부속토지 산정시 전체 건축물 연면적에서 임대 건축물 면적이 차지하는 비율로 안분하여야 하는지 임대차계약서상 명시된 면적을 적용하여야 하는지 여부(기각)

[주 문] 심판청구 중 청구인이 창업중소기업에 해당한다는 청구주장에 대하여는 각하하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요

• 가. 개인사업자인청구인은 2006.2.2. OOOOO OOO OOO 966-2 소재 공장용건축물6,526㎡(이하 “임차 사업장”이라 한다)를 임차하고 2006.2.3. 이를 사업장 소재지로 하고, 업태를 제조업으로 하며, 종목을 철강·부자재로 하여 사업자등록(OOOO OOOOOOOOOOOO)을 하고 제조업을 영위하다가 2009.6.5. OOOOO OOO OOO 1087-3 소재 공장용 부동산(건축물 2,593.1㎡, 토지 3,552.8㎡, 이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 취득한 다음 같은 날 그 취득가액 2,260,000,000원을 과세표준으로 하고 지방세법(2010.1.1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 45,200,000원, 농어촌특별세 4,520,000원, 등록세 45,200,000원, 지방교육세 9,040,000원, 합계 103,960,000원을 신고납부하였다(이하 “원처분”이라 한다).
• 나. 청구인은 이에 불복하여 2009.8.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 첫째, 2006.2.3. 당시 중단된 상태에 있던 임차 사업장을 사업장 소재지로 하여 관할 세무서장에게 사업자등록을 하고 2006.2.11. 제조시설을 설치한 다음 사업을 개시하였으나, 임차 사업장이 너무 협소하고 주차공간 부족 및 작업 소음 등을 이유로 공장내에 있는 다른 임차사업자들의 심한 항의가 계속되어 부득이 2009.6.5. 이 건 부동산을 취득한 후 이에 사업장을 이전하여 제조업을 영위하고 있는바, 당초 철강제품 제조업을 영위하기 위하여 OOOO OOO OOO OOO 244 소재 공장용 건축물 등(이하 “종전 부동산”이라 한다)을 취득하고 2005.7.29. 이에 사업자등록을 하였지만 거래처 확보, 물류비용 등 여러 가지 사정으로 제조시설을 설치하지 아니한 채 부동산을 타인에게 임대만 하고 있었고, 국세청 예규 및 구 행정자치부 질의회신에서도 기존 사업자가 다른 사업장에서 다른 사업을 개시하는 경우에는 업종추가가 아닌 창업에 해당된다고 하고 있으므로, 다른 장소에서 종전과 다른 업종으로 사업을 개시하였음에도 단지 종전 부동산을 사업장 소재지로 한 사업자등록이 되어 있다는 이유로 이를 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제6조 제1항의 규정에 의한 창업중소기업에 해당되지 아니한 것으로 판단한 것은 부당하다 하겠고, 둘째, 처분청은 조세특례제한법 제119조 제3항 제1호 및 제120조 제3항의 규정에 의한 취득세 등의 감면배제 대상인 임대용 부동산 면적을 산정하면서 토지 사용면적이 불분명하다는 이유로 임대차계약서상 임대면적이 아닌 전체 건축물 연면적에 대한 임대 건축물 면적(495㎡) 비율로 안분하여 산정하였는바, 이 건 부동산 매매계약서상 토지 취득가액과 건축물 취득가액이 구분되어 있을 뿐만 아니라 임대차계약서에도 임차대상 면적을 토지와 건축물을 구분하여 각각 495㎡(이하 “계약서상 임대용 부동산”이라 한다)로 하고 있는 이상, 조세특례제한법상 감면배제 대상인 임대용 부동산은 임대차계약서상 토지와 건축물 임대면적을 각각 적용하여 산정함이 타당하다 하겠으므로 원처분은 2009.9.7. 감액결정된 세액보다 더 감액되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 첫째, 이 건 심판청구 서류와 종전 부동산 소재지에 대한 현장출장 조사를 통해 청구인이 종전 사업장에서는 제조시설 설치 없이 100% 임대한 사실을 확인한 후 청구인의 임차 부동산에서의 사업자등록이 조세특례제한법 제6조의 규정에 의한 창업에 해당된다고 판단하였으므로, 청구인이 창업중소기업에 해당된다는 주장에 대한 다툼의 실익이 없다 하겠고, 둘째, 건축물 일부를 당해 사업에 사용하지 아니하고 임대하고 있는 경우 건축물의 부속토지 중 그 건축물의 연면적에 대한 임대면적의 비율에 해당하는 토지부분은 임대용 건축물과 함께 당해 사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보는 것이 타당하다 할 것으로(OO OOO O OOOOO OOOO OOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO), 이 건 부동산 중 토지는 청구인과 임차인인 OOO이 사실상 구분 없이 사용하고 있어 임대차계약서상 임차면적인 495㎡만을 임대하였다고 볼 수도 없으므로, 임대 건축물에 대한 부속토지는 실제 임대하고 있는 건축물 면적 비율로 안분계산하는 것이 타당하다 할 것이어서 이 건 부동산 취득금액을 전체 건축물 연면적 2,593.1㎡에서 임대 건축물 면적 495㎡을 제외한 청구인이 실제 사용하고 있는 면적 2,098㎡가 차지하는 면적비율 80.9%로 안분계산하여 산정한 금액을 조세특례제한법에 의한 취득세 등의 감면대상으로 보아 원처분을 취득세 8,628,280원 농어촌특별세 862,820원, 등록세 8,628,280원,지방교육세 1,725,650원, 합계 19,845,030원으로 감액한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁 점

