조세심판원 심판청구 법인세

주식등변동상황명세서를 근거로 청구인이 이 건 법인의 과점주주에 해당된다고 보아 취득세 등을 부과고지한 것이 적법한지 여부(기각)

사건번호 조심 2009지0792 선고일 2009-12-28 조세심판원

[요지] 명의신탁을 해지하여 실제 소유자 명의로 주주명부를 개서하고 주권을 양도받은 경우에는 다시 당해 주식에 대한 소유권이 변동되어 이때 실제 소유자가 당해 주식에 대한 배타적 권리를 취득한 것으로 봄이 타당함

[참조결정] 조심2008지0403/조심2008지0403

[주 문] 심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분 개요

  • 가. 청구인은 2006.8.26. OOO의 주주인 OOO과 OOO 및 OOO 명의의 주식 58,629주(주식소유비율 95.83%)를 취득함으로써 이 건 법인의 과점주주가 되었다.
  • 나. 처분청은 청구인이 과점주주에 따른 취득세 등을 신고납부하지 아니하자 2006.8.26. 현재 이 건 법인의 취득세 과세물건에 대한 장부상 가액(561,800,000원) 중 그 주식소유비율(95.83%)에 해당하는 금액(538,372,940원)을 과세표준으로 하고 구 지방세법(2006.12.30. 법률 제8147호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 16,025,190원, 농어촌특별세 1,184,410원, 합계 17,209,600원(가산세 포함)을 2009.5.13. 청구인에게 부과고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.7.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구인 주장 선교사업 및 수익사업에 활용할 목적으로 농지를 구입코자 하였으나 청구인 명의로는 농지 매입이 불가능하여 그 대안을 모색하던 중 영농조합법인 또는 농업회사법인은 농지 구입이 가능하다고 하여 청구인 소속 목사 및 교인인 OOO 등 4인이 대표이사 등의 직을 수행하기로 한 후 청구인 헌금을 출자하여 2006.5.29. 이 건 법인을 설립하였고, 그 후 이 건 법인이 농지를 취득하기 위해서는 그 대표이사가 농업인이어야 하는 규정에 따라 대표이사와 임원인 OOO과 OOO 명의로 농지를 취득(등기)하였다가 2006.8.22. 현물출자방식을 통하여 이 건 법인 명의로 소유권이전등기절차를 완료하였으며, 그 과정에서 OOO 명의의 대출금도 청구인이 상환하였는바, 이 건 법인 설립과정에서 대표이사와 임원인 OOO, OOO 등의 명의를 차용하였을 뿐 이 건 법인의 경영에 전혀 관여하지 아니하였고, 청구인이 이 건 법인의 설립 당시부터 자금출자, 자산관리 및 취득, 법인의 운영·경영을 전적으로 주관하고 있으며, 대법원 판례OOO에서 교회의 재산은 교인 전체의 것임을 판시하고 있음을 볼 때, 청구인은 이 건 법인 설립 당시부터 이 건 법인의 과점주주에 해당된다 하겠으므로 청구인의 이 건 주식 취득은 실질 주주인 청구인이 그 명의를 회복한 것에 불과한 것으로 보아야 하겠고, 그렇다면 청구인은 과점주주로서 취득세 납세의무가 없다 하겠으므로 이 건 취득세 등의 부과처분은 부당하다.
  • 나. 처분청 의견 주식을 명의신탁으로 취득한 경우 이를 공시하지 않으면 실제 소유자를 알 수 없어 주주명부에 등재되어 있어야 과세관청은 비로소 과세요건을 판단할 수 있는 것이므로, 소유주식을 타인에게 명의신탁하였다면 일단 주식의 소유권이 수탁자에게 이전(증여)된 것으로 보아야 하겠고, 그 후 명의신탁을 해지하여 실제 소유자 명의로 주주명부를 개서하고 주권을 양도받은 경우에는 해당 주식에 대한 소유권이 변동되어 이때 실제 소유주가 해당 주식에 대한 배타적 권리를 취득한 것으로 봄이 타당하다 하겠으므로 지방세법상의 과점주주 여부는 명의개서에 의한 소유권의 변동에 따라 판단하여야 할 것OOO인 바, 청구인의 주식 취득은 이 건 법인이 주주명부상의 주주별 주식보유현황과 변동상황 등을 기재하여 OOO세무서장에게 제출한 “주식등변동상황명세서”에 의하여 판단하여야 하는데, 위 명세서상에 청구인은 2006.8.26. OOO, OOO로부터 이 건 주식을 취득한 것으로 되어 있으므로, 청구인은 이때 이 건 법인의 과점주주가 되었다고 보아야 하겠고, 설사 이 건 법인 설립 당시 OOO 등의 주식 취득이 명의신탁에 의한 것이라 하더라도 이는 신탁법상의 신탁과는 달리 대외관계에 있어서는 명의수탁자인 OOO 등이 완전한 소유권을 취득한 것이므로 그 후 청구인이 명의신탁해지를 원인으로 이 건 주식을 취득한 것은 새로운 취득에 해당된다 하겠으므로, 주식등변동상황명세서상의주식이동상황을 근거로 이 건 취득세 등을 부과고지한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

