으로 변경등기하였다. (2)지방세법 제137조 제1항 제2호 (2)목의 규정에 의하면 비영리법인이 재산을 추가로 출자하여 재산총액을 변경등기하는 경우에는 1,000분의 2의 세율을 적용하여 등록세를 납부하도록 되어 있고, 대도시내 법인에 대한 등록세 중과규정인 지방세법 제138조의 규정은 영리법인은 물론 비영리법인도 모두 적용되는 것이므로 대도시 안에서 비영리법인을 설립한 후 5년 이내에 재산을 추가로 출자하고 이를 등기하는 경우 등록세가 중과세되는 것인바 청구법인의 경우 2008.2.18. 대도시 안에서 법인을 설립하고 2009.5.6. 재산을 추가로 출자하고 이를 등기한 것이므로 처분청에서 청구법인이 중과세율을 적용하여 신고납부한 등록세 등을 징수한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.