(1) 개인사업자인 청구인이 사업자등록을 하였으나 사업을 개시하지 아니한 상태에서 다른 장소에서 다른 사업으로 사업자등록하고 사업을 개시한 경우 창업중소기업으로 볼 수 있는지 여부

(2) 임대용 건축물의 부속토지 산정시 전체 건축물 연면적에서 임대 건축물 면적이 차지하는 비율로 안분하여야 하는지 임대차계약서상 명시된 면적을 적용하여야 하는지 여부

• 나. 관련 법령 (1)조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제6조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】① 2009년 12월 31일 이전에 수도권 과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업(이하 “창업중소기업”이라 한다)과 중소기업창업 지원법 제6조 제1항의 규정에 의하여 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대하여는 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

③ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 영위하는 중소기업으로 한다.

1. 광업

2. 제조업

3. 건설업

4. 음식점업

5. 출판업

6. ～ 22. (생 략)

④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 이를 창업으로 보지 아니한다.

1. 합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 동종의 사업을 영위하는 경우. 다만, 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 동종의 사업을 영위하는 경우에 당해 자산가액의 합이 사업개시 당시 토지·건물 및 기계장치 등 대통령령이 정하는 사업용자산의 총가액에서 차지하는 비율이 100분의50 미만으로서 대통령령이 정하는 비율 이하인 경우를 제외한다.

2. 거주자가 영위하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우

3. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업전의 사업과 동종의 사업을 영위하는 경우

4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우 제119조【등록세의 면제 등】③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 등기에 대하여는 등록세를 면제한다. 다만, 제1호의 경우 등기일부터 2년 이내에 해당 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다.

1. 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 4년 이내에 취득하는 사업용재산에 관한 등기 제120조【취득세의 면제 등】③ 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용재산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 제5조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】⑪ 법 제6조 제4항 제1호 단서에서 “대통령령이 정하는 비율”이라 함은 100분의 30을 말한다.

⑫ 법 제6조 제4항을 적용할 때 동종의 사업의 분류는 한국표준산업분류에 따른 세분류를 따른다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 2005.7.15. 청구인은 OOOO OOO 소재 종전 부동산을 취득한 후 2005.7.19. 상호를 OOOO로, 사업장 소재지를 종전 부동산 소재지로, 업태 및 종목을 제조·부동산업 및 철강·임대로, 개업연월일을 2005.7.19.로 하여 사업자등록(OOOO OOOOOOOOOOOO)을 하였다.