  • 가. 쟁 점 관할 세무서장에게 제출한 주식등변동상황명세서를 근거로 청구인이 이 건 법인의 과점주주에 해당된다고 보아 취득세 등을 부과고지한 것이 적법한지 여부
  • 나. 관련 법령

(1) 구 지방세법 제22조【출자자의 제2차납세의무】법인(주식을 한국증권거래소에 상장한 법인을 제외한다)의 재산으로 그 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부 또는 납입할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목에 있어서는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 1에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차납세의무를 진다. (단서 생략)

2. 과점주주(주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 51 이상인 자들을 말한다. 이하 같다)중 다음 각목의 1에 해당하는 자 제105조【납세의무자 등】⑥ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다. 다만, 법인설립시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 그러하지 아니하다.

⑦ 제6항의 경우 납세의무를 지는 과점주주에 대하여는 제18조의 규정을 준용한다.

(2) 구 지방세법 시행령(2006.12.30. 대통령령 제19817호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제78조【과점주주의 취득 등】① 법인의 과점주주가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분을 취득함으로써 최초로 과점주주가 된 경우 또는 증자 등으로 인하여 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 당해 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것으로 보아 법 제105조 제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다.

(3) 구 상속세 및 증여세법(2006.12.30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2【명의신탁재산의 증여의제】① 권리의 이전이나 그 행사에 등기 등을 요하는 재산(토지와 건물을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에 있어서 실제소유자와 명의자가 다른 경우에는 국세기본법 제14조의 규정에 불구하고 그 명의자로 등기 등을 한 날(그 재산이 명의개서를 요하는 재산인 경우에는 소유권취득일이 속하는 연도의 다음 연도 말일의 다음 날을 말한다)에 그 재산의 가액을 명의자가 실제소유자로부터 증여받은 것으로 본다. 다만, 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 “주식 등”이라 한다)중 1997년 1월 1일전에 신탁 또는 약정에 의하여 타인명의로 주주명부 또는 사원명부에 기재되어 있거나 명의개서되어 있는 주식등에 대하여 1998년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)중 실제 소유자 명의로 전환한 경우. 다만, 당해 주식 등을 발행한 법인의 주주 또는 출자자(이하 이 조에서 “주주 등”이라 한다)와 특수관계에 있는 자 및 1997년 1월 1일 현재 미성년자인 자의 명의로 전환한 경우에는 그러하지 아니하다.

② 타인의 명의로 재산의 등기 등을 한 경우, 실제소유자 명의로 명의개서를 하지 아니한 경우와 유예기간 중에 주식 등의 명의를 실제소유자 명의로 전환하지 아니하는 경우에는 조세회피목적이 있는 것으로추정한다. 다만, 양도자가 소득세법 제105조 및 제110조의 규정에 의한양도소득과세표준신고 또는 증권거래세법 제10조의 규정에 의한 신고와 함께 소유권변경내역을 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.

(4) 구 법인세법(2006.12.30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제118조【주주명부 등의 작성·비치】내국법인(비영리내국법인을 제외한다)은 주주 또는 사원(유한회사의 사원을 말한다. 이하 이 조에서같다)의 성명·주소 및 주민등록번호(법인인 주주 또는 사원의 경우는법인명과 법인본점소재지 및 사업자등록번호)등 대통령령이 정하는 사항이 기재된 주주명부 또는 사원명부를 작성하여 비치하여야 한다. 제119조【주식등변동상황명세서의 제출】① 사업연도 중에 주식 등의 변동사항이 있는 법인(대통령령이 정하는 조합법인 등을 제외한다)은 제60조의 규정에 의한 신고기한 내에 대통령령이 정하는 바에 따라 주식등변동상황명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

(5) 구 법인세법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제160조【주주명부 등의 작성·비치】법 제118조에서 “대통령령이 정하는 사항이 기재된 주주명부 또는 사원명부”라 함은 상법 제352조의 규정에 의한 주주명부 또는 동법 제566조의 규정에 의한 사원명부로서 다음 각 호의 구분에 의한 주주 또는 사원의 인적 사항이 기재된 것을 말한다.

1. 개인의 경우에는 성명·주소 및 주민등록번호(재외국민의 경우에는 여권번호 또는 재외국민등록법상의 등록번호)

2. 법인(법인으로 보는 단체를 포함한다)의 경우에는 법인명·본점등의 소재지 및 사업자등록번호(제154조 제3항에 규정하는 고유번호를 포함한다)

3. 법인이 아닌 단체의 경우에는 당해 단체를 대표하는 자의 성명·주소 및 주민등록번호. 다만, 부가가치세법에 의하여 고유번호를 부여받은 단체의 경우에는 그 단체명·소재지 및 고유번호

4. 외국인 및 외국단체의 경우에는 출입국관리법에 의한 등록외국인기록표 또는 외국단체등록대장에 기재된 성명·단체명·체류지 및 등록번호. 다만, 외국인등록증이 발급되지 아니한 자의 경우에는 여권 또는 신분증에 기재된 성명 및 번호 제161조【주식등변동상황명세서의 제출】⑤ 법 제119조의 규정에 의한 주식등변동상황명세서는 재정경제부령으로 정하며, 동 명세서에는 주주명부에 명의개서된 사항을 기준으로 다음 각 호의 내용을 기재하여야 한다.

1. 주주 등의 성명 또는 법인명, 주민등록번호·사업자등록번호 또는 고유번호

2. 주주등별 주식 등의 보유현황

3. 사업연도중의 주식 등의 변동사항

4. 삭제

⑥ 제5항 제3호에서 주식 등의 변동은 매매·증자·감자·상속·증여 및 출자 등에 의하여 주주등·지분비율·보유주식액면총액 및 보유출자총액 등이 변동되는 경우를 말한다.

(6) 상법 제352조【주주명부의 기재사항】① 기명주식을 발행한 대에는 주주명부에 다음의 사항을 기재하여야 한다.

1. 주주의 성명과 주소

2. 각 주주가 가진 주식의 종류와 그 수 2의2. 각 주주가 가진 주식의 주권을 발행한 때에는 그 주권의 번호

3. 각 주식의 취득연월일 제396조【정관 등의 비치, 공시의무】① 이사는 회사의 정관, 주주총회의 의사록을 본점과 지점에, 주주명부, 사채원부를 본점에 비치하여야 한다. 이 경우 명의개서대리인을 둔 때에는 주주명부나 사채원부 또는 그 복본을 명의개서대리인의 영업소에 비치할 수 있다.

(7) 신탁법 제3조【신탁의 공시】② 유가증권에 관하여는 신탁은 대통령령의 정하는 바에 의하여 증권에 신탁재산인 사실을 표시하고 주권과 사채권에 관하여는 또한 주주명부 또는 사채원부에 신탁재산인 사실을 기재함으로써 제삼자에게 대항할 수 있다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 법인이 OOO세무서장에게 제출한 2006사업연도 주식등변동상황명세서를 보면 청구인은 2006.8.26. 이전에는 이 건 법인의 발행주식을 소유하고 있지 아니하고 있다가 2006.8.26. 이 건 법인의 주주인 OOO과 OOO 및 OOO 명의의 주식 58,629주(주식소유비율 95.83%)를 취득한 것으로 기재되어 있다.

(2) 청구인의 회의록(회의일시 2006.4.30.)을 보면, “청구인은 교회의 선교사업을 위해 OOO에 있는 감귤농장을 운영하기 위해서 자금을 투자하기로 한다. 단, 교회의 명의로 할 수 없으므로 이 건 법인을 설립하여 교인명으로 사원을 하기로 하고 운영하며 그 이익을 선교사업에 사용할 목적으로 한다. 정관에 따라 담임목사, 총괄부장, 총괄서기 전원에게 물은즉 전원 찬성하므로 이를 가결 처리하기로 한다. 단, 교인의 명의로 하되 교인으로 출석할 동안은 명의를 유지하고 교회 출석하지 못하고 떠날 때에는 다른 교인의 명의로 변경하기로 한다”라고 되어 있다.