(2) 그 후 청구인은 2006.2.3. 상호를 OOOO으로, 사업장 소재지를 OOOOO OOO OOO 966-2로, 업태 및 종목은 제조업 및 철강·부자재로, 개업연월일은 2006.2.11.로 하여 사업자등록(OOOO OOOOOOOOOOOO)을 하였다.

(3) 2009.6.5. 청구인은 공장용 부동산인 이 건 부동산을 취득하였는데, 당시 처분청은 청구인이 조세특례제한법 제6조 제1항의 규정에 의한 창업중소기업에 해당되지 아니한다고 보아 청구인의 이 건 부동산 취득에 대하여 취득세 등을 면제하지 아니하였다.

(4) 2009.6.10. 청구인은 OOO(OOOOO OO OOOO OOOOOO OOOO OO)과 임차대상을 이 건 부동산 중 대지 495㎡와 건축물 495㎡로 하고, 임대차기간을 2009.6.10.부터 2011.6.9.까지로 하며, 임대보증금을 30,000,000원으로 하고, 월 임대료를 4,500,000원으로 하는 내용으로 계약서상 임대용 부동산에 대한 임대차계약을 체결하였다.

(5) 한편, 처분청은 이 건 심판청구가 제기된 이후 2009.9.7. 조세특례제한법 제6조 제1항의 규정에 의한 창업중소기업에 해당되지만 실제 임대 부동산은 같은 법 제119조 제3항 제1호 및 제120조 제3항의 규정에 의한 면제대상이 아니라고 보아 직권으로 청구인이 당초 신고납부한 원처분에 대하여 그 일부를 감액한 사실이 처분청이 제출한 자료에 의하여 나타나고 있다.

(6) 살피건대 첫째, 처분청은 당초 청구인이 종전 부동산 소재지를 사업장 소재지로 하여 사업자등록을 한 후 사업을 영위하고 있으므로 다른 장소에서 다른 사업으로 사업자등록을 한 후 사업을 영위하고 있다고 하더라도 업종추가에 불과할 뿐 조세특례제한법 제6조 제1항의 규정에 의한 창업중소기업으로 인정할 수 없어 청구인의 이 건 부동산 취득·등기가 같은 법 제119조 제3항 제1호 및 제120조 제3항의 규정에 의한 취득세 등의 감면대상인 창업중소기업이 당해 사업에 직접 사용하기 위하여 취득 및 이에 관한 등기에 해당되지 아니한다고 보아 취득세 등을 면제하지 아니하였으나, 그 후 청구인이 위 규정에 의한 창업중소기업에 해당되는 것으로 판단하였으므로 이에 대한 청구인의 주장은 그 심리실익이 없어 각하함이 타당하다. 둘째, 청구인은 이 건 부동산 중 제3자에게 임대한 면적은 임대차 계약서에 명시되어 있으므로 이를 기준으로 취득세 등의 감면대상 토지와 건축물을 각각 안분계산하여야 한다고 주장하나, 건축물의 부속토지란 당해 건축물과 경제적 일체를 이루는 토지로서 통상적으로 건축물을 임대하는 경우는 당연히 그 부속토지 부분의 이용을 수반하는 것이라 할 것이어서 건축물 일부를 임대하면서 계약서에 그 토지면적을 특정하였다 하더라도 이를 임대 건축물의 부속토지로 인정하기는 어렵다 하겠으므로, 이 건 부동산 중 조세특례제한법상 취득세 등의 감면대상에서 제외되는 부분은 계약서상 임대용 부동산이 아니라 실제 임대용 부동산으로 봄이 타당하다 하겠고, 이러한 실제 임대용 부동산에 대한 처분청의 산정방식은 적정하다고 판단된다. 따라서 처분청이 이 건 취득세 등을 청구인에게 부과고지한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없거나 심리실익이 없으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제1호·제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.