(3) 이 건 법인은 2006.5.29. 목적사업을 농산물의 가공, 유통, 판매 등으로 하여 설립등기절차를 완료하였는데, 당시 법인등기부에는 OOO이 대표이사로, OOO과 OOO는 이사로, OOO는 감사로 등재되어 있고, 한편 청구인이 제출한 자료에 의하면 이 건 법인의 주주인 OOO, OOO, OOO는 청구인 소속 교인이고, OOO은 청구인의 부목사로 재직하고 있는 것으로 되어 있다.

(4) 청구인 소속 교인인 OOO은 2006.6.22. OOO으로부터 430,000,000원을 대출받은 후 2006.8.30. 상환하였는데, 2006.8.30. OOO의 예금계좌OOO로 432,998,600원이 입금된 것으로 나타나고 있다.

(5) 이 건 법인의 사원총회 의사록(회의일시 2006.8.25.)을 보면, “이 건 법인에 대한 OOO의 출자지분(출자좌수) 53,086좌를 OOO가 2,496좌를, 청구인이 50,590좌를 양수하고, OOO의 출자지분(출자좌수) 5,595좌를 OOO이 5좌를, 청구인이 5,590좌를 양수하며, OOO 출자지분(출자좌수) 2,449좌를 청구인이 모두 양수한다. 단, 청구인은 OOO이 OOO에 대하여 지고 있는 담보대출금 채무 430,000,000원을 인수하고 이를 대신 변제하여 주어야 하며 OOO은 이에 대하여 전혀 이의 없음을 확인한다”라고 되어 았다.

(6) 지방세법 제105조 제6항의 규정에 의하여 취득세 납세의무를 지는 과점주주는 주식을 취득함으로써 과점주주로서의 요건을 충족하는 때에 취득세 납세의무가 성립되는 것이고, 이러한 요건을 갖춘 과점주주에 해당되는지 여부는 과세관청이 입증하여야 하나 과세관청으로서는 주주명부나 주식등변동상황명세서 등에 의하여 과점주주라고 볼 수 있는 자료를 제출하면 일응의 입증을 하였다고 보아야 할 것으로, 청구인이 2006.8.26. 이 건 법인의 주주인 OOO과 OOO 및 OOO 명의의 주식 58,629주를 취득하여 그 주식소유비율이 95.83%가 됨으로써 최초로 과점주주가 된 사실이 이 건 법인의 2006사업연도 주식등변동상황명세서, 이 건 법인의 사원총회 의사록 등에서 확인되고 있고, 이러한 주식등변동상황명세서는 주주명부에 기초하여 작성된다는 점에서 이때 청구인은 이 건 법인의 새로운 과점주주로서 취득세 납세의무가 성립되었다고 보아야 할 것이다. 또한, 청구인의 주장처럼 2006.5.29. 이 건 법인의 설립시와 그 이후 유상증자시 주금납입금을 청구인의 재산(헌금)으로 전부 납입하였다 하더라도 청구인과 이 건 법인의 주주가 명의신탁관계에 있었다고 단정할 수는 없다OOO 하겠고, 설사 청구인과 이 건 법인의 다른 주주가 명의신탁관계에 있다고 본다 하더라도 주식을 명의신탁으로 취득한 경우 이를 공시하지 않으면 실제 소유자를 알 수 없어 주주명부에 등재되어 있어야 과세관청은 비로소 과세요건을판단할 수 있는 것이므로, 소유주식을 타인에게 명의신탁하였다면 일단주식의 소유권이 수탁자에게 이전(증여)된 것으로 보아야 할 것이며, 그 후 명의신탁을 해지하여 실제 소유자 명의로 주주명부를 개서하고 주권을 양도받은 경우에는 다시 당해 주식에 대한 소유권이 변동되어 이때 실제 소유자가 당해 주식에 대한 배타적 권리를 취득한 것으로 봄이 타당하다 하겠으므로, 지방세법상의 과점주주 여부는 명의개서에 의한 소유권의 변동에 따라 판단할 수 밖에 없다OOO 하겠다. 따라서 처분청이 이 건 취득세 등을 청구인에게 부과고지한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 지방세법 제77조 제5항